Methodological study of affine transformations of gene expression data with proposed robust non-parametric multi-dimensional normalization method

BACKGROUND: Low-level processing and normalization of microarray data are most important steps in microarray analysis, which have profound impact on downstream analysis. Multiple methods have been suggested to date, but it is not clear which is the best. It is therefore important to further study the different normalization methods in detail and the nature of microarray data in general. RESULTS: A methodological study of affine models for gene expression data is carried out. Focus is on two-channel comparative studies, but the findings generalize also to single- and multi-channel data. The discussion applies to spotted as well as in-situ synthesized microarray data. Existing normalization methods such as curve-fit ("lowess") normalization, parallel and perpendicular translation normalization, and quantile normalization, but also dye-swap normalization are revisited in the light of the affine model and their strengths and weaknesses are investigated in this context. As a direct result from this study, we propose a robust non-parametric multi-dimensional affine normalization method, which can be applied to any number of microarrays with any number of channels either individually or all at once. A high-quality cDNA microarray data set with spike-in controls is used to demonstrate the power of the affine model and the proposed normalization method. CONCLUSION: We find that an affine model can explain non-linear intensity-dependent systematic effects in observed log-ratios. Affine normalization removes such artifacts for non-differentially expressed genes and assures that symmetry between negative and positive log-ratios is obtained, which is fundamental when identifying differentially expressed genes. In addition, affine normalization makes the empirical distributions in different channels more equal, which is the purpose of quantile normalization, and may also explain why dye-swap normalization works or fails. All methods are made available in the aroma package, which is a platform-independent package for R

Ethnic Matching in the U.S. Venture Capital Market

We document the role of entrepreneurial founder and venture capital (VC) partner co-ethnicity in shaping investment relationships. Co-ethnicity increases the likelihood that a VC firm invests in a company. Conditional on investment, co-ethnicity strengthens the degree of involvement by raising the likelihood of VC board of director involvement and increasing the size and scope of investment. These results are consistent with trust and social-network based mechanisms. Shared ethnicity in our sample is associated with worse investment outcomes as measured by investment liquidity, however, which our results suggest might stem from looser screening and/or corporate governance

VC-dimension of short Presburger formulas

We study VC-dimension of short formulas in Presburger Arithmetic, defined to have a bounded number of variables, quantifiers and atoms. We give both lower and upper bounds, which are tight up to a polynomial factor in the bit length of the formula

Enheten Enheten för pedagogisk utveckling och interaktivt lärande Didactic Reasoning in Academic Teacher Development Towards a New Understanding of Teacher Training for Academics

