The UNESCO-IOC framework – establishing an international early warning infrastructure in the Indian Ocean region

The Sumatra-Andaman earthquake with a magnitude of 9.3, and the subsequent destructive tsunami which caused more than 225 000 fatalities in the region of the Indian Ocean, happened on 26 December 2004. Less than one month later, the United Nations (UN) World Conference on Disaster Reduction took place in Kobe, Japan to commemorate the 1995 Kobe earthquake. The importance of preparedness and awareness on regional, national and community levels with respect to natural disasters was discussed during this meeting, and resulted in the approval of the Hyogo Declaration on Disaster Reduction. Based on this declaration the UN mandated the Intergovernmental Oceanographic Commission (IOC) of UNESCO (United Nations Education, Science and Cultural Organization), taking note of its over 40 years of successful coordination of the Pacific Tsunami Warning System (PTWC), to take on the international coordination of national early-warning efforts for the Indian Ocean and to guide the process of setting up a Regional Tsunami Early Warning System for the Indian Ocean

Evidências genéticas da ação antrópica pré-colombiana sobre a expansão da Araucaria angustifolia

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2017.A Araucaria angustifolia é uma espécie importante, tanto pelas suas funções ecológicas, quanto pelos seus usos para os humanos. No passado, a exploração madeireira ocorreu de maneira exploratória, resultando na fragmentação do seu hábitat natural e a classificando como criticamente em perigo de extinção pela IUCN. Neste contexto, as medidas para a sua conservação foram no sentido de restringir o uso pelo ser humano, desconsiderando possíveis interações benéficas reportadas na literatura, que podem favorecer a conservação de um recurso por meio do seu uso. Várias evidências e características de A. angustifolia apontam para uma interação forte com o ser humano, especialmente no período pré-Colombiano, associada aos grupos Jê do Sul. Há fortes evidências de que esta espécie dependeu da ação antrópica para sua expansão e sobrevivência, tornando os modelos atuais de conservação limitantes para a manutenção de paisagens com araucária. O objetivo deste trabalho foi buscar evidências da ação humana pré-Colombiana sobre a expansão de A. angustifolia, utilizando uma abordagem genética e ecológica. A movimentação humana foi identificada pela cronologia dos dados arqueológicos existentes, e uma correlação entre a quantidade de ocupações com a porcentagem de pólen de A. angustifolia da data correspondente foi testada. Além disso, utilizando dados ecológicos existentes, foram construídos dois cenários para calcular a velocidade de expansão da A. angustifolia sem o auxílio humano: um utilizando dados médios e outro dados extremos reportados na literatura. No nível genético, foram estudadas 20 populações distribuídas no Sul do Brasil. Cada uma teve 15 indivíduos sequenciados para três locos do DNA de cloroplasto. Foram analisados desvios da neutralidade, os índices genéticos de riqueza, diversidade e de distâncias genéticas, e a possível associação desse último descritor com distâncias geográficas. Os resultados mostraram que a movimentação humana ocorreu primeiramente próxima à região da Serra Geral, seguida de um pico de expansão, atingindo regiões mais distantes até o ponto extremo no Oeste. Existiram correlações entre o número de registros humanos com a percentagem de pólen (? = 0,700 a 0,804). Nenhum dos cenários construídos para o cálculo da velocidade de dispersão da espécie sem o auxílio humano permitiu que a A. angustifolia atingisse sua área de ocorrência máxima no tempo decorrido desde o seu registro mais antigo. Os resultados genéticos encontraram valores elevados para a riqueza (número) de haplótipos (Hr = 12 haplótipos), e baixos para a diversidade de nucleotídeos (p = 6,1 · 10-5) e de haplótipos (Hd = 0,167). A rede de haplótipos, que demonstra a relação evolutiva entre eles, apresentou um padrão em formato de estrela, e foram encontrados desvios da neutralidade (D = 1,84; FS = -17,00), características que indicam uma expansão populacional recente e rápida. A divergência genética interpopulacional foi baixa (FST = 0,04), na qual as populações