Relative affinity constants by electrospray ionization and Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry: calmodulin binding to peptide analogs of myosin light chain kinase

Synthetic RS20 peptide and a set of its point-mutated peptide analogs have been used to analyze the interactions between calmodulin (CaM) and the CaM-binding sequence of smooth-muscle myosin light chain kinase both in the presence and the absence of Ca2+. Particular peptides, which were expected to have different binding strengths, were chosen to address the effects of electrostatic and bulky mutations on the binding affinity of the RS20 sequence. Relative affinity constants for protein/ligand interactions have been determined using electrospray ionization and Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry. The results evidence the importance of electrostatic forces in interactions between CaM and targets, particularly in the presence of Ca2+, and the role of hydrophobic forces in contributing additional stability to the complexes both in the presence and the absence of Ca2+

Pitkät yhtäjaksoiset yksilöterapiat : Terapioiden merkitys kuntoutujan ja kuntoutuksen eri toimijoiden näkökulmista

Tässä tutkimuksessa selvitettiin kuntoutumisen merkityksiä pitkään yhtäjaksoisesti avomuotoista yksilöterapiaa saaneille kuntoutujille ja kuntoutuksen toteutumista kuntoutujan, palveluntuottajan ja hoitavan tahon näkökulmasta. Tutkimus on osa Kelan Pitkät yhtäjaksoiset yksilöterapiat -tutkimusta. Tutkimuksen kohderyhmä olivat vuoden 2015 Kelan kuntoutustietojen mukaan avomuotoista fysio-, musiikki-, puhe- ja toimintaterapiaa sekä neuropsykologista kuntoutusta yhtäjaksoisesti yli 5 vuotta saaneet kuntoutujat. Tutkimukseen osallistui 30 kuntoutujaa (8–64 vuotta), 30 terapeuttia ja 6 lääkäriä. Aineisto kerättiin teemahaastatteluilla, jotka nauhoitettiin ja litteroitiin. Haastattelujen lisäksi laadullisen sisällönanalyysin aineistona olivat kuntoutussuunnitelmat, -palautteet ja -päätökset. Kaikki haastatellut kokivat avokuntoutuksen hyödylliseksi, terapian jatkumiselle löytyi perusteita ja kaikki olivat edistyneet tai heidän toimintakykynsä oli pysynyt ennallaan viimeisimmänkin terapiavuoden aikana. Pitkään jatkuneen avokuntoutuksen merkitys haastatelluille kuntoutujille rakentuu laaja-alaisista hyödyistä kuntoutujan arkeen, osallistumiseen ja elämänlaatuun. Aineistossa toistuu hyvin toimivan kuntoutuksen moninainen hyöty myös yhteiskunnalle. Tämän tutkimuksen perusteella pitkiä yhtäjaksoisia yksilöterapioita tulisi kehittää hyödyntämällä toimintakyvyn arviointimenetelmiä, näyttöön perustuvaa toimintaa ja suosituksia sekä kuntoutuspalautteiden kirjaamista niin, että palautteissa tulisi selkeämmin esille niin kuntoutujan toimintakyvyn, tavoitteiden kuin terapian toteutuksenkin muutokset. Haastattelut tehtiin keväällä 2016, jolloin uusi laki Kelan vaativasta kuntoutuksesta oli juuri tullut voimaan. Tutkimusaineisto kuvaa vanhan lain ja Kelan standardien mukaan toteutettua pitkää vaikeavammaisten avokuntoutusta, eikä tuloksista voi tehdä johtopäätöksiä uuden vaativan lääkinnällisen kuntoutuksen lain mukaisesta tai määrittämästä kuntoutuksen toteutuksesta.peerReviewedVertaisarvioit

The Effect of Harvesting Strategy of Grass Silage on Milk Production

Timing of harvest in primary growth of grass is a major factor affecting D-value (digestible organic matter, g/kg DM) of silage and dry matter (DM) consumption and milk production of dairy cows (Rinne, 2000). The objective of this research was to investigate whether there is a similar pattern in regrowths of grass

The Effect of Harvesting Strategy of Grass Silage on Milk Production

Timing of harvest in primary growth of grass is a major factor affecting D-value (digestible organic matter, g/kg DM) of silage and dry matter (DM) consumption and milk production of dairy cows (Rinne, 2000). The objective of this research was to investigate whether there is a similar pattern in regrowths of grass

Digestibility Estimates Based on a Grass Growth Model Are Distributed via Internet to Finnish Farmers

Optimising the harvesting time of grass in primary growth is difficult under Finnish climatic conditions, because the digestibility of grass decreases on average by 0.5 percentage units daily. We constructed a model based on cumulative temperature and geographical location which estimates the digestibility of grass. This model is used to produce estimates utilising real time weather information. The estimates are presented as a map, which is revised daily. Farmers have free access to the maps via Internet

