Disentangling the effects of phonation and articulation: Hemispheric asymmetries in the auditory N1m response of the human brain

BACKGROUND: The cortical activity underlying the perception of vowel identity has typically been addressed by manipulating the first and second formant frequency (F1 & F2) of the speech stimuli. These two values, originating from articulation, are already sufficient for the phonetic characterization of vowel category. In the present study, we investigated how the spectral cues caused by articulation are reflected in cortical speech processing when combined with phonation, the other major part of speech production manifested as the fundamental frequency (F0) and its harmonic integer multiples. To study the combined effects of articulation and phonation we presented vowels with either high (/a/) or low (/u/) formant frequencies which were driven by three different types of excitation: a natural periodic pulseform reflecting the vibration of the vocal folds, an aperiodic noise excitation, or a tonal waveform. The auditory N1m response was recorded with whole-head magnetoencephalography (MEG) from ten human subjects in order to resolve whether brain events reflecting articulation and phonation are specific to the left or right hemisphere of the human brain. RESULTS: The N1m responses for the six stimulus types displayed a considerable dynamic range of 115–135 ms, and were elicited faster (~10 ms) by the high-formant /a/ than by the low-formant /u/, indicating an effect of articulation. While excitation type had no effect on the latency of the right-hemispheric N1m, the left-hemispheric N1m elicited by the tonally excited /a/ was some 10 ms earlier than that elicited by the periodic and the aperiodic excitation. The amplitude of the N1m in both hemispheres was systematically stronger to stimulation with natural periodic excitation. Also, stimulus type had a marked (up to 7 mm) effect on the source location of the N1m, with periodic excitation resulting in more anterior sources than aperiodic and tonal excitation. CONCLUSION: The auditory brain areas of the two hemispheres exhibit differential tuning to natural speech signals, observable already in the passive recording condition. The variations in the latency and strength of the auditory N1m response can be traced back to the spectral structure of the stimuli. More specifically, the combined effects of the harmonic comb structure originating from the natural voice excitation caused by the fluctuating vocal folds and the location of the formant frequencies originating from the vocal tract leads to asymmetric behaviour of the left and right hemisphere

Characterizing cycling traffic fluency using big mobile activity tracking data

Mobile activity tracking data, i.e. data collected by mobile applications that enable activity tracking based on the use of the Global Navigation Satellite Systems (GNSS), contains information on cycling in urban areas at an un-precedented spatial and temporal extent and resolution. It can be a valuable source of information about the quality of bicycling in the city. Required is a notion of quality that is derivable from plain GNSS trajectories. In this article, we quantify urban cycling quality by esti-mating the fluency of cycling traffic using a large set of GNSS trajectories recorded with a mobile tracking appli-cation. Earlier studies have shown that cyclists prefer to travel continuously and without halting, i.e. fluently. Our method extracts trajectory properties that describe the stopping behaviour and dynamics of cyclists. It aggre-gates these properties to segments of a street network and combines them in a descriptive index. The suitability of the data to describe the cyclists' behaviour with street-level detail is evaluated by comparison with various data from independent sources. Our approach to characterizing cycling traffic fluency offers a novel view on the cyclability of a city that could be valuable for urban planners, application providers, and cyclists alike. We find clear indications for the data's ability to estimate characteristics of city cycling quality correctly, despite behaviour patterns of cyclists not caused by external circumstances and the data's inher-ent bias. The proposed quality measure is adaptable for different applications, e.g. as an infrastructure quality measure or as a routing criterion

Quantifying cycling traffic fluency based on big mobile tracking data

Activity tracking data collected by mobile applications opens up a new, data-driven perspective on monitoring cycling in the city. In this work, we demonstrate how a large set of trajectories can be used to measure the cyclability of an urban infrastructure. We achieve this by defining the cycling traffic fuency index that describes the smoothness of cycling traffic on segments of a street network. Bias, uncertainty, and the divergence of infrastructure popularity presents challenges to the method, but within these limits, the index could be applied in city planning or as a routing criterion

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Transcript prediction can be modeled as a graph problem where exons are modeled as nodes and reads spanning two or more exons are modeled as exon chains. Pacific Biosciences third-generation sequencing technology produces significantly longer reads than earlier second-generation sequencing technologies, which gives valuable information about longer exon chains in a graph. However, with the high error rates of third-generation sequencing, aligning long reads correctly around the splice sites is a challenging task. Incorrect alignments lead to spurious nodes and arcs in the graph, which in turn lead to incorrect transcript predictions. We survey several approaches to find the exon chains corresponding to long reads in a splicing graph, and experimentally study the performance of these methods using simulated data to allow for sensitivity/precision analysis. Our experiments show that short reads from second-generation sequencing can be used to significantly improve exon chain correctness either by error-correcting the long reads before splicing graph creation, or by using them to create a splicing graph on which the long-read alignments are then projected. We also study the memory and time consumption of various modules, and show that accurate exon chains lead to significantly increased transcript prediction accuracy. Availability: The simulated data and in-house scripts used for this article are available at http://www.cs.helsinki.fi/group/gsa/exon-chains/exon-chains-bib.tar.bz2.Peer reviewe

