Selection and exploitation of prevalent, tandemly repeated genomic targets for improved real-time PCR-based detection of Wuchereria bancrofti and Plasmodium falciparum in mosquitoes

Optimization of polymerase chain reaction (PCR)-based diagnostics requires the careful selection of molecular targets that are both highly repetitive and pathogen-specific. Advances in both next-generation sequencing (NGS) technologies and bioinformaticsbased analysis tools are facilitating this selection process, informing target choices and reducing labor. Once developed, such assays provide disease control and elimination programs with an additional set of tools capable of evaluating and monitoring intervention successes. The importance of such tools is heightened as intervention efforts approach their endpoints, as accurate and complete information is an essential component of the informed decision-making process. As global efforts for the control and elimination of both lymphatic filariasis and malaria continue to make significant gains, the benefits of diagnostics with improved analytical and clinical/field-based sensitivities and specificities will become increasingly apparent

Estudo da mcrobiota fúngica gastrintestinal de morcegos (Mammalia, Chiroptera) da região noroeste do estado de São Paulo: potencial zoonótico

Os morcegos são hospedeiros de uma rica diversidade de microrganismos. Muitos trabalhos apontam uma estreita ligação entre quirópteros e fungos com potencial patogênico, principalmente por habitarem ambientes como cavernas, grutas e ocos de árvores, favoráveis à manutenção e propagação dos fungos. O objetivo do trabalho foi estudar a microbiota fúngica gastrintestinal de morcegos. Das 98 amostras pertencentes a 11 espécies de morcegos procedentes de 15 cidades estudadas, 20% são da espécie Carollia perspicillata, 19% Artibeus lituratus, 17% Molossus rufus, 13% Glossophaga soricina, 9% Nyctinomops macrotis, 8% Molossus molossus, 7% Desmodus rotundus, 2% Lasiurus ega, e 1% Eptesicus furinalis, Myotis nigricans e Tadarida brasiliensis. O gênero Aspergillus sp. foi isolado de 29% das amostras, seguidos por 6% Microsporum sp. e Penicillium sp., 4% Tricophyton sp. e zigomicetos e 2% Fusarium sp. Das espécies de leveduras, 14% foram de Rhodotorula sp., 10% Candida sp. e 2% Cryptococcus sp., 22% dos isolados permaneceram sem identificação. Todos os 82 cultivos de vísceras foram negativos para Histoplasma capsulatum. Houve associação estatística significativa entre os resultados do cultivo microbiológico e as espécies de morcegos (p < 0,05). Concluímos que os morcegos podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, entretanto outros trabalhos devem ser realizados a fim de estabelecer estratégias que permitam identificar os principais fatores correlacionados com o crescimento e a disseminação dos microrganismos na natureza e qual a implicação dos quirópteros no ciclo epidemiológico.Bats are hosts of a rich diversity of microorganisms. Many studies indicate a close link between bats and fungi with pathogenic potential, especially for living in environments such as caves, caverns and hollow trees, favorable to the maintenance and spread of fungi. The objective was to study the gastrointestinal mycoflora of bats. Of the 98 samples belonging to 11 species of bats coming from 15 studied cities, 20% of the species were Carollia perspicillata, 19% Artibeus lituratus, 17% Molossus rufus, 13% Glossophaga soricina, 9% Nyctinomops macrotis, 8% Molossus molossus, 7% Desmodus rotundus, 2% Lasiurus ega and 1% Eptesicus furinalis, Myotis nigricans and Tadarida brasiliensis. The genus Aspergillus sp. was isolated from 29% of the samples, followed by 6% Microsporum sp. and Penicillium sp. 4% Trichophyton sp. and zygomycetes and 2% Fusarium sp. Of yeast species, 14% were from Rhodotorula sp., 10% Candida sp. and 2% Cryptococcus sp., 22% of isolates remained unidentified. All 82 cultures of organs were negative for Histoplasma capsulatum. There was a statistically significant association between the results of microbiological culture and bat species (p < 0.05). We conclude that the bats can act as disperser agents of fungi with pathogenic potential, although other studies should be performed to establish strategies to identify the main factors correlated with the growth and spread of microorganisms in nature and implication of bats in the epidemiological cycle

Detecção e prevalência de rotavírus e astrovírus em manifestações clínicas do trato gastrintestinal