Prediction of Indigestible NDF Content of Grass and Legume Silages by NIRS

The future feed evaluation systems based on mechanistic digestion models require reliable estimates of forage digestible and indigestible NDF content (DNDF and INDF). The objective of this study was to examine the potential of near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) in predicting INDF content of grass and legume silages

Lasertutkalähettimen ja -vastaanottimen suunnittelu- ja toteutusvaiheet

Tiivistelmä. Työssä suunnitellaan ja toteutetaan piirilevyt kahteen eri lasertutkaan, joilla suoritettavat etäisyysmittaukset perustuvat optisten pulssien kulkuaikojen mittaamiseen. Molemmissa lasertutkissa käytettävä puolijohdelaser ja CMOS-tekniikalla valmistettu SPAD-TDC-ilmaisinpiiri ovat erityisesti kehitetyt pulssitettua etäisyysmittausta varten Oulun yliopiston ITEE-tiedekunnan CAS-tutkimusryhmässä. Työn ensimmäistä lasertutkaa kutsutaan viirututkaksi ja toista miniatyyritutkaksi. Käytettävä puolijohdelaser on kvanttikaivotyyppinen ja perustuu kaksoisheterorakenteeseen, jonka aaltojohde on vahvasti epäsymmetrinen. Suhteellisen paksu ja useita kvanttikaivoja sisältävä aktiivinen kerros on sijoitettu epäsymmetrisesti laserdiodin aaltojohteeseen. Aktiivista kerrosta ympäröivä aaltojohde sisältää lisäksi kyllästysvaimentimen, joka mahdollistaa passiivisen Q-kytkentätekniikan hyödyntämisen ja auttaa pitämään laserin emittoimat optiset pulssit yksittäisinä ilman jälkioskillaatioita. Työssä käytettyjen laserdiodien muodostamat impulssimaiset laserpulssit ovat merkittävästi lyhytkestoisempia kuin laserdiodien läpi johdetut virtapulssit, minkä vuoksi toteutusta kutsutaan tehostetuksi vahvistuskytkentätekniikaksi. Molempien lasertutkien vastaanottimissa käytettävä ilmaisinpiiri mahdollistaa jopa yksittäisten fotoneiden havaitsemisen. Ilmaisinpiiriin on sisäänrakennettu 9 x 9 kokoinen SPAD-matriisi sekä 10-kanavainen aika-digitaalimuunnin, joka suorittaa hyötyfotoneiden kulkuajan laskemisen mitattavaan kohteeseen. Fotoneiden aikavälimittausta varten ilmaisimesta valitaan haluttu 3 x 3 kokoinen alimatriisi, jonka sisältämät SPAD-diodit voidaan asettaa aktivoitumaan vasta halutun ajan kuluttua aloitusmerkkisignaaliin nähden. Jokaisen yhdeksän SPAD-diodin aktivointiviive voidaan asettaa erikseen tai halutut SPAD-diodit voidaan jättää kokonaan aktivoimatta. Lasertutkien lähettimille suoritettiin aikatasomittaukset, joissa selvitettiin lähettimien virta- ja laserpulssien huippuarvot sekä puoliarvoleveydet. Viirututkan tuottamat virtapulssit olivat puoliarvoleveydeltään keskimäärin noin 1,1 ns ja optiset pulssit vastaavasti noin 120 ps. Miniatyyritutkassa virtapulssien puoliarvoleveydet olivat pienimmillään noin 990 ps ja optisten pulssien vastaavasti noin 103 ps.Stages of designing and developing a laser radar transceiver. Abstract. In this thesis, printed circuit boards for two different laser radars are designed and implemented. Both laser radars are based on the principle of pulsed time-of-flight measurement. The semiconductor laser and the CMOS SPAD-TDC detector chip used in both laser radars have specifically been developed for pulsed laser time-of-flight rangefinding applications. The work has been carried out in the CAS research unit of the ITEE Faculty at University of Oulu. The first laser radar is referred to as a stripe radar and the second one as a miniature radar. The semiconductor laser is based on a double heterostructure and its active layer consist of multiple quantum wells. The waveguide structure of the laser diode is strongly asymmetric to provide a very small optical confinement factor. Combined with a relatively thick active layer, the laser is capable of generating high-power single-optical pulses. The optical resonator includes a saturable absorber that both enables passive Q-switching operation and helps to keep the optical pulses trail-free. The generation of sharp, impulse-like optical spikes with a laser diode, utilizing drive current pulse with much longer width, is called enhanced gain switching. The single-photon detection capability of both laser radar receivers is achieved with the use of a SPAD array that has been realized in CMOS technology. The detector chip includes an integrated 10-channel time-to-digital converter that measures the transit time of short laser pulses from the transmitter to the object. A sub-array of a size of 3 x 3 SPADs is freely chosen within a 9 x 9 SPAD array for time interval measurements. The SPADs can be set to be activated only after a desired period of time in relation to the arrival time of a start pulse from the transmitter. The activation delay for each SPAD can be set independently or the SPADs can be left completely unactived. The peak amplitudes and full width at half maximum values for the current and optical pulses were measured. The stripe radar generated current and optical pulses with a FWHM of about 1.1 ns and about 120 ps, respectively. The minimum FWHM values for the current and optical pulses generated by the miniature radar were about 990 ps and 103 ps, respectively

