Fruit choice and seed dissemination by birds and mammals in the evergreen forests of upland Malawi

Cette étude analyse le régime frugivore des oiseaux et de quelques mammifères (surtout le singe Cercopithecus albogularis) dans les forêts d'altitude du Malaw

Eco-ethological aspects of breeding in the Marsh Warbler, Acrocephalus palustris

Cet article décrit et discute les aspects éco-éthologiques de la nidification chez la Rousserolle verderolle Acrocephalus palustris, le cycle reproducteur étant analysé stade par stade. La population étudiée (marquée de bagues de couleur) a varié annuellement de 35 à plus de 60 couples (1974-1977). L'habitat consiste en quelques hectares de terrains de remblai secs où domine l'ortie Urtica dioica. Les installations se déroulent en général de la deuxième semaine de mai à début juillet, mais le gros de la population se fixe dans la seconde moitié de mai ; les arrivées de femelles suivent de près celles des mâles (Fig. 1). Au printemps sec et chaud de 1976, la végétation herbacée est moins développée : la période d'installation est raccourcie de 3-4 semaines par rapport aux autres années, la densité de la population nicheuse est moindre (10,6 couples/ha contre 12,3 et 13,6 en 1975 et 1977) et la proportion d'individus non-nicheurs temporairement cantonnés est plus forte. Les mâles célibataires défendent un petit territoire contenant des sites de nid potentiels. Ils se taisent pratiquement lorsqu'une femelle pénètre dans leur territoire pour prospecter les sites de nid ; c'est ainsi que le couple se forme. La plupart des mâles s'accouplent un jour ou deux après leur arrivée (Fig. 2). La dimension du territoire (mais non l'étendue du répertoire vocal du mâle) a une influence sur la rapidité des accouplements (Fig. 3) . L'emplacement du nid est choisi par la femelle ; elle se charge seule de la construction qui dure généralement 4 jours (Fig. 5), commençant le plus souvent le jour après son arrivée. En 1975 et 1977, la majorité des nids sont construits dans des touffes herbacées, mais pas en 1976 où davantage de nids sont situés dans un type de végétation moins affecté par la sécheresse, comme les Polygonum cuspidatum (Tabl. Il). La hauteur moyenne des nids augmente au cours de la saison (Tabl. III) avec la croissance de la végétation. Les mâles paradent activement pendant deux ou trois jours, surtout le jour qui précède le début de la ponte et au cours duquel la copulation a été observée une fois seulement chez quelques couples. La plupart des femelles commencent à pondre dès que le nid est terminé (Fig. 7). Les pics d 'activité de ponte de la population sont observés les derniers jours de mai et premiers jours de juin, suivant les pics d'arrivées de femelles une semaine plus tôt (Fig. 8). Dans l'ensemble, les pontes ont été commencées du 18 mai au 14 juillet, mais en 1976, la période est plus courte de trois semaines que les autres années. Presque aucune nichée et peu de pontes perdues ne sont remplacées ; il n'y a pas eu de seconde ponte normale. La grandeur des pontes varie de 3 à 5 oeufs (moyenne = 4,3 oeufs, Tab l. IV) et décroît au cours de la saison (Fig. 10). Les pontes tardives (plus petites) ont le même taux de succès que les pontes précoces (plus grandes). L'étalement des pontes sur la s ison doit être avantageux puisqu'il réduit la pression de la population sur le milieu. L'incubation dure de 12 à 13,5 jours et commence avant la ponte du dernier oeuf dans les pontes de 4 ou 5 oeufs. Les mâles prennent une part égale à l'incubation pendant la journée, bien qu'ils ne développent pas de plaque incubatrice. Les partenaires se relaient régulièrement, en moyenne toutes les 20 minutes. Les mâles cessent de chanter au plus tard à la naissance des jeunes, et le territoire n'est plus défendu. Une grande proportion de la nourriture pour la nichée est recherchée en dehors du territoire initial, en zones neutres. Les fréquences de nourrissage augmentent avec l'âge de la nichée pour atteindre un plateau de 22-23 becquées par heure après l'âge de 7 jours (Fig. 11). En moyenne, les mâles nourrissent autant que les femelles mais couvent moins. La plupart des nichées quittent le nid à l'âge de 10 ou 11 jours (Fig. 12), plusieurs jours avant de pouvoir voler. Les parents se séparent définitivement à l'envol des jeunes, chacun s'occupant d'une partie de la nichée et nourrissant les mêmes petits jusqu'à l'indépendance. Les jeunes commencent à se nourrir seuls vers l'âge de 20 jours et deviennent complètement indépendants à l'âge de 26 à 31 jours (Fig. 13). Pratiquement tous les adultes quittent les lieux de la reproduction aussitôt qu'ils ont émancipé leurs jeunes. La plupart sont alors en mue active des tectrices. Les adultes qui réussissent leur première tentative de reproduction restent en moyenne moins de deux mois sur place. La migration « d'automne » commence la deuxième semaine de juillet. Certains jeunes restent encore dans la zone de naissance une ou deux semaines après l'émancipation. Ils sont incapables de s'engraisser et la pousse des tectrices continue alors que les ailes et la queue ont (presque) achevé leur croissance à l'indépendance. Ils ne peuvent sans doute commencer à migrer que quelques semaines après leurs parents. Au cours de l'été, ils se nourrissent progressivement plus dans les arbustes (Salix spp. surtout) que dans la végétation herbacée qui se fane. Le succès de la reproduction est en moyenne de 58,4 % (79,2 % à l'éclosion x 73,7 % à l'envol) ; il était le plus élevé en 1976 (Tabl. VI). En moyenne, 2,5 jeunes sont produits par nid. La prédation des nichées par les petits mammifères et la mort des jeunes par désertion/manque de nourriture (par temps pluvieux) sont les principales causes d'échec (Tabl. VII). La survie des jeunes de l'envol à l'indépendance est très élevée (94 %). L' augmentation actuelle des effectifs de la Verderolle et l'extension de son aire de nidification sont discutées à la lumière des observations sur le succès de la reproduction. En conclusion, un cycle reproducteur très resserré et un système de petits territoires groupés sont des adaptations évidentes à l'exploitation d'un milieu localement très dense et à productivité de brève durée. Il est suggéré que ce sont très probablement des caractères visuels de l'environnement (le développement de la végétation herbacée en particulier) qui déterminent de façon immédiate l'époque de la nidificatio