-A gastrenterite é reconhecida pela Organização Mundial de Saúde como um grave problema de saúde pública, que acomete principalmente crianças nos primeiros anos de vida. A doença é responsável por taxas acentuadas de morbidade em todo o mundo, e esse quadro se agrava nos países em desenvolvimento, onde a taxa de mortalidade também é elevada. Os vírus são importantes agentes etiológicos da doença diarréica aguda, dentre os quais encontramos os rotavírus (RTV) e os astrovírus (AstrV). Ambos são transmitidos pela via fecal-oral e causam sintomas como diarréia, vômito, dor abdominal e febre. Os RTV são responsáveis por 20 a 50% dos casos graves requerem hospitalização de crianças, enquanto os AstrV estão envolvidos em cerca de 2 a 8% dos casos, acometendo crianças e adultos. O objetivo deste trabalho foi verificar a associação de RTV e AstrV em casos de doença diarréica infantil aguda, bem como caracterizar as amostras de RTV circulantes em Juiz de Fora. Para tal foram coletados 183 espécimes fecais, provenientes em sua maioria de crianças de 0-5 anos, atendidas nas redes pública e privada de atendimento, entre janeiro de 2007 e setembro de 2008. Suspensões fecais a 10% em tampão Tris-HCl-Ca-, pH 7,2, clarificadas, foram submetidas à técnica de extração do RNA viral. A triagem das amostras positivas para RTV, bem como a caracterização dos perfis eletroforéticos foi realizada, utilizando-se a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA). A presença de AstrV foi pesquisada em 110 amostras negativas para RTV, através da reação em cadeia da polimerase, precedida de transcrição reversa (RT-PCR). Das 183 amostras analisadas foram detectadas 13,7% (25/183) de positivas para RTV, sendo 2,1% (2/96) em 2007 e 26,4% (23/87) em 2008. Em relação aos AstrV foi verificada uma prevalência de 2,7% (3/110) no período estudado, sendo 2,5% (2/89) em 2007 e 4,8% (1/21) em 2008. A maioria das amostras positivas para RTV e AstrV(60,7% = 17/28) foram detectadas em crianças com até 36 meses de idade. A análise eletroforética das amostras positivas para RTV, mostrou a presença de perfis curtos e longos, compatíveis com RTV do grupo A. Em comparação com anos anteriores foi observada uma baixa prevalência de RTV em 2007, o que pode ser uma conseqüência da incorporação da vacina Rotarix no Calendário Nacional de Vacinação, em março de 2006. A pesquisa de AstrV é pioneira em Juiz de Fora, e embora a prevalência tenha sido baixa, provavelmente refletindo o pequeno número de amostras analisadas, encontra-se dentro da faixa preconizada na literatura. A investigação da etiologia das gastrenterites virais e da prevalência dos vírus entéricos associados à doença é fundamental para a obtenção de dados epidemiológicos que contribuam para o desenvolvimento de estratégias de prevenção, bem como para estudos de impacto após vacinação da população infantil

Investigação epidemiológica de patógenos virais associados a manifestações no trato gastrintestinal, em crianças , na Zona da Mata Mineira

