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La bioremediació pot ajudar en la descontaminació d'aqüifers i sòls (Premi Aposta UAB 2011)
La contaminació per compostos halogenats és un problema que afecta a centenars d'aqüífers i sòls a Europa degut a la seva elevada toxicitat. Els tractaments fisicoquímics d'aquests sòls o la seva excavació i deposició en abocadors estan associats a uns costos econòmics elevats i a un major risc d'exposició pels treballadors i la població que viu als voltants. Aquest projecte, reconegut amb un Premi Aposta en la seva primera edició, pretén estudiar l'eliminació d'aquests compostos mitjançant bacteris que respiren aquests substrats en una reacció coneguda com a dihaloeliminació. La caracterització fisiològica i bioquímica d'aquests microorganismes hauria de permetre establir estratègies de bioremediació més eficients a partir del disseny de biomarcadors i la predicció de rutes metabòliques d'aquests microorganismes en els sòls contaminats.La contaminación por compuestos halogenados es un problema que afecta a centenares de acuíferos y suelos en Europa debido a su elevada toxicidad. Los tratamientos fisicoquímicos de estos suelos o su excavación y deposición en vertederos están asociados a unos costes económicos elevados y a un mayor riesgo de exposición para los trabajadores y la población que vive en los alrededores. Este proyecto, reconocido con un Premio Aposta en su primera edición, pretende estudiar la eliminación de estos compuestos mediante bacterias que respiran estos substratos en una reacción conocida como dihaloeliminación. La caracterización fisiológica y bioquímica de estos microorganismos debería permitir establecer estrategias de biorremediación más eficientes a partir del diseño de biomarcadores y la predicción de rutas metabólicas de estos microorganismos en suelos contaminados
Fongs que milloren el medi ambient
El creixement de la població i l'avenç que va significar l'arribada de la Revolució Industrial es traduí en problemes de contaminació ambiental bastant greus. Ara per ara, l'ésser humà, individu d'una societat desenvolupada, genera més desperdicis, la majoria dels quals no són biodegradables. Com a resposta, neix la biorremediació: branca de la biotecnologia que intenta resoldre els problemes de contaminació mitjançant l'ús d'éssers vius (microorganismes, plantes i/o enzims) capaços de degradar compostos que desequilibren el medi ambient (sòl, sediment, llot, mar). Seguint aquest propòsit, l'article següent ens presenta una alternativa, en vies d'estudi, per eliminar compostos de fàrmacs i productes d'higiene personal que cada cop són més presents en el cicle de l'aigua. Donada la dificultat de les depuradores per a eliminar-los, els fongs ligninolítics podrien ser una bona solució. Coneguts per tenir un sistema enzimàtic capaç d'oxidar una gran varietat de compostos xenobiòtics, en aquest treball s'analitza dita capacitat front el fàrmac antiepilèptic carbamazepina (CBZP), el regulador lipidic àcid clofibric (AC) i l'analgèsic ibuprofè (IBP) en un medi líquid. Els resultats són encoratjadors.El crecimiento de la población y el avance que significó la llegada de la Revolución Industrial se tradujo en problemas de contaminación ambiental bastante graves. Hoy por hoy, el ser humano, individuo de una sociedad desarrollada, genera más desperdicios, la mayoría de los cuales no son biodegradables. Como respuesta, nace la biorremediación: rama de la biotecnología que intenta resolver los problemas de contaminación mediante el uso de seres vivos (microorganismos, plantas y / o enzimas) capaces de degradar compuestos que desequilibran el medio ambiente (suelo, sedimento, lodo, mar). Siguiendo este propósito, el siguiente artículo nos presenta una alternativa, en vías de estudio, para eliminar compuestos de fármacos y productos de higiene personal que cada vez son más presentes en el ciclo del agua. Dada la dificultad de las depuradoras para eliminarlos, los hongos ligninolíticos podrían ser una buena solución. Conocidos por tener un sistema enzimático capaz de oxidar gran variedad de compuestos xenobióticos, en este trabajo se analiza dicha capacidad frente al fármaco antiepiléptico carbamazepina (CBZP), el regulador lipídico ácido clofíbrico (AC) y el analgésico ibuprofeno (IBP) en un medio líquido. Los resultados son alentadores
Bacteris per descontaminar aqüífers : metodologia per avaluar el seu potencial
