Puntos óptimos y puntos de silla en los juegos bipersonales de suma cero con varios objetivos

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Whole exome sequencing of Urothelial Bladder Cancer: identification of ARID1A and STAG2 as new, important, players

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 28-11-2014Despite the high incidence and economic cost of UBC, the molecular landscape of this tumor type remains relatively understudied. In this dissertation I describe the identification of novel genes involved in the development of UBC, using whole exome sequencing and a combination of targeted resequencing strategies. Our findings confirm previous studies pinpointing the chromatin remodeling pathway as frequently altered in UBC, including mutations in ARID1A, KDM6A, CREBBP, EP300, MLL, and MLL3. Moreover, we identified mutations in previously unreported genes belonging to this pathway (MLL2, ASXL2, and BPTF). Additionally, for the first time we found frequent mutations in DNA repair genes (ATM, ERCC2, and FANCA), as well as in subunits of the cohesin complex (STAG1, STAG2, SMC1A, and SMC1β). We did not identify significant differences in number or type of mutations according to tumor aggressiveness, patient age or smoking status. We analyzed mutations and loss of ARID1A expression to place them in the context of current bladder cancer molecular knowledge, finding they preferentially associated with the aggressive pathway of genetic progression. Regarding cohesin, we assessed the expression of its components in a cohort of 91 UBCs, finding low-frequency losses of SMC1, SMC3, RAD21, and PDS5B, as well as much more frequent losses of STAG2 expression. Intriguingly, we found that meiotic cohesin components SMC1β, REC8, and STAG3 are also expressed in UBC. We then focused on STAG2: mutations, predominantly truncating, were distributed all along the gene with a pattern characteristic of tumors suppressors, and were more frequent in non-aggressive UBCs. We also found evidence of genomic losses as a cause of STAG2 inactivation in a small subset of tumors. Loss of STAG2 was more common in non-aggressive tumors and associated with low proliferative index, mutations in FGFR3, and normal p53 expression. Importantly, STAG2 negative tumors frequently retained STAG1 expression, suggesting the competence of the cohesin complex. Contrary to what has been reported in other tumor types, STAG2 loss was not associated with aneuploidy in UBC tumors. Moreover, downregulating STAG2 in vitro did not cause significant changes in chromosome number or centromeric cohesion defects. As expected for a tumor suppressor, STAG2 overexpression impaired colony formation in vitro. Surprisingly, the same effect was seen upon STAG2 knockdown. RNA-sequencing of STAG2 knockdown cells did not reveal consistent transcriptional changes. Lastly, we found that loss of STAG2 associated with improved outcome in both NMIUBC and in MIUBC. However, it was an independent predictor of outcome only in the latter. Altogether, this work supports an important role of chromatin remodeling and cohesin components in UBC and contributes to refine the genetic events involved in UBC development/progression. Further studies are needed to unveil the mechanisms through which ARID1A and STAG2 alterations contribute to UBC and to determine whether they can improve the molecular taxonomy of this tumor and can be used in patient management.Pese a la alta incidencia y coste económico del cáncer de vejiga (CV), el panorama molecular de este tipo de tumor permanece relativamente poco estudiado. En este trabajo describo la identificación de nuevos genes involucrados en el desarrollo de CV usando secuenciación de exomas y una combinación de estrategias de resecuenciación dirigida. Nuestros hallazgos confirman estudios previos que apuntaban a que las vías de remodelación de la cromatina sufre alteraciones frecuentes en CV, incluyendo mutaciones en ARID1A, KDM6A, CREBBP, EP300, MLL, y MLL3 (Gui 2011). Además, hemos identificado alteraciones en genes no descritos que pertenecen a esta vía (MLL2, ASXL2, y BPTF). Por primera vez, hemos encontrado alteraciones frecuentes en genes involucrados en la reparación del ADN (ATM, ERCC2, y FANCA), así como en subunidades del complejo cohesina (STAG1, STAG2, SMC1A, y SMC1β). No hemos identificado diferencias significativas en el número o tipo de alteraciones de acuerdo a la agresividad del tumor o a la edad o exposición al tabaco del paciente. Hemos analizado más a fondo las mutaciones y pérdida de expresión de STAG2 para colocarlas en el contexto de las vías moleculares del CV conocidas, encontrando que se asocian preferentemente con la vía más agresiva de progresión genética. Para caracterizar en detalle el papel del complejo cohesina en CV, valoramos la expresión de los componentes del complejo en una población de 91 CV, hallando pérdidas poco frecuentes de SMC1, SMC3, RAD21, y PDS5B, así como pérdidas mucho más frecuentes de la expresión de STAG2. Curiosamente, hemos observado que SMC1β, REC8 y STAG3, componentes de la cohesina meiótica, también se expresan en CV. Hemos analizado las alteraciones y pérdida de expresión de STAG2 en una población más numerosa de CV, hallando tanto mutaciones como pérdidas genómicas que son responsables de la pérdida de expresión de STAG2 en CV. La mayoría de las mutaciones en STAG2 son truncantes, se distribuyen a lo largo de la secuencia de la proteína en un patrón característico de los supresores tumorales y son más frecuentes en los CV no agresivos. La pérdida de STAG2 es más común en los tumores no agresivos y se asocia a mutaciones en FGFR3, expresión normal de p53 y un índice proliferativo bajo. Los tumores que no expresan STAG2 suelen retener la expresión de STAG1, lo que sugiere que en este contexto el complejo cohesina permanece activo. La pérdida de STAG2 no se correlaciona con la diferenciación de las células uroteliales. Al contrario de lo que se ha reseñado en otros tipos de tumores, la pérdida de STAG2 no causa aenuploidía o defectos en la cohesión centromérica en líneas celulares o tumores de CV. Como se esperaría de un supresor tumoral, la sobreexpresión de STAG2 impide la formación de colonias in vitro. Sorprendentemente, al silenciar la expresión de STAG2 se observa el mismo efecto. Sin embargo, la secuenciación de RNA de células en las que se había silenciadoSTAG2 no reveló cambios transcripcionales consistentes. Por último, hemos descrito que la pérdida de STAG2 también se asocia con un mejor resultado en el CV invasivo. En conjunto, este trabajo apoya la importancia del papel de los remodeladores de cromatina y de los componentes de la cohesina en CV y contribuye a refinar los eventos genéticos involucrados en el desarrollo/progresión del CV. Hay que realizar más estudios para determinar si las alteraciones en ARID1A y STAG2 contribuyen a la taxonomía molecular del CV y para mejorar el manejo de los paciente