-A gastrenterite viral é uma doença comum, que ocorre tanto em países desenvolvidos quanto naqueles em desenvolvimento, sendo que nestes últimos, a doença se mantém como uma das principais causas de mortalidade infantil. Embora os rotavírus sejam os principais agentes envolvidos, merecem destaque também, os adenovírus e os astrovírus. Este trabalho teve como objetivos detectar a presença de rotavírus, adenovírus e astrovírus em casos de gastrenterite infantil; caracterizar as amostras de rotavírus detectadas; avaliar a prevalência e a sazonalidade dessas infecções. Espécimes fecais foram obtidos de crianças de 0 a 5 anos, com quadro de gastrenterite, atendidas em unidades de saúde das redes pública e privada, localizadas em Juiz de Fora, no período de 2005 a 2006. Suspensões fecais a 10% em tampão Tris-HCl-Ca, pH 7,2, clarificadas, foram testadas através de um ensaio imunoenzimático, para a detecção de rotavírus e adenovírus (EIERA). Todas as suspensões, com exceção daquelas positivas para adenovírus, foram submetidas à técnica de extração do RNA viral com tampão isotiocianato de guanidina, associado à sílica. A caracterização eletroforética do RNA das amostras positivas para rotavírus foi realizada através da técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA), enquanto a detecção dos astrovírus foi realizada através da técnica de reação em cadeia da polimerase, precedida de transcrição reversa (RT-PCR). A presença de rotavírus foi pesquisada em 338 espécimes fecais, tendo sido encontradas 61 amostras positivas (18,04%), a maioria delas entre julho e agosto, meses mais frios e secos do ano. A análise eletroforética destas, mostrou a circulação de amostras com perfis característicos de rotavírus do grupo A, todas de perfil longo, em 2005 e, em 2006, perfis longos e curtos, com predominância dos últimos. Os adenovírus foram pesquisados em 316 espécimes, tendo sido detectadas 17 amostras positivas (5,38%) e embora as infecções tenham sido registradas em diferentes meses do ano, em 2006, verificou-se uma maior ocorrência em maio. A maioria das amostras positivas para rotavírus e adenovírus foi encontrada em crianças com até 24 meses de idade. A pesquisa para detecção de astrovírus foi realizada em 90 amostras fecais, tendo sido encontrada uma positiva (1,11%), detectada no mês de setembro de 2005. O presente estudo reforça a importância do envolvimento destes vírus em casos brandos e severos de doença diarréica infantil. Dada a relevância das gastrenterites virais em todo o mundo, a realização de levantamentos epidemiológicos contínuos é importante, pois contribuem para a obtenção de dados, necessários para o desenvolvimento e acompanhamento de medidas de prevenção

Trends in reported malaria cases and the effects of malaria control in the Democratic Republic of the Congo

Considerable upscaling of malaria control efforts have taken place over the last 15 years in the Democratic Republic of Congo, the country with the second highest malaria case load after Nigeria. Malaria control interventions have been strengthened in line with the Millenium Development Goals. We analysed the effects of these interventions on malaria cases at health facility level, using a retrospective trend analysis of malaria cases between 2005 and 2014. Data were collected from outpatient and laboratory registers based on a sample of 175 health facilities that represents all eco-epidemiological malaria settings across the country.; We applied a time series analysis to assess trends of suspected and confirmed malaria cases, by health province and for different age groups. A linear panel regression model controlled for non-malaria outpatient cases, rain fall, nightlight intensity, health province and time fixed effects, was used to examine the relationship between the interventions and malaria case occurrences, as well as test positivity rates.; Overall, recorded suspected and confirmed malaria cases in the DRC have increased. The sharp increase in confirmed cases from 2010 coincides with the introduction of the new treatment policy and the resulting scale-up of diagnostic testing. Controlling for confounding factors, the introduction of rapid diagnostic tests (RDTs) was significantly associated with the number of tested and confirmed cases. The test positivity rate fluctuated around 40% without showing any trend.; The sharp increase in confirmed malaria cases from 2010 is unlikely to be due to a resurgence of malaria, but is clearly associated with improved diagnostic availability, mainly the introduction of RDTs. Before that, a great part of malaria cases were treated based on clinical suspicion. This finding points to a better detection of cases that potentially contributed to improved case management. Furthermore, the expansion of diagnostic testing along with the increase in confirmed cases implies that before 2010, cases were underreported, and that the accuracy of routine data to describe malaria incidence has improved

Investigação de patógenos virais associados à gastrenterite infantil aguda

A gastrenterite de etiologia viral está associada com altas taxas de morbidade, no mundo, sendo nos países em desenvolvimento, responsável também, por altos índices de mortalidade infantil. Este trabalho objetiva detectar a presença de rotavírus, adenovírus e astrovírus em casos de doença diarréica, acompanhar a dinâmica populacional dos rotavírus e avaliar a prevalência e a sazonalidade dessas infecções. A detecção de rotavírus e adenovírus foi realizada através da técnica de ensaio imunoenzimático (EIE). As amostras de rotavírus foram submetidas à eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) para avaliação dos perfis eletroforéticos e acompanhamento da dinâmica populacional. A detecção de astrovírus foi realizada através da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). Das 338 amostras fecais testadas para rotavírus, foram detectadas 61 positivas (18,04%). A análise eletroforética mostrou a circulação de amostras com perfis característicos de rotavírus do grupo A, todos longos em 2005 e longos e curtos, com predominância dos últimos, em 2006. Das 316 amostras testadas para a presença de adenovírus e das 131 testadas para astrovírus, foram detectadas 17 (5,38%) e 2 (1,53%), respectivamente. Os resultados demonstram a participação destes vírus em casos de gastrenterite infantil e apontam para a importância da continuidade deste estudo