Seasonality of breeding and moult in forest and savanna birds in northern Congo

L'étude a eu lieu au P.N. d'Odzala, une région de mosaïques forêt-savane proche de l'équateur (0° 30' N) et sujette à un régime de pluies biannuel. Basées sur 13 mois d'observations, les données de nidification montrent un pic des activités de ponte en août-novembre chez les espèces forestières (surtout les oiseaux insectivores du sous-bois) et en août-octobre chez les espèces de savane, soit pendant la saison principale des pluies (septembre-novembre) et le mois qui la précède. Les exceptions à ce schéma comprennent des espèces de la lisière forestière et voûte ouverte, les oiseaux ripicoles qui nichent en période de basses eaux, et quelques individus de certaines espèces savanicoles qui nichent aussi en saison sèche, pendant la repousse de végétation provoquée par des feux de brousse. Une comparaison avec l'étude de Brosset & Erard (1986) dans la région limitrophe du nord-est du Gabon montre d'importantes différences de saisonalité pour les espèces forestières, et l'explication la plus probable réside dans les différences de structure de la végétation forestière (et donc du micro-climat) observées entre ces deux régions. La mue primaire suit directement la nidification et est centrée sur les mois de décembre-avril pour beaucoup d'espèces. On sait (par les reprises du baguage) qu'elle ne dure pas plus de deux ou trois mois chez plusieurs espèces. Un chevauchement entre les activités de nidification et de mue semble exceptionnel puisqu'il n'a été constaté que chez deux individus (Pycnonotidés). Les quelques données disponibles suggèrent que les oiseaux de première année ont une mue complète en même temps que les adultes. Chez plusieurs couples capturés ensemble, le mâle était à un stade de mue plus avancé que la femelle. Il est probable que le moment où doit débuter la mue est déterminé dans le cycle annuel endogène des oiseaux et pourrait aussi être le facteur principal provoquant la fin des activités reproductrices