Merkityksellisen työn tekijät : akateemisten nuorten naisten kokemuksia työnsä merkityksellisyydestä

Aikaisempi tutkimus merkityksellisestä työstä on keskittynyt tarkastelemaan merkityksellisen työn lähteitä (yksilö, työ, organisaatio ja yhteiskunta) sekä niiden keskinäisiä suhteita. Tutkimus on toteutettu pitkälti positiivisen organisaatio-opin (POS) näkemyksiä mukaillen, jolloin tutkittavat asiat esitetään pysyvinä ja universaaleina. Tässä pro gradu -tutkielmassa tuon tutkimuskenttään mukaan uudenlaisen näkökulman tarkastelemalla merkityksellisen työn kokemuksen rakentumista identiteettityönä. Tämä tutkimus on toteutettu siitä näkökulmasta, että todellisuus on sosiaalisesti rakentunut, jolloin myös kokemus merkityksellisestä työstä on kontekstisidonnainen ja rakentuu jatkuvasti uudelleen. Merkityksellisen työn tarkastelu identiteettityönä tuo näkyville kulttuurissamme vallitsevia moninaisia ja ristiriitaisia käsityksiä merkityksellisestä työstä. Tutkimus on toteutettu laadullisesti ja se kiinnittyy organisaatio- ja johtamistutkimukseen. Aineisto koostuu syksyllä 2013 toteutetuista akateemisesti koulutettujen nuorten naisten haastatteluista. Kohderyhmä edustaa niin sanottua Y-sukupolvea. Empiirinen osuus on rakennettu analysoimalla aineistoa narratiivista eli kerronnallista otetta hyödyntäen ja tuottamalla aineistosta viisi identiteettitarinaa. Mallikansalaisen, Inhimillisyyden etsijän, Kehittäjän, Järkevän haaveilijan ja Arjen tasapainottelijan identiteettitarinat rakentuvat haastateltavien puheessa heidän kertoessa kokemuksiaan työstä ja työelämästä. Tuottamani viisi erilaista identiteettitarinaa kertovat kukin omalla tavallaan niistä käsityksistä, joita tällä hetkellä organisaatioissa ja yhteiskunnassa jaetaan ja toistetaan. Näiden identiteettitarinoiden kautta haastateltavat rakentavat identiteettiään merkityksellisen työn tekijöinä. Haastateltavien puheessa rakentuu samanaikaisesti useampi identiteettitarina. Tämä näyttäytyy aineistossa ristiriitaisuuksina ja turhautumisena, sillä kukin identiteetti pitää sisällään erilaisia olettamuksia ja käsityksiä. Toimija pyrkii kuitenkin sovittelemaan ristiriitoja, jotta kykenee muodostamaan yhtenäisen ja positiivisen kuvan itsestään ja tekemästään työstä

Varhaiskasvatuksen opettaja lasten lukemaan ja kirjoittamaan oppimisen tukijana esiopetuksessa

Lukemaan ja kirjoittamaan opettamisen on perinteisesti katsottu kuuluvan koululle, mutta todellisuudessa näiden taitojen oppiminen alkaa jo varhaislapsuudessa. Varhaiskasvatuksen opettajien näkemyksiä lukemaan ja kirjoittamaan oppimisen tukemisesta on kuitenkin tutkittu aiemmin melko vähän. Tässä laadullisessa tutkimuksessa tarkasteltiin esiopetuksessa toimivien varhaiskasvatuksen opettajien näkemyksiä tekijöistä, jotka vaikuttavat lasten lukemaan ja kirjoittamaan oppimiseen sekä sitä, miten esiopetuksessa tuetaan lasten lukemaan ja kirjoittamaan oppimista. Tutkimusaineisto kerättiin haastatteluiden avulla ja analysoitiin aineistolähtöisesti, teemoittelun avulla. Opettajat olivat yhtä mieltä siitä, että esiopetuksen tehtävänä ei ole varsinainen lukemaan ja kirjoittamaan opettaminen, mutta näiden taitojen tukeminen on ensisijaisen tärkeää. Lasten kanssa leikitellään kielellä, sekä tutustutaan monipuolisesti kirjaimiin ja kirjoitettuun kieleen. Esiopetustoimintaa ohjaa Esiopetuksen opetussuunnitelman perusteet, ja tämä näkyi vahvasti opettajien vastauksissa. Tutkimustulokset osoittivat, että varhaiskasvatuksen opettajat kokevat leikinomaisuuden olevan tärkeää, jotta oppiminen esiopetuksessa ei tapahtuisi vielä ainoastaan koulunomaisena pöytätyöskentelynä. Tutkimustulokset tuovat uutta tietoa siitä, miten esiopetuksessa tuetaan lasten lukemaan ja kirjoittamaan oppimista sekä siitä, minkälaisten tekijöiden opettajat kokevat vaikuttavan näiden taitojen oppimiseen

