Corrigendum: Identification of novel thermosensors in gram-positive pathogens

Fe de erratas del artículo Identification of novel thermosensors in gram-positive pathogensFil: Fernández, Pilar. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: Ré, María Florencia. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: De Mendoza, Diego. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: Albanesi, Daniela. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: Mansilla, María Cecilia. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: Mansilla, María Cecilia. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.Fil: Porrini, Lucía. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Departamento de Microbiología; Argentina.Fil: De Mendoza, Diego. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Departamento de Microbiología; Argentina.Fil: Albanesi, Daniela. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Departamento de Microbiología; Argentina.Fil: Mansilla, María Cecilia. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Departamento de Microbiología; Argentina

UV-triggered p21 degradation facilitates damaged-DNA replication and preserves genomic stability

Although many genotoxic treatments upregulate the cyclin kinase inhibitor p21, agents such as UV irradiation trigger p21 degradation. This suggests that p21 blocks a process relevant for the cellular response to UV. Here, we show that forced p21 stabilization after UV strongly impairs damaged-DNA replication, which is associated with permanent deficiencies in the recruitment of DNA polymerases from the Y family involved in translesion DNA synthesis), with the accumulation of DNA damage markers and increased genomic instability. Remarkably, such noxious effects disappear when disrupting the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) interacting motif of stable p21, thus suggesting that the release of PCNA from p21 interaction is sufficient to allow the recruitment to PCNA of partners (such as Y polymerases) relevant for the UV response. Expression of degradable p21 only transiently delays early replication events and Y polymerase recruitment after UV irradiation. These temporary defects disappear in a manner that correlates with p21 degradation with no detectable consequences on later replication events or genomic stability. Together, our findings suggest that the biological role of UV-triggered p21 degradation is to prevent replication defects by facilitating the tolerance of UV-induced DNA lesions.Fil: Mansilla, Sabrina Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires(i); Argentina; Fundación Instituto Leloir; Argentina;Fil: Soria, Gastón. Fundación Instituto Leloir. Laboratorio de Ciclo Celular y Estabilidad Genómica; Argentina;Fil: Vallerga, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires(i); Argentina; Fundación Instituto Leloir. Laboratorio de Ciclo Celular y Estabilidad Genómica; Argentina;Fil: Habif, Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires(i); Argentina; Fundación Instituto Leloir. Laboratorio de Ciclo Celular y Estabilidad Genómica; Argentina;Fil: Martínez López, Wilner. Fundación Instituto Leloir. Laboratorio de Ciclo Celular y Estabilidad Genómica; Argentina; Ministerio de Educación y Cultura. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable; Uruguay;Fil: Prives, Carol. Columbia University. Department of Biological Sciences; Estados Unidos de América;Fil: Gottifredi, Vanesa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires(i); Argentina

Modelo de proceso para la elicitación de requerimientos en proyectos de explotación de información

A diferencia de los Proyectos de Desarrollo de Software Convencional, la problemática abordada en los Proyectos de Explotación de Información se basa en transformar la información existente en una organización en conocimiento útil para la toma de decisiones. Los modelos tradicionales de educción de requisitos, al enfocarse en el producto, no pueden ser utilizados para obtener la información requerida para los procesos de explotación de información. En este contexto, se detecta la necesidad de proponer un proceso para elicitación de requerimientos en proyectos de explotación de información haciendo énfasis en las fases: de conceptualización, de definición de negocio y de identificación de procesos de explotación de información.Eje: Base de datos y minería de datosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

CDK-Independent and PCNA-Dependent Functions of p21 in DNA Replication

p21Waf/CIP1 is a small unstructured protein that binds and inactivates cyclin-dependent kinases (CDKs). To this end, p21 levels increase following the activation of the p53 tumor suppressor. CDK inhibition by p21 triggers cell-cycle arrest in the G1 and G2 phases of the cell cycle. In the absence of exogenous insults causing replication stress, only residual p21 levels are prevalent that are insufficient to inhibit CDKs. However, research from different laboratories has demonstrated that these residual p21 levels in the S phase control DNA replication speed and origin firing to preserve genomic stability. Such an S-phase function of p21 depends fully on its ability to displace partners from chromatin-bound proliferating cell nuclear antigen (PCNA). Vice versa, PCNA also regulates p21 by preventing its upregulation in the S phase, even in the context of robust p21 induction by γ irradiation. Such a tight regulation of p21 in the S phase unveils the potential that CDK-independent functions of p21 may have for the improvement of cancer treatments.Fil: Mansilla, Sabrina Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: de la Vega Páez, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Calzetta, Nicolás Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Siri, Sebastian Omar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Gottifredi, Vanesa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Elementos para la Gestión de Requerimientos en Proyectos de Explotación de Información