Disk and circumsolar radiances in the presence of ice clouds

The impact of ice clouds on solar disk and circumsolar radiances is investigated using a Monte Carlo radiative transfer model. The monochromatic direct and diffuse radiances are simulated at angles of 0 to 8° from the center of the sun. Input data for the model are derived from measurements conducted during the 2010 Small Particles in Cirrus (SPARTICUS) campaign together with state-of-the-art databases of optical properties of ice crystals and aerosols. For selected cases, the simulated radiances are compared with ground-based radiance measurements obtained by the Sun and Aureole Measurements (SAM) instrument. First, the sensitivity of the radiances to the ice cloud properties and aerosol optical thickness is addressed. The angular dependence of the disk and circumsolar radiances is found to be most sensitive to assumptions about ice crystal roughness (or, more generally, non-ideal features of ice crystals) and size distribution, with ice crystal habit playing a somewhat smaller role. Second, in comparisons with SAM data, the ice cloud optical thickness is adjusted for each case so that the simulated radiances agree closely (i.e., within 3 %) with the measured disk radiances. Circumsolar radiances at angles larger than ≈ 3° are systematically underestimated when assuming smooth ice crystals, whereas the agreement with the measurements is better when rough ice crystals are assumed. Our results suggest that it may well be possible to infer the particle roughness directly from ground-based SAM measurements. In addition, the results show the necessity of correcting the ground-based measurements of direct radiation for the presence of diffuse radiation in the instrument's field of view, in particular in the presence of ice clouds.Peer reviewe

Artturi Assists Finnish Advisers and Farmers to Succeed in Grass-Based Dairy Production

Artturi is a collective name for a wide range of services. It is a common tool for different bodies who share an interest in strengthening grass-based dairy production in Finland: research, advisory service and industries. The Service is named after A. I. (Artturi Ilmari) Virtanen, the Finnish scientist who was awarded the Nobel prize in 1945, partly based on his work in developing the ensiling process of grass. The Artturi web site is available in Internet at: http://www.agronet.fi/artturi. Access to Artturi Services is free and no registration is required. The language used is Finnish. During summer 2003, 15,000 visits were recorded at the web site

Vanillic acid and methoxyhydroquinone production from guaiacyl units and related aromatic compounds using Aspergillus niger cell factories

Background The aromatic compounds vanillin and vanillic acid are important fragrances used in the food, beverage, cosmetic and pharmaceutical industries. Currently, most aromatic compounds used in products are chemically synthesized, while only a small percentage is extracted from natural sources. The metabolism of vanillin and vanillic acid has been studied for decades in microorganisms and many studies have been conducted that showed that both can be produced from ferulic acid using bacteria. In contrast, the degradation of vanillin and vanillic acid by fungi is poorly studied and no genes involved in this metabolic pathway have been identified. In this study, we aimed to clarify this metabolic pathway in Aspergillus niger and identify the genes involved. Results Using whole-genome transcriptome data, four genes involved in vanillin and vanillic acid metabolism were identified. These include vanillin dehydrogenase (vdhA), vanillic acid hydroxylase (vhyA), and two genes encoding novel enzymes, which function as methoxyhydroquinone 1,2-dioxygenase (mhdA) and 4-oxo-monomethyl adipate esterase (omeA). Deletion of these genes in A. niger confirmed their role in aromatic metabolism and the enzymatic activities of these enzymes were verified. In addition, we demonstrated that mhdA and vhyA deletion mutants can be used as fungal cell factories for the accumulation of vanillic acid and methoxyhydroquinone from guaiacyl lignin units and related aromatic compounds. Conclusions This study provides new insights into the fungal aromatic metabolic pathways involved in the degradation of guaiacyl units and related aromatic compounds. The identification of the involved genes unlocks new potential for engineering aromatic compound-producing fungal cell factories.Peer reviewe