Comportamentos de proteção contra a infecção por SARS-CoV-2: um estudo de coorte

INTRODUÇÃO: Nós elaboramos um estudo prospectivo com o objetivo de avaliar fatores (adesão ao distanciamento social, uso de EPI’s, etc.) que poderiam ser determinantes no desenvolvimento da COVID-19 que poderá subsidiar o desenvolvimento de estratégias de saúde eficazes no combate da infecção no município de Passos - Minas Gerais, Brasil, seja em ambientes hospitalar ou não-hospitalar. MÉTODOS: Trata-se de um estudo coorte longitudinal onde foram incluídos 343 indivíduos da população que foram selecionados aleatoriamente por conglomerado. Os indivíduos selecionados responderam a um questionário relacionado às características clínicas, medidas preventivas, comorbidades e uso de medicamentos. Na ocasião foi realizado teste rápido nos indivíduos para detecção de anticorpos IgG e IgM. O tempo médio de acompanhamento foi de seis meses e, durante o acompanhamento, manteve-se contato telefônico a cada duas semanas. Ao final do seguimento, novo teste sorológico foi realizado e calculado o risco associado à presença de fatores de risco e à incidência da doença. RESULTADOS: Verificamos que 27,3% dos participantes que se infectaram no seguimento faziam uso ivermectina e hidroxicloroquina como forma de prevenção, enquanto nós não infectados, 11,3% usavam esses medicamentos. Para os indivíduos que apresentaram a doença durante o seguimento 21,2% relataram respeitar o isolamento social, 27,3% relataram que saíram para trabalhar e 42,14% relataram que frequentaram ambientes hospitalares. Entre os participantes que tiveram a infecção, 12,1% relataram contato apenas com familiares, 9,1% com familiares e colegas de trabalho e 75,8% com profissionais de saúde. CONCLUSÕES: Este estudo forneceu dados epidemiológicos de indivíduos infectados pelo COVID-19, que podem contribuir com o sistema de saúde no estabelecimento de medidas preventivas.INTRODUCTION: We designed a prospective study aiming to assess factors (adherence to social distancing, use of PPE, etc.) that could be determinants in the development of COVID-19 that may subsidize the development of effective health strategies to combat the infection in the municipality of Passos - Minas Gerais, Brazil, whether in the hospital or non-hospital settings. METHODS: This is a longitudinal cohort study where 343 individuals from the population were included and randomly selected by clusters. The selected individuals answered a questionnaire related to clinical characteristics, preventive measures, comorbidities, and medication use. A rapid test was performed on the individuals to detect IgG and IgM antibodies. The average follow-up period was six months, and during the follow-up, telephone contact was maintained every two weeks. At the end of the follow-up, a new serological test was performed, and the risk associated with risk factors and disease incidence was calculated. RESULTS: We found that 27.3% of patients who became infected during follow-up were using ivermectin and hydroxychloroquine as a means of prevention, while in non-infected patients, 11.3% used these drugs. (p = 0.024). For patients who had the disease during follow-up, 21.2% reported respecting social isolation, 27.3% reported leaving for work, and 42.14% reported having attended hospital environments (p = 0.004). Among the participants who had the infection, 12.1% reported contact only with family members, 9.1% with family members and co-workers, and 75.8% with health professionals (p = 0.001). CONCLUSIONS: This study provided epidemiological data on patients infected with COVID-19, which can contribute to the health system's establishment of preventive measures

Elevated blood lead levels are associated with reduced risk of malaria in Beninese infants

