Species distribution patterns in steep environmental gradients: downscaling of a biogeographical framework(Loky-Manambato Region, NE Madagascar)

La région de Loky-Manambato est localisée dans une zone de fort gradient environnemental au carrefour entre trois unités phytogéographiques principales de Madagascar. Cette région est un élément clef pour la compréhension de la biogéographie du nord de Madagascar. Les buts principaux de ce travail de thèse ont été l'évaluation de l'importance de la biodiversité dans cette région et l'usage de modèles de distribution d'espèces pour appréhender la biogéographie à haute résolution spatiale. Pour ce faire, plus de 300 jours passés sur le terrain nous ont permis de recenser 54'000 occurrences d'arbres, arbustes et herbacées appartement à plus de 2000 espèces de plantes vasculaires. Nous avons sélectionné les 13'708 occurrences des 100 espèces les plus fréquentes. Les relations entre la distribution des espèces et les variables environnementales ont ensuite été étudiées. Des variables environnementales à une résolution de 60 m ont été générées à partir d'images satellites ainsi que d'un modèle topographique fin de la région. Ces variables sont par exemple la couverture nuageuse saisonnière ou la température moyenne annuelle. L'étroite relation mesurée entre les variables environnementales et la distribution spatiale des espèces nous a permis d'utiliser les variables pour réaliser des cartes de distributions potentielles des espèces sélectionnées à partir de modèles statistiques. Certaines espèces présentent des distributions semblables et certaines zones présentent des cortèges d'espèces semblables. La méthode consistant à utiliser ces prédictions de distribution pour ensuite délimiter des zones biogéographiques est novatrice. La distribution des espèces au sein de ces zones et les limites entre ces zones sont cohérentes avec celles observées à l'échelle de la Grande Ile Cette méthode s'avère être efficace pour délimiter des zones biogéographiques à partir de prédictions de distribution d'espèces. L'étude botanique de cette région a permis de contribuer à aider l'ONG malgache Fanamby à la mise en protection par l'état malgache des massifs forestiers les plus diversifiés de la zone en 2005 ainsi que la découverte de plus de 80 espèces de plantes vasculaires nouvelles pour la science

Structure et composition floristique de la Forêt Classée du Scio (Côte d'Ivoire): Etude descriptive et comparative

La Forêt Classée du Scio (Côte d'Ivoire) est située à 25 Km de la Ville du Duékoué dans la région administrative de Man. Ce massif forestier de taille importante est très mal connu parce que jamais inventorié. Il a été situé dans la zone biogéographique des forêts denses humides sempervirentes à proximité de la limite avec la zone des forêts denses humides semi-décidues. Dans le but de caractériser la Forêt Classée du Scio, nous avons acquis des données floristiques et structurelles. Un relevé hectare et des relevés linéaires ont été réalisés afin d'approcher le massif de manière quantitative et qualitative. Des récoltes sélectives d'échantillons nous ont permis de compléter l'inventaire qualitatif. L'analyse des données a mis en évidence les particularités de la forêt du Scio vis-à-vis des forêts denses humides sempervirentes et semi-décidues. Les résultats obtenus nous ont également permis de comparer les deux méthodes de relevé quantitatif afin de savoir quelle est la plus appropriée pour l'étude d'une forêt tropicale. A partir de l'abondance des espèces recensées, nous avons pu faire ressortir les espèces caractéristiques ainsi que comparer les valeurs à celles des massifs forestiers comparés. Nous avons confronté la liste des espèces observées avec une liste d'espèces potentiellement présentes suite à une analyse de distribution en fonction des facteurs écologiques. Les relevés quantitatifs nous ont permis de mesurer la diversité de la forêt, de mettre en évidence les taxons les plus abondants ainsi que de calculer le recouvrement par intervalles de hauteur de la végétation. Les résultats de notre étude indiquent que la Scio est un réservoir de biodiversité tant pour les espèces de la forêt dense humide sempervirente que de la forêt dense humide semi-décidue. Elle présente en effet des caractéristiques intermédiaires entre ces deux types de forêt mais avec une tendance marquée à s'apparenter d'avantage au second type. La méthode des relevés linéaires, associée à des récoltes sélectives d'échantillons est celle qui nous semble la plus appropriée pour l'étude des forêts tropicales