English: Academic teacher development is an educational meeting place for academics already practising the art of teaching. Yet, it is in courses for this development that academics are supposed to be taught how to teach and how to improve their teaching skills. In my article I propose a new conceptual methodological framework for teaching teachers how to teach -Didactic Reasoning. Its foundation can be traced to pragmatist philosophy and interfaith dialogue in theology. The key aspect of Didactic Reasoning is to make university teachers better teachers by the development of a didactic voice and the courage to try this voice in teaching activities. This is done through intersubjective meetings between academics to develop a respect for the 'teaching-other' in their colleagues and through the use of practice-focused themed conversations led by teacher educators. Svenska: Högskolepedagogisk utbildning är en fortbildande mötesplats för universitetslärare vilka redan praktiserar konsten att undervisa. Trots detta syftar utbildningen till att lära universitetslärare hur de ska lära ut och hur de kan förbättra sina undervisningsfärdigheter. I min artikel föreslår jag ett nytt konceptuellt metodologiskt ramverk för undervisning av universitetslärare i undervisning -didaktiskt resonerande. Grunden till denna hämtas från pragmatisk filosofi och teologisk inter-religiös dialog. Det centrala i didaktiskt resonerande är att göra universitetslärare till bättre lärare genom att utveckla en didaktisk röst och ge mod till att träna denna röst i själva undervisningen. Detta kan uppnås genom intersubjektiva möten mellan universitetslärare där en respekt utvecklas för den undervisande andre i kollegorna samt genom att ha praktiknära samtal utifrån didaktiska teman ledda av högskolepedagogiska lärare. Förord Jag vill passa på att tacka Enheten för pedagogisk utveckling och interaktivt lärande Min artikel behandlar undervisning i högskolepedagogik och hur denna kan fördjupas och förändras till att ytterligare bidra till att utveckla duktiga universitetslärare. Orsaken till detta ämnesval står att finna i min egen undervisning av universitetslärare i högskolepedagogik vid Göteborgs universitet. Således står inte den vanlige studenten i centrum i min artikel och hur denne ska utbildas utan studentens lärare och dennes utbildning till lärare. Eftersom en vetenskaplig artikel måste hållas strikt avgränsad och utformad utifrån de krav som dels disciplinen och dels tidskriften ställer kan det vara behövligt att i denna kappa gå något utanför detta ramverk och bidra med några aspekter som det inte fanns möjlighet att behandla i själva artikeln. Huvudsyftet med min artikel Didactic Reasoning in Academic Teacher Development: Towards a New Perspective of Teacher Training for Academics har varit att utveckla och fördjupa undervisningen av universitetslärare i högskolepedagogik. Under den tid jag själv dels läst högskolepedagogik och dels senare undervisat i ämnet har jag ofta slagits av tanken att ämnet många gånger setts som en del av den 5 administrativa fortbildningen av universitetslärare och som något helt inom ämnet pedagogik med dess vanligen förekommande inriktning mot psykologiska och sociologiska förklaringsmodeller. I mitt perspektiv är högskolepedagogik en lärarutbildning för universitetslärare -långt bort från administrativa utbildningsmoduler -och måste som sådan därmed ledas av personer som även själva deltar i undervisning på universitetet. Som doktor i teologi har jag ofta känt mig intresserad av att föra in humanistiska och teologiska perspektiv på att konsten att undervisa -inte bara på universitetet i allmänhet utan även i högskolepedagogik i synnerhet. Tanken att föra in teologiska perspektiv på högskolepedagogik är något helt nytt, men har stora likheter med de filosofiska perspektiv som lagts på utbildning sedan lång tid tillbaka. Reasoning) i syfte att kunna dels överbrygga skilda undervisningspraktiker inom de olika vetenskapliga disciplinerna på universitetsnivå och dels söka styrka och inspiration i dessa olika praktiker. Scriptural Reasoning strävar inte mot att skapa en enhetlig förståelse och utövning av religion utan en acceptans av mångfald och på samma sätt strävar inte didaktiskt resonerande mot en enda sammanfogad undervisningspraktik utan mot erkännandet av de många kompetenser och styrkor som finns i samspelet mellan alla dessa undervisningspraktiker. 