La territorialité chez la Rousserolle verderolle, Acrocephalus palustris

The territorial behaviour of the Marsh Warbler Acrocephalus palustris was studied during four seasons (1974-1977) in a colourringed population breeding in the Liège valley, eastern Belgium. Adapted to the exploitation of thick herbaceous vegetation, Marsh Warblers occupy small and clustered territories (of 5-10 ares, or 0.1-0.2 acre on average) which contain suitable nest-sites (figs 1 and 4). Pair formation takes place when a female stops in a territory to select a nest-site . Most pairs of this singlebroo ded species continue to defend a territory until the hatching of their young, by which time settlements of newly-arrived birds h ave almost come to an end. Late breeding pairs stop defending a territory relatively earlier in the bree ding cycle. The food for the young is largely searched for outside the initial territory (fig. 1 C) ; even before the nestling stage, extraterritorial excursions are frequent, especially by males. The Reed Warbler A. scirpaceus is the only other species that Marsh Warblers systematically expel from their territories. Males (whose full song has a territorial function) play the main role in territorial defence, but females also show some territorial aggression, especially when their partners are (temporarily or not) absent. The size of the defended territory varies according to the time of settlement, the position of the territory in relation to the neighbours, the temperament of the owners, the type of vegetation contained in it, and the stage of the breeding cycle. Territories of early settlers (mid-May) are initially larger than thos e of birds arriving in the middle or near the end of the main settlement period (late May). On average, the territory is most extensive a t pair formation (Fe in fig. 5), then shrinks p rogressively until the end of incub ation. The average size of a territory is smallest where nest-sites are most dense. In the exceptionally dry 1976 season, suitable nest-sites were more spaced out and the breeding density (10.6 pairs/ha) was the lowest observed in the period of study. This adjustment was achieved despite the very wide variety of individual temperaments in territoria] aggression. The possession by males of a territory rich in nest-sites seems indisp ensable for p air form ation to succeed ; during courtship, the territory protects the pair against interference from male neigbours. There is some evidence that territoriality limits breeding density, but the adjustment of the breeding population to the local ressources can only be approximate as discussed in some detai

Viewing the process of generating counterfactuals as a source of knowledge -- Application to the Naive Bayes classifier

There are now many comprehension algorithms for understanding the decisions of a machine learning algorithm. Among these are those based on the generation of counterfactual examples. This article proposes to view this generation process as a source of creating a certain amount of knowledge that can be stored to be used, later, in different ways. This process is illustrated in the additive model and, more specifically, in the case of the naive Bayes classifier, whose interesting properties for this purpose are shown.Comment: 12 page

Cellular pharmacokinetics and intracellular activity against Listeria monocytogenes and Staphylococcus aureus of chemically modified and nanoencapsulated gentamicin

OBJECTIVES: The aim of this study was to investigate different hydrophobic gentamicin formulations [gentamicin-bis(2-ethylhexyl) sulfosuccinate (GEN-AOT), microstructured GEN-AOT (PCA GEN-AOT) and GEN-AOT-loaded poly(lactide-co-glycolide) acid (PLGA) nanoparticles (NPs)] in view of improving its therapeutic index against intracellular bacteria. The intracellular accumulation, subcellular distribution and intracellular activity of GEN-AOT and NPs in different monocytic-macrophagic cell lines were studied. METHODS: Human THP-1 and murine J774 phagocytic cells were incubated with GEN-AOT formulations at relevant extracellular concentrations [from 1× MIC to 18 mg/L (human C(max))], and their intracellular accumulation, subcellular distribution and toxicity were evaluated and compared with those of conventional unmodified gentamicin. Intracellular activity of the formulations was determined against bacteria showing different subcellular localizations, namely Staphylococcus aureus (phagolysosomes) and Listeria monocytogenes (cytosol). RESULTS: GEN-AOT formulations accumulated 2-fold (GEN-AOT) to 8-fold (GEN-AOT NPs) more than gentamicin in phagocytic cells, with a predominant subcellular localization in the soluble fraction (cytosol) and with no significant cellular toxicity. NP formulations allowed gentamicin to exert its intracellular activity after shorter incubation times and/or at lower concentrations. With an extracellular concentration of 10× MIC, a 1 log(10) decrease in S. aureus intracellular inoculum was obtained after 12 h instead of 24 h for NPs versus free gentamicin, and a static effect was observed against L. monocytogenes at 24 h with NPs, while free gentamicin was ineffective. CONCLUSIONS: GEN-AOT formulations yielded a high cellular accumulation, especially in the cytosol, which resulted in improved efficacy against both intracellular S. aureus and L. monocytogenes

Validation of the reshaped shared epitope HLA-DRB1 classification in rheumatoid arthritis