Candida prevalence in saliva before and after oral cancer treatment

Background: Previous studies have shown an increased prevalence of candidiasis in patients receiving radiotherapy for head and neck cancer. However, little is known of the effect the different cancer treatment modalities have on the oral Candida status. Objective and hypothesis: The objective of this study was to investigate the change in salivary Candida status of oral squamous cell carcinoma (OSCC) patients undergoing cancer treatment. The hypothesis was that cancer treatments change the oral microbial environment favouring an increase in the prevalence of more pathogenic non-albicans Candida (NAC). Methods: We collected paraffin-stimulated saliva from 44 OSCC patients before surgery and after a minimum of 19 months of follow-up. Chromagar, Bichro-Dupli-test and API ID 32 C were used for identification of different Candida species and results were analysed statistically. Results: At both timepoints, 75% of samples were Candida positive with C. albicans being the most common yeast. NAC strains were present in 16% of the pre-operative samples and 14% of the follow-up samples. The NAC species found were C. dubliniensis, C. krusei, C. guilliermondii (preoperatively only) and C. glabrata (at follow-up only). In 73% of the cases, the salivary Candida status remained unchanged. There was an 18% increase in the prevalence of candidiasis. However, the different treatment modalities did not statistically significantly affect the Candida status of the patients. Conclusion: The intraindividual prevalence of salivary Candida among OSCC patients seems to be stable and different treatment modalities have little to no effect on the salivary Candida status. (c) 2021 The Authors. Published by Elsevier Ltd on behalf of Royal College of Surgeons of Edinburgh (Scottish charity number SC005317) and Royal College of Surgeons in Ireland. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons. org/licenses/by-nc-nd/4.0/).Peer reviewe

Motoriikka paremmaksi : opas motoriikkakerhon ohjaamiseen

Tämän opinnäytetyön aiheena oli toteuttaa projekti SOTEEKKIlle eli Sosiaali- ja terveysalan palvelukeskukselle, johon on suunniteltu perustettavaksi motoriikkakerho. Ajatus kerhon perustamiseen lähti liikunnanopettaja Kati Karinharjun ehdotuksesta sekä motorisista vaikeuksista kärsivän lapsen vanhemman tiedustelusta. Mopa- eli ”Motoriikka paremmaksi” -kerho on suunnattu terveille lapsille, joilla on motorisia ongelmia. Opinnäytetyöprojekti aloitettiin kokoamalla tietoa lasten kehityksestä sekä motorisesta kehityksestä Lisäksi tietoa kerättiin motorisista häiriöistä, niiden diagnosoinnista, kuntoutuksesta ja arvioinnista. Kerhoa varten suunniteltiin arviointilomakkeisto tukemaan motoristen taitojen arviointia, seurantaa sekä tuokioiden ja kotiharjoitteiden suunnittelua. Tavoitteena oli saada monipuolinen, lapsen arkea lähellä oleva sekä muutoksille herkkä arviointimenetelmä, jotta se olisi käytännöllinen ja toisi esille lasten yksilöllisiä eroja. Lomakkeistossa testataan perusliikkumisen taitoja, kehontuntemusta, tasapainoa ja motorisia kaksoistehtäviä sekä arvioidaan liikkumisen laadullisia tekijöitä. Lomakkeisto pilotoitiin Porin vapaa-aikaviraston järjestämässä erityislasten futuurikerhossa. Projektin tuotteena syntyi opas, joka sisältää perustietoa 2–10-vuotiaiden lasten kehityksestä sekä motoriikasta ja sen ongelmista. Oppaassa on käsitelty motoriikan arviointia, ja siinä on liitteenä kerhon käyttöön suunniteltu arviointilomakkeisto. Motorisen kuntoutuksen yleisten suuntaviivojen lisäksi oppaaseen on sisällytetty käytännön harjoitteita.MOTOR SKILLS IMPROVED - A GUIDEBOOK FOR INSTRUCTING A MOTOR CLUB The purpose of this thesis was to carry out a project for SOTEEKKI, a social and healthcare service centre, in which it has been planned to start up a motor club. The idea for the club came from Kati Karinharju, the teacher of physical education, and from an inquiry made by a parent of a child with motor difficulties. The club is meant for healthy children with motor problems. The project began with finding out information about the general development of children and also motor development. Added to this, information was gathered on the subjects of motor disorders, their diagnosis-criteria, rehabilitation and assessment. An assessment tool was constructed for the club to support evaluation, follow-up and planning of both the group interventions as well as home exercise programmes. The goal was to produce a versatile assessment tool that was linked to the everyday life of a child and sensitive enough to respond to changes. This way it would bring out the individual differences in children and make the assessment method practical. The evaluated items are fundamental movement abilities, body awareness, balance and motor dual-tasks. The assessment tool was piloted at a club for children with special needs that is organized by the city of Pori. The product of this project was a guidebook with information about the development and motor functions of children 2–10-years-old. The handbook consists of information about motor difficulties and motor assessment, and the assessment tool constructed for the club is enclosed. There are also guidelines to motor rehabilitation as well as some exercises