Introduction Elevated blood lead levels (BLL) and malaria carry an important burden of disease in West Africa. Both diseases might cause anemia and they might entail long-term consequences for the development and the health status of the child. Albeit the significant impact of malaria on lead levels described in Nigeria, no evaluation of the effect of elevated BLL on malaria risk has been investigated so far. Materials and Methods Between 2010 and 2012, blood lead levels of 203 Beninese infants from Allada, a semi-rural area 50km North from Cotonou, were assessed at 12 months of age. To assess lead levels, blood samples were analyzed by mass spectrometry. In parallel, clinical, microbiological and hematological data were collected. More precisely, hemoglobin, serum ferritin, CRP, vitamin B12, folate levels, and Plasmodium falciparum parasitemia were assessed and stool samples were also analyzed. Results At 12 months, the mean BLL of infants was 7.41 μg/dL (CI: 65.2; 83), and 128 infants (63%) had elevated blood lead levels, defined by the CDC as BLL>5 μg/dL. Lead poisoning, defined as BLL>10 μg/dL, was found in 39 infants (19%). Twenty-five infants (12.5%) had a positive blood smear at 12 months and 144 infants were anemic (71%, hemoglobin<110 g/L). Elevated blood lead levels were significantly associated with reduced risk of a positive blood smear (AOR = 0.38, P-value = 0.048) and P. falciparum parasite density (beta-estimate = -1.42, P-value = 0.03) in logistic and negative binomial regression multivariate models, respectively, adjusted on clinical and environmental indicators. Conclusion Our study shows for the first time that BLL are negatively associated with malarial risk considering other risk factors. Malaria is one of the main causes of morbidity and mortality in infants under 5 years worldwide, and lead poisoning is the 6th most important contributor to the global burden of diseases measured in disability adjusted life years (DALYs) according to the Institute of Health Metrics. In conclusion, due to the high prevalence of elevated BLL, health interventions should look forward to minimize the exposure to lead to better protect the population in West Africa

Polymorphisms in RYBP and AOAH Genes Are Associated with Chronic Rhinosinusitis in a Chinese Population: A Replication Study

BACKGROUND: The development of CRS is believed to be the result of combined interactions between the genetic background of the affected subject and environmental factors. OBJECTIVES: To replicate and extend our recent findings from genetic association studies in chronic rhinosinusitis (CRS) performed in a Canadian Caucasian population in a Chinese population. METHODS: In a case-control replication study, DNA samples were obtained from CRS with (n  = 306; CRSwNP) and without (n = 332; CRSsNP) nasal polyps, and controls (n = 315) in a Chinese population. A total of forty-nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) selected from previous identified SNPs associated with CRS in Canadian population, and SNPs from the CHB HapMap dataset were individually genotyped. RESULTS: We identified two SNPs respectively in RYBP (rs4532099, p = 2.15E-06, OR = 2.59) and AOAH (rs4504543, p = 0.0001152, OR = 0.58) significantly associated with whole CRS cohort. Subgroup analysis for the presence of nasal polyps (CRSwNP and CRSsNP) displayed significant association in CRSwNP cohorts regarding to one SNP in RYBP (P = 3.24(E)-006, OR = 2.76). Evidence of association in the CRSsNP groups in terms of 2 SNPs (AOAH_rs4504543 and RYBP_rs4532099) was detected as well. Stratifying analysis by gender demonstrated that none of the selected SNPs were associated with CRSwNP as well as CRSsNP. Meanwhile 3 SNPs (IL1A_rs17561, P = 0.005778; IL1A_rs1800587, P = 0.009561; IRAK4_rs4251513, P = 0.03837) were associated with serum total IgE level. CONCLUSIONS: These genes are biologically plausible, with roles in regulation of transcription (RYBP) and inflammatory response (AOAH). The present data suggests the potential common genetic basis in the development of CRS in Chinese and Caucasian population

Distributed Medical Image Analysis and Diagnosis through Crowd-Sourced Games: A Malaria Case Study

In this work we investigate whether the innate visual recognition and learning capabilities of untrained humans can be used in conducting reliable microscopic analysis of biomedical samples toward diagnosis. For this purpose, we designed entertaining digital games that are interfaced with artificial learning and processing back-ends to demonstrate that in the case of binary medical diagnostics decisions (e.g., infected vs. uninfected), with the use of crowd-sourced games it is possible to approach the accuracy of medical experts in making such diagnoses. Specifically, using non-expert gamers we report diagnosis of malaria infected red blood cells with an accuracy that is within 1.25% of the diagnostics decisions made by a trained medical professional