6 Undervisning i högskolepedagogik har i Sverige många gånger kommit att utvecklas till en interdisciplinär och universitetsgemensam utbildning. Olika undervisningspraktiker möts i de olika kursdeltagarna och bryts mot varandra. Det är i dessa möten som didaktiskt resonerande kan vara en framkomlig och berikande väg att gå för att både utbilda universitetslärarna och träna dem i att bli bättre lärare genom att i dialog med andra lärare formulera sina egna perspektiv på undervisning. Min artikel handlar enkom om den högskolepedagogiska utbildningen för att avgränsa och sätta fokus på denna del i universitetslärarutbildningen, men denna utbildning är naturligtvis bara en del av undervisningen -utan studentutbildning blir det ingen universitetsutbildning alls. Genom hela artikeln betonar jag vikten av att agera utifrån det teoretiska resonerandet. Att resonera didaktiskt är värdelöst om det inte åtföljs av handling i den vanliga undervisningen. En av grunderna i didaktiskt resonerande är etablerandet av intersubjektiva möten och rum där deltagarna kan känna sig respekterade av de andra deltagarna och accepterade som kompetenta lärare -den undervisande andre. Genom att känna sig sedda och accepterade är det lättare att framföra konstruktiv kritik och bidra till en bättre utbildning som universitetslärare. Min förhoppning är, även om den faller utanför själva artikelns mål och syfte, att detta förhållningssätt även används av universitetslärare gentemot sina studenter -förmågan att skapa intersubjektiva möten och rum i undervisningen där studenterna kan känna sig respekterade -som den andre i ett möte mellan ett du och ett jag -även om skillnader vad gäller kompetensnivå och hierarki mellan lärare och student inte ska suddas ut. En student som möts av en lärare som ser studenten som den andre och möter denne andre med respekt som människa kommer få fantastiska möjligheter till god undervisning. Konsten att se den andre som ett subjekt är svårt och att tränas i detta i högskolepedagogisk utbildning vore ett viktigt steg i denna riktning -den andre är naturligtvis inte bara undervisande kollegor utan även studenter i utbildning. Inom universitetsvärldens olika vetenskapsdiscipliner finns en uppsjö av undervisningspraktiker -somliga gamla (mitt eget ämne teologi har funnits med sedan universitetens start på 1000-talet) och somliga nya (högskolepedagogik, å andra sidan, är ett av de nyaste ämnena). Vad som räknas som god undervisning inom en praktik räknas inte alltid som sådan inom en annan praktik. Detta beror både på traditioner och på de olika vetenskapsdisciplinernas konstitutioner och undervisningsbehov. 7 Denna praktikdiversitet ligger i fokus i didaktiskt resonerande där det interdisciplinära mötet skapar möjligheter till att reflektera kring de egna praktikernas styrkor och svagheter samt inspireras till att pröva nya grepp genom utbyte av erfarenheter. Ett hypotetiskt scenario för didaktiskt resonerande skulle kunna vara de mer allmänna introducerande kurserna i högskolepedagogik där denna metod lämpar sig väl. På dessa kurser möter universitetslärare -ofta för första gången -praktiserande lärare från andra vetenskapsdiscipliner och samtalar kring sina egna undervisningspraktiker. Även om det inte alltid är tanken att detta ska utgöra grunden tycks det som omöjligt -och ytterst positivt -att kopplingar görs mellan det som undervisas om och den egna undervisningserfarenheten och de andra kursdeltagarnas liknande erfarenheter. Didaktiskt resonerande blir därmed ett sätt att ta tag i dessa självreflektioner och föra in dessa i ett mer didaktiskt reflekterande kring undervisning. Vid Göteborgs universitet har vi medvetet skapat basgrupper i dessa introducerande kurser med utgångspunkt i diversitet och mångfald i vetenskaplig hemvist och undervisningspraktik -något som ofta beskrivits som positivt. Den undervisande andre blir synliggjord i dessa samtal och skapar ett intresse för att veta mer och pröva nya idéer i den egna undervisningen efter dessa samtal. Med min artikel Didactic Reasoning in Academic Teacher Development: Towards a New Perspective of Teacher Training for Academics har jag strävat efter att tillföra det högskolepedagogiska fältet nya perspektiv vad gäller både möjligheterna att låta högskolepedagogik korsbefruktas av andra vetenskapliga discipliner -i detta fall teologi -och gå bortom ett tekniskt/mekaniskt sätt att se på lärarutbildning för universitetslärare som ett hur man undervisar med hjälp av teorier kring lärande (långt bortom dessa teoriers egentliga syften). På detta sätt blir verkligen högskolepedagogik det som ofta sägs i teorin -en diskurs med många dialekter. Min artikel är en början till att formulera en teologisk dialekt

