In silico analysis of the capability of two polimerase chain reaction techniques for stx gene detection

Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx). Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c, 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina, se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los genes stx, PCR-MK y PCR múltiple. El objetivo del trabajo fue analizar mediante el uso de herramientas bioinformáticas la capacidad de dichas técnicas para detectar las variantes génicas de stx, y demostrar experimentalmente la amplificación de aquellas que causan mayor impacto en Salud Pública. Se recopilaron 25 secuencias nucleotídicas de la base de datos de GenBank correspondientes a 21 variantes de Stx. Se utilizó el programa BLAST 2 sequences para analizar la complementariedad de las bases nucleotídicas entre las secuencias de las variantes y las secuencias de los cebadores utilizados en las PCR estudiadas. La técnica de PCR-MK permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d y stx2f, aunque no permite detectar el tipo stx2e y 3 variantes del tipo stx2c. La PCR múltiple permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d, pero no los tipos stx2e y stx2f. Se demostró experimentalmente que ambas técnicas de PCR son apropiadas para la detección de las variantes que están asociadas a enfermedad severa en el hombre.Shiga toxin-producing Escherichia coli is an emergent pathogen, being the Shiga toxin (Stx) the main virulence factor. These toxins are classified into 6 types (1, 2, 2c, 2d, 2e and 2f) and 22 variants. In Argentina, two PCR for stx gene detection, PCR-MK and multiplex-PCR, were validated. The aim of this work was to analyze, by using bioinformatic tools, the stx variants that could be amplified by these PCRs, and to experimentally show the amplification of 8 stx variants. Twentyfive nucleotide sequences were collected from GenBank corresponding to 21 stx variants. The BLAST 2 sequences program was used to analyze the complementarities between the nucleotide sequence of the variants and the primers corresponding to the PCR studied. PCR-MK could detect types stx1 , stx2 , stx2c, stx2d and stx2f, but not type stx2e and three type stx2c variants. On the other hand, the multiplex-PCR could detect types stx1 , stx2 , stx2c, stx2d, but not stx2e and stx2f types. It was experimentally determined that both PCRs can detect those variants that cause severe disease in humans.Instituto de Genética Veterinari

In silico analysis of the capability of two polimerase chain reaction techniques for stx gene detection

Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx). Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c, 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina, se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los genes stx, PCR-MK y PCR múltiple. El objetivo del trabajo fue analizar mediante el uso de herramientas bioinformáticas la capacidad de dichas técnicas para detectar las variantes génicas de stx, y demostrar experimentalmente la amplificación de aquellas que causan mayor impacto en Salud Pública. Se recopilaron 25 secuencias nucleotídicas de la base de datos de GenBank correspondientes a 21 variantes de Stx. Se utilizó el programa BLAST 2 sequences para analizar la complementariedad de las bases nucleotídicas entre las secuencias de las variantes y las secuencias de los cebadores utilizados en las PCR estudiadas. La técnica de PCR-MK permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d y stx2f, aunque no permite detectar el tipo stx2e y 3 variantes del tipo stx2c. La PCR múltiple permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d, pero no los tipos stx2e y stx2f. Se demostró experimentalmente que ambas técnicas de PCR son apropiadas para la detección de las variantes que están asociadas a enfermedad severa en el hombre.Shiga toxin-producing Escherichia coli is an emergent pathogen, being the Shiga toxin (Stx) the main virulence factor. These toxins are classified into 6 types (1, 2, 2c, 2d, 2e and 2f) and 22 variants. In Argentina, two PCR for stx gene detection, PCR-MK and multiplex-PCR, were validated. The aim of this work was to analyze, by using bioinformatic tools, the stx variants that could be amplified by these PCRs, and to experimentally show the amplification of 8 stx variants. Twentyfive nucleotide sequences were collected from GenBank corresponding to 21 stx variants. The BLAST 2 sequences program was used to analyze the complementarities between the nucleotide sequence of the variants and the primers corresponding to the PCR studied. PCR-MK could detect types stx1 , stx2 , stx2c, stx2d and stx2f, but not type stx2e and three type stx2c variants. On the other hand, the multiplex-PCR could detect types stx1 , stx2 , stx2c, stx2d, but not stx2e and stx2f types. It was experimentally determined that both PCRs can detect those variants that cause severe disease in humans.Instituto de Genética Veterinari

