A proposal for the management and preservation of medicine images at the EPM/UNIFESP

Images are very much used in the health area, both for the professional practice as for education. As a result, there is a constant search of ways to store them, organize them and retrieve them. The present article describes an environment developed for this purpose, which allows professionals to share them with other members of the community. For that purpose, a digital format with web interface was chosen, in which the images were catalogued with a specific protocol, indexed based on the description text and classified with the Bireme DeCs controlled vocabulary. The consultation was created based on the Boolean model, using metadata and hierarchical research. The result of the search was ordered according to the relevance of each image. The final product of the work was named Medicine Image Virtual Library (BVIM), making available areas of public and restricted access, the latter used as management interface and means for the cooperators to feed the image assets.As imagens são muito utilizadas na área da saúde, tanto na prática profissional quanto na educação. Como conseqüência, há constante procura de formas para armazená-las, organizá-las e recuperá-las.O presente artigo descreve um ambiente desenvolvido com este intuito, e que permite aos profissionais compartilhá-las com outros membros da comunidade. Escolheu-se o formato digital, com interface web, no qual as imagens foram catalogadas com protocolo específico, indexadas a partir do texto descritivo e classificadas com o vocabulário controlado DeCs da Bireme. A consulta foi criada com base no modelo booleano, no uso de metadados e na pesquisa hierárquica. O resultado da busca foi ordenado pela relevância de cada imagem. O produto final do trabalho foi denominado Biblioteca Virtual de Imagens em Medicina (BVIM) dispondo de áreas de acesso público e restrito, esta última utilizada como interface de administração e meio de alimentação do acervo pelos colaboradores.Universidade de São PauloUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP) EPMSanta Casa de São Paulo Faculdade de Ciências MédicasUNIFESP, EPMSciEL

Uma proposta para gerenciamento e preservação de imagens em medicina na EPM/Unifesp

As imagens são muito utilizadas na área da saúde, tanto na prática profissional quanto na educação. Como conseqüência, há constante procura de formas para armazená-las, organizá-las e recuperá-las.O presente artigo descreve um ambiente desenvolvido com este intuito, e que permite aos profissionais compartilhá-las com outros membros da comunidade. Escolheu-se o formato digital, com interface web, no qual as imagens foram catalogadas com protocolo específico, indexadas a partir do texto descritivo e classificadas com o vocabulário controlado DeCs da Bireme. A consulta foi criada com base no modelo booleano, no uso de metadados e na pesquisa hierárquica. O resultado da busca foi ordenado pela relevância de cada imagem. O produto final do trabalho foi denominado Biblioteca Virtual de Imagens em Medicina (BVIM) dispondo de áreas de acesso público e restrito, esta última utilizada como interface de administração e meio de alimentação do acervo pelos colaboradores. Palavras-chave Imagens em medicina. Biblioteca virtual. Biblioteca digital. Bancos de imagens. Preservação da informação. A proposal for the management and preservation of medicine images at the EPM/Unifesp Abstract Images are very much used in the health area, both for the professional practice as for education. As a result, there is a constant search of ways to store them, organize them and retrieve them. The present article describes an environment developed for this purpose, which allows professionals to share them with other members of the community. For that purpose, a digital format with web interface was chosen, in which the images were catalogued with a specific protocol, indexed based on the description text and classified with the Bireme DeCs controlled vocabulary. The consultation was created based on the Boolean model, using metadata and hierarchical research. The result of the search was ordered according to the relevance of each image. The final product of the work was named Medicine Image Virtual Library (BVIM), making available areas of public and restricted access, the latter used as management interface and means for the cooperators to feed the image assets. Keywords Medical images. Virtual library. Digital library. Image banks. Preservation of information

Quais fatores podem explicar o paradoxo do baixo peso ao nascer?