possuem um material genético de cpDNA muito semelhante entre si, e não associada à distâncias geográficas, formando apenas um grupo (k = 1). Todos os resultados encontrados apontam na mesma direção, trazendo mais evidências de que os grupos humanos influenciaram fortemente na dispersão e expansão da araucária. Isso demonstra que o uso de uma espécie pode ser uma boa estratégia de conservação e inclusive de expansão, diferente das principais estratégias existentes até o momento. No contexto atual, o uso, incluindo plantios para a produção de pinhão e outras ações, podem favorecer a conservação das paisagens com araucária no Sul do Brasil.Abstract : Araucaria angustifolia is an important species, for both its ecological functions and by its uses by humans. In the past, the wood exploitation occurred in a non-sustainable way, resulting in the fragmentation of its natural habitat and in its recent IUCN red list classification, as critically endangered. In this context, the conservation measures were to restrict humans from its use, disregarding possible benefic interactions reported in the literature, which may favor the conservation of a resource through its use. Many evidences and A. angustifolia characteristics point to a strong interaction with humans, especially in the pre-Columbian time, associated with Jê do Sul groups. There is strong evidence that the species relied on the anthropic action for its expansion and survival, making the current conservation models limited for the maintenance of the araucaria landscapes. The aim of this work was to search for evidences of the pre-Columbian human action over the expansion of A. angustifolia, using a genetic and an ecological approach. The human movement was identified by the chronology of the existing archeological data, and a correlation between the number of occupations and A. angustifolia pollen percent from the corresponding date was tested. Moreover, using existing ecological data, two scenarios were constructed to calculate the expansion speed of A. angustifolia without the human aid: one using the average data and the other using the extreme data reported in the literature. At the genetic level, 20 populations distributed in Southern Brazil were studied. Each one had 15 individuals sequenced for three cpDNA loci. Deviations from neutrality, descriptors of genetic richness, diversity and genetic distances, and possible association between the later and geographic distances were analyzed. Results showed that the human movement first occurred near the Serra Geral region, followed by an expansion peak, reaching more distant regions to the extreme point in the West. There were correlations between the number of human records and the pollen percent (? = 0,700 to 0,804). None of the scenarios constructed for the calculation of the dispersion speed of the species without human aid allowed A. angustifolia to reach its maximum occurrence area in the elapsed time since its oldest record. The genetic results found high values for haplotype richness (Hr = 12 haplotypes), and low values for nucleotide (p = 6,1 · 10-5) and haplotype diversity (Hd = 0,167). The haplotype network presented a star shaped pattern, and deviations from neutrality were found (D = -1,84; FS = 17,00), characteristics that indicate a quick and recent population expansion. The interpopulational genetic divergence was low (FST = 0,04), in which populations have a cpDNA genetic material very similar to each other, and not associated with geographical distances, forming a single group (k = 1). All results point in the same direction, bringing more evidence that human groups heavily influenced in the dispersion and expansion of araucaria. This demonstrates that the use of a species can be a good conservation strategy and even facilitating in its expansion, unlike the main strategies used so far. In the present context, the use, including plantation for seed production and other actions, may favor the conservation of the araucaria landscapes in Southern Brazil

Revisao do genero Barbicornis Godart, 1824 (Lepidoptera : Lycaenidae: Riodininae)

Orientador: Jesus Santiago MoureDissertaçao (mestrado) -Universidade Federal do Paraná. Curso de Pós-Graduaçao em Entomologi

Proteômica de Trypanosoma cruzi : variações em subproteomas durante a amastigogênese

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-Graduação em Patologia Molecular, Laboratório de Bioquímica e Química de Proteínas, 2013.O Trypanosoma cruzi é o protozoário causador da doença de Chagas, uma enfermidade que afeta milhões de pessoas especialmente na América latina onde é endêmica. O parasito passa por diversos processos de diferenciação para adaptar-se a diferentes condições dentro dos seus hospedeiros mamíferos e triatomíneos. A respeito especialmente do hospedeiro mamífero, os tripomastigotas, a forma sanguínea infectiva do T. cruzi, diferencia-se intracelularmente em amastigotas replicativos após um período de incubação dentro de fagolisossomos ácidos, em um processo denominado amastigogênese. Aqui buscamos encontrar novas informações concernentes a esse processo através da análise do subproteoma de superfície celular dos estágios de vida presentes no homem e do repertório protéico secretado/excretado por tripomastigotas em pH fisiológico e também nas primeiras 3 horas de amastigogênese axênica. Também realizamos uma análise quantitativa do proteoma total e do fosfoproteoma durante a amastigogênese. Todos os subproteomas foram aqui analisados por LC-MS/MS com um espectrômetro de massas Orbitrap Velos. Primeiro utilizamos epimastigotas, o estágio do parasito encontrado no inseto vetor, para padronizar e avaliar o enriquecimento de proteínas da superfície celular por duas técnicas distintas: uma baseada na tripsinização da superfície de células intactas e a outra baseada na biotinilação de proteínas expostas na superfície e seu enriquecimento por cromatografia de afinidade a estreptoavidina. Os resultados mostraram que essas abordagens ofereceram informações abrangentes e complementares sobre o subproteoma da membrana plasmática do parasito e, então, foram aplicadas na análise desse subproteoma nas formas amastigota e tripomastigota. A análise quantitativa do proteoma e fosfoproteoma usou parasitos diferenciados de forma axênica em quatro pontos do processo (0 min, 30 min, 2 h e 9 h) e os fosfopeptídeos foram enriquecidos com resina de TiO2. Finalmente, o secretoma de tripomastigotas foi obtido de uma maneira similar ao protocolo de aquisição de antígenos secretados/excretados, mas com cuidados adicionais para evitarmos lise mecânica das células. As análises renderam milhares de proteínas identificadas que eram comprovadamente ou preditas como associadas à membrana plasmática ou secretadas e são envolvidas na interação parasito-hospedeiro. Da mesma forma, várias proteínas e fosfopeptídeos relevantes possuíram expressão regulada durante a amastigogênese.Trypanosoma cruzi is a protozoan that causes Chagas' disease, a neglected infectious illness that affects millions of people, mostly in the Latin America. The parasite undergoes several differentiation processes in order to adapt to different conditions inside both mammalian and triatomine hosts. Specially regarding mammalian hosts, the trypomastigote, an infective bloodstream life-form of the T. cruzi, differentiates intracellularly to the replicative amastigote stage after a period of incubation inside acidic phagolisossomes, in a process called amastigogenesis. Here we aim to bring further light to this process by analysing the cell surface subproteome of the mammalian hosted life-forms of the parasite and the secreted/excreted protein repertoire from trypomastigotes in physiological pH and also at the first 3 hours of the acidic pH induced amastigogenesis. Finally, we performed the quantitative proteome and phosphoproteome analysis of the amastigogenesis by iTRAQ labeling. All T. cruzi subproteomes were analysed by LC-MS/MS with Orbitrap Velos mass spectrometer. First we used T. cruzi epimastigotes, the insect hosted life-form, in order to prepare samples enriched in cell surface proteins by two distinct methodologies, which were optimized and evaluated. The first methodology was based on cell surface trypsinization (Shave) of intact living cells while the second approach used biotinylation of cell surface proteins followed by streptavidin affinity chromatography isolation of the labeled proteins. The results showed that the methodologies offered comprehensive and complementary information about the parasite's plasma membrane subproteome, which were applied afterwards in the trypomastigote and amastigote cells. The quantitative proteome and phosphoproteome analysis used the axenicaly differentiated parasites in four time points (0 min, 30 min, 2 h and 9 h) and the phosphopeptides were enriched using TiO2 beads. Finally, the trypomastigote secretome were obtained in a similar way to the protocols of acquisition of secreted/excreted antigens, but with further care to avoid mechanical lysis. The results yielded thousands of protein identifications which were either proved or expected to be associated to the plasma membrane or secreted and are involved in host-parasite interection and, in the same way, we found several proteins and phosphopeptides that have regulated expression during amastigogenesis

