Wide-scope biomedical named entity recognition and normalization with CRFs, fuzzy matching and character level modeling

We present a system for automatically identifying a multitude of biomedical entities from the literature. This work is based on our previous efforts in the BioCreative VI: Interactive Bio-ID Assignment shared task in which our system demonstrated state-of-the-art performance with the highest achieved results in named entity recognition. In this paper we describe the original conditional random field-based system used in the shared task as well as experiments conducted since, including better hyperparameter tuning and character level modeling, which led to further performance improvements. For normalizing the mentions into unique identifiers we use fuzzy character n-gram matching. The normalization approach has also been improved with a better abbreviation resolution method and stricter guideline compliance resulting in vastly improved results for various entity types. All tools and models used for both named entity recognition and normalization are publicly available under open license.</p

All clinically-relevant blood components transmit prion disease following a single blood transfusion: a sheep model of vCJD

Variant CJD (vCJD) is an incurable, infectious human disease, likely arising from the consumption of BSE-contaminated meat products. Whilst the epidemic appears to be waning, there is much concern that vCJD infection may be perpetuated in humans by the transfusion of contaminated blood products. Since 2004, several cases of transfusion-associated vCJD transmission have been reported and linked to blood collected from pre-clinically affected donors. Using an animal model in which the disease manifested resembles that of humans affected with vCJD, we examined which blood components used in human medicine are likely to pose the greatest risk of transmitting vCJD via transfusion. We collected two full units of blood from BSE-infected donor animals during the pre-clinical phase of infection. Using methods employed by transfusion services we prepared red cell concentrates, plasma and platelets units (including leucoreduced equivalents). Following transfusion, we showed that all components contain sufficient levels of infectivity to cause disease following only a single transfusion and also that leucoreduction did not prevent disease transmission. These data suggest that all blood components are vectors for prion disease transmission, and highlight the importance of multiple control measures to minimise the risk of human to human transmission of vCJD by blood transfusion

Fibronectin acts as a molecular switch to determine SPARC function in pancreatic cancer

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is one of the deadliest of all solid tumours and more effective therapy is urgently needed. The stroma is thought to play a critical role in tumour development and metastasis, and high stromal expression of the matricellular protein SPARC has been robustly associated with poor patient prognosis. However, the precise role of SPARC has been highly controversial, with multiple studies demonstrating tumour-suppressor properties of this protein 'in vitro'. This conflicting data has been a barrier to the development of new therapeutic approaches targeting SPARC, despite current interest in stromal-therapy. We show conclusively that SPARC acts directly on cancer cells to promote pancreatic cancer cell proliferation. This contradicts previous 'in vitro' studies, but is consistent with the observed clinical association between SPARC expression and poor patient prognosis. However, depletion of fibronectin switches the activity of SPARC from promoting cancer cell proliferation to growth inhibition and induction of apoptosis. Thus, targeting the interaction between SPARC and fibronectin could be used to turn the highly expressed tumour protein SPARC against the tumour to induce tumour cytotoxicity, and is a novel target for PDAC therapy

Relatório de estágio em farmácia comunitária

Relatório de estágio realizado no âmbito do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas, apresentado à Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbr

Tilintarkastajan ammattitaito ja menestyminen : Tilintarkastajien kokemuksia tilintarkastusammattilaisena toimimisesta eräässä Big 4 -yhteisössä

Tämän tutkielman aiheena on tilintarkastajien ammattitaidon käsite sekä ammattitaidon osoittaminen ja menestymisen edistäminen tilintarkastusyhteisössä. Tilintarkastajilta edellytetään ammattitaitoisuutta sekä laissa että tilintarkastajien omissa ammattieettisissä periaatteissa. Vaatimuksista huolimatta tilintarkastajan ammattitaidon sisältöä ei ole määritelty selkeästi missään, ja vakiintunut teoreettinen viitekehys sen tutkimiseen puuttuu. Usein ammattitaidon ajatellaan olevan pelkkää teknisen tietämyksen hallintaa, joka määrittelee tilintarkastajan menestymisen tilintarkastusyhteisössä. Tutkielma osoittaa, että tällainen näkemys ei vastaa tilintarkastusyhteisössä koettua todellisuutta. Tutkielma on luoteeltaan laadullinen tapaustutkimus, jonka tavoitteena on ymmärryksen lisääminen tutkittavasta ilmiöstä. Aineisto kerättiin haastatteluin, jonka jälkeen se litteroitiin ja sille tehtiin sisällönanalyysi. Haastatteluun valikoitiin tilintarkastusammattilaisia eräästä suomalaisesta Big 4 -yhteisöstä tilintarkastusyhteisön eri hierarkiatasoilta. Tutkielman lähtökohtana ovat tilintarkastajan työnkuvan muuttuminen tilintarkastajan urapolun varrella, tilintarkastusyhteisöjen hierarkkisuus sekä organisatorinen sosialisaatio eli prosessi, jonka myötä ryhmän jäsen omaksuu roolinsa ja oppii toimimaan sen mukaisesti. Tutkielmassa tehtiin teoreettista kehitystyötä muodostamalla viitekehys, jonka mukaan tilintarkastajan ammattitaidon osa-alueita ovat tieto, muut henkilökohtaiset ominaisuudet ja sosialisaatio. Tutkimustulokset tukevat tutkielmassa muodostettua teoreettista viitekehystä, sillä tilintarkastajien kertomusten perusteella ammattitaito on tiedon, muiden henkilökohtaisten ominaisuuksien ja sosialisaation muodostama kokonaisuus. Lisäksi tutkielmassa saatiin viitteitä siitä, että ammattitaidon eri osa-alueet voivat kompensoida toisiaan. Ammattitaidon sisältö ei ole staattinen tilintarkastajan urapolun varrella, vaan sen sisällön havaittiin muuttuvan samalla, kun tilintarkastaja etenee tilintarkastusyhteisön hierarkiassa asematasolta toiselle. Sosialisaatio on kuitenkin koko ajan läsnä, sillä tilintarkastajaa ei välttämättä pidetä ammattitaitoisena, ellei hän sovi tiettyyn tilintarkastajan muottiin. Asematasosta riippumatta tilintarkastusyhteisössä menestymiseen vaikuttavat: homogeenisuus, ylityöt ja ajankäyttö, ihmissuhteet sekä ulkoiset tekijät, kuten ulkonäkö, sukupuoli, ikä ja etsinen tausta. Tilintarkastaja voi pyrkiä osoittamaan ammattitaitoaan ja edistämään menestymistään vaikuttamalla kaikkiin ammattitaidon osa-alueisiin. Toisaalta myös muilla tekijöillä, kuten ihmissuhteilla, voi olla merkitystä. Tilintarkastajan menestymisen kannalta on tärkeää, että tilintarkastaja toimii roolinsa sekä tilintarkastusyhteisön odotusten ja ihanteiden mukaisesti, kun taas niistä poikkeaminen herättää kielteistä huomiota ja voi haitata urakehitystä