Distribution of Cyperus chamaecephalus Cherm., a forest undergrowth species with inconspicuous inflorescences

The distribution of Cyperus chamaecephalus Cherm., a frequently overlooked forest undergrowth species with inconspicuous inflorescences, has been very poorly documented. The authors report several recent discoveries which permit a more complete understanding of its geographical distribution in Madagascar’s lowland and mountain rainforests

Pandanus tsingycola Callm. & Nusb. (Pandanaceae), a new species endemic to western Madagascar

A recent intensive inventory in the Beanka region in western Madagascar has led to the discovery of a new species of Pandanaceae, described here as Pandanus tsingycola Callm. & Nusb. This remarkable species can be easily distinguished from all other known species by the unique shape and configuration of its syncarps. These possess few phalanges (6-7) that are incompletely united (with up to 38 carpels) with each of these carpels bearing an erect to curved, acute, thorny stigma. Pandanus tsingycola seems to be endemic to the limestone "tsingy" formation of Beanka

A DNA metabarcoding study of a primate dietary diversity and plasticity across its entire fragmented range

In tropical regions, most primary ecosystems have been replaced by mosaic landscapes in which species must cope with a large shift in the distribution of their habitat and associated food resources. Primates are particularly vulnerable to habitat modifications. Most species persist in small fragments surrounded by complex human-mediated matrices whose structure and connectivity may strongly influence their dispersal and feeding behavior. Behavioral plasticity appears to be a crucial parameter governing the ability of organisms to exploit the resources offered by new matrix habitats and thus to persist in fragmented habitats. In this study, we were interested in the dietary plasticity of the golden-crowned sifaka (Propithecus tattersalli), an endangered species of lemur, found only in the Daraina region in north-eastern Madagascar. We used a DNA-based approach combining the barcoding concept and Illumina next-generation sequencing to (i) describe the species diet across its entire range and (ii) evaluate the influence of landscape heterogeneity on diet diversity and composition. Faeces from 96 individuals were sampled across the entire species range and their contents were analyzed using the trnL metabarcoding approach. In parallel, we built a large DNA reference database based on a checklist of the plant species of the Daraina region. Our results suggest that golden-crowned sifakas exhibit remarkable dietary diversity with at least 130 plant species belonging to 80 genera and 49 different families. We highlighted an influence of both habitat type and openness on diet composition suggesting a high flexibility of foraging strategies. Moreover, we observed the presence of numerous cultivated and naturalized plants in the faeces of groups living in forest edge areas. Overall, our findings support our initial expectation that P. tattersalli is able to cope with the current level of alteration of the landscape and confirm our previous results on the distribution and the dispersal ability of this species

Quemere_gh_sequence_data

This file contains all unique sequences produced by G/H primers and occurring more than once. The sequences have been produced by the Illumina technology (GA IIx platform)

Quemere_gh_final

This file contains the filtered sequences produced by G/H primers. The sequences have been produced by the Illumina technology (GA IIx platform)

Environmental determinants of diet composition.

<p>Biplots of the co-inertia analysis between the PCA of diet composition (presence/absence of the 130 taxa) and the PCA of landscape structure (% area of the six habitats within the circular buffers).</p

Relative proportion of the most important habitat types within <i>P. tattersalli</i> home ranges.

<p>Proportions were calculated within circular buffers of 500m of radius centered on the group sampling location. N_maj indicate the number of groups for which this habitat is the most represented.</p

Plant richness rarefaction curve.

<p>The solid line represents the cumulated number of MOTUs (a) and food plant genera (b) as a function of the number of sampled individuals. The dashed lines are the 95% confidence intervals.</p