EMSO ERIC Data Services: managing distributed data through an ERDDAP federation

International Conference on Marine Data and Information Systems (IMDIS 2021), 12-14 April 2021.-- 3 pages, 1 figureBringing together distributed data. EMSO is a consortium of partners sharing a common strategic framework of scientific facilities (data, instruments, computing and storage capacity). Formally, it is a European Research Infrastructure Consortium (ERIC), a legal framework created for pan-European large-scale research infrastructures. EMSO ERIC consists of a system of regional facilities/observatories placed at key sites around Europe, from the North East Atlantic, through the Mediterranean, to the Black Sea. The observatories are platforms equipped with multiple sensors, placed through the water column and on the seafloor. These observatories constantly measure different biogeochemical and physical parameters that address natural hazards, climate change and marine ecosystems. [...]Peer reviewe

Learning biophysically-motivated parameters for alpha helix prediction

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Our goal is to develop a state-of-the-art protein secondary structure predictor, with an intuitive and biophysically-motivated energy model. We treat structure prediction as an optimization problem, using parameterizable cost functions representing biological "pseudo-energies". Machine learning methods are applied to estimate the values of the parameters to correctly predict known protein structures.</p> <p>Results</p> <p>Focusing on the prediction of alpha helices in proteins, we show that a model with 302 parameters can achieve a Q_{<it>α </it>}value of 77.6% and an SOV_{<it>α </it>}value of 73.4%. Such performance numbers are among the best for techniques that do not rely on external databases (such as multiple sequence alignments). Further, it is easier to extract biological significance from a model with so few parameters.</p> <p>Conclusion</p> <p>The method presented shows promise for the prediction of protein secondary structure. Biophysically-motivated elementary free-energies can be learned using SVM techniques to construct an energy cost function whose predictive performance rivals state-of-the-art. This method is general and can be extended beyond the all-alpha case described here.</p

Guide de bonnes pratiques organisationnelles pour les ASR dans les unités de recherche

National audienceCet article est un résumé du Guide des Bonnes Pratiquesorganisationnelles des Administrateurs Systèmes et Réseau [1](ASR), édité par RESINFO, dans lequel les thèmes abordés ci-dessoussont pleinement traités et développés. Il doit êtreconsidéré comme une introduction qui incite à sa lecture.Le terme de « Guide » est défini dans plusieurs dictionnairescomme suit : « qui donne des conseils et accompagne ». C’estl’optique adoptée par les auteurs. De par leur fonction d’ASR deterrain, ils connaissent bien les problématiques du métierd’ASR dans les unités de recherche. Ils ont souhaité fairepartager leur expérience

Guide de bonnes pratiques pour les Administrateurs Systèmes et Réseaux

La version 2 du guide est accessible en ligne : http://gbp.resinfo.org/National audienceLe Guide des Bonnes Pratiques tente de recenser les spécificités majeures du métier Administrateurs Systèmes et Réseaux (ASR). Il formalise un ensemble de comportements qui font consensus dans la communauté des ASR pour élaborer un corpus de bonnes pratiques d'organisation. Ce guide peut contribuer à rendre les missions du métier plus lisibles, améliorer l'organisation et la technicité mises en œuvre au sein de nos services vis à vis de nos utilisateurs, de nos directions et de nos tutelles. Ce projet de guide est né à l'initiative de RESINFO à partir d'une réflexion générale liée aux différents contextes de travail de notre métier dans lesquels on assiste à une intensification des tâches d'exploitation des systèmes informatiques et des réseaux, et des responsabilités attenantes, la plupart du temps à moyens humains constants. Son objectif vise à déterminer les pratiques et les processus à mettre en place sur le terrain, pour une meilleure organisation personnelle et de travail, afin d'améliorer la qualité et la fourniture de services, la sécurisation de nos serveurs et réseaux, la documentation de nos actions, la communication avec les utilisateurs, la prise en compte des évolutions technologiques, et in fine la lisibilité de nos activités d'ASR. Pour ce faire, nous avons utilisé les normes ISO pour donner un cadre référentiel à nos pratiques de terrain, ce qui permet de mieux rendre compte de nos activités et de mieux les structurer. Les grandes lignes que nous abordons sont la fourniture de service (le guide décrit les bonnes pratiques des ASR pour assurer une qualité de service grâce aux principaux processus de la norme ISO 20000 ), la sécurité du Système d'Information (SI) de nos unités et le respect des contraintes juridiques (qui ont été replacés dans le cadre normatif ISO 27001), la communication, la gestion du temps et les relations humaines ( il s'agit de proposer à l'ASR quelques bonnes pratiques pour s'organiser dans son propre contexte ) et enfin, la prise en compte des aspects d'impact environnemental liés directement à l'utilisation des Technologies de l'Information et de la Communication ( nous y indiquons les pistes de base nécessaires pour veiller à la réduction de l'impact des TIC sur l'environnement ). * la veille technologique et la formation permanente : nous terminons sur la nécessité de suivre au plus près les évolutions technologiques en cours, de se former de façon permanente et de participer aux structures d'échanges du métier