Por Explotación de Información (EdI) se entiende a la sub-disciplina de la Informática que aporta herramientas para extraer conocimiento no trivial que se encuentra (implícitamente) en los datos disponibles de diferentes fuentes de información. Ante la carencia de métodos, técnicas y herramientas asociadas a la administración de requerimientos en proyectos de EdI, se ha detectado la necesidad de ofrecer a la comunidad los elementos necesarios para realizarla exitosamente. Para ello se identifican primero en forma independiente dos procesos que son utilizados para obtener y documentar los requerimientos. Estos son luego integrados en un modelo de procesos que relaciona sus actividades, técnicas y herramientas para dar un enfoque global a la gestión de requerimientos en proyectos de explotación de información

A proposal of a process model for requirements elicitation in information mining projects

A problem addressed by an information mining project is transforming existing business information of an organization into useful knowledge for decision making. Thus, the traditional software development process for requirements elicitation cannot be used to acquire required information for information mining process. In this context, a process of requirements gathering for information mining projects is presented, emphasizing the following phases: conceptualization, business definition and information mining process identification.Publicado en Lecture Notes in Business Information Processing book series (LNBIP, vol.139).Facultad de Informátic

Uso de TIC en la enseñanza de energías renovables: aplicación del HOMER a una problemática de diseño energético

El diseño, desarrollo y apropiación de tecnologías digitales son una realidad del siglo XXI que incluye todas las áreas del conocimiento y la producción. A diario se buscan soluciones tecnológicas innovadoras para ser incorporadas en proyectos de aplicación en diversos ámbitos: educativo, social, científico y laboral. El desarrollo de recursos digitales ha llegado también al campo de las energías renovables y se multiplican los programas informáticos de modelización de parques eólicos, estudio de variables climáticas, dimensionamiento de biodigestores, etc... Los futuros técnicos egresados de la Tecnicatura Superior en Energías Renovables “Desarrollará competencias específicas del campo de la energía que requieren del técnico el dominio de un “saber hacer” (…) Integración de clases teórico-prácticas, priorizando el aprendizaje de construcción del conocimiento por sobre la exclusiva transmisión”. Es por ello que en los Talleres de Energía Eólica y Solar, y en la asignatura Introducción a las Herramientas de Computación se enfatiza el aprendizaje y utilización de programas específicos: HOMER, GEOSOL, WINDPRO, SIG EOLICO, etc. Se presenta pues una actividad desarrollada por alumnos de 2° año como ejemplo de aplicación de uno de los programas mencionados en ambos talleres, de energía solar y eólica.The design, development and appropriation of digital technologies are a reality in the XXI Century which includes all areas of knowledge and production. Every day innovative technological solutions are sought to be incorporated into application projects in several fields: educational, social, scientific and professional. The development of digital resources has also reached the field of renewable energies and there are many software tools to model wind farms, study climatic variables, size biodigesters, etc... The future graduates of the “Tecnicatura Superior en Energías Renovables” (Renewable Energy Engineering) will: ... "Develop specific skills in the field of energy that require their mastery of know-how" (...) Integrate theoretical and practical classes, prioritizing knowledge construction over mere transmission". That is why in the workshops of Solar and Wind Energy, and the subject “Introduction to Software Tools”, the learning and use of specific software tools like HOMER, GEOSOL, WindPro, SIG WIND, etc. are emphasized. This activity developed by students of 2nd year is an example of application of the aforementioned software in both solar and wind energy workshops.Asociación Argentina de Energías Renovables y Medio Ambiente (ASADES

AKT inhibition impairs PCNA ubiquitylation and triggers synthetic lethality in homologous recombination-deficient cells submitted to replication stress

