Cell fate conversion by mRNA

Recent development of a synthetic mRNA-based technology for efficient reprogramming to pluripotency and cell fate conversion without any modification to the genome has generated great interest among researchers and clinicians alike. It is hoped that this technology could contribute to unmet needs on several fronts of regenerative medicine, including mechanistic study of reprogramming, generation of safe induced pluripotent stem cells suitable for clinical applications, and derivation of desired cell types for cell-replacement therapy. We will discuss the technological advancements made by this synthetic mRNA methodology, its implications, as well as the challenges that lie ahead in the field of regenerative medicine

Microbial community changes induced by Managed Aquifer Recharge activities: linking hydrogeological and biological processes

Managed Aquifer Recharge (MAR) is a technique used worldwide to increase the availability of water resources. We study how MAR modifies microbial ecosystems and its implications for enhancing biodegradation processes to eventually improve groundwater quality. We compare soil and groundwater samples taken from a MAR facility located in NE Spain during recharge (with the facility operating continuously for several months) and after 4 months of no recharge. The study demonstrates a strong correlation between soil and water microbial prints with respect to sampling location along the mapped infiltration path. In particular, managed recharge practices disrupt groundwater ecosystems by modifying diversity indices and the composition of microbial communities, indicating that infiltration favors the growth of certain populations. Analysis of the genetic profiles showed the presence of nine different bacterial phyla in the facility, revealing high biological diversity at the highest taxonomic range. In fact, the microbial population patterns under recharge conditions agree with the intermediate disturbance hypothesis (IDH). Moreover, DNA sequence analysis of excised denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) band patterns revealed the existence of indicator species linked to MAR, most notably Dehalogenimonas sp., Nitrospira sp. and Vogesella sp.. Our real facility multidisciplinary study (hydrological, geochemical and microbial), involving soil and groundwater samples, indicates that MAR is a naturally based, passive and efficient technique with broad implications for the biodegradation of pollutants dissolved in water.Peer ReviewedPostprint (published version

Situación actual del personal técnico-deportivo en las empresas del sector en la Comunidad Valenciana

Actualmente, el tema de los recursos humanos está produciendo un fuerte impacto en España y sólo hay que acercarse a la bibliografía empresarial para comprobar que el estudio del sector de la actividad física y el deporte representa un campo de interés científico y social que requiere ser investigado. Mediante una metodología cuantitativa de corte descriptivo y mediante el empleo de la entrevista estandarizada como instrumento de recogida de información se reproducen aquellas características más relevantes observadas en la Comunidad Valenciana. Los resultados explican que las personas que trabajan en funciones físico-deportivas en empresas del sector son mayoritariamente hombres jóvenes que desarrollan una amplia variedad de las mismas, con situaciones laborales en las que no existe contratación y manifestando una elevada temporalidad. Asimismo, el estudio revela que más de la mitad de las personas desempeñan su trabajo con una duración laboral que no supera los cuatro años, existiendo personas sin titulación oficial de actividad física y deporte, y siendo el aspecto más importante para encontrar trabajo los contactos personales

Estudio descriptivo: Centro de Vacunación Internacional de Zaragoza

El presente trabajo tiene como objetivo principal analizar la actividad del Centro de Vacunación Internacional (CVI) de Zaragoza a lo largo de los años que lleva en funcionamiento. Para ello, fraccionaremos este objetivo general en varios objetivos específicos. El trabajo consiste en un estudio descriptivo retrospectivo del total de registros informatizados de viajeros internacionales que han acudido al CVI de Zaragoza entre los años 1999 y 2012, ambos incluidos

Improving deep learning performance with missing values via deletion and compensation

Proceedings of: International Work conference on the Interplay between Natural and Artificial Computation (IWINAC 2015)Missing values in a dataset is one of the most common difficulties in real applications. Many different techniques based on machine learning have been proposed in the literature to face this problem. In this work, the great representation capability of the stacked denoising auto-encoders is used to obtain a new method of imputating missing values based on two ideas: deletion and compensation. This method improves imputation performance by artificially deleting values in the input features and using them as targets in the training process. Nevertheless, although the deletion of samples is demonstrated to be really efficient, it may cause an imbalance between the distributions of the training and the test sets. In order to solve this issue, a compensation mechanism is proposed based on a slight modification of the error function to be optimized. Experiments over several datasets show that the deletion and compensation not only involve improvements in imputation but also in classification in comparison with other classical techniques.The work of A. R. Figueiras-Vidal has been partly supported by Grant Macro-ADOBE (TEC 2015-67719-P, MINECO/FEDER&FSE). The work of J.L. Sancho-Gómez has been partly supported by Grant AES 2017 (PI17/00771, MINECO/FEDER)

Multiple implications of an active site phenylalanine in the catalysis of aryl-alcohol oxidase