OBJECTIVE: Low birth weight children are unusual among well-off families. However, in Brazil, low birth weight rate was higher in a more developed city than in a less developed one. The study objective was to find out the reasons to explain this paradox. METHODS: A study was carried out in two municipalities, Ribeirão Preto (Southeastern Brazil) and São Luís (Northeastern Brazil), which low birth weight rates were 10.7% and 7.6% respectively. Data from two birth cohorts were analyzed: 2,839 newborns in Ribeirão Preto in 1994 and 2,439 births in São Luís in 1997-1998. Multiple logistic regression analysis was performed, adjusted for confounders. RESULTS: Low birth weight risk factors in São Luís were primiparity, maternal smoking and maternal age less than 18 years. In Ribeirão Preto, the associated variables were family income between one and three minimum wages, maternal age less than 18 and equal to or more than 35 years, maternal smoking and cesarean section. In a combined model including both cohorts, Ribeirão Preto presented a 45% higher risk of low birth weight than São Luís. When adjusted for maternal smoking habit, the excess risk for low birth weight in Ribeirão Preto compared to São Luís was reduced by 49%, but the confidence interval was marginally significant. Differences in cesarean section rates between both cities contributed to partially explain the paradox. CONCLUSIONS: Maternal smoking was the most important risk factor for explaining the difference in low birth weight between both cities. The other factors contributed little to explain the difference in low birth weight rates.OBJETIVO: O baixo peso ao nascer é incomum em recém-nascidos de maior nível socioeconômico. Contudo, no Brasil, a taxa de baixo peso ao nascer foi maior em cidade mais desenvolvida do que em município menos desenvolvido. O objetivo do estudo foi buscar razões para explicar este paradoxo. MÉTODOS: O estudo foi realizado em Ribeirão Preto (SP) e em São Luís (MA), cujas taxas de baixo peso ao nascer eram 10,7% e 7,6%, respectivamente. Foram analisados dados de duas coortes de nascimentos: 2.839 recém-nascidos em Ribeirão Preto em 1994 e 2.439 em São Luís em 1997/98. Foi realizada análise de regressão logística múltipla, ajustada para efeito de confusão. RESULTADOS: Os fatores de risco associados em São Luís foram primiparidade, idade materna menor que 18 anos e tabagismo materno. Em Ribeirão Preto, os fatores de risco foram: renda familiar entre um e três salários-mínimos, idade materna menor que 18 e igual ou maior que 35 anos, tabagismo materno e parto cesáreo. Em modelo conjunto incluindo ambas as coortes, Ribeirão Preto apresentou risco 45% maior para em relação a São Luís. Quando ajustado para tabagismo materno, o excesso de risco em Ribeirão Preto, reduziu-se em 49%, mas o intervalo de confiança esteve marginalmente significante. Diferenças nas taxas de cesárea entre as duas cidades contribuíram para explicar uma porção adicional desse paradoxo. CONCLUSÕES: O tabagismo materno foi o fator de risco mais importante capaz de explicar a diferença no baixo peso ao nascer entre as duas cidades. Os outros fatores pouco contribuíram para explicar a diferença nas taxas de baixo peso ao nascer

Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family

Endosymbiont-bearing trypanosomatids have been considered excellent models for the study of cell evolution because the host protozoan co-evolves with an intracellular bacterium in a mutualistic relationship. Such protozoa inhabit a single invertebrate host during their entire life cycle and exhibit special characteristics that group them in a particular phylogenetic cluster of the Trypanosomatidae family, thus classified as monoxenics. in an effort to better understand such symbiotic association, we used DNA pyrosequencing and a reference-guided assembly to generate reads that predicted 16,960 and 12,162 open reading frames (ORFs) in two symbiont-bearing trypanosomatids, Angomonas deanei (previously named as Crithidia deanei) and Strigomonas culicis (first known as Blastocrithidia culicis), respectively. Identification of each ORF was based primarily on TriTrypDB using tblastn, and each ORF was confirmed by employing getorf from EMBOSS and Newbler 2.6 when necessary. the monoxenic organisms revealed conserved housekeeping functions when compared to other trypanosomatids, especially compared with Leishmania major. However, major differences were found in ORFs corresponding to the cytoskeleton, the kinetoplast, and the paraflagellar structure. the monoxenic organisms also contain a large number of genes for cytosolic calpain-like and surface gp63 metalloproteases and a reduced number of compartmentalized cysteine proteases in comparison to other TriTryp organisms, reflecting adaptations to the presence of the symbiont. the assembled bacterial endosymbiont sequences exhibit a high A+T content with a total of 787 and 769 ORFs for the Angomonas deanei and Strigomonas culicis endosymbionts, respectively, and indicate that these organisms hold a common ancestor related to the Alcaligenaceae family. Importantly, both symbionts contain enzymes that complement essential host cell biosynthetic pathways, such as those for amino acid, lipid and purine/pyrimidine metabolism. These findings increase our understanding of the intricate symbiotic relationship between the bacterium and the trypanosomatid host and provide clues to better understand eukaryotic cell evolution.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)ERC AdG SISYPHEUniv Fed Rio de Janeiro, Inst Biofis Carlos Chagas Filho, Lab Ultraestrutura Celular Hertha Meyer, BR-21941 Rio de Janeiro, BrazilUniv Fed Rio de Janeiro, Inst Biofis Carlos Chagas Filho, Lab Metab Macromol Firmino Torres de Castro, BR-21941 Rio de Janeiro, BrazilLab Bioinformat, Lab Nacl Computacao Cient, Rio de Janeiro, BrazilINRIA Grenoble Rhone Alpes, BAMBOO Team, Villeurbanne, FranceUniv Lyon 1, CNRS, UMR5558, Lab Biometrie & Biol Evolut, F-69622 Villeurbanne, FranceUniv Estadual Campinas, Inst Biol, Dept Genet Evolucao & Bioagentes, São Paulo, BrazilUniv São Paulo, Fac Ciencias Farmaceut Ribeirao Preto, Dept Ciencias Farmaceut, São Paulo, BrazilLab Nacl Ciencia & Tecnol Bioetano, São Paulo, BrazilUniv Fed Minas Gerais, Inst Ciencias Biol, Dept Bioquim & Imunol, Belo Horizonte, MG, BrazilUniv Fed Goias, Inst Ciencias Biol, Mol Biol Lab, Goiania, Go, BrazilFundacao Oswaldo Cruz, Inst Carlos Chagas, Lab Biol Mol Tripanossomatideos, Curitiba, Parana, BrazilFundacao Oswaldo Cruz, Inst Carlos Chagas, Lab Genom Func, Curitiba, Parana, BrazilUniv Estadual Campinas, Ctr Pluridisciplinar Pesquisas Quim Biol & Agr, São Paulo, BrazilUniv Fed Minas Gerais, Inst Ciencias Biol, Dept Parasitol, Belo Horizonte, MG, BrazilUniv Fed Santa Catarina, Dept Microbiol Imunol & Parasitol, Ctr Ciencias Biol, Lab Protozool & Bioinformat, Florianopolis, SC, BrazilUniv Fed Vicosa, Dept Bioquim & Biol Mol, Ctr Ciencias Biol & Saude, Vicosa, MG, BrazilInst Butantan, Lab Especial Ciclo Celular, São Paulo, BrazilUniv São Paulo, Dept Biol, Fac Filosofia Ciencias & Letras Ribeirao Preto, São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Escola Paulista Med, Dept Microbiol Imunol & Parasitol, São Paulo, BrazilUniversidade Federal de São Paulo, Escola Paulista Med, Dept Microbiol Imunol & Parasitol, São Paulo, BrazilWeb of Scienc

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear un derstanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5–7 vast areas of the tropics remain understudied.8–11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world’s most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepre sented in biodiversity databases.13–15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may elim inate pieces of the Amazon’s biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological com munities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple or ganism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region’s vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most ne glected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lostinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Estimulação cerebral profunda na Doença de Parkinson: evidências de estudos de longa duração

