Development of retrotransposon-based markers IRAP and REMAP for cassava (Manihot esculenta)

Retrotransposons are abundant in the genomes of plants. In the present study, inter-retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) and retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism (REMAP) markers were developed for the cassava genome (Manihot esculenta Crantz). Four cassava cultivars (Fécula Branca, IPR-União, Olho Junto, and Tamboara, two samples per cultivar) were used to obtain IRAP and REMAP fingerprints. Twelve designed primers were amplified alone and in combinations. The 42 IRAP/REMAP primer combinations amplified 431 DNA segments (bands; markers) of which 36 (8.36%) were polymorphic. The largest number of informative markers (16) was detected using the primers AYF2 and AYF2xAYF4. The number of bands for each primer varied from 3 to 16, with an average of 10.26 amplified segments per primer. The size of the amplified products ranged between 100 and 7000 bp. The AYF2 primer generated the highest number of amplified segments and showed the highest number of polymorphic bands (68.75%). Two samples of each cassava cultivar were used to illustrate the usefulness and the polymorphism of IRAP/REMAP markers. IRAP and REMAP markers produced a high number of reproducible bands, and might be informative and reliable for investigation of genetic diversity and relationships among cassava cultivars

Genetic and chemical diversity in seeds of cactus mandacaru (Cereus sp.) from two edaphoclimatic regions contrasting

ABSTRACT The purpose of this study was to evaluate the chemical, physiological and genetic differences in seeds of cactus of the Cereus genus (mandacaru) cultivated in the Northeast (Picos, State of Piauí) and Southern (Maringá, State of Paraná) regions of Brazil. Over a period of eight days, temperatures of 25°C and 30°C were equally efficient for the germination of all the seeds. Oleic acid (C18:1) was the most common fatty acid found in the seeds collected in the Southern (41%) and Northeast (45.5%) regions. The analysis of lipases indicated that seeds from Maringá have high mean observed and expected heterozygosities and that seeds from Picos have a higher number of alleles per loci. Therefore, the seeds of mandacaru from the semiarid region of Northeast as well as the seeds from the South (the two contrasting regions of Brazil) are promising with regards to the preservation of the biodiversity in the genome of mandacaru. The low genetic identity between mandacaru seeds from Maringá and Picos at Lipase-5 locus analysis (I = 0.77) suggests that the mandacaru plants from Maringá and Picos may correspond to two species: C. peruvianus and C. jamacaru, respectively

Variabilidad genética de lotes de brycon orbignyanus utilizados en programas de repoblamiento: manejo y conservación

Alteraciones ambientales causadas por el calentamiento global y principalmente causa-das por la acción del hombre, han reducido poblaciones naturales de peces. Como forma de conservación, programas de repoblamiento han sido utilizados; sin embargo, sin una debida orientación científica, estas medidas pueden generar disturbios genéticos sobre la diversidad genética de poblaciones de peces naturales y sobre el ecosistema. El objetivo de este estudio fue estimar y analizar la variabilidad genética de dos lotes y una progenie de Brycon orbignyanus utilizados en programas de repoblamiento, utilizando el marcador molecular RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Cincuenta y ocho reproductores de dos lotes (A y C) y 30 larvas de la progenie del lote A (B) pertenecientes a la Estação de Aqüicultura e Hidrologia da Duke Energy Internacional (Geração Parana-panema; São Paulo, Brasil) fueron analizados. Los resultados de variabilidad genética estimados por el índice de diversidad de Shannon (A: 0,3184; B: 0,3433 y C: 0,3687) y por el porcentaje de fragmentos polimórficos (A: 54,02%; B: 57,47% y C: 58,62%) mostraron que la variabilidad genética fue mantenida en la progenie, debido posiblemente al adecuado manejo reproductivo y al efecto fundador. Por el contrario, la variabilidad encontrada entre los dos lotes de reproductores indica una similaridad genética, a pesar de ser originarios de diferentes pisciculturas. Este resultado es comprobado en el valor moderado de diferenciación genética encontrado (0,0968), en el alto Nm (4,67) y en el dendrograma, que sugieren que los lotes poseen un pool genético simila

VARIABILIDAD GENÉTICA DE LOTES DE Brycon orbignyanus UTILIZADOS EN PROGRAMAS DE REPOBLAMIENTO: MANEJO Y CONSERVACIÓN

Alteraciones ambientales causadas por el calentamiento global y principalmente causa-das por la acción del hombre, han reducido poblaciones naturales de peces. Como forma de conservación, programas de repoblamiento han sido utilizados; sin embargo, sin una debida orientación científica, estas medidas pueden generar disturbios genéticos sobre la diversidad genética de poblaciones de peces naturales y sobre el ecosistema. El objetivo de este estudio fue estimar y analizar la variabilidad genética de dos lotes y una progenie de Brycon orbignyanus utilizados en programas de repoblamiento, utilizando el marcador molecular RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Cincuenta y ocho reproductores de dos lotes (A y C) y 30 larvas de la progenie del lote A (B) pertenecientes a la Estação de Aqüicultura e Hidrologia da Duke Energy Internacional (Geração Parana-panema; São Paulo, Brasil) fueron analizados. Los resultados de variabilidad genética estimados por el índice de diversidad de Shannon (A: 0,3184; B: 0,3433 y C: 0,3687) y por el porcentaje de fragmentos polimórficos (A: 54,02%; B: 57,47% y C: 58,62%) mostraron que la variabilidad genética fue mantenida en la progenie, debido posiblemente al adecuado manejo reproductivo y al efecto fundador. Por el contrario, la variabilidad encontrada entre los dos lotes de reproductores indica una similaridad genética, a pesar de ser originarios de diferentes pisciculturas. Este resultado es comprobado en el valor moderado de diferenciación genética encontrado (0,0968), en el alto Nm (4,67) y en el dendrograma, que sugieren que los lotes poseen un pool genético simila