Molts compostos tòxics utilitzats a la indústria, com els hidrocarburs clorats, s'aboquen als aqüífers de forma accidental o per males pràctiques, provocant una gran contaminació. Els mètodes utilitzats per eliminar-los són poc eficients i és per això que en aquest estudi, del BioremUAB, s'ha aplicat una metodologia per avaluar el potencial de bacteris autòctons de l'aqüífer per autodepurar aquests compostos.Muchos compuestos tóxicos utilizados en la indústria, como los hidrocarburos, son vertidos a acuíferos de forma accidental o por malas prácitcas, provocando una gran contaminación. Los métodos utilizados para eliminarlos son poco eficientes y es por esto que en este estudio, del grupo de investigación BioremUAB, se ha aplicado una metodología para avaluar el potencial de las bacterias autóctonas del acuífero para autodepurar estos compuestos
Biodegradació d'hidrocarburs alifàtics clorats per fongs ligninolítics
Consultable des del TDXTítol obtingut de la portada digitalitzadaEl tricloroetileno (TCE) y percloroetileno (PCE) son dos hidrocarburos alifáticos clorados ampliamente usados en la industria como disolventes, que se encuentran entre los contaminantes más habituales en suelos y aguas subterráneas en el mundo. En esta Tesis se demuestra la capacidad de degradación de TCE por diferentes especies de hongos de podredumbre blanca, como Trametes versicolor, Irpex lacteus y Ganoderma lucidum. Phanerochaete chrysosporium se ha incluido en estos estudios como control positivo, ya que previamente se había demostrado su capacidad para mineralizar TCE. Nuestros resultados, en consonancia con algunos estudios publicados recientemente, muestran que P. chrysosporium alcanza valores de degradación más bajos en medios con bajo contenido en nitrógeno que en medio de extracto de malta, en los que la producción de peroxidasas se encuentra completamente suprimida. Este estudio constituye la primera demostración de la capacidad de G. lucidum para degradar compuestos xenobióticos. Dado que los porcentajes de degradación son sustancialmente superiores en los cultivos con T. versicolor, se ha escogido este hongo para posteriores experimentos. Se ha identificado al dióxido de carbono y al 2,2,2-tricloroetanol como subproductos de degradación de TCE por T. versicolor, usando [13C]-TCE como sustrato. El balance de cloruros realizado indica que la mitad del TCE degradado se mineraliza, y la otra mitad restante se acumula en forma de 2,2,2-tricloroetanol. El 2,2,2-tricloroetanol no está considerado cancerígeno, y ésta es una ventaja comparativa respecto a los subproductos típicos de acumulación en el caso de las bacterias. Se ha obtenido un porcentaje de degradación elevado (aprox. 80%) para el rango de 2-10 mg/l de TCE. Incrementando la concentración de glucosa en el medio y reoxigenando los cultivos durante la incubación, se obtiene una mayor generación de cloruros en la degradación de TCE, lo que indica una mayor mineralización del producto. El TCE resultó ser un inductor de la producción de lacasa para T. versicolor, pero los experimentos realizados in vitro indican que ni la lacasa ni un amplio espectro de mediadores testados son capaces de oxidar el TCE. Experimentos realizados con el inhibidor del citocromo P450, 1-aminobenzotriazol, indican que este sistema oxidativo juega un papel clave en la degradación de TCE. Se ha identificado al cloral (tricloroacetaldehido) como intermediario en la vía de degradación de TCE. Por último, se ha propuesto una vía de degradación de TCE para T. versicolor. Por otro lado, se ha demostrado por primera vez la capacidad de un hongo para degradar PCE aeróbicamente. En cultivos de T. versicolor con 5 mg/l de PCE se consigue un 40% de degradación. Se ha identificado al ácido tricloroacético (TCA) como principal subproducto usando [13C]-PCE como sustrato. La generación de cloruro y el TCA producido mantienen una relación estequiométrica con el PCE degradado. Experimentos realizados con el inhibidor 1-aminobenzotriazol indican que el citocromo P450 está implicado en la degradación de PCE por T. versicolor. Los cultivos reoxigenados muestran tan solo un ligero aumento de los niveles de degradación, liberación de cloruros y generación de TCA. A partir de los resultados obtenidos, se sugiere una vía de degradación de PCE por T. versicolor, que es análoga a la descrita en los mamíferos. Finalmente, se ha realizado una aproximación de los principales factores que pueden influenciar en el tratamiento real de aguas contaminadas por TCE y PCE mediante biorreactor. T. versicolor degrada un 34,1 y 47,7% del PCE (5 mg/l) y TCE (10 mg/l), respectivamente, añadido conjuntamente a los cultivos. El porcentaje de degradación, así como los cloruros liberados en este experimento, indican que el hogo degrada mezclas de estos productos con la misma eficiencia que lo hace para el TCE y PCE añadido individualmente. La ecuación de Michaelis-Menten es la que presenta un mejor ajuste de