Vectores, antigüedad y procedencia de las especies alóctonas de agua dulce naturalizadas en Galicia

La llegada de muchas especies alóctonas de agua dulce a Galicia es relativamente reciente pero, a pesar de ello, están ya causando numerosos daños e incluso pérdidas económicas en ciertas áreas. Las medidas de prevención y gestión deben basarse no solo en el conocimiento de las especies introducidas en la región sino también en las áreas adyacentes que pudieran constituir focos de dispersión. En este trabajo se ofrece el catálogo actualizado y las fechas del primer registro de las especies exóticas de agua dulce naturalizadas en la Península Ibérica haciendo especial énfasis en Galicia. Se recoge así mismo para cada una de ellas el vector de introducción, su región de procedencia y el estatus actual de sus poblaciones. En total existen datos contrastados sobre la presencia de 31 especies alóctonas naturalizadas en medios acuáticos gallegos, cifra inferior a las que hasta el momento actual se han citado en España (89 especies) y Portugal (42 especies). De estas 31 especies, 19 han sido citadas en el Baixo Miño, comarca que parece ser una de las principales vías de entrada de especies alóctonas en Galicia puesto que, para un 37% de las catalogadas en ella se sitúa el primer registro en Galicia. Aunque el número de especies alóctonas registrado en Galicia es más bajo que los registrados en otras áreas geográficas, el alto valor de conservación de la flora y fauna de los medios acuáticos gallegos exige medidas urgentes para evitar la proliferación de estas especies

El buen profesor. Efectividad en el laboratorio de física de la Universidad Estatal de Nuevo México (NMSU)

El título de la tesis “El buen profesor. Efectividad en el laboratorio de física de la Universidad Estatal de Nuevo Méjico [NMSU]”, indica los dos objetivos que nos queremos proponer en este trabajo de investigación: de una parte, conocer la forma de enseñar de los profesores de los laboratorios de física del primer año de la carrera de la NMSU; de otra, comprobar su efectividad. Inicialmente nos centraremos en buscar y caracterizar al buen profesor; para en un segundo momento exponer los resultados de los casos particulares investigados

Green spaces and cognitive development in primary schoolchildren

© 2015, National Academy of Sciences. All rights reserved. Exposure to green space has been associated with better physical and mental health. Although this exposure could also influence cognitive development in children, available epidemiological evidence on such an impact is scarce. This study aimed to assess the association between exposure to green space and measures of cognitive development in primary schoolchildren. This study was based on 2,593 schoolchildren in the second to fourth grades (7-10 y) of 36 primary schools in Barcelona, Spain (2012-2013). Cognitive development was assessed as 12-mo change in developmental trajectory of working memory, superior working memory, and inattentiveness by using four repeated (every 3 mo) computerized cognitive tests for each outcome. We assessed exposure to green space by characterizing outdoor surrounding greenness at home and school and during commuting by using high-resolution (5 m x5 m) satellite data on greenness (normalized difference vegetation index). Multilevel modeling was used to estimate the associations between green spaces and cognitive development. We observed an enhanced 12-mo progress in working memory and superior working memory and a greater 12-mo reduction in inattentiveness associated with greenness within and surrounding school boundaries and with total surrounding greenness index (including greenness surrounding home, commuting route, and school). Adding a traffic-related air pollutant (elemental carbon) to models explained 20-65% of our estimated associations between school greenness and 12-mo cognitive development. Our study showed a beneficial association between exposure to green space and cognitive development among schoolchildren that was partly mediated by reduction in exposure to air pollution

Inteligencia Artificial en Medicina y Salud: revisión y clasificación de las aplicaciones actuales y del futuro cercano y su impacto ético y social

