Healthcare-associated infections – on developing effective control systems under a renewed healthcare management debate

Purpose The development of control systems to sustain the level of healthcare-associated infections (HAIs) is an emerging issue for healthcare management. This is partly due to the perception that HAI became a serious negative impact factor on the performance of healthcare organizations and on related public health dimensions. Throughout the decade of 1990 a significant number of international programmes were developed to understand and to promote effective HAIs prevention and control systems: Patient Safety and the quality improvement of healthcare organizations became common concepts in healthcare management. However, regardless of advances in infection control systems, the rates of incidence of HAIs remained relatively unchanged in the last decades. The purpose of this study is to point out barriers that recent international literature has identified as factors hindering the successful development of control systems to prevent HAIs. The international debate on possible alternatives to strengthen this common healthcare management issue, benefits form one such update. Methods A literature review was conducted in a 3-month period by two investigators. The BioMed Central, Pubmed, Emerald, and B-on databases were searched for articles published between January 2006 and September 2011. A standard form was created for data extraction. Findings A total of 49 articles met inclusion criteria. Within the analysed articles, 26 were developed in Europe, 15 were developed in North America; 6 were developed in Asia, and 2 in Australia. Thirty (30) different barriers to effective HAIs control systems were identified. The barriers were clustered by dimensions and sub-dimensions. The largest number of barriers clustered, are associated with structures and processes and also barriers associated with healthcare management processes.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Exploring the real costs of healthcare-associated infections: an international review

Healthcare-associated infections acquired a high degree of dissemination, being considered a serious public health problem and assumed as one of the most common adverse events associated with healthcare. They have a significant impact on health systems by increasing hospital expenses, and compromising the healthcare quality and effectiveness. Surgical site infections (SSI) are considered one of the most serious complications that can occur after an orthopaedic surgery. The aim of this study is to contribute to the development of a framework to analyse the costs of infections related to hip and knee arthroplasties. A literature review was conducted on databases, and articles published between January 2005 and April 2016 were searched. A total of 14 articles met the inclusion criteria. Costs were grouped in hospitalization and treatment dimensions. For hospitalization, the indicators were the length of stay (LOS) and/or monetary costs; For treatment, the indicators were number of surgeries and LOS, or monetary costs. We observed that LOS is the most commonly used to estimate SSI direct costs. Patients who developed hip or knee arthroplasty infections remained in hospital 2.5–3 times longer and incurred hospital costs almost three times higher, when compared with an uninfected patient.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Genome annotation, comparative genomics and evolution of the model grass genus Brachypodium (Poaceae)

INTRODUCCIÓNEn esta Tesis Doctoral se han llevado a cabo estudios evolutivos, biogeográficos, genómicos, transcriptómicos y de expresión génica en los taxones que integran el género Brachypodium (Poaceae) con el objetivo de descifrar los eventos de especiación que han dado lugar a las especies de dicho género. La tesis está constituida por cuatro capítulos con sus respectivos cuatro apéndices. DESARROLLO TEÓRICOCapítulo 1. Reconstrucción de los orígenes y la biogeografía de los genomas de las especies del género modelo de gramíneas Brachypodium, altamente reticulado y rico en especies alopoliploides, mediante métodos de evolución mínima, coalescencia y máxima verosimilitud (Reconstructing the origins and the biogeography of species’ genomes in the highly reticulate allopolyploid-rich model grass genus Brachypodium using minimum evolution, coalescence and maximum likelihood approaches).Se ha reconstruido la filogenia y la historia biogeográfica de las especies reconocidas de Brachypodium mediante el análisis evolutivo del gen nuclear copia simple GIGANTEA (GI), y de otros genes tanto nucleares (ITS, ETS) como plastídicos (ndhF, trnL-F). Para ello se han desarrollado análisis de redes haplotípicas, de mapeo de los alelos poliploides en el árbol de especies diploides por evolución mínima y de construcción del árbol de especies (de genomas y subgenomas), así como la reconstrucción biogeográfica y el cálculo de los tiempos de divergencia de los subgenomas homeólogos por métodos máximo verosímiles y bayesianos, respectivamente, y la estimación por coalescencia de los posibles tiempos en los que se produjeron los eventos de hibridación que dieron lugar a las especies alopoliploides.Nuestros resultados apoyan la naturaleza alopoliploide de las especies poliploides del género, así como un escenario espacio-temporal de diversas divergencias y fusiones de los genomas en las diferentes áreas ancestrales, mostrando un claro predominio de la dispersión de los genomas diploides frente a los alopoliploides. También han sido inferidos los tiempos de divergencia de todas los linajes estudiados, desde el más ancestral, B. stacei (6,8 Ma) hasta los más recientes del “core perennial” (0,7-0,3 Ma).Capítulo 2. Mapeos sinténicos contra genomas de referencia y estudios filogenómicos basados en análisis multigénicos revelan los ancestros de los subgenomas homeologos de especies alopoliploides del género Brachypodium. (Reference-genome syntenic mapping and multigene-based phylogenomics reveal the ancestry of homeologous subgenomes in grass Brachypodium allopolyploids).Se llevaron a cabo mapeos sinténicos de datos transcriptómicos y de genotipado genómico (GBS) contra los genomas de referencia de Brachypodium desarrollando nuestros propios algoritmos y herramientas bioinformáticas. Con esos datos se ha reconstruido la filogenia y se han datado los orígenes de los genomas y subgenomas presentes en especies diploides y alopoliploides de Brachypodium empleando métodos bayesianos y de máxima verosimilitud. Adicionalmente, se ha obtenido y analizado el pan-transcriptoma de las especies estudiadas, identificando genes potencialmente exclusivos de determinados grupos de especies.Los análisis filogenéticos basados en datos transcriptómicos junto con la obtención de tamaños genómicos nos ha permitido elucidar complejos escenarios de hibridación para los subgenomas homeologos de las seis especies alopoliploides de Brachypodium estudiadas, mostrando distintos eventos de hibridación que implican únicamente a genomas ancestrales, a genomas ancestrales y recientes, y únicamente a genomas recientes. Nuestros resultados apoyan el origen ancestral de B. mexicanum, el intermedio de B. boissieri y B. retusum, y la rápida radiación de las especies del “core perennial”.Los capítulos 1 y 2 suponen un completo análisis del género Brachypodium, en especial de las especies alopoliploides, cuyos resultados apoyan y datan los eventos evolutivos que han dado lugar a la compleja y reticulada historia evolutiva que presenta dicho género así como los posibles linajes progenitores de las especies alopoliploides. Capítulo 3. Genómica comparada del plastoma y filogenómica de Brachypodium: improntas de los tiempos de floración, introgresión y recombinación en los ecotipos recientemente evolucionados. (Comparative plastome genomics and phylogenomics of Brachypodium: flowering time signatures, introgression and recombination in recently diverged ecotypes).Se han ensamblado, anotado y analizado los genomas organulares (plastomas) de un amplio número de ecotipos de las especies anuales de Brachypodium, y se ha reconstruido su filogenia, comparándola con la de sus genomas nucleares. Se ha dilucidado la diversificación de los ecotipos y su relación con factores de tiempos de floración y geográficos. El estudio comparativo de los 57 genomas cloroplásticos ensamblados y anotados, 53 B. distachyon, 3 B. hybridum y 1 B. stacei, ha revelado reordenamientos genómicos, como la inserción de 1161 pb y la deleción de una de las copias del gen rps19, característicos de las especies B. stacei y B. hybridum (plastoma tipo stacei), respecto de las líneas de B. distachyon. Se han estimado sus orígenes mediante datación anidada dentro del marco evolutivo de las gramíneas y, para las líneas de B. distachyon, se ha comparado la filogenia plastómica con la nuclear, detectándose una divergencia clara de dos linajes intra-específicos, relacionada con sus tiempos de floración, y una subestructuración más reciente relacionada con su geografía, así como la evidencia de capturas cloroplásticas e introgresión entre clados distantes. Estos datos apoyan que la tendencia a la microespeciación se ve frenada por procesos de introgresión recurrente.Capítulo 4. Características de las redes de co-expresión y los genes diferencialmente expresados explican los patrones de respuesta a sequía en la gramínea modelo Brachypodium distachyon. (Co-expression network features and differentially expressed genes explain drought-response patterns in the model grass Brachypodium distachyon).Se han identificado y analizado genes funcionales implicados en la respuesta ambiental a estrés hídrico mediante el análisis de redes de co-expresión génica y de genes diferencialmente expresados en diversos ecotipos de la planta modelo Brachypodium distachyon.Se han analizado tanto la topología de dichas redes como los genes e isoformas más interconectadas, detectando 38 módulos en la red de co-expresión bajo condiciones de sequía, con 628 genes altamente interconectados (820 transcritos), y 30 módulos en la red de co-expresión en condiciones de riego con 839 genes altamente interconectados (1072 transcritos). Además se han identificado los procesos biológicos en los que están implicados los genes co-expresados, encontrando cinco módulos exclusivos de la red bajo condiciones de sequía de los cuales tres están directamente relacionados con procesos de respuesta a estrés hídrico. Estos resultados han sido correlacionados con datos pan-genómicos observando que la mayoría de los genes co-expresados son genes “core”, conservados en todos la líneas estudiadas, o “soft-core”, conservados en más del 90% de las líneas estudiadas.CONCLUSIONES1-Los análisis evolutivos y biogeográficos de los 20 taxones reconocidos del género Brachypodium empleando cinco genes (tres nucleares y dos plastídicos) indican que aproximadamente la mitad de las especies son diploides y la otra mitad alopoliploides. El análisis de evolución mínima de “injerto” de alelos alopoliploides en las ramas del árbol diploide recobra los linajes homeólogos (subgenomas) de los alopoliploides. Las sucesivas divergencias de los linajes de las diploides anuales (B. stacei, B. distachyon) tuvieron lugar durante el Mioceno tardío-Plioceno en la cuenca Mediterránea, mientras que las de los linajes de las diploides perennes (B. arbuscula, B. genuense, B. sylvaticum, B. glaucovirens, B. pinnatum-2x y B. rupestre-2x) ocurrieron durante el Cuaternario en las regiones Mediterránea y Euroasiática, con colonizaciones esporádicas de otros continentes. Las respectivas divergencias de los linajes homeólogos de los alopoliploides tuvieron lugar en distintos tiempos evolutivos. Nuestro escenario biogeográfico apoya la existencia de dispersiones a larga distancia únicamente en los linajes diploides, mientras que todos los eventos de hibridación y duplicación genómica ocurrieron dentro de las áreas ancestrales progenitoras más recientes, sin posteriores expansiones de área.2- Los análisis filogenómicos mediante datos de RNA-seq y GBS han identificado a B. mexicanum como la especie alopoliploide más antigua mostrando subgenomas de tipo ancestral (A) y materno de tipo stacei (B) (Mioceno medio-tardío). Los alopoliploides de elevado nivel de ploidía, B. boissieri y B. retusum, muestran tres y cuatro subgenomas respectivamente. Ambas especies presentan subgenomas A y B así como el subgenoma intermedio tipo distachyon (C) (Mioceno-Plioceno) (heredado maternalmente en B. boissieri). B. retusum también presenta un subgenoma materno tipo core perennial recientemente evolucionado (D) (Cuaternario). Los alotetraploides del clado core perennial B. rupestre y B. phoenicoides muestran únicamente subgenomas recientemente evolucionados tipo C y D (Cuaternario), siendo los diploides perennes B. pinnatum y B. sylvaticum sus respectivos progenitores maternos. El reciente alopoliploide B. hybridum se formó repetidamente y mediante cruzamientos bidireccionales durante el Cuaternario y es el único alopoliploide del que se conocen ambos progenitores diploides actuales, B. distachyon y B. stacei.3- Los análisis pan-transcriptómicos de 5202 conjuntos de tránscritos del género Brachypodium muestran genes expresados exclusivamente en los grupos de especies perennes (30), anuales (49), poliploides (14), alopoliploides más antiguos (143), especies ancestrales (14) y especies recientemente evolucionadas (52). Los tránscritos exclusivos de los alopoliploides antiguos podrían estar asociados con su genoma ancestral tipo A. Los tránscritos anotados como subunidad ARN polimerasa, encontrados únicamente en todas las especies anuales de Brachypodium, podrían indicar la existencia de diferencias en los niveles de expresión de las ARN polimerasas entre las especies anuales y perennes, o la pérdida de copias ancestrales en las especies perennes más recientemente evolucionadas.4- Los análisis pan-genómicos de los plastomas de 53 ecotipos de B. distachyon, 3 de B. hybridum y 1 de B. stacei han detectado una inserción (1161 pb) y una deleción en una de las copias del gen rps19 que diferencian a los plastomas de B. stacei y B. hybridum con respecto a los de B. distachyon, sin que se haya observado variación en el contenido génico entre los plastomas de B. distachyon.5- El árbol filogenómico de los plastomas de B. distachyon muestra la divergencia de dos linajes principales, correspondientes a los clados Extremely Delayed Flowering (EDF+) y Spanish (S+) – Turkish (T+), sugiriendo que el tiempo de floración es un factor decisivo en la divergencia intra-específica de B. distachyon. La comparación topológica entre las filogenias nucleares y plastídicas de esta especie revela nueve eventos de captura cloroplástica y dos de introgresión y micro-recombinación entre esos clados, apoyando la existencia de flujo génico entre linajes previamente aislados. Los intercambios de plastomas entre los tres grupos, EDF+, T+, S+, probablemente hayan sido el resultado de retro-cruzamientos aleatorios seguidos de estabilización por presión selectiva.6- Los análisis mediante redes ponderadas de co-expresión génica llevados a cabo en 33 ecotipos de B. distachyon bajo condiciones de sequía y riego identificaron cinco módulos exclusivos de la red de sequía, incluyendo 465 isoformas y 11 genes altamente interconectados (hubs). El análisis seleccionó genes candidatos y factores de transcripción (bHLH, ABF1, MADS box) potencialmente implicados en la regulación de la respuesta a sequía, tales como la síntesis de prolina y las respuestas a carencias de agua o fosfato, así como a estímulos por temperatura. Los análisis de expresión diferencial de genes en los ecotipos han detectado 4941 tránscritos, de los cuales dos terceras partes están sobre-expresados en las plantas en condiciones de sequía con respecto a las sometidas a condiciones de riego. Los análisis pan-transcriptómicos muestran que la mayoría de los genes expresados en ambas condiciones son genes del core, presentes en todos los ecotipos estudiados, mientras que una fracción de los genes hub corresponden a genes soft-core y shell, encontrados únicamente en algunos ecotipos. <br /

Luminescent Thermochromism of 2D Coordination Polymers Based on Copper(I) Halides with 4-Hydroxythiophenol

This is the peer-reviewed version of the following article: Troyano, J., Perles, J., Amo‐Ochoa, P., Martínez, J. I., Concepción Gimeno, M., Fernández‐Moreira, V., ... & Delgado, S. (2016). Luminescent Thermochromism of 2D Coordination Polymers Based on Copper (I) Halides with 4‐Hydroxythiophenol. Chemistry–A European Journal, 22(50), 18027-18035., which has been published in final form at https://doi.org/10.1002/chem.201603675. This article may be used for non-commercial purposes in accordance with Wiley-VCH Terms and Conditions for Self-ArchivingSolvothermal reactions between copper(I) halides and 4-mercaptophenol give rise to the formation of three coordination polymers with general formula [Cu3X(HT)2]n(X=Cl, 1; Br, 2; and I, 3). The structures of these coordination polymers have been determined by X-ray diffraction at both room- and low temperature (110 K), showing a general shortening in Cu−S, Cu−X and Cu−Cu bond lengths at low temperatures. 1 and 2 are isostructural, consisting of layers in which the halogen ligands act as μ3-bridges joining two Cu1 and one Cu2 atoms whereas in 3 the iodine ligands is as μ4-mode but the layers are quasi-isostructural with 1 or 2. These compounds show a reversible thermochromic luminescence, with strong orange emission for 1 and 2, but weaker for 3 at room temperature, whereas upon cooling at 77 K 1 and 2 show stronger yellow emission, and 3 displays stronger green emission. DFT calculations have been used to rationalize these observations. These results suggest a high potential for this novel and promising stimuli-responsive materialsThis work was supported by MICINN (MAT2013-46753-C2-1-P). JIM acknowledges funding from the ERC-Synergy Program (Grant ERC-2013-SYG-610256 NANOCOSMOS) and computing resources from CTI-CSIC

Data concerning the psychometric properties of the behavioral inhibition/ behavioral activation scales for the Portuguese population

The behavioral inhibition/behavioral activation (BIS/BAS) scales (Carver & White, 1994), which allow rating the Gray’s motivational systems, were translated and adapted into Portuguese. In this study, the authors present the procedure and the psychometric analyses of the Portuguese version of the scales, which included basic item and scales psychometric characteristics, as well as confirmatory and exploratory factor analyses. After the psychometric analyses provided evidence for the quality of the Portuguese version of the scales, the normative data was provided by age and school grade. The confirmatory factor analysis of the BIS/BAS scales that the authors performed did not demonstrate satisfactory fit for the 2- or 4-factor solution. The authors also tested the more recent 5-factor model, but the fit indices remained inadequate. As fit indices were not satisfactory they proceeded with an exploratory factor analysis to examine the structure of the Portuguese scales. These psychometric analyses provided evidence of a successful translation of the original scales. Therefore these scales can now be used in future research with Portuguese or Brazilian population

La auditoría financiera y su incidencia en la razonabilidad de la información contable.

La información que generan las empresas es de mucha importancia para todos aquellos que la integran, constituyéndose en una herramienta trascendental dentro del campo financiero, administrativo y operativo. El presente artículo de alto nivel tuvo como objetivo determinar la incidencia de la auditoría financiera en la razonabilidad de la información contable presentada en los balances y demás estados financieros; por consiguiente, basados en las Normas de Auditoría Generalmente Aceptadas, Normas Internacionales de Auditoría, Modelos de Control Interno y la revisión documental de diversos autores reconocidos en el área.The information generated by companies is of great importance for all those who make it up, becoming a transcendental tool within the financial, administrative and operational field. The objective of this high-level article is to determine the incidence of financial auditing on the reasonableness of the accounting information presented in the balance sheets and other financial statements; Therefore, based on the Generally Accepted Auditing Standards, International Auditing Standards, Internal Control Models and the documentary review of various recognized authors in the area

Patterns of pan-genome occupancy and gene coexpression under water-deficit in Brachypodium distachyon

Natural populations are characterized by abundant genetic diversity driven by a range of different types of mutation. The tractability of sequencing complete genomes has allowed new insights into the variable composition of genomes, summarized as a species pan-genome. These analyses demonstrate that many genes are absent from the first reference genomes, whose analysis dominated the initial years of the genomic era. Our field now turns towards understanding the functional consequence of these highly variable genomes. Here, we analysed weighted gene coexpression networks from leaf transcriptome data for drought response in the purple false brome Brachypodium distachyon and the differential expression of genes putatively involved in adaptation to this stressor. We specifically asked whether genes with variable “occupancy” in the pan-genome – genes which are either present in all studied genotypes or missing in some genotypes – show different distributions among coexpression modules. Coexpression analysis united genes expressed in drought-stressed plants into nine modules covering 72 hub genes (87 hub isoforms), and genes expressed under controlled water conditions into 13 modules, covering 190 hub genes (251 hub isoforms). We find that low occupancy pan-genes are under-represented among several modules, while other modules are over-enriched for low-occupancy pan-genes. We also provide new insight into the regulation of drought response in B. distachyon, specifically identifying one module with an apparent role in primary metabolism that is strongly responsive to drought. Our work shows the power of integrating pan-genomic analysis with transcriptomic data using factorial experiments to understand the functional genomics of environmental respons

Espumas rígidas de tipo composite basadas en biopolímeros combinados con arcillas fibrosas y su método de preparación

Espumas rígidas de tipo composite basadas en biopolímeros combinados con arcillas fibrosas y su método de preparación. La presente invención se refiere a espumas rígidas de tipo composite que comprenden una matriz biopolimérica y partículas de silicatos pertenecientes a la familia de las arcillas fibrosas (sepiolita y palygorskita). La invención también se refiere al procedimiento de preparación de estos materiales, en el que la etapa de secado mediante liofilización o secado supercrítico es fundamental para obtener materiales de alta porosidad, así como a su uso en aplicaciones diversas tales como aislamiento acústico y térmico, material de embalaje, soporte de sólidos con propiedades eléctricas, magnéticas y ópticas, así como de fármacos y especies biológicas.Peer reviewedConsejo Superior de Investigaciones Científicas (España

Developing a comparative marine socio-economic framework for the European Atlantic Area

Availability and easy access to a wide range of natural and human-activity data on the oceans and coastal regions of Europe is the basis for strategic decision-making on coastal and marine policy. Strategies within Europe’s Integrated Maritime Policy, including the Maritime Strategy for the Atlantic Area, Blue Growth, Maritime Spatial Planning and Marine Data and Knowledge, require coherent and comparable socio-economic data across European countries. Similarly, the Marine Strategy Framework Directive requires member states to carry out economic and social analysis of their waters and the reformed Common Fisheries Policy includes a social dimension requiring socio-economic data. However, the availability of consistent, accessible marine socio-economic data for the European Atlantic Arc regions is limited. Ocean economy studies have been undertaken in some countries (for example, Ireland, France, and UK) but timescales and methodologies are not necessarily comparable. Marnet is an EU transnational co-operation project involving eight partners from five member states of the Atlantic Area (Ireland, Spain, UK, France and Portugal). Marnet has developed a methodology to collate comparable marine socio-economic data across the Atlantic regions. The comparative marine socio-economic information system developed by Marnet could provide a template for other European States to follow that could potentially facilitate the construction of a Europe-wide marine economic information system as envisaged under the EU Integrated Maritime Policy

Natural variation in FLOWERING LOCUS T, HvFT1

1 .pdf copy (A3) of the original poster presented by the Authors.The barley ortholog of FLOWERING LOCUS T, HvFT1, also called VrnH3, is the main integrator of the photoperiod and vernalization signals leading to the transition from the vegetative to the reproductive stage. Results gathered by us and other groups for the last years have repeatedly identified variation in this gene related with flowering time QTL in mapping populations and also in genome wide association studies. Differences in the promoter, SNPs in the first intron and also copy number variation have all being associated with phenotypic and expression differences, resulting in earlier or later heading. The first reports found that mutations in the HvFT1 first intron differentiated plants with dominant and recessive alleles, with large phenotypic effect on time to flowering. The catalog of polymorphisms at this gene with potential phenotypic effect has been enlarged with copy number variation and sequence variation at the promoter. There is variation in the number of copies of the HvFT1 gene, apparently related to growth habit. A large set of winter genotypes, with a functional VrnH2 allele, has one copy of VrnH3, whereas variable number (1-5), was found in also a large set of spring or facultative barleys (without VrnH2). The dominant VrnH3 allele, which overrides the vernalization requirement of winter VrnH1 and VrnH2 alleles, is found only in Nordic barleys and carries a particular structure of the gene, with one promoter and variable number of transcribed regions. Using two indels from the promoter region and allele-specific markers for two SNPs in the first intron, we were able to classify four VrnH3 haplotypes, which showed differences in heading time among Spanish landraces. We will present results from several mapping populations and association analyses to contribute to describe the different polymorphisms that should be taken into consideration when analyzing this gene and its phenotypic effects.Peer reviewe