las cinéticas de degradación de TCE y PCE, para un amplio rango de concentraciones testadas. Por último, se ha establecido que la isoterma de Freundlich es la que mejor describe el equilibrio de adsorción entre la biomasa y los disolventes clorados, mediante controles de T. versicolor autoclavados. Se ha validado esta isoterma con experimentos de degradación, obteniendo un buen ajuste entre los valores experimentales y los simulados.Trichloroethylene (TCE) and perchloroethylene (PCE) are chlorinated aliphatic hydrocarbons which have been widely used in industrial cleaning solutions. These xenobiotic compounds are among the most common organic pollutants found in groundwater around the world. In this thesis, the ability of several species of white-rot fungi, including Trametes versicolor, Ganoderma lucidum and Irpex lacteus, to degrade substantial levels of TCE in pure cultures was demonstrated. P. chrysosporium, included as a positive control in this study, was previously shown to mineralize TCE. Our results, in conformation with earlier studies, showed that P. chrysosporium exhibits lower TCE degradation in low nitrogen medium than in malt extract medium, in which peroxidases are known to be completely suppressed. As far as we know, it was the first demonstration of the ability of G. lucidum to degrade a xenobiotic pollutant. Since the extent of TCE degradation by T. versicolor was substantially greater than that shown by the other fungi, it became the obvious choice for further study. Carbon dioxide and 2,2,2-trichloroethanol were identified as the byproducts generated during the degradation of TCE by T. versicolor using [13C]-TCE as the substrate. The chloride balance indicated that one half of the TCE degraded is mineralized and the remaining TCE tends to accumulate as 2,2,2-trichloroethanol. Unlike TCE, 2,2,2-trichloroethanol is not considered carcinogenic and this is a distinct advantage in comparison to bacterial systems. A high percent of degradation (aprox. 80%) was observed for a range of concentrations between 2-10 mg/l. A highest chloride release from TCE degradation occurred by increasing the glucose concentration in the media and reoxygenating cultures during incubation. Our results showed that TCE was an inducer of laccase production in T. versicolor, but in vitro experiments showed that neither laccase nor any of the wide array of mediators tested were able to cause oxidation of TCE. Cytochrome P450 appeared to play a key role in TCE degradation, as evidenced by means of cytochrome P450 inhibition experiments using 1-aminobenzotriazole, a known cyt. P450 inhibitor. Chloral (trichloroacetaldehyde) was identified as an important intermediate of the TCE degradation pathway. Finally, a TCE degradation pathway by T. versicolor is suggested. On the other hand, the ability of a fungus to degrade PCE under aerobic conditions was demonstrated for the first time. Approximately, a 40% of degradation was achieved in cultures of T. versicolor spiked with 5 mg/l of PCE. Trichloroacetic acid (TCA) was identified as the main intermediate using [13C]-PCE as the substrate. Chloride released and TCA produced were stoichiometric with PCE degradation. Our studies using the inhibitor 1-aminobenzotriazole, suggested that a cytochrome P-450 system may be involved in PCE degradation by T. versicolor. Cultures that were re-oxygenated showed slightly higher levels of degradation, chloride release and TCA generation, but not as much as one would have expected. Finally, a degradation pathway was suggested, which was analogous to that described in mammalian systems. Finally, an approach of some of the factors which may influence the treatment of real TCE and PCE contaminated waters by T. versicolor using a bioreactor was studied. The fungus degraded 34.1 and 47.7 percent of PCE and TCE added as a mixtures (containing 5 and 10 mg/l, respectively). Percent degradation as well as chloride release from mixtures of TCE and PCE showed that T. versicolor degrades these mixtures as well as individually added TCE or PCE. A Michaelis-Menten kinetic equation related to TCE and PCE degradation was obtained with TCE degradation experiments for a wide range of concentrations. Finally, it was considered that Freundlich isotherm described the adsorption equilibrium between biomass and the chlorinated solvents, using heat-killed controls. This isotherm was validated in degradation conditions, obtaining a correct adjustment between the experimental and the simulated data
Identificat un bacteri al riu Besòs que només respira contaminants organoclorats tòxics
