Évaluation d une technique de rep-PCR semi-automatisée pour le génotypage de souches du complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum au cours de la mucoviscidose

Species of the Scedosporium apiospermum complex rank the second among the filamentous fungi colonizing the airways of patients with cystic fibrosis (CF). It is clearly established now that these fungi may disseminate in case of immunodeficiency and that a chronic colonization of the airways by these pathogens may hinder the success of lung transplantation. In this study, we develop a new genotyping method to investigate the epidemiology of the airway colonization by these fungi. 63 multiple and sequential isolates of S. apiospermum collected from 9 CF patients, and selected among those previously studied by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) by Defontaine et at. (2002) were analyzed. using the automated typing system DiversiLab® (bioMerieux) based on PCR amplification of repetitive sequences. Two different rep-PCR kits were compared; the DiverSiLab® Aspergillus and the DiversiLab® Fungal kit. The amplification products were separated by capillary electrophoresison; Each obtained profiles were then compared using. the DiversiLab® software, In addition, species identification of these isolates was clarified by sequencing TUB locus of the P-tubulin gene. The Fungal kit appeared to be more discriminating than the Aspergillus kit. Additionally, rep-PCR usually confirmed the colonization patterns described by RAPD. Only one patients showed distinct genotypes; In conclusion, the automated typing system DiversiLab® proved to be an easy and efficient Method to investigate the molecular epidemiology of the airway colonization by P. boydii / S. apiospermum complex species in CF. Moreover, our results confirm the capacity of the different species from this complex to chronically colonize the airways of CF patients despite the repeated antifungal cures.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Positive and negative viral associations in patients with acute respiratory tract infections in primary care: the ECOVIR study

IntroductionAcute respiratory infections (ARIs) are the most common viral infections encountered in primary care settings. The identification of causal viruses is still not available in routine practice. Although new strategies of prevention are being identified, knowledge of the relationships between respiratory viruses remains limited.Materials and methodsECOVIR was a multicentric prospective study in primary care, which took place during two pre-pandemic seasons (2018–2019 and 2019–2020). Patients presenting to their General practitioner (GP) with ARIs were included, without selecting for age or clinical conditions. Viruses were detected on nasal swab samples using a multiplex Polymerase Chain Reaction test focused on 17 viruses [Respiratory Syncytial Virus-A (RSV-A), RSV-B, Rhinovirus/Enterovirus (HRV), human Metapneumovirus (hMPV), Adenovirus (ADV), Coronaviruses (CoV) HKU1, NL63, 229E, OC43, Influenza virus (H1 and H3 subtypes), Influenza virus B, Para-Influenza viruses (PIVs) 1–4, and Bocavirus (BoV)].ResultsAmong the 668 analyzed samples, 66% were positive for at least one virus, of which 7.9% were viral codetections. The viral detection was negatively associated with the age of patients. BoV, ADV, and HRV occurred more significantly in younger patients than the other viruses (p < 0.05). Codetections were significantly associated with RSV, HRV, BoV, hMPV, and ADV and not associated with influenza viruses, CoV, and PIVs. HRV and influenza viruses were negatively associated with all the viruses. Conversely, a positive association was found between ADV and BoV and between PIVs and BoV.ConclusionOur study provides additional information on the relationships between respiratory viruses, which remains limited in primary care

