Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny

Sequence comparison and alignment has had an enormous impact on our understanding of evolution, biology, and disease. Comparison and alignment of biological networks will likely have a similar impact. Existing network alignments use information external to the networks, such as sequence, because no good algorithm for purely topological alignment has yet been devised. In this paper, we present a novel algorithm based solely on network topology, that can be used to align any two networks. We apply it to biological networks to produce by far the most complete topological alignments of biological networks to date. We demonstrate that both species phylogeny and detailed biological function of individual proteins can be extracted from our alignments. Topology-based alignments have the potential to provide a completely new, independent source of phylogenetic information. Our alignment of the protein-protein interaction networks of two very different species--yeast and human--indicate that even distant species share a surprising amount of network topology with each other, suggesting broad similarities in internal cellular wiring across all life on Earth.Comment: Algorithm explained in more details. Additional analysis adde

Oscillations in spectral behavior of total losses (1−R−T) in thin dielectric films

We explain reasons of oscillations frequently observed in total losses spectra (1−R−T) calculated on the basis of measurement spectral photometric data of thin film samples. The first reason of oscillations is related to difference in angles of incidence at which spectral transmittance and reflectance are measured. The second reason is an absorption in a thin film. The third reason is a slight thickness non-uniformity of the film. We observe a good agreement between theoretical models and corresponding measurements, which proves above statements on the origins of oscillations in total losses

The substantiation of the correlation between the biochemical parameters of oral liquid and blood serum in patients with chronic apical periodontitis and the probability of severe purulent inflammatory complications

Хронічний апікальний періодонтит є досить поширеним стоматологічним захворюванням, що характеризується наявністю деструктивних змін периапікальних структур внадслідок пенетрацї інфекції крізь ендодонтичний простір. Патологічному процесу притаманні чисельні клінічні прояви, зумовлені варіативністю параметрів індивідальної реактивності організму. Захворювання потребує комплексної діагностики для верифікації патологічного стану та пошуку оптимальних методів його лікування. Важливим є детермінація саме малоінвазивних та своєчасних методів діагностики. Дане дослідження ілюструє створення зручного у використанні программного забезпечення, що передбачає визначення ймовірності виникнення тяжких гнійно-запальних ускладнень хронічного апікального періодонтиту на підставі результатів, отриманих після проведення біохімічного аналізу ротової рідини та сироватки крові пацієнта. Відповідно до наведеної кореляційної залежності між біохімічними параметрами та інтенсивністю запального процесу виникає можливість оптимізувати діагностику хронічного апікального періодонтиту та обрати ефективний метод його лікування.Chronic apical periodontitis is a fairly common dental disease characterized by the presence of destructive changes in periapical structures as a result of penetration of infection through endodontic space. The pathological process is characterized by numerous clinical manifestations, due to the variability of the parameters of the individual reactivity of the organism. The disease requires comprehensive diagnostics for the verification of the pathological condition and the search for optimal methods for its treatment. Important is the determination of the most minimally invasive and timely diagnostic methods. This study illustrates the creation of easy-to-use software, which involves determining the possibility of severe suppurative-inflammatory complications of chronic apical periodontitis based on the results obtained after the biochemical analysis of the oral fluid and serum blood of the patient. In accordance with the given correlation between biochemical parameters and the intensity of the inflammatory process, it is possible to optimize the diagnosis of chronic apical periodontitis and choose an effective method of its treatment

Macronutrient contents in the leaves and fruits of red raspberry as affected by liming in an extremely acid soil

The study evaluates the effect of liming materials application in combination with NPK fertilizer and borax on macronutrient contents (nitrogen (N), phosphorus (P), potassium (K), calcium (Ca) and magnesium (Mg)), in an extremely acid soil and raspberry leaves and fruits during a two-year period. Liming increased soil pH, N mineral content, P, Ca and Mg soil content, while K content either increased (dolomite and borax application), or decreased (lime application). The N and P contents in raspberry leaves after liming increased significantly, but P content remained below the optimal values. Some treatments with lime caused a decrease in K content in leaves, while dolomite and borax application increased K content. Initially optimal Ca content in leaves increased significantly in the treatments with lime, but decreased after dolomite application. The Mg content in leaves increased after dolomite and borax application, but mainly remained below optimal values. Liming either did not alter or only slightly altered macronutrient contents in raspberry fruits

Thermal diffusivity of single crystal Bi0.9Sb0.1

A single crystal Bi0.9Sb0.1 ingot was synthesized using the Bridgman technique. Thermal diffusivity and electronic transport properties of single crystal cleaved plates (00l) were determined from PA photoacoustic phase and amplitude spectra obtained using the photoacoustic method with a transmission detection configuration. Both the PA phase and amplitude were measured versus the modulation frequency and numerically analyzed. EDS analyses done to determine chemical composition of the studied samples as well as to check sample homogeneity. Hall effect measurements data were used for the photoacustic measurements

Aerosol route as a feasible bottom-up chemical approach for up-converting phosphor particles processing

Proocedings of: Fourth Conference on the Characterization and Control of Interfaces for High Quality Advanced Materials. Kurashiki, Japan, 02-05 September 2012.The opportunities of the hot wall aerosol synthesis, i.e. conventional spray pyrolysis (CSP) method are demonstrated for the generation of highly spherical three-dimensional (3D) nanostructured phosphor particles with uniformly distributed components, phases and nano-clustered inner structure. With the presumption that certain particle morphology is formed during the evaporation/drying stage, the aerosol transport properties and powder generation are correlated with the particles structural and morphological features. With the help of various analyzing techniques like Field Emission Scanning Electron Microscopy (FE-SEM), Transmission Electron Microscopy (TEM) coupled with energy dispersive X-ray Analysis and STEM mode (TEM/EDS), X-ray Powder Diffraction (XRPD) and fluorescence measurements the feasible processing of up-conversion rare-earth Y2O3:Er, Yb phosphors powders are discussed.The financial support for this work is provided by the Ministry of Education, Science and Technological Development of the Republic of Serbia Project No. 172035 and JSPS fellowship, 2011/2012 (O.M.).Publicad

Сравнительный анализ програмного обеспечения, используемого для интерпретации результатов конусно-лучевого компьютерного исследования при хроническом апикальном периодонтите

У статті розглянуто оптимальні засоби діагностики деструктивних форма хронічного апікального періодонтиту на основі комплексної комп’ютерної томографії. Визначаються властивості найбільш поширених у практиці видів програмного забезпечення конусно-променевого КТ-дослідження та порівнюється їхня інформативність.Chronic apical periodontitis is one of the most common dental inflammatory conditions, which usually develops as a result of infectious penetration through the endodontic structure to the periapical space. Manifests as focal inflammation with further periapical bone destruction. The diagnosis of chronic apical periodontitis is based on clinical examination, radiographic findings and histological presentation. Correlation between these methods provides effective disease prognosis which enables to choose proper treatment in order to prevent severe complications.В статье рассматриваются оптимальные способы диагностики деструктивных форм хронического апикального периодонтита на основе комплексной компьютерной томографии. Определяются особенности наиболее распространенных в практике видов программного обеспечения конусно-лучевого КТ-исследования и сравнивается их информативность

Клинико-рентгенологические аспекты диагностики хронического апикального периодонтита

У статті порівнюється інформативність клінічних і рентгенологічних показників та об’єм осередку деструкції кісткової тканини при окремих формах хронічного апікального періодонтиту (гранулюючого, гранульоматозного, фіброзного), відповідно до чого визначається оптимальний метод променевої діагностики: контактної прицільної рентгенографії (візіографії), розгорнутої панорамної рентгенографії (ортопантомографії) та конусно-променевої комп’ютерної томографії.Chronic periapical inflammation is considered the most frequent pathology of periapical dental structures. Chronic apical periodontitis is a result of contagious infection penetration through endodontic space; and arises by immune reactivity. The pathologic process is determined as local inflammation with further tissue destruction. The diagnosis of chronic apical periodontitis is based on clinical examination, radiographic findings and histological presentation. Correlation between these methods provides the most accurate diagnosis in order to determine the most appropriate and effective treatment. The aim of this study was to compare the information based on clinical and radiographic parameters and the size of the bone tissue destruction in certain forms of chronic apical periodontitis (granulating, granulomatous, fibrous); To determine the optimal method of radiological diagnosis of certain forms of chronic apical periodontitis (granulating, granulomatous, fibrous).В статье сравнивается информативность клинических и рентгенологических показателей и объем очага деструкции костной ткани при отдельных формах хронического апикального периодонтита (гранулезного, гранулематозного, фиброзного), в соответствии с чем определяется оптимальный метод лучевой диагностики: контактной прицельной рентгенографии (визиографии), расширенной панорамной рентгенографии (ортопантомографии) и конусно-лучевой компьютерной томографии