Similarities and differences in interaction of K(+) and Na(+) with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study

Four 20 ns molecular dynamics simulations have been performed with two counterions, K(+) or Na(+), at two water contents, 15 or 20 H(2)O per nucleotide. A hexagonal simulation cell comprised of three identical DNA decamers [d(5′-ATGCAGTCAG) × d(5′-TGACTGCATC)] with periodic boundary condition along the DNA helix was used. The simulation setup mimics the DNA state in oriented DNA fibers or in crystals of DNA oligomers. Variation of counterion nature and water content do not alter averaged DNA structure. K(+) and Na(+) binding to DNA are different. K(+) binds to the electronegative sites of DNA bases in the major and the minor grooves, while Na(+) interacts preferentially with the phosphate groups. Increase of water causes a shift of both K(+) and Na(+) from the first hydration shell of O1P/O2P and of the DNA bases in the minor groove with lesser influence for the cation binding to the bases in the major groove. Mobility of both water and cations in the K–DNA systems is faster than in the Na–DNA systems: Na(+) organizes and immobilizes water structure around itself and near DNA while for K(+) water is less organized and more dynamic

Incitamentsprogram och individbeskattning vid förmånsförvärv av värdepapper - En analys av neutralitetsbristen i regelsystemet

En kompetent arbetskraft leder ofta till goda resultat inom företaget. Vilket rimligen ska belönas. Det är av vikt att dom som arbetar inom företaget upprätthåller en god kvalitet på sina arbetsinsatser samtidigt som det är viktigt för arbetsgivaren att behålla den arbetskraft som innehar sådan kunskap och erfarenhet att den kan påverka resultaten till det bättre. Det är därför vanligt förekommande med incitamentsprogram av olika slag. Incitamentsprogrammen började införlivas i svenska bolag under 1960-talet. Det är ett sorts belöningssystem där deltagarna erbjuds förvärva tillgångar till förmånliga villkor. Genom att erbjuda attraktiva program kan bolagen i vidare utsträckning försäkra sig om att behålla kompetent personal under en längre tid. Samtidigt som dom blir konkurrenskraftiga på marknaden vad gäller att förvärva ny kompetens till bolaget. Genom att erbjuda olika incitament kan bolagen styra så att arbetskraften arbetar för samma mål som man inom företaget önskar nå. Beroende på målet har det visat sig att olika långa avtalstider är olika lämpade. Det står däremot klart att ett bra program har möjlighet att leda till att bolagets mål uppnås samtidigt som det är attraktivt för den som deltar. Erhållande av en lägre skattesats är av intresse för både individen och bolaget, varpå ett attraktivt program möjliggör för en gynnsammare beskattning. Genom att tillämpa värdepapper för förvärv i programmen har det visat sig möjligt att omvandla delar av inkomsten från tjänst till kapital. Vilket visar på att det inte råder neutralitet mellan dom olika juridiska instrument som används i programmen. Vilket troligen återspeglas i programmens utformning. Undersökningen har emellertid inte kunnat bevisa att programmen utformas utifrån skatteutfallen. Det har dock konstaterats att det finns flera aspekter som tyder på att bolagen utnyttjar det faktum att beskattningen mellan dom lika instrumenten inte är neutral. Bland annat har det uppmärksammats att dom mest gynnsamma programmen ur ett skatterättsligt perspektiv är det som avser förvärv av värdepapper, en struktur som dessutom visat sig vara den vanligast förekommande bland dom bolag som erbjuder incitamentsprogram på Stockholmsbörsen

Metal Ion-Induced Lateral Aggregation of Filamentous Viruses fd and M13

We report a detailed comparison between calculations of inter-filament interactions based on Monte-Carlo simulations and experimental features of lateral aggregation of bacteriophages fd and M13 induced by a number of divalent metal ions. The general findings are consistent with the polyelectrolyte nature of the virus filaments and confirm that the solution electrostatics account for most of the experimental features observed. One particularly interesting discovery is resolubilization for bundles of either fd or M13 viruses when the concentration of the bundle-inducing metal ion Mg2+ or Ca2+ is increased to large (\u3e100 mM) values. In the range of Mg2+ or Ca2+ concentrations where large bundles of the virus filaments are formed, the optimal attractive interaction energy between the virus filaments is estimated to be on the order of 0.01 kT per net charge on the virus surface when a recent analytical prediction to the experimentally defined conditions of resolubilization is applied. We also observed qualitatively distinct behavior between the alkali-earth metal ions and the divalent transition metal ions in their action on the charged viruses. The understanding of metal ions-induced reversible aggregation based on solution electrostatics may lead to potential applications in molecular biology and medicine

Hydrophobic interactions control the self-assembly of DNA and cellulose

Desoxyribosenucleic acid, DNA, and cellulose molecules self-assemble in aqueous systems. This aggregation is the basis of the important functions of these biological macromolecules. Both DNA and cellulose have significant polar and nonpolar parts and there is a delicate balance between hydrophilic and hydrophobic interactions. The hydrophilic interactions related to net charges have been thoroughly studied and are well understood. On the other hand, the detailed roles of hydrogen bonding and hydrophobic interactions have remained controversial. It is found that the contributions of hydrophobic interactions in driving important processes, like the double-helix formation of DNA and the aqueous dissolution of cellulose, are dominating whereas the net contribution from hydrogen bonding is small. In reviewing the roles of different interactions for DNA and cellulose it is useful to compare with the self-assembly features of surfactants, the simplest case of amphiphilic molecules. Pertinent information on the amphiphilic character of cellulose and DNA can be obtained from the association with surfactants, as well as on modifying the hydrophobic interactions by additives.PTDC/ASP-SIL/30619/2017, UIDB/05183/2020, UIDB00102/2020, CEECIND/01014/2018, 2015-04290, 942-2015-251, MOE2019-T3-1-012info:eu-repo/semantics/publishedVersio