A Doença de Parkinson (DP) é uma condição neurodegenerativa crônica que afeta principalmente idosos, mas pode ocorrer em adultos jovens. É a segunda doença neurodegenerativa mais comum, após o Alzheimer. A DP afeta 1% dos indivíduos acima de 60 anos em países industrializados. Sua causa envolve fatores genéticos e ambientais, como exposição a pesticidas e envelhecimento. A Estimulação Cerebral Profunda (DBS) é um tratamento que simula lesões cerebrais, melhorando sintomas motores e não motores. O presente estudo tem como objetivo analisar evidências de estudos sobre a eficácia da DBS no tratamento da DP. Trata-se de uma revisão sistemática de estudos quantitativos que utiliza as bases de dados PubMed (Medline), Cochrane Library e Scientific Electronic Library Online (SciELO) para selecionar artigos científicos. Os estudos incluídos abrangem o período de 2013 a 2023 e estão em inglês, abordando a DBS no tratamento da DP. A DBS melhora diversos sintomas motores e não motores, resultando em uma melhor qualidade de vida para os pacientes. Tais benefícios são sustentados mesmo em estágios avançados da Doença de Parkinson, a qual consiste em fornecer pulsos de corrente elétrica a áreas cerebrais profundas através de eletrodos implantados cirurgicamente, geralmente quando a terapia medicamentosa já não é eficaz. Em um estudo com 82 pacientes, a terapia com DBS resultou em uma redução de ± 52% nos sintomas motores do UPDRS sob medicação antes da cirurgia. A melhora nos sintomas motores com a estimulação, em comparação com a ausência de estimulação e medicação, foi de ± 61% no primeiro ano e ± 39% de 8 a 15 anos após a cirurgia (antes da reprogramação). A medicação foi reduzida em ± 55% após 1 ano e ± 44% após 8 a 15 anos, com a maioria dos pacientes mostrando melhorias após a reprogramação. De acordo com as literaturas analisadas, a DBS é uma terapia eficaz para a DP. Enfatiza-se a importância da inovação contínua e dos novos estudos para explorar as facetas não investigadas desse campo. Com a abordagem dos aspectos clínicos, cirúrgicos, tecnológicos e científicos, destacam-se os benefícios, limitações e desafios a serem superados. Ademais, inovações tecnológicas na DBS, como a estimulação direcional, adaptativa e a telemedicina estão sendo exploradas. Em suma, este artigo fornece evidências sobre os benefícios da DBS na DP, ressaltando a necessidade de pesquisas adicionais para otimizar tal intervenção terapêutica e melhorar a qualidade de vida dos pacientes

Aspectos anatomopatológicos das neoplasias malignas renais: Anatomopathological aspects of malignant renal neoplasms

As neoplasias renais correspondem ao crescimento exacerbado de células tumorais no interior dos rins, classificadas como benignas ou malignas. Neste estudo será abordado sobre as neoplasias malignas renais, a qual correspondem a maior prevalência e são representadas pelo carcinoma de células renais e o tumor de Wilms, com a finalidade de descrever a respeito dos aspectos anatomopatológicos, disseminando informações para o diagnóstico e manejo precoce. O carcinoma de células renais é mais prevalente no sexo masculino, indivíduos mais velhos, geralmente assintomático, contribuindo para o diagnóstico tardio junto a existência de metástases e terapêutica irresponsiva. Não se trata de uma doença genética, sendo o caráter esporádico o predominante, neste contexto os fatores de risco, sobretudo o tabagismo em seguida de obesidade hemodiálise e doenças genéticas são potenciais desencadeantes da enfermidade. Os exames complementares associado a clínica, junto ao acompanhamento eleva a possibilidade de identificação antes de avanços metastáticos. O tumor de Wilms é típico de crianças, acometendo um ou ambos os rins, normalmente com alguma anomalia genética, sendo os sinais inespecíficos, mas sempre manifestando massa palpável e dor abdominal, a qual os métodos de imagem confirmam o diagnóstico e estimam o prognóstico deste. Neste contexto, elucida-se a transcendência que os aspectos anatomopatológicos das neoplasias malignas renais oferecem para a diagnose precoce, devido a escassez e inespecificidafe das manifestações clínicas. Logo, a junção do perfil de cada neoplasia abordado conduz ao manejo adequado e reduz a incidência de tratamentos agressivos e irresponsivos