Translesion DNA synthesis (TLS) and homologous recombination (HR) cooperate during S-phase to safeguard replication forks integrity. Thus, the inhibition of TLS becomes a promising point of therapeutic intervention in HR-deficient cancers, where TLS impairment might trigger synthetic lethality (SL). The main limitation to test this hypothesis is the current lack of selective pharmacological inhibitors of TLS. Herein, we developed a miniaturized screening assay to identify inhibitors of PCNA ubiquitylation, a key post-translational modification required for efficient TLS activation. After screening a library of 627 kinase inhibitors, we found that targeting the pro-survival kinase AKT leads to strong impairment of PCNA ubiquitylation. Mechanistically, we found that AKT-mediated modulation of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) ubiquitylation after UV requires the upstream activity of DNA PKcs, without affecting PCNA ubiquitylation levels in unperturbed cells. Moreover, we confirmed that persistent AKT inhibition blocks the recruitment of TLS polymerases to sites of DNA damage and impairs DNA replication forks processivity after UV irradiation, leading to increased DNA replication stress and cell death. Remarkably, when we compared the differential survival of HR-proficient vs HR-deficient cells, we found that the combination of UV irradiation and AKT inhibition leads to robust SL induction in HR-deficient cells. We link this phenotype to AKT ability to inhibit PCNA ubiquitylation, since the targeted knockdown of PCNA E3-ligase (RAD18) and a non-ubiquitylable (PCNA K164R) knock-in model recapitulate the observed SL induction. Collectively, this work identifies AKT as a novel regulator of PCNA ubiquitylation and provides the proof-of-concept of inhibiting TLS as a therapeutic approach to selectively kill HR-deficient cells submitted to replication stress.Fil: Villafañez, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: García, Iris Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Carbajosa González, Sofía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Pansa, Maria Florencia. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Ciencias Exactas Fisicoquímicas y Naturales. Departamento de Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mansilla, Sabrina Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Llorens de Los Ríos, María Candelaria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Angiolini, Virginia Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones y Transferencia de Villa María. Universidad Nacional de Villa María. Centro de Investigaciones y Transferencia de Villa María; ArgentinaFil: Guantay, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Jacobs, Heinz. Tumor Biology And Immunology-netherlands Cancer Institu; Países BajosFil: Madauss, Kevin P.. Glaxosmithkline; Reino UnidoFil: Gloger, Israel. Glaxosmithkline; Reino UnidoFil: Gottifredi, Vanesa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Bocco, Jose Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Soria, Ramiro Gaston. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentin

Modelo de Procesos para la Gestión de Requerimientos en proyectos de Explotación de Información

Los Proyectos de Explotación de Información tienen por objetivo la transformación de los datos que recopila el proceso de negocio, en conocimiento útil para la toma de las decisiones. Los procesos asociados a los proyectos tradicionales de construcción de software no pueden utilizarse, debido a que estos procesos están orientados a la construcción de un producto diferente, que es el software. En este contexto, se presenta un proceso de gestión de requerimientos para Proyectos de Explotación de Información, que hace hincapié en las fases de definición de proyectos, educción del negocio, conceptualización del negocio e identificación de los procesos de explotación de información asociados al Proyecto de Explotación de Información.X Workshop bases de datos y minería de datosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Documentación de requisitos en proyectos de explotación de información

El proceso de Educción de Requisitos para Proyectos de Explotación de Información, contempla la realización de un conjunto de plantillas que se utilizan para documentar los conceptos educidos durante las primeras fases del proyecto. Por otro lado, la Ingeniería del Conocimiento (INCO) se encarga de la construcción de Sistemas Basados en Conocimientos, intentando representar el conocimiento y comportamiento inteligente de los seres humanos en un sistema artificial. Los Ingenieros del Conocimiento deben obtener el conocimiento de expertos humanos en una determinada área o dominio y luego modelizar estos conocimientos, de manera tal de que sean comprensibles por un sistema software. Para ello, se utilizan técnicas y herramientas provistas por la INCO. En este contexto, este proyecto busca identificar las técnicas de modelado de conocimientos, propias de la Ingeniería del Conocimiento, que puedan ser utilizadas para la documentación de requisitos en proyectos de explotación de información.Eje: Base de datos y minería de datosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI