Proceedings of the EuBIC Winter School 2019

The 2019 European Bioinformatics Community (EuBIC) Winter School was held from January 15th to January 18th 2019 in Zakopane, Poland. This year’s meeting was the third of its kind and gathered international researchers in the field of (computational) proteomics to discuss (mainly) challenges in proteomics quantification and data independent acquisition (DIA). Here, we present an overview of the scientific program of the 2019 EuBIC Winter School. Furthermore, we can already give a small outlook to the upcoming EuBIC 2020 Developer’s Meeting

A proteomics sample metadata representation for multiomics integration and big data analysis

The amount of public proteomics data is rapidly increasing but there is no standardized format to describe the sample metadata and their relationship with the dataset files in a way that fully supports their understanding or reanalysis. Here we propose to develop the transcriptomics data format MAGE-TAB into a standard representation for proteomics sample metadata. We implement MAGE-TAB-Proteomics in a crowdsourcing project to manually curate over 200 public datasets. We also describe tools and libraries to validate and submit sample metadata-related information to the PRIDE repository. We expect that these developments will improve the reproducibility and facilitate the reanalysis and integration of public proteomics datasets.publishedVersio

F. Bostyn , E. Martial , В. Masson , L. Vallin Regards sur la Préhistoire régionale

Paulet-Locard Marie-Armelle. F. Bostyn , E. Martial , В. Masson , L. Vallin Regards sur la Préhistoire régionale . In: Bulletin de la Société préhistorique française, tome 90, n°5, 1993. pp. 318-319

Etude des trois GTPases à boucle GPN humaines (mise en évidence du rôle pivot de hGPN1)

Des études de génomique comparée ont mis en évidence une famille unique de GTPases conservées des archées jusqu à l Homme : les GTPases à boucle GPN. La résolution de leur structure prototype indique qu elles fonctionnent sous forme de dimères où les sites actifs se retrouvent côte à côte, proches de l interface de dimérisation. Il existe trois GTPases à boucle GPN humaines : hGPN1, hGPN2 et hGPN3. La production et la purification de ces protéines sous forme recombinante a montré que hGPN1 était la seule protéine de la triade stable sous une forme isolée. Elle peut former des complexes avec l un ou l autre de ses paralogues, ce qui les stabilise. J ai produit hGPN1 en système hétérologue et je l ai purifiée seule et en complexe avec hGPN3. Leur caractérisation a montré que hGPN1 pouvait être monomérique ou former des polymères. L importance de son domaine carboxyterminal spécifique a été révélée par : 1) la mise en évidence d un changement de conformation lors de la formation de l hétérodimère hGPN1/3 ; 2) l identification par spectrométrie de masse d un site de phosphorylation sur ce domaine (Ser-338). J ai pu dévoiler le rôle pivot de hGPN1 dans la triade des GTPases à boucle GPN humaines : 1) elle stabilise ses deux paralogues ; 2) bien que hGPN3 ait un site catalytique, seule hGPN1 a une activité GTPase dans l hétérodimère hGPN1/3. La famille des GTPases à boucle GPN a donc un fonctionnement particulier, proche de celui des SIMIBI dimériques de type SRP/SR et Soj/Spo0J, et dont la fonction serait essentiellement régulée au travers de l activité de hGPN1. Le rôle de cette triade reste encore inconnu, mais il a été vu que hGPN1 pouvait interagir avec XPA, MBD2 et l ARN polymérase II. Ceci indiquerait un rôle essentiel dans la régulation de la réparation de l ADN et/ou la transcription. Après immunoprécipitation de hGPN1 endogène de cellules HeLa, j ai pu mettre en évidence par spectrométrie de masse des partenaires potentiels qui vont dans le sens d une telle fonction : l ARN polymérase II, RPAP1 et RPA70MONTPELLIER-BU Pharmacie (341722105) / SudocSudocFranceF

Le Mésolithique en Normandie, état des recherches

International audienc

Top-Down and Intact Protein Mass Spectrometry Data Visualization for Proteoform Analysis Using VisioProt-MS

International audienc

Gene/protein correlations to pseudo-proliferation indexes.

Gene and protein Pearson correlation to pseudo-proliferation indexes in each data set, mean across data sets and associated FDR. This table contains the final list of signature genes (TRUE values in the column “Signature gene”). (XLSX)</p

Cell lines in the different proteomics data sets.

Number of cell lines in the proteomics data sets used in the study. The total number of cell lines in the data sets are indicated in the left-hand side bar plot (color-coded by the cell line panel). The cell lines present in multiple data sets are indicated by the bar plot on the top: number of protein groups detected in the data sets indicated by a dot on the dot plot. Each data set is identified by the first author’s name. (TIFF)</p

Proliferation signature in the context of cancer grade.

a-b) Enrichment of the proliferation signature in proteins associated with cancer stage (a) and grade (b). Proteins were ranked by significance of correlation according to Monsivais et al. [6] (p-value of Pearson correlation) (horizontal axis) and the vertical axis presents the cumulative number of signature genes for each cancer type. d) Proteins T-statistic provided by Monsivais et al. [6] for the analysis of cancer grades (positive = high correlation with cancer grade) for each cancer type (horizontal axis). Each point corresponds to a protein, signature genes are highlighted in orange. The seven top hits for each cancer type are indicated by their gene names.</p