Finite element modelling of moisture related and visco-elastic deformations in inhomogeneous timber beams

Wood is a hygro-mechanical, non-isotropic and inhomogeneous material concerning both modulus of elasticity (MOE) and shrinkage properties. In stress calculations associated with ordinary timber design, these matters are often not dealt with properly. The main reason for this is that stress distributions in inhomogeneous glued laminated members (glulam) and in composite beams exposed to combined mechanical action and variable climate conditions are extremely difficult to predict by hand. Several experimental studies of Norway spruce have shown that the longitudinal modulus of elasticity and the longitudinal shrinkage coefficient vary considerably from pith to bark. The question is how much these variations affect the stress distribution in wooden structures exposed to variable moisture climate. The paper presents a finite element implementation of a beam element with the aim of studying how wooden composites behave during both mechanical and environmental load action. The beam element is exposed to both axial and lateral deformation. The material model employed concerns the elastic, shrinkage, mechano-sorption and visco-elastic behaviour of the wood material. It is used here to simulate the behaviour of several simply-supported and continuous composite beams subjected to both mechanical and environmental loading to illustrate the advantages this can provide. The results indicate clearly both the inhomogeneity of the material and the variable moisture action occurring to have had a significant effect on the stress distribution within the cross-section of the products that were studie

Arctic climate change: observed and modelled temperature and sea-ice variability

Changes apparent in the arctic climate system in recent years require evaluation in a century-scale perspective in order to assess the Arctic's response to increasing anthropogenic greenhouse-gas forcing. Here, a new set of century- and multidecadal-scale observational data of surface air temperature (SAT) and sea ice is used in combination with ECHAM4 and HadCM3 coupled atmosphere-ice-ocean global model simulations in order to better determine and understand arctic climate variability. We show that two pronounced twentieth-century warming events, both amplified in the Arctic, were linked to sea-ice variability. SAT observations and model simulations indicate that the nature of the arctic warming in the last two decades is distinct from the early twentieth-century warm period. It is suggested strongly that the earlier warming was natural internal climate-system variability, whereas the recent SAT changes are a response to anthropogenic forcing. The area of arctic sea ice is furthermore observed to have decreased similar to8 x 10(5) km(2) (7.4%) in the past quarter century, with record-low summer ice coverage in September 2002. A set of model predictions is used to quantify changes in the ice cover through the twenty-first century, with greater reductions expected in summer than winter. In summer, a predominantly sea-ice-free Arctic is predicted for the end of this century

Decrease of core 2 O-glycans on synovial lubricin in osteoarthritis reduces galectin-3 mediated crosslinking

The synovial fluid glycoprotein lubricin (also known as proteoglycan 4) is a mucin-type O-linked glycosylated biological lubricant implicated to be involved in osteoarthritis (OA) development. Lubricin\u27s ability to reduce friction is related to its glycosylation consisting of sialylated and unsialylated Tn-antigens and core 1 and core 2 structures. The glycans on lubricin have also been suggested to be involved in crosslinking and stabilization of the lubricating superficial layer of cartilage by mediating interaction between lubricin and galectin-3. However, with the spectrum of glycans being found on lubricin, the glycan candidates involved in this interaction were unknown. Here, we confirm that the core 2 O-linked glycans mediate this lubricin-galectin-3 interaction, shown by surface plasmon resonance data indicating that recombinant lubricin (rhPRG4) devoid of core 2 structures did not bind to recombinant galectin-3. Conversely, transfection of Chinese hamster ovary cells with the core 2 GlcNAc transferase acting on a mucin-type O-glycoprotein displayed increased galectin-3 binding. Both the level of galectin-3 and the galectin-3 interactions with synovial lubricin were found to be decreased in late-stage OA patients, coinciding with an increase in unsialylated core 1 O-glycans (T-antigens) and Tn-antigens. These data suggest a defect in crosslinking of surface-active molecules in OA and provide novel insights into OA molecular pathology

Water, Forests, People: The Swedish Experience in Building Resilient Landscapes

A growing world population and rapid expansion of cities increase the pressure on basic resources such as water, food and energy. To safeguard the provision of these resources, restoration and sustainable management of landscapes is pivotal, including sustainable forest and water management. Sustainable forest management includes forest conservation, restoration, forestry and agroforestry practices. Interlinkages between forests and water are fundamental to moderate water budgets, stabilize runoff, reduce erosion and improve biodiversity and water quality. Sweden has gained substantial experience in sustainable forest management in the past century. Through significant restoration efforts, a largely depleted Swedish forest has transformed into a well-managed production forest within a century, leading to sustainable economic growth through the provision of forest products. More recently, ecosystem services are also included in management decisions. Such a transformation depends on broad stakeholder dialog, combined with an enabling institutional and policy environment. Based on seminars and workshops with a wide range of key stakeholders managing Sweden’s forests and waters, this article draws lessons from the history of forest management in Sweden. These lessons are particularly relevant for countries in the Global South that currently experience similar challenges in forest and landscape management. The authors argue that an integrated landscape approach involving a broad array of sectors and stakeholders is needed to achieve sustainable forest and water management. Sustainable landscape management—integrating water, agriculture and forests—is imperative to achieving resilient socio-economic systems and landscapes