This paper provides an overview of the current and near-future applications of Artificial Intelligence (AI) in Medicine and Health Care and presents a classification according to their ethical and societal aspects, potential benefits and pitfalls, and issues that can be considered controversial and are not deeply discussed in the literature. This work is based on an analysis of the state of the art of research and technology, including existing software, personal monitoring devices, genetic tests and editing tools, personalized digital models, online platforms, augmented reality devices, and surgical and companion robotics. Motivated by our review, we present and describe the notion of “extended personalized medicine”, we then review existing applications of AI in medicine and healthcare and explore the public perception of medical AI systems, and how they show, simultaneously, extraordinary opportunities and drawbacks that even question fundamental medical concepts. Many of these topics coincide with urgent priorities recently defined by the World Health Organization for the coming decade. In addition, we study the transformations of the roles of doctors and patients in an age of ubiquitous information, identify the risk of a division of Medicine into “fake-based”, “patient-generated”, and “scientifically tailored”, and draw the attention of some aspects that need further thorough analysis and public debate

Chronic lymphocytic leukemia patients with IGH translocations are characterized by a distinct genetic landscape with prognostic implications

Chromosome 14q32 rearrangements/translocations involving the immunoglobulin heavy chain (IGH) are rarely detected in chronic lymphocytic leukemia (CLL). The prognostic significance of the IGH translocation is controversial and its mutational profile remains unknown. Here, we present for the first time a comprehensive next-generation sequencing (NGS) analysis of 46 CLL patients with IGH rearrangement (IGHR-CLLs) and we demonstrate that IGHR-CLLs have a distinct mutational profile with recurrent mutations in NOTCH1, IGLL5, POT1, BCL2, FBXW7, ZMYM3, MGA, BRAF and HIST1H1E genes. Interestingly, BCL2 and FBXW7 mutations were significantly associated with this subgroup and almost half of BCL2, IGLL5 and HISTH1E mutations reported were previously identified in non-Hodgkin lymphomas. Notably, IGH/BCL2 rearrangements were associated with a lower mutation frequency and carried BCL2 and IGLL5 mutations, while the other IGHR-CLLs had mutations in genes related to poor prognosis (NOTCH1, SF3B1 and TP53) and shorter time to first treatment (TFT). Moreover, IGHR-CLLs patients showed a shorter TFT than CLL patients carrying 13q-, normal fluorescence in situ hybridization (FISH) and +12 CLL, being this prognosis particularly poor when NOTCH1, SF3B1, TP53, BIRC3 and BRAF were also mutated. The presence of these mutations not only was an independent risk factor within IGHR-CLLs, but also refined the prognosis of low-risk cytogenetic patients (13q-/normal FISH). Hence, our study demonstrates that IGHR-CLLs have a distinct mutational profile from the majority of CLLs and highlights the relevance of incorporating NGS and the status of IGH by FISH analysis to refine the risk-stratification CLL model

Ab Initio Calculation of the Lattice Distortions induced by Substitutional Ag- and Cu- Impurities in Alkali Halide Crystals

An ab initio study of the doping of alkali halide crystals (AX: A = Li, Na, K, Rb; X = F, Cl, Br, I) by ns2 anions (Ag- and Cu-) is presented. Large active clusters with 179 ions embedded in the surrounding crystalline lattice are considered in order to describe properly the lattice relaxation induced by the introduction of substitutional impurities. In all the cases considered, the lattice distortions imply the concerted movement of several shells of neighbors. The shell displacements are smaller for the smaller anion Cu-, as expected. The study of the family of rock-salt alkali halides (excepting CsF) allows us to extract trends that might be useful at a predictive level in the study of other impurity systems. Those trends are presented and discussed in terms of simple geometric arguments.Comment: LaTeX file. 8 pages, 3 EPS pictures. New version contains calculations of the energy of formation of the defects with model clusters of different size

Analisis de las respuestas moleculares profundas alcanzadas por las multiples secuencias de tratamientos con ITKS en LMC. Estudio de largo seguimiento del registro español de LMC