Mechanisms of P/CAF auto-acetylation

8 pages, 7 figures.-- PMID: 12888487 [PubMed].-- PMCID: PMC169960.P/CAF is a histone acetyltransferase enzyme which was originally identified as a CBP/p300-binding protein. In this manuscript we report that human P/CAF is acetylated in vivo. We find that P/CAF is acetylated by itself and by p300 but not by CBP. P/CAF acetylation can be an intra- or intermolecular event. The intermolecular acetylation requires the N-terminal domain of P/CAF. The intramolecular acetylation targets five lysines (416–442) at the P/CAF C-terminus, which are in the nuclear localisation signal (NLS). Finally, we show that acetylation of P/CAF leads to an increment of its histone acetyltransferase (HAT) activity. These findings identify a new post-translation modification on P/CAF which may regulate its function.This study was funded by an EU grant to H.S.R., a Cancer Research UK grant to T.K. and by grants (PB-98-0468) and (SAF 2002-00741) from the Spanish Ministerio de Ciencia y Tecnología to M.M.B.Peer reviewe

Role of histone modifications in marking and activating genes through mitosis

The global inhibition of transcription at the mitotic phase of the cell cycle occurs together with the general displacement of transcription factors from the mitotic chromatin. Nevertheless, the DNase- and potassium permanganate-hypersensitive sites are maintained on potentially active promoters during mitosis, helping to mark active genes at this stage of the cell cycle. Our study focuses on the role of histone acetylation and H3 (Lys-4) methylation in the maintenance of the competency of these active genes during mitosis. To this end we have analyzed histone modifications across the promoters and coding regions of constitutively active, inducible, and inactive genes in mitotic arrested cells. Our results show that basal histone modifications are maintained during mitosis at promoters and coding regions of the active and inducible RNA polymerase II-transcribed genes. In addition we have demonstrated that, together with H3 acetylation and H3 (Lys-4) methylation, H4 (Lys-12) acetylation at the coding regions contributes to the formation of a stable mark on active genes at this stage of the cell cycle. Finally, analysis of cyclin B1 gene activation during mitosis revealed that the former occurs with a strong increase of H3 (Lys-4) trimethylation but not H3 or H4 acetylation, suggesting that histone methyltransferases are active during this stage. These data demonstrate a critical role of histone acetylation and H3 (Lys-4) methylation during mitosis in marking and activating genes during the mitotic stage of the cell cycle. © 2005 by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc.This work was supported by Ministerio de Educación y Ciencia Grants SAF2002-00741 and PAMNBMB (to M. M.-B.)Peer Reviewe

The functional modulation of epigenetic regulators by alternative splicing

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Epigenetic regulators (histone acetyltransferases, methyltransferases, chromatin-remodelling enzymes, etc) play a fundamental role in the control of gene expression by modifying the local state of chromatin. However, due to their recent discovery, little is yet known about their own regulation. This paper addresses this point, focusing on alternative splicing regulation, a mechanism already known to play an important role in other protein families, e.g. transcription factors, membrane receptors, etc.</p> <p>Results</p> <p>To this end, we compiled the data available on the presence/absence of alternative splicing for a set of 160 different epigenetic regulators, taking advantage of the relatively large amount of unexplored data on alternative splicing available in public databases. We found that 49 % (70 % in human) of these genes express more than one transcript. We then studied their alternative splicing patterns, focusing on those changes affecting the enzyme's domain composition. In general, we found that these sequence changes correspond to different mechanisms, either repressing the enzyme's function (e.g. by creating dominant-negative inhibitors of the functional isoform) or creating isoforms with new functions.</p> <p>Conclusion</p> <p>We conclude that alternative splicing of epigenetic regulators can be an important tool for the function modulation of these enzymes. Considering that the latter control the transcriptional state of large sets of genes, we propose that epigenetic regulation of gene expression is itself strongly regulated by alternative splicing.</p

Análisis dinámico in situ de transmisores de presión capacitivos

Los sensores de presión capacitivos tipo Rosemount son ampliamente utilizados en las centrales nucleares para la medida de la presión, el caudal y el nivel. Están unidos a las líneas de proceso de la central mediante líneas sensoras siendo el mantenimiento del sistema sensor-línea fundamental para mantener la seguridad en la planta. La vigilancia in situ del sistema en su conjunto, sensor-línea, se suele realizar mediante la medida del tiempo de respuesta del transmisor de presión con las técnicas de análisis de ruido. Sin embargo, determinadas averías como la pérdida de aceite de su cámara interna no son detectables por medio de la medida del tiempo de respuesta, ya que éste apenas varía su valor en una fase incipiente del síndrome. No obstante, la mejora de la descripción dinámica del sensor podría servir para detectar dichas averías. En laboratorio se ha demostrado que la función de transferencia del sistema sensor-línea puede tener más de un polo real, y en consecuencia, el modelo de tres polos (dos polos complejos conjugados y uno real) utilizado hasta ahora en otros trabajos podría sustituirse por uno de cuatro o incluso cinco. En este trabajo se propone utilizar técnicas de vigilancia in situ basadas en el análisis de ruido y en el Dynamic Data System para ampliar la descripción dinámica del sensor y con ello mejorar las posibilidades de diagnóstico de averías como el síndrome de la pérdida de aceite del sensor en fases incipientes. Se han analizado varias medidas de planta con la metodología propuesta y se muestran los resultados obtenidos

Intervention on the chapel of the counts of Fuensaldaña. Study of a model intervention between the old and the new