Recently, we proposed a classification of HLA-DRB1 alleles that reshapes the shared epitope hypothesis in rheumatoid arthritis (RA); according to this model, RA is associated with the RAA shared epitope sequence (72–74 positions) and the association is modulated by the amino acids at positions 70 and 71, resulting in six genotypes with different RA risks. This was the first model to take into account the association between the HLA-DRB1 gene and RA, and linkage data for that gene. In the present study we tested this classification for validity in an independent sample. A new sample of the same size and population (100 RA French Caucasian families) was genotyped for the HLA-DRB1 gene. The alleles were grouped as proposed in the new classification: S(1 )alleles for the sequences A-RAA or E-RAA; S(2 )for Q or D-K-RAA; S(3D )for D-R-RAA; S(3P )for Q or R-R-RAA; and X alleles for no RAA sequence. Transmission of the alleles was investigated. Genotype odds ratio (OR) calculations were performed through conditional logistic regression, and we tested the homogeneity of these ORs with those of the 100 first trio families (one case and both parents) previously reported. As previously observed, the S(2 )and S(3P )alleles were significantly over-transmitted and the S(1), S(3D )and X alleles were under-transmitted. The latter were grouped as L alleles, resulting in the same three-allele classification. The risk hierarchy of the six derived genotypes was the same: (by decreasing OR and with L/L being the reference genotype) S(2)/S(3P), S(2)/S(2), S(3P)/S(3P), S(2)/L and S(3P)/L. The homogeneity test between the ORs of the initial and the replication samples revealed no significant differences. The new classification was therefore considered validated, and both samples were pooled to provide improved estimates of RA risk genotypes from the highest (S(2)/S(3P )[OR 22.2, 95% confidence interval 9.9–49.7]) to the lowest (S(3P)/L [OR 4.4, 95% confidence interval 2.3–8.4])

Seabirds reveal mercury distribution across the North Atlantic

Author contributionsC.A. and J.F. designed research; C.A., B. Moe, A.T., S.D., V.S.B., B. Merkel, J.Å., and J.F. performed research; C.A., B. Moe, M.B.-F., A.T., S.D., V.S.B., B. Merkel, J.Å., J.L., C.P.-P., and J.F. analyzed data; C.A., B.M., V.S.B., and J.F. sample and data collection, data coordination and management, statistical methodology; H.S. sample and data contribution and Data coordination and management; D.G., M.B.-F., F. Amélineau, F. Angelier, T.A.-N., O.C., S.C.-D., J.D., K.E., K.E.E., A.E., G.W.G., M.G., S.A.H., H.H.H., M.K.J., Y. Kolbeinsson, Y. Krasnov, M.L., J.L., S.-H.L., B.O., A.P., C.P.-P., T.K.R., G.H.S., P.M.T., T.L.T., and P.B. sample and data contribution; A.T., P.F. and S.D. sample and data contribution and statistical methodology; J.Å. statistical methodology; J.F. supervision; and C.A., B. Moe, H.S., D.G., A.T., S.D., V.S.B., B. Merkel, J.Å., F. Amélineau, F. Angelier, T.A.-N., O.C., S.C.-D., J.D., K.E., K.E.E., A.E., P.F., G.W.G., M.G., S.A.H., H.H.H., Y. Kolbeinsson, Y. Krasnov, S.-H.L., B.O., A.P., T.K.R., G.H.S., P.M.T., T.L.L., P.B., and J.F. wrote the paper.Peer reviewe

Prevalence of Grey Matter Pathology in Early Multiple Sclerosis Assessed by Magnetization Transfer Ratio Imaging

The aim of the study was to assess the prevalence, the distribution and the impact on disability of grey matter (GM) pathology in early multiple sclerosis. Eighty-eight patients with a clinically isolated syndrome with a high risk developing multiple sclerosis were included in the study. Forty-four healthy controls constituted the normative population. An optimized statistical mapping analysis was performed to compare each subject's GM Magnetization Transfer Ratio (MTR) imaging maps with those of the whole group of controls. The statistical threshold of significant GM MTR decrease was determined as the maximum p value (p<0.05 FDR) for which no significant cluster survived when comparing each control to the whole control population. Using this threshold, 51% of patients showed GM abnormalities compared to controls. Locally, 37% of patients presented abnormalities inside the limbic cortex, 34% in the temporal cortex, 32% in the deep grey matter, 30% in the cerebellum, 30% in the frontal cortex, 26% in the occipital cortex and 19% in the parietal cortex. Stepwise regression analysis evidenced significant association (p = 0.002) between EDSS and both GM pathology (p = 0.028) and T2 white matter lesions load (p = 0.019). In the present study, we evidenced that individual analysis of GM MTR map allowed demonstrating that GM pathology is highly heterogeneous across patients at the early stage of MS and partly underlies irreversible disability