Poster [PC-231] Introducción: Cinco inhibidores de tirosina cinasa (ITKs) están disponibles para el tratamiento de pacientes con leucemia mieloide crónica en fase crónica (LMC-FC). Analizamos las diferentes secuencias de ITKs utilizadas como terapia para la LMC-FC en un análisis a largo plazo en vida real. Métodos: En un análisis retrospectivo de cohortes, se incluyeron pacientes con LMC-FC tratados en la práctica clínica con diferentes ITKs en el Registro Español de LMC (RELMC) (17 hospitales de todo el país) entre 2000 y 2014. El objetivo principal del estudio fue describir la secuencia del tratamiento con ITKs en la práctica de la vida real y la última respuesta molecular profunda (DMR) (MR4, MR4.5 o transcrito indetectable) para cada esquema. Resultados: Nuestro análisis incluyó 862 pacientes con LMC en 1º FC tratados con ITKs en 1ª línea o después de interferón alfa. Datos demográficos demográficos: 517 H, 345 M, mediana de edad: 52 años (14-94a). Distribución del Índice Sokal (bajo 49% Inter 38% Alto 13%), Índice EURO (bajo 50% Inter 45% Alto 5%), Índice EUTOS (bajo 93% Alto 7%), Índice LT-EUTOS (bajo 68 % Inter 25% Alto 7%). Esquemas de tratamiento: la Tabla 1 resume todos los esquemas utilizados y la última respuesta molecular. Los pacientes se dividieron en 4 grupos según el tratamiento con ITKs. Grupo 1: solo tratados con Imatinib 394 p (45, 7%) Grupo 2: Imatinib y luego 2ºGITKs debido a intolerancia o fallo 170 p (19, 7%) (12 esquemas de tratamiento secuenciales diferentes con ITKs) Grupo 3: 2ºGITKs en 1ª línea 91 p (13 esquemas secuenciales) (10, 5%) Grupo 4: Interferón alfa y luego ITKs 207 p (24%) (9 esquemas secuenciales). La Figura 1 resume la evolución de diferentes tratamientos alrededor de los 14 años. Última respuesta molecular profunda: con una mediana de seguimiento de 82 meses (1-351 m) desde el diagnóstico, 77 m (1-311 m) desde el primer tratamiento y 70 m (1-191 m) desde el primer tratamiento con ITK. Las tasas de respuesta molecular profunda para cada grupo fueron (G1: DMR 65% MMR 13% No MMR 15%, G2: DMR 46% MMR 24% No MMR 17%, G3: DMR 62% MMR 13% No MMR 12%, G4: DMR 53% MMR 17% No MMR 18%). Supervivencia a largo plazo (SLP o SG): no se encontraron diferencias estadísticas entre los grupos de tratamiento, ya sea desde el diagnóstico, el primer tratamiento o el primer ITK. Alcanzar una respuesta profunda garantiza mejores resultados. Variables predictivas de respuesta: los índices SOKAL, EUTOS, EURO y LT-EUTOS continúan siendo útiles para predecir el resultado a largo plazo. Conclusiones: En el contexto de un registro multicéntrico basado en hospitales, el tratamiento con ITKs es muy variable, con un gran número de secuencias diferentes de ITKs. Con una mediana de seguimiento de 7 años la tasa de respuesta molecular profunda es aproximadamente del 60% en pacientes tratados con imatinib y que no necesitan cambio de ITKs, y en aquellos tratados en 1º línea con 2ºGITKs(a pesar de su corto seguimiento), pero parece menor en pacientes tratados con imatinib que necesitan cambiar a 2ºGITKs. Los resultados de supervivencia fueron similares para todos los grupos

Spanish guidelines for the use of targeted deep sequencing in myelodysplastic syndromes and chronic myelomonocytic leukaemia

The landscape of medical sequencing has rapidly changed with the evolution of next generation sequencing (NGS). These technologies have contributed to the molecular characterization of the myelodysplastic syndromes (MDS) and chronic myelomonocytic leukaemia (CMML), through the identification of recurrent gene mutations, which are present in >80% of patients. These mutations contribute to a better classification and risk stratification of the patients. Currently, clinical laboratories include NGS genomic analyses in their routine clinical practice, in an effort to personalize the diagnosis, prognosis and treatment of MDS and CMML. NGS technologies have reduced the cost of large-scale sequencing, but there are additional challenges involving the clinical validation of these technologies, as continuous advances are constantly being made. In this context, it is of major importance to standardize the generation, analysis, clinical interpretation and reporting of NGS data. To that end, the Spanish MDS Group (GESMD) has expanded the present set of guidelines, aiming to establish common quality standards for the adequate implementation of NGS and clinical interpretation of the results, hoping that this effort will ultimately contribute to the benefit of patients with myeloid malignancies