Un dels problemes ambientals més greus al nostre país i a la resta d'Europa és la contaminació dels aqüífers amb compostos organoclorats. Una estratègia per recuperar aquestes aigües subterrànies és la bioaumentació, que consisteix en l'addició de bacteris que poden eliminar els contaminants. Aquest estudi ha identificat per primer cop a Europa un bacteri, present a sediments de la desembocadura del riu Besòs, que només pot respirar determinats compostos organoclorats, convertint-los en compostos innocus.Uno de los problemas ambientales más graves en nuestro país y en el resto de Europa es la contaminación de los acuíferos por compuestos organoclorados. Una estrategia para recuperar estas aguas subterráneas es la bioaumentación, que consiste en la adición de bacterias que pueden eliminar los contaminantes. Este estudio ha identificado por primera vez en Europa a una bacteria, presente en los sedimentos de la desembocadura del río Besòs, que sólo puede respirar determinados compuestos organoclorados, convirtiéndolos en compuestos inocuos
Proteogenomics of the novel Dehalobacterium formicoaceticum strain EZ94 highlights a key role of methyltransferases during anaerobic dichloromethane degradation
Altres ajuts: acords transformatius de la UABDichloromethane (DCM, methylene chloride) is a toxic, high-volume industrial pollutant of long-standing. Anaerobic biodegradation is crucial for its removal from contaminated environments, yet prevailing mechanisms remain unresolved, especially concerning dehalogenation. In this study, we obtained an assembled genome of a novel DCM-degrading strain, Dehalobacterium formicoaceticum strain EZ94, from a stable DCM-degrading consortium, and we analyzed its proteome during degradation of DCM. A gene cluster recently predicted to play a major role in anaerobic DCM catabolism (the mec cassette) was found. Methyltransferases and other proteins encoded by the mec cassette were among the most abundant proteins produced, suggesting their involvement in DCM catabolism. Reductive dehalogenases were not detected. Genes and corresponding proteins for a complete Wood-Ljungdahl pathway, which could enable further metabolism of DCM carbon, were also found. Unlike for the anaerobic DCM degrader "Ca. F. warabiya," no genes for metabolism of the quaternary amines choline and glycine betaine were identifed. This work provides independent and supporting evidence that mecassociated methyltransferases are key to anaerobic DCM metabolism
Bioelectrochemically-assisted degradation of chloroform by a co-culture of Dehalobacter and Dehalobacterium
Using bioelectrochemical systems (BESs) to provide electrochemically generated hydrogen is a promising technology to provide electron donors for reductive dechlorination by organohalide-respiring bacteria. In this study, we inoculated two syntrophic dechlorinating cultures containing Dehalobacter and Dehalobacterium to sequentially transform chloroform (CF) to acetate in a BES using a graphite fiber brush as the electrode. In this co-culture, Dehalobacter transformed CF to stoichiometric amounts of dichloromethane (DCM) via organohalide respiration, whereas the Dehalobacterium -containing culture converted DCM to acetate via fermentation. BES were initially inoculated with Dehalobacter, and sequential cathodic potentials of −0.6, −0.7, and −0.8 V were poised after consuming three CF doses (500 μM) per each potential during a time-span of 83 days. At the end of this period, the accumulated DCM was degraded in the following seven days after the inoculation of Dehalobacterium. At this point, four consecutive amendments of CF at increasing concentrations of 200, 400, 600, and 800 μM were sequentially transformed by the combined degradation activity of Dehalobacter and Dehalobacterium. The Dehalobacter 16S rRNA gene copies increased four orders of magnitude during the whole period. The coulombic efficiencies associated with the degradation of CF reached values > 60% at a cathodic potential of −0.8 V when the degradation rate of CF achieved the highest values. This study shows the advantages of combining syntrophic bacteria to fully detoxify chlorinated compounds in BESs and further expands the use of this technology for treating water bodies impacted with pollutants
Respiratory protein interactions in Dehalobacter sp. strain 8M revealed through genomic and native proteomic analyses
Dehalobacter (Firmicutes) encompass obligate organohalide-respiring bacteria used for bioremediation of groundwater contaminated with halogenated organics. Various aspects of their biochemistry remain unknown, including the identities and interactions of respiratory proteins. Here, we sequenced the genome of Dehalobacter sp. strain 8M and analysed its protein expression. Strain 8M encodes 22 reductive dehalogenase homologous (RdhA) proteins. RdhA D8M_v2_40029 (TmrA) was among the two most abundant proteins during growth with trichloromethane and 1,1,2-trichloroethane. To examine interactions of respiratory proteins, we used blue native gel electrophoresis together with dehalogenation activity tests and mass spectrometry. The highest activities were found in gel slices with the highest abundance of TmrA. Protein distributions across gel lanes provided biochemical evidence that the large and small subunits of the membrane-bound [NiFe] uptake hydrogenase (HupL and HupS) interacted strongly and that HupL/S interacted weakly with RdhA. Moreover, the interaction of RdhB and membrane-bound b-type cytochrome HupC was detected. RdhC proteins, often encoded in rdh operons but without described function, migrated in a protein complex not associated with HupL/S or RdhA. This study provides the first biochemical evidence of respiratory protein interactions in Dehalobacter, discusses implications for the respiratory architecture and advances the molecular comprehension of this unique respiratory chain
Multi-method assessment of the intrinsic biodegradation potential of an aquifer contaminated with chlorinated ethenes at an industrial area in Barcelona (Spain)
The bioremediation potential of an aquifer contaminated with tetrachloroethene (PCE) was assessed by combining hydrogeochemical data of the site, microcosm studies, metabolites concentrations, compound specific-stable carbon isotope analysis and the identification of selected reductive dechlorination biomarker genes. The characterization of the site through 10 monitoring wells evidenced that leaked PCE was transformed to TCE and cis-DCE via hydrogenolysis. Carbon isotopic mass balance of chlorinated ethenes pointed to two distinct sources of contamination and discarded relevant alternate degradation pathways in the aquifer. Application of specific-genus primers targeting Dehalococcoides mccartyi species and the vinyl chloride-to-ethene reductive dehalogenase vcrA indicated the presence of autochthonous bacteria capable of the complete dechlorination of PCE. The observed cis-DCE stall was consistent with the aquifer geochemistry (positive redox potentials; presence of dissolved oxygen, nitrate, and sulphate; absence of ferrous iron), which was thermodynamically favourable to dechlorinate highly chlorinated ethenes but required lower redox potentials to evolve beyond cis-DCE to the innocuous end product ethene. Accordingly, the addition of lactate or a mixture of ethanol plus methanol as electron donor sources in parallel field-derived anoxic microcosms accelerated dechlorination of PCE and passed cis-DCE up to ethene, unlike the controls (without amendments, representative of field natural attenuation). Lactate fermentation produced acetate at near-stoichiometric amounts. The array of techniques used in this study provided complementary lines of evidence to suggest that enhanced anaerobic bioremediation using lactate as electron donor source is a feasible strategy to successfully decontaminate this site
Hexaclorobenzè a Sidney : estudi de bioremediació i percepció social
El magatzem de residus de l'empresa Orica de Sidney, Austràlia, és el magatzem d'hexaclorobenzè (HCB) més gran del món. El HCB és un dels compostos més tòxics i persistents que es coneixen, i està inclòs a la llista de la Convenció d'Estocolm sobre contaminants orgànics persistents (POPs). Durant molts anys, Orica ha intentat exportar els seus residus a diversos països d'Europa. Però un tractament alternatiu com la bioremediació podria ser una solució més segura, econòmica i ambientalment responsable.El almacén de residuos de la empresa Orica de Sidney, Australia, es el mayor almacén de hexaclorobenceno (HCB) del mundo. El HCB es uno de los compuestos más tóxicos y persistentes que se conocen, y se incluye en la lista de la Convención de Estocolmo sobre contaminantes orgánicos persistentes (POPs). Durante muchos años, Orica ha tratado de exportar sus residuos a Europa. Pero un tratamiento alternativo como la bioremediación podría ser una solución más segura, económica y ambientalmente responsable.Orica's Botany Industrial Park in Sydney, Australia is currently the largest stockpile of hexachlorobenzene (HCB) waste throughout the world. HCB is one of the most toxic and persistent chemical compounds known, and is listed in the Stockholm Convention of Persistent Organic Pollutants (POPs). In the past, Orica has attempted to export the HCB waste to Europe. Consequently, an alternativa for elimination of HCB waste is required, with bioremediation potentially an affordable and environmentally friendly solution