Aryl-alcohol oxidase (AAO) has demonstrated to be an enzyme with a bright future ahead due to its biotechnological potential in deracemisation of chiral compounds, production of bioplastic precursors and other reactions of interest. Expanding our understanding on the AAO reaction mechanisms, through the investigation of its structure-function relationships, is crucial for its exploitation as an industrial biocatalyst. In this regard, previous computational studies suggested an active role for AAO Phe397 at the active-site entrance. This residue is located in a loop that partially covers the access to the cofactor forming a bottleneck together with two other aromatic residues. Kinetic and affinity spectroscopic studies, complemented with computational simulations using the recently developed adaptive-PELE technology, reveal that the Phe397 residue is important for product release and to help the substrates attain a catalytically relevant position within the active-site cavity. Moreover, removal of aromaticity at the 397 position impairs the oxygen-reduction activity of the enzyme. Experimental and computational findings agree very well in the timing of product release from AAO, and the simulations help to understand the experimental results. This highlights the potential of adaptive-PELE to provide answers to the questions raised by the empirical results in the study of enzyme mechanisms.This work was supported by the EnzOx2 project (H2020-BBI-PPP-2015-720297) of the European Joint Undertaking of Bio-based Industries (http://bbi-europe.eu), the INDOX project (KBBE-2013-7-613549) of the European Seventh Framework Programme, and the NOESIS (BIO2014-56388-R), vMutate (CTQ2016-79138-R) and FLADIMOTEC (BIO2016-75183-P) projects of the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness. J.C. acknowledges a FPU fellowship (FPU2012-2041) from the Spanish Ministry of Education, Culture and Sports.Peer ReviewedPostprint (published version

Fermented milk containing Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CNCM I-1518 reduces bacterial translocation in rats treated with carbon tetrachloride

Citocines; Malalties del fetgeCitocinas, Enfermedades del hígadoCytokines; Liver diseasesProbiotics can prevent pathological bacterial translocation by modulating intestinal microbiota and improving the gut barrier. The aim was to evaluate the effect of a fermented milk containing Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CNCM I-1518 on bacterial translocation in rats with carbon tetrachloride (CCl4)-induced cirrhosis. Sprague-Dawley rats treated with CCl4 were randomized into a probiotic group that received fermented milk containing Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CNCM I-1518 in drinking water or a water group that received water only. Laparotomy was performed one week after ascites development. We evaluated bacterial translocation, intestinal microbiota, the intestinal barrier and cytokines in mesenteric lymph nodes and serum. Bacterial translocation decreased and gut dysbiosis improved in the probiotic group compared to the water group. The ileal β-defensin-1 concentration was higher and ileal malondialdehyde levels were lower in the probiotic group than in water group. There were no differences between groups in serum cytokines but TNF-α levels in mesenteric lymph nodes were lower in the probiotic group than in the water group. Fermented milk containing Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CNCM I-1518 decreases bacterial translocation, gut dysbiosis and ileal oxidative damage and increases ileal β-defensin-1 expression in rats treated with CCl4, suggesting an improvement in the intestinal barrier integrity.This study was partially funded by Danone Research (Palaiseau, Cedex, France), and grants PI08/0262 and PI14/00680 from the Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain, and cofinanced by Fondos FEDER (Fondo Europeo de Desarrollo Regional), “Una manera de hacer Europa”, European Union, and CERCA Programme, Generalitat de Catalunya. The investigational product was provided by Danone Research. Silvia Vidal was supported by Fondo de Investigaciones Sanitarias (FIS) and is a participant in the Program for Stabilization of Investigators of the Direcció d’Estrategia i Coordinació del Departament de Salut, Generalitat de Catalunya. Pau Sancho-Bru is funded by Instituto de Salud Carlos III, Miguel Servet (CP11/00071)

Novel sampling strategy for alive animal volatolome extraction combined with GC-MS based untargeted metabolomics: Identifying mouse pup pheromones

In this study, we identify 11 mouse pup volatiles putatively involved in maternal care induction in adult females. For this purpose, we have adapted the dynamic headspace methodology to extract the volatolome of whole alive animals. Untargeted metabolomic methodology was used to compare the volatolome of neonatal (4–6 days) with elder pups until the age of weaning (21–23 days old). Pup volatolome was analyzed by gas chromatography (GC) coupled to single quadrupole mass spectrometry (MS) using automated thermal desorption for sample introduction. After data processing and multivariate statistical analysis, comparison with NIST spectral library allowed identifying compounds secreted preferentially by neonatal pups: di(propylen glycol) methyl ether, 4-nonenal, di(ethylene glycol) monobutyl ether, 2-phenoxyethanol, isomethyl ionone, tridecanal, 1,3-diethylbenzene, 1,2,4,5-tetramethylbenzene, 2-ethyl-p-xylene and tri(propylene glycol) methyl ether. Palmitic acid was enriched in the volatolome of fourth week youngsters compared to neonatal pups. The results demonstrated the great potential of the new sampling procedure combined with GC-MS based untargeted volatolomics to identify volatile pheromones in mammals.Funding for open access charge: CRUE-Universitat Jaume

Epidemiología, etiología y características clínicas y microbiológicas de la bacteriemia en el adulto en el hospital Royo Villanova de Zaragoza

La bacteriemia es la presencia de microorganismos en el torrente sanguíneo. La epidemiología, etiología y características clínicas y microbiológicas de la bacteriemia ha sufrido un profundo cambio en los últimos años. La incidencia y su mortalidad global han aumentado, influidas por diversos factores (comorbilidad, etiología, lugar de adquisición, precocidad y adecuación en el tratamiento antimicrobiano empírico). Su expresividad clínica al inicio en sepsis, sepsis grave y shock séptico es importante de cara a la premura en la actitud terapéutica y al pronóstico. La situación funcional de los pacientes puede ser un factor determinante en la actitud médica y la evolución. La limitación del esfuerzo terapeútico (LET) se plantea en la práctica clínica diaria con cierta frecuencia. El hecho de conocer las características de los pacientes en los que se realiza, su incidencia e influencia en la evolución y mortalidad tiene interés. El conocimiento de las características de las bacteriemias en el medio donde se trabaja es fundamental, tanto para implementar medidas de actuación que mejoren la atención al enfermo con bacteriemia, como para mejorar la indicación del tratamiento antimicrobiano con la finalidad, además de contribuir a una disminución de la mortalidad, de minimizar la aparición y diseminación de resistencias y reducir los costes (tanto personales como económicos). En nuestro hospital, y desde el año 2007 existe un grupo de sepsis y bacteriemia, con realización de actividades formativas periódicas, generación de trípticos y documentos de consulta para médicos y enfermería, con seguimiento de los pacientes con bacteriemia de forma prospectiva. Este trabajo es un estudio epidemiológico observacional descriptivo de los pacientes con bacteriemia verdadera evaluados con recomendaciones terapéuticas y de manejo durante el año 2011. Se registraron 264 bacteriemias en 258 pacientes y se excluyeron del análisis 19 episodios por ser trasladados a otros hospitales. La incidencia fue de 25 episodios/1.000 ingresos y la prevalencia de 159/100.000 habitantes/años. Se han realizado varios análisis: estudio descriptivo de la cohorte general y por grupos de edad y de los episodios de bacteriemia según: i) lugar de adquisición, ii) foco clínico, iii) expresividad clínica, iv) estudio del tratamiento antimicrobiano empírico (precocidad y adecuación) y grado de aceptación de las recomendaciones por la unidad de bacterimiemia. Además se realizó un análisis multivariante de las formas graves de sepsis y del riesgo de mortalidad. Se analizan también las características de los pacientes con bacteriemia dados de alta desde urgencias y de aquellos en los que se realiza LET. Por último se analizan los microorganismos aislados y sus resistencias antimicrobianas, de forma global y según el lugar de adquisición. Principales conclusiones: Cada vez hay una población más envejecida y su situación funcional influye tanto en la expresividad clínica, como en la actuación médica (LET), además de en el pronóstico y su mortalidad. Las bacteriemias comunitarias (BC) fueron las más frecuentes en nuestro centro, predominado el foco urológico y el abdominal; los gérmenes aislados presentaron escasas resistencias. En las bacteriemias asociadas a cuidados sanitarios (BACS) los pacientes son de mayor edad y peor situación funcional, predominando el foco urológico y por tanto los gramnegativos, aunque con mayores resistencias que en las BC. Las bacteriemias urológicas son las más frecuentes y Escherichia coli es el principal agente etiológico. En las bacteriemias abdominales se precisó en más de una cuarta parte de actuación sobre el foco. La bacteriemia asociada a catéter (BAC) se asoció con un tratamiento más tardío y no adecuado a guías. La precocidad en la administración del tratamiento antimicrobiano y su adecuación son elevadas en nuestro hospital. La mortalidad en el análisis multivariante se asoció a variables no modificables: edad >= 80 años, índice de Charlson >= 4, índice de Barthel =< 20, formas graves (sepsis grave o shock séptico) y el foco respiratorio. El germen más frecuente fue Escherichia coli, que presentó alta resistencia a ciprofloxacino (40,8%), siendo productor de BLEEs un 7,8% y resistencia a amoxicilina-clavulánico un 9,7%. Staphylococcus aureus fue resistente a meticilina en un 31,8%, con un único caso comunitario, y predominando el foco respiratorio y el urológico