Guide de bonnes pratiques sur la gestion des données de la Recherche

Dans leurs différentes pratiques, les réseaux métiers du CNRS, regroupés au sein de la Mission pour les Initiatives Transverses Interdisciplinaires (MITI) ou soutenus par les Instituts sont en première ligne pour participer au mouvement d’ouverture et de partage des données.Les personnels des organismes de recherche qui les constituent, œuvrent pour mettre en place de bonnes pratiques de gestion et participent également au processus de production des données scientifiques aux côtés des équipes de recherche.Ce guide est la production du groupe de travail inter-réseaux « Atelier Données ». Il s’agit d’un groupe composé de plusieurs réseaux métiers de la MITI (Calcul, Devlog, QeR, rBDD, Renatis, Resinfo, RIS, Medici), du réseau SIST, (labellisé par l’INSU et regroupant les gestionnaires de données environnementales), de l’INIST-CNRS, du GDS EcoInfo et de la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR-CNRS). Dans ce document, nous avons donc voulu témoigner des travaux réalisés au sein de nos réseaux métiers qui rendent compte de la gestion des données de la recherche tout en guidant le lecteur vers des bonnes pratiques.Ce guide est donc un condensé des actions menées autour de la gestion des données de la recherche. Il est le fruit d’un travail collaboratif qui a consisté à collecter, sélectionner et mettre à disposition des ressources vers les actions phares des réseaux métiers, enrichis d’informations et de conseils

Guide de bonnes pratiques sur la gestion des données de la Recherche

Dans leurs différentes pratiques, les réseaux métiers du CNRS, regroupés au sein de la Mission pour les Initiatives Transverses Interdisciplinaires (MITI) ou soutenus par les Instituts sont en première ligne pour participer au mouvement d’ouverture et de partage des données.Les personnels des organismes de recherche qui les constituent, œuvrent pour mettre en place de bonnes pratiques de gestion et participent également au processus de production des données scientifiques aux côtés des équipes de recherche.Ce guide est la production du groupe de travail inter-réseaux « Atelier Données ». Il s’agit d’un groupe composé de plusieurs réseaux métiers de la MITI (Calcul, Devlog, QeR, rBDD, Renatis, Resinfo, RIS, Medici), du réseau SIST, (labellisé par l’INSU et regroupant les gestionnaires de données environnementales), de l’INIST-CNRS, du GDS EcoInfo et de la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR-CNRS). Dans ce document, nous avons donc voulu témoigner des travaux réalisés au sein de nos réseaux métiers qui rendent compte de la gestion des données de la recherche tout en guidant le lecteur vers des bonnes pratiques.Ce guide est donc un condensé des actions menées autour de la gestion des données de la recherche. Il est le fruit d’un travail collaboratif qui a consisté à collecter, sélectionner et mettre à disposition des ressources vers les actions phares des réseaux métiers, enrichis d’informations et de conseils

Guide de bonnes pratiques sur la gestion des données de la Recherche

Dans leurs différentes pratiques, les réseaux métiers du CNRS, regroupés au sein de la Mission pour les Initiatives Transverses Interdisciplinaires (MITI) ou soutenus par les Instituts sont en première ligne pour participer au mouvement d’ouverture et de partage des données.Les personnels des organismes de recherche qui les constituent, œuvrent pour mettre en place de bonnes pratiques de gestion et participent également au processus de production des données scientifiques aux côtés des équipes de recherche.Ce guide est la production du groupe de travail inter-réseaux « Atelier Données ». Il s’agit d’un groupe composé de plusieurs réseaux métiers de la MITI (Calcul, Devlog, QeR, rBDD, Renatis, Resinfo, RIS, Medici), du réseau SIST, (labellisé par l’INSU et regroupant les gestionnaires de données environnementales), de l’INIST-CNRS, du GDS EcoInfo et de la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR-CNRS). Dans ce document, nous avons donc voulu témoigner des travaux réalisés au sein de nos réseaux métiers qui rendent compte de la gestion des données de la recherche tout en guidant le lecteur vers des bonnes pratiques.Ce guide est donc un condensé des actions menées autour de la gestion des données de la recherche. Il est le fruit d’un travail collaboratif qui a consisté à collecter, sélectionner et mettre à disposition des ressources vers les actions phares des réseaux métiers, enrichis d’informations et de conseils

Guide de bonnes pratiques sur la gestion des données de la Recherche

Dans leurs différentes pratiques, les réseaux métiers du CNRS, regroupés au sein de la Mission pour les Initiatives Transverses Interdisciplinaires (MITI) ou soutenus par les Instituts sont en première ligne pour participer au mouvement d’ouverture et de partage des données.Les personnels des organismes de recherche qui les constituent, œuvrent pour mettre en place de bonnes pratiques de gestion et participent également au processus de production des données scientifiques aux côtés des équipes de recherche.Ce guide est la production du groupe de travail inter-réseaux « Atelier Données ». Il s’agit d’un groupe composé de plusieurs réseaux métiers de la MITI (Calcul, Devlog, QeR, rBDD, Renatis, Resinfo, RIS, Medici), du réseau SIST, (labellisé par l’INSU et regroupant les gestionnaires de données environnementales), de l’INIST-CNRS, du GDS EcoInfo et de la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR-CNRS). Dans ce document, nous avons donc voulu témoigner des travaux réalisés au sein de nos réseaux métiers qui rendent compte de la gestion des données de la recherche tout en guidant le lecteur vers des bonnes pratiques.Ce guide est donc un condensé des actions menées autour de la gestion des données de la recherche. Il est le fruit d’un travail collaboratif qui a consisté à collecter, sélectionner et mettre à disposition des ressources vers les actions phares des réseaux métiers, enrichis d’informations et de conseils