Structural insights into the activation mechanism of antimicrobial GBP1

The dynamin-related human guanylate-binding protein 1 (GBP1) mediates host defenses against microbial pathogens. Upon GTP binding and hydrolysis, auto-inhibited GBP1 monomers dimerize and assemble into soluble and membrane-bound oligomers, which are crucial for innate immune responses. How higher-order GBP1 oligomers are built from dimers, and how assembly is coordinated with nucleotide-dependent conformational changes, has remained elusive. Here, we present cryo-electron microscopy-based structural data of soluble and membrane-bound GBP1 oligomers, which show that GBP1 assembles in an outstretched dimeric conformation. We identify a surface-exposed helix in the large GTPase domain that contributes to the oligomerization interface, and we probe its nucleotide- and dimerization-dependent movements that facilitate the formation of an antimicrobial protein coat on a gram-negative bacterial pathogen. Our results reveal a sophisticated activation mechanism for GBP1, in which nucleotide-dependent structural changes coordinate dimerization, oligomerization, and membrane binding to allow encapsulation of pathogens within an antimicrobial protein coat

Transnational Access to Research Facilities: an EPOS service to promote multi-domain Solid Earth Sciences in Europe

Transnational access (TNA) allows cross-border, short-term and frequently free-of-charge access to world-class research facilities, to foster collaborations and exchanges of experience. Specifically, TNA aims to encourage open science and innovation and to increase the efficient and effective use of scientific infrastructure. Within EPOS, the European Plate Observing System, the Volcano Observatories and Multi-scale Laboratories communities have offered TNA to their high-quality research facilities through national and European funding. This experience has allowed the definition, design, and testing of procedures and activities needed to provide transnational access inn the EPOS context. In this paper, the EPOS community describes the main objectives for the provision of transnational access in the EPOS framework, based on previous experiences. It includes practical procedures for managing transnational access from a legal, governance, and financial perspective, and proposes logistical and technical solutions to effectively execute transnational access activities. In addition, it provides an outlook on the inclusion of new thematic communities within the TNA framework, and addresses the challenges of providing market-driven access to industry.publishedVersio

Towards the new thematic Core service Tsunami within the EPOS research infrastructure

Tsunamis constitute a significant hazard for European coastal populations, and the impact of tsunami events worldwide can extend well beyond the coastal regions directly affected. Understanding the complex mechanisms of tsunami generation, propagation, and inundation, as well as managing the tsunami risk, requires multidisciplinary research and infrastructures that cross national boundaries. Recent decades have seen both great advances in tsunami science and consolidation of the European tsunami research community. A recurring theme has been the need for a sustainable platform for coordinated tsunami community activities and a hub for tsunami services. Following about three years of preparation, in July 2021, the European tsunami community attained the status of Candidate Thematic Core Service (cTCS) within the European Plate Observing System (EPOS) Research Infrastructure. Within a transition period of three years, the Tsunami candidate TCS is anticipated to develop into a fully operational EPOS TCS. We here outline the path taken to reach this point, and the envisaged form of the future EPOS TCS Tsunami. Our cTCS is planned to be organised within four thematic pillars: (1) Support to Tsunami Service Providers, (2) Tsunami Data, (3) Numerical Models, and (4) Hazard and Risk Products. We outline how identified needs in tsunami science and tsunami risk mitigation will be addressed within this structure and how participation within EPOS will become an integration point for community developmen