[EN] This article focuses on a critical analysis of the intervention made by the architect Juan Carlos Arnuncio on the ruins of the Chapel of the Counts of Fuensaldaña in Valladolid, using exposed white concrete among other materials. The proposal seeks, through a modern language, to establish a dialogue between the old and the new, without surrendering to melancholy of reconstruction or to the fascination for the ruin, proposing the configuration of a new balanced ensemble through the addition of an item. This article tries to unravel the keys to the success of the proposal, in order to obtain answers that are transferable to future interventions.[ES] El presente artículo se centra en el análisis crítico de la intervención realizada por el arquitecto Juan Carlos Arnuncio sobre las ruinas de la Capilla de los Condes de Fuensaldaña, en Valladolid, empleando entre otros materiales el hormigón visto blanco. La propuesta busca, a través de un lenguaje moderno, establecer un diálogo entre antiguo y nuevo sin rendirse a la melancolía de la reconstrucción o a la fascinación de la ruina, proponiendo a través de la adición de un elemento, la configuración de un nuevo conjunto en equilibrio. En el artículo se trata de desentrañar las claves del éxito de la propuesta, con la finalidad de obtener respuestas trasladables a futuras intervenciones.Bosch Roig, L.; Marcenac, V.; Bosch Reig, I. (2016). La intervención en la Capilla de los Condes de Fuensaldaña. Estudio de un diálogo ejemplar entre antiguo y nuevo. EN BLANCO. Revista de Arquitectura. 8(21):64-72. doi:10.4995/eb.2016.6333SWORD6472821Andres Ordax, S. "La Iglesia del Monasterio: Proceso Constructivo y Análisis Artístico". En: RIVERA, J. (dir). Monasterio de San Benito el Real de Valladolid: IV centenario, 1390-1990. Valladolid: Ayuntamiento de Valladolid, 1990.Arnuncio, J.C. Patio Herreriano. Una interpretación de la Arquitectura Histórica. Valladolid: Museo Patio Herreriano, 2012Bosch, L. Reproponer el Vacío. La Intervención en el Patrimonio Arquitectónico en el Cambio de Siglo. Estudio sobre la Recomposición de la Pérdida en Espacios Abovedados. Valencia: UPV, 2014.Brandi, C. Teoria del Restauro. Roma: Edizioni di Storia e Letteratura, 1963 [Teoría de la Restauración. Madrid: Alianza, 1988-89]Capitel, A. Metamorfosis de Monumentos y teorías de la restauración. Madrid: Alianza Forma, 1988.Capitel, A. "Proyectar para una arquitectura dada". En: El Croquis, 1990, no. 42, pp.64-79.Jokilehto, J. A History of Architectural Conservation. York: The University of York, 1986.Lahuerta, J.J. y González García, A. Juan Navarro Baldeweg. Obras y Proyectos. Madrid: Electa, 1990.Rodríguez Martínez, L. Historia del Monasterio de San Benito El Real de Valladolid. Valladolid: Caja de Ahorros Popular de Valladolid, Ateneo de Valladolid, 1981.Sette, M.P. Il Restauro in architettura: quadro storico. Torino: Utet, 2001.Solà-Morales, I. "Teorías de la Intervención Arquitectónica". En: Quaderns d'Arquitectura i Urbanisme, 1982, no. 155, pp. 30-37.Torres Balbás, L. "Los Monumentos Históricos y Artísticos: Destrucción y Conservación. Legislación y Organización de sus Servicios y su Inventario". 1919. En: A.A.V.V.: Cuadernos de Restauración V. Madrid: Cuadernos del Instituto Juan de Herrera de la Escuela de Arquitectura de Madrid, 1998, pp.34-46

Las matemáticas empresariales en el marco de cualificaciones del Espacio Europeo de Educación Superior (QF-EHEA)

Haremos comparaciones entre las metodologías docentes de las asignaturas de Matemáticas Empresariales impartidas en las principales universidades europeas, proponiendo medidas para la mejora de la calidad de estas asignaturas en nuestra universidad

Chondroitin sulphate proteoglycan is involved in lens vesicle morphogenesis in chick embryos

Producción CientíficaProteoglycans have been implicated in the invagination and formation of various embryonal cavitied primordia. In this paper the expression of chondroitin sulphate proteoglycan is analysed (CSPG) in the lens primordium during lens vesicle formation, and demonstrate that this proteoglycan has a speci®c distribution pattern with regard to invagination and fusion processes in the transformation of placode into lens vesicle. More speci®cally, CSPG was detached in: (1) the apical surface of lens epithelial cells, where early CSPG expression was observed in the whole of the lens placode whilst in the vesicle phase it was restricted to the posterior epithelium; (2) intense CSPG expression in the basal lamina, which remained constant for the entire period under study; (3) CSPG expression in the intercellular spaces of the lens primordium epithelium, which increased during the invagination of the primordium and which at the vesicle stage was more evident in the posterior epithelium; and (4) CSPG expression on the edges of the lens placode both prior to and during fusion. Treatment with b-D-xyloside causes signi®cant CSPG depletion in the lens primordium together with severe alterations in the invagination and fusion of the lens vesicle; this leads to the formation of lens primordia which in some cases remain practically ¯at or show partial invagination defects or fusion disruption. Similar results were obtained by enzyme digestion with chondroitinase AC but not with type II heparinase, which indicates that alterations induced by b-Dxyloside were due to interference in CSPG synthesis. The ®ndings demonstrate that CSPG is a common component of the lens primordium at the earliest developmental stages during which it undergoes speci®c modi®cations. It also includes experimental evidence to show that `in vivo' CSPG plays an important role in the invagination and fusion processes of the lens primordium. # 2001 Academic Press Key words: lens development; CSPG; b-D-xyloside; extracellular matrix; epithelial invaginatio