PLoS One

OBJECTIVE: Different phenotypes of wheezing have been described to date but not in early life. We aim to describe wheezing phenotypes between the ages of two months and one year, and assess risk factors associated with these wheezing phenotypes in a large birth cohort. METHODS: We studied 18,041 infants from the ELFE (French Longitudinal Study of Children) birth cohort. Parents reported wheezing and respiratory symptoms at two and 12 months, and answered a complete questionnaire (exposure during pregnancy, parental allergy). RESULTS: Children with no symptoms (controls) accounted for 77.2%, 2.1% had had wheezing at two months but no wheezing at one year (intermittent), 2.4% had persistent wheezing, while 18.3% had incident wheezing at one year. Comparing persistent wheezing to controls showed that having one sibling (ORa = 2.19) or 2 siblings (ORa = 2.23) compared to none, nocturnal cough (OR = 5.2), respiratory distress (OR = 4.1) and excess bronchial secretions (OR = 3.47) at two months, reflux in the child at 2 months (OR = 1.55), maternal history of asthma (OR = 1.46) and maternal smoking during pregnancy (OR = 1.57) were significantly associated with persistent wheezing. These same factors, along with cutaneous rash in the child at 2 months (OR = 1.13) and paternal history of asthma (OR = 1.32) were significantly associated with increased odds of incident wheezing. Having one sibling (ORa = 1.9) compared to none, nocturnal cough at 2 months (OR = 1.76) and excess bronchial secretions at 2 months (OR = 1.65) were significantly associated with persistent compared to intermittent wheezing. CONCLUSION: Respiratory symptoms (cough, respiratory distress, and excessive bronchial secretion) were significantly associated with a high risk of persistent wheezing at one year. Smoking exposure during pregnancy was also a risk factor for persistent and incident wheezing

Identification des facteurs pronostiques de survenue d'asthme du nourrisson après une première bronchiolite aiguë virale à 1 an

La bronchiolite est la plus fréquente des infections virales aiguës des voies respiratoires inférieures des nourrissons. En France, on estime que 30% des nourrissons sont touchés par cette infection, ce qui constitue un problème de santé publique sachant que 23 % à 60 % d'entre eux rechutent. La définition actuellement reconnue de l'asthme du nourrisson est la répétition dans un intervalle de deux ans d'au moins trois épisodes de bronchite dyspnéïsante et sifflante. Objectif principal : identifier des facteurs pronostiques cliniques et biologiques de la survenue d'un asthme chez le nourrisson, un an après son hospitalisation pour bronchiolite aiguë. Et identifier ainsi les nourrissons qui pourraient justifier d'un traitement précoce par corticoïdes inhalés. Matériel et méthodes : Etude de cohorte prospective, multicentrique, réalisée de Novembre 2001 à Janvier 2006 ; de 225 nourrissons hospitalisés pour bronchiolite et suivis, dans la mesure du possible, sur une période de 12 mois. Un model de risque instantané constant par morceaux a été utilisé pour l'analyse univariée et l'analyse multivariée avec un p <0,05. Résultats : Le risque d'être classé asthmatique dans les 28 jours suivant la sortie d'hospitalisation est 7,14 fois plus élevé que de devenir asthmatique au-delà de 6 mois après la sortie de l'hôpital De même, le risque de devenir asthmatique au-delà de la 4ème semaine et avant le 3èille mois est 5,62 fois plus élevé que de le devenir au-delà de 6 mois. Les nourrissons h IVIPV positif ont un risque 4,7 fois plus élevé d'être asthmatiques par rapport aux nourrissons VRS positif, avec une probabilité de 96% d'être classés asthmatiques à 1 an. Conclusion : Le seul facteur pronostique majeur d'asthme du nourrisson à 1 an, après une première bronchialite, est l'infection par le h MPV et le VRS. Compte tenu de ces résultats et de ceux de la littérature, de nouvelles stratégies de prévention et thérapeutiques devraient voir le jour.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Otites moyennes aïgues chez l'enfant

Les germes les plus fréquemment trouvés dans les otites moyennes aiguës de l enfant restent, depuis dix ans, l haemophilius influenza, le pneumocoque, moraxella catarrhalis, en France et dans les autres pays occidentaux. En revanche, on assiste à une très franche augmentation de la résistance aux antibiotiques de ces germes et particulièrement pour le pneumocoque, qui représentait 65% des souches de sensibilité altérée à la pénicilline, en 1996, en France. Lors d une étude rouennaise réalisée en 1995-1996, chez 81 enfants présentant une otite moyenne aiguë traitée par une antibiothérapie, un prélèvement bactériologique de l oreille et du nasopharynx sont réalisés simultanément chez la moitié d entre eux. L analyse comparative des résultats montre que la situation d échec clinique reste peu dépendante de l efficacité bactériologique in vitro de l antibiotique. La responsabilité d une co-infection virale et/ou bactérienne pourrait être la cause. L index inhibiteur de chaque antibiotique semble le mieux corrélé aux résultats bactériologiques in vivo. Le pneumocoque de sensibilité altérée à la pénicilline est le germe le plus souvent responsable d échec bactériologique. L étude des valeurs prédictives du prélèvement nasopharyngé ne permet pas une utilisation seule dans la documentation bactériologique des otites moyennes aiguës. Mais la similitude phénotypique des souches bactériennes retrouvées dans les deux sites confirme son grand intérêt épidémiologique.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Etude des immunoglobulines G anti aspergillus fumigatus dans une population d'enfants atteints de mucoviscidose

L'Aspergillose broncho-pulmonaire allergique médiée par l'Aspergillus fumigatus est une complication infectieuse évolutive de la mucoviscidose. Ses critères diagnostiques se confondent souvent avec l'évolutivité propre de la mucoviscidose. Le diagnostique difficile à établir repose donc sur un faisceau d'arguments cliniques, sérologiques, et radiologiques. Ce travail étudie chez 18 d'enfants atteints de mucoviscidose la sérologie ELISA mesurant le taux d'immunoglobulines G ( 126) spécifiques d'Aspergillus fumigatus. Le but est d'établir le rôle potentiel diagnostique et thérapeutique propre de cette sérologie. Le travail débute lors de la première sérologie positive au cours de la surveillance respiratoire de la mucoviscidose. On observe que les tous critères diagnostiques de l'aspergillose broncho-pulmonaire allergique sont rarement réunis à ce stade. L'immunoglobuline G reste un paramètre à intégrer dans un contexte évocateur ne permettant à elle seule d'établir le diagnostic. Néanmoins sa positivité reste nécessaire pour instaurer un traitement. Par ailleurs. la population a été divisée en deux groupes traités (antifongique associé ou non à une corticothérapie) ou non à partir de la première sérologie positive en lgG. On observe que chez les enfants traités, le taux d'IgG diminue significativement au terme d'un an de traitement confirmé par la réaugnientation du volume expiratoire maximal seconde prouvant l'amélioration clinique. Néanmoins, les taux d'IgG semblent se réascensionner régulièrement à distance sous traitement laissant transparaître des problèmes d'échappement (itraconazole) et d'observance thérapeutique, et de choix de molécule antifongique. Les spécifiques de l'Aspergillus fumigatus demeurent donc un paramètre indispensable au diagnostic, à l'indication et au suivi thérapeutique de l'Aspergillose bronco-pulmonaire allergique dans la mucoviscidose.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Echec de l'antibiothérapie dans les pneumopathies aigues communautaires de l'enfant (étude multicentrique des pneumopathies communautaires de l'enfant dans les services d'urgences pédiatriques)

La pneumopathie est une pathologie très fréquente de l'enfant, pouvant être due à différents germes, essentiellement streptococcus pneumoniae, mycoplasma pneumoniae, chlamydia pneumoniae et haemophilus influenzae, ou à différents virus. L'antibiothérapie ambulatoire est probabiliste, en fonction des signes cliniques, et guidée par des recommandations officielles émises par l'AFSSAPS en France. Cette étude prospective multicentrique réalisée de 1999 à 2001 porte sur 76 enfants ayant consulté aux urgences pédiatriques pour échec du traitement d'une pneumopathie, chez qui tous les critères cliniques, para-cliniques, radiologiques et biologiques ont été relevés. L'analyse comparative montre une présence équivalente du mycoplasme et du pneumocoque, la non spécificité des signes cliniques en fonction des germes retrouvés, la difficulté du traitement probabiliste et le faible suivi des recommandations de l'AFSSAPS par les médecins traitants. Cette non-spécificité des signes cliniques selon le germe est à l'origine de la difficulté du traitement probabiliste. Il y a inadéquation entre les recommandations officielles et la pratique médicale quotidienne : il n'est conseillé une bithérapie que dans de rares cas, le médecin devant choisir sa monothérapie en fonction du tableau clinique, même en cas d'échec d'une première monothérapie. Cette étude montre la difficulté de choisir un traitement probabiliste, et pose la question d'une bithérapie devant tout échec d'une première antibiothérapie bien conduite.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF