Human gut microbiome : GA-map coverage and genomic categories in HumGut

Microorganisms in the gut are proven to affect health in multiple ways, and they have been studied extensively for the last decade. HumGut is a database containing microorganisms from the healthy human gut. The company Genetic Analysis (GA) has a GA-map dysbiosis test that aims to characterize microorganisms in the human gut to identify dysbiosis patients. This thesis provides an overview of the taxonomic and functional categorization of the human gut, gained by analyzing HumGut, and how well the GA-map spans the healthy human gut by investigating how it overlaps the database. Prodigal, Tax4FUN, and Diamond were used to acquire functional profiles for the HumGut genomes. GA-map identifies microorganisms by matching GA-map probes to the 16S sequences in their genomes. Most genomes in HumGut do not have an identified 16S sequence. Still, the results show that the GA-map spans the majority of higher taxonomic ranks in HumGut. There are both taxonomic and functional parts missed by the map. The functional space missed by the GA-map seems to be relative similar to matched functional regions. The genome categories in the HumGut collection are also evaluated in this thesis. The genomes in HumGut come from two sources: RefSeq and UHGG. Most of the UHGG genomes are Metagenome Assembled Genomes (MAGs). The findings show that MAGs may have lower quality on the 16S sequence than RefSeq-genomes, of which the latter is expected to have higher quality. The results also suggest that UHGG-genomes might have functional differences from other genomes.Det er bevist at mikroorganismer i tarmen påvirker helsen på flere måter, og det har blitt forsket mye på disse organismene det siste tiåret. HumGut er en database over mikroorganismer fra frisk human tarm. Bedriften Genetic Analysis (GA) har en GA-map dysbiose test med mål om å karakterisere mikroorganismer i human tarm for å identifisere dysbiose pasienter. Denne masteroppgaven presenterer en oversikt over human tarm gjennom taksonomisk og funksjonell kategorisering, oppnådd ved å analysere HumGut, og hvor godt GA-map spenner frisk human tarm ved å undersøke hvordan den identifiserer HumGutgenomene. Prodigal, Tax4FUN og Diamond ble brukt for å få funksjonelle profiler. GA-map identifiserer mikroorganismer ved å matche med 16S-sekvensen til genomet. De fleste HumGut-genome har ikke en identifisert 16S-sekvens. Likevel viser resultatene at GAmap dekker over de fleste høyere taksonomiske nivåene i HumGut. Det er både taksonomiske og funksjonelle regioner som ikke dekkes. De funksjonelle regionene som ikke blir dekket av GA-kartet, ser ut til å være hovedsakelig like funksjonelle regioner som blir dekket. En annen del av oppgaven er å evaluere genomkategoriene i HumGut. Genomene i HumGut kommer fra to kilder: RefSeq, som har validerte genomer, og UHGG. De fleste genomene i UHGG er Metagenom sammensatte genomer (MAGs). Funnene kan tyde på at disse genomene har lavere kvalitet på 16S sekvensene enn RefSeq-genomene, som er forventet å ha høyere kvalitet. Resultatene kan også indikere at UHGG-genomer kan ha funksjonelle forskjeller fra andre genomer.M-K

The Ambivalence of Connexin43 Gap Peptides in Cardioprotection of the Isolated Heart against Ischemic Injury

The present study investigates infarct-reducing effects of blocking ischemia-induced opening of connexin43 hemichannels using peptides Gap19, Gap26 or Gap27. Cardioprotection by ischemic preconditioning (IPC) and Gap peptides was compared, and combined treatment was tested in isolated, perfused male rat hearts using function and infarct size after global ischemia, high-resolution respirometry of isolated mitochondrial and peptide binding kinetics as endpoints. The Gap peptides reduced infarct size significantly when given prior to ischemia plus at reperfusion (Gap19 76.2 ± 2.7, Gap26 72.9 ± 5.8 and Gap27 71.9 ± 5.8% of untreated control infarcts, mean ± SEM). Cardioprotection was lost when Gap26, but not Gap27 or Gap19, was combined with triggering IPC (IPC 73.4 ± 5.5, Gap19-IPC 60.9 ± 5.1, Gap26-IPC 109.6 ± 7.8, Gap27-IPC 56.3 ± 8.0% of untreated control infarct). Binding stability of peptide Gap26 to its specific extracellular loop sequence (EL2) of connexin43 was stronger than Gap27 to its corresponding loop EL1 (dissociation rate constant Kd 0.061 ± 0.004 vs. 0.0043 ± 0.0001 s−1 , mean ± SD). Mitochondria from IPC hearts showed slightly but significantly reduced respiratory control ratio (RCR). In vitro addition of Gap peptides did not significantly alter respiration. If transient hemichannel activity is part of the IPC triggering event, inhibition of IPC triggering stimuli might limit the use of cardioprotective Gap peptides

Spectroelectrochemical cell for in situ studies of solid oxide fuel cells

Solid oxide fuel cells (SOFCs) are able to produce electricity and heat from hydrogen- or carbon-containing fuels with high efficiencies and are considered important cornerstones for future sustainable energy systems. Performance, activation and degradation processes are crucial parameters to control before the technology can achieve breakthrough. They have been widely studied, predominately by electrochemical testing with subsequent micro-structural analysis. In order to be able to develop better SOFCs, it is important to understand how the measured electrochemical performance depends on materials and structural properties, preferably at the atomic level. A characterization of these properties under operation is desired. As SOFCs operate at temperatures around 1073 K, this is a challenge. A spectroelectrochemical cell was designed that is able to study SOFCs at operating temperatures and in the presence of relevant gases. Simultaneous spectroscopic and electrochemical evaluation by using X-ray absorption spectroscopy and electrochemical impedance spectroscopy is possible

Udvikling af undervisningsredskab for bibliotekarer

Et nyt værktøj giver studerende på uddannelserne i fysioterapi, kiropraktik og Idræt & Sundhed på Syddansk Universitet bedre styring af systematiske søgninger. Værktøjet er med til at gøre de studerende akademisk informationskompetente. Syddansk Universitetsbiblioteks undervisning i informationskompetence er indlejret i Curriculum på alle 3 uddannelser. De studerendes tilbagemeldinger giver udtryk for, at de har tilegnet sig læringskompetencer

Bevara eller riva? - Ein studie av historiebruk i to byggjesaker i Stavanger og Sandnes, 2012-2019

Samandrag Denne masteroppgåva i historie tar del i fleire fagfelt innanfor historiefaget, sjølv om det må poengterast at nokre av fagfelta er tverrfaglege i sin natur. Blant anna fagfelta historiebruk, bygningsvern, og byutvikling vert utforska. Problemstillinga i oppgåva lyd som følgande: Kva slags historie vert nytta av dei ulike partane i ei lokalpolitisk sak om riving eller bevaring av eit bygg? Og kan ein seia noko om korleis denne bruken av historie påverka utfallet av saka? For å utforska denne problemstillinga har eg gjort ein historisk tekstanalyse av alle politiske dokument som omhandlar byggjesakene 12/5770 om Kirkegata 22 i Stavanger, og 19/07885 om Havnegata 4 i Sandnes, og alle mediekjeldene eg kunne finna som omhandlar byggjesakene. Her har eg forsøkt å finna og tolka alt som går under historiebruk og bruk av historie. I konklusjonen til oppgåva argumenterer eg for å ha avdekt ein forskjell i korleis partane som ville bevara og partane som ville riva eit bygg nytta historie i sine argument i to lokale byggjesaker i Stavanger og Sandnes. Dei som ville bevara bygg fokuserte mest på fortida og korleis ein må ta vare på den i dag, mens dei som ville riva fokuserte mest på framtida og vidare utvikling av byen. Kanskje kan dette også vera ein del av svaret på kvifor begge byggjesakene enda med riving, og dermed nederlag for dei som ville bevara bygga. Dette er iallfall eit spennande spørsmål som ein treng meir forsking på.Abstract This Master thesis in the subject of history takes part in many fields of the subject, though it must be said that some of these fields are naturally interdisciplinary. Among the fields explored are historical use, building conservation and urban development. The thesis statement is as follows: What type of history is used by the participants in a local political case about demolition or conservation of a building? And can this be used to say something about how the use of history affected the results of the political cases? To explore this thesis further, I did a historical text analysis of all the political documents regarding building case 12/5770 about Kirkegata 22 in Stavanger, and case 19/07885 about Havnegata 4 in Sandnes, and all the documents from the media that regards said building cases. I have in this work tried to find and interpret everything that can be called use of history. In the conclusion of my thesis, I argue that I have shown a difference in the ways history is used by the participants in a local political debate regarding demolition or conservation of a building. The difference is that participants who wish to conserve the building, mostly focus on the city’s and building’s past, and how to preserve it and its history in the future, while participants wanting to demolish the building focus more on the future and the further development of the city. Can this also be a part of the reason why the political cases ended as they did, with demolition of the buildings and defeat for those in favor of conservation? One thing is certain: this is an interesting subject with opportunities for a lot more research

Early diagnostic of B cell chronic leukemia by novel biomarkers

Comunicaciones a congreso

Hvordan påvirker hotelldesign gjesters holdning til hotellet? Case: Grand Hotel Oslo

Dagens hotellmarked karakteriseres av intens konkurranse og stadig mer krevende kunder. Det fører til at hotellbedrifter tar i bruk design i større grad for å differensiere seg fra andre overnattingssteder. Temaet for oppgaven omfatter viktigheten av at hotellbedrifter har kunnskap om forbrukeres kvalitetskrav og hvilke designelementer som påvirker hotellopplevelsen, for at gjester skal oppnå best mulig holdning til hotellet. Oppgavens formål er å fremskaffe større kunnskap om den subjektive erfaringen med design. For å undersøke dette temaet kom vi frem til følgende problemstilling: «Hvordan påvirker hotelldesign gjesters holdning til hotellet?: Case Grand Hotel Oslo». Problemstillingen er konkretisert i tre forskningsspørsmål: 1. Hvordan påvirker hotelldesign i Grand Hotels lobby gjesters holdning emosjonelt? 2. Hvilke designaspekter i Grand Hotels lobby anser gjester som viktige for deres holdning til hotellet? 3. Hvordan påvirker hotelldesign i Grand Hotels lobby gjesters holdning relatert til tilnærming eller unngåelse av hotellbedriften? For å besvare problemstillingen har vi tatt utgangspunkt i teoretiske antagelser som er relevante for å besvare forskningsspørsmålene. Teorigrunnlaget vil fungere som et grunnlag for undersøkelsen og vil til slutt tolkes opp mot våre funn som fremgår av analysen. Empirien i denne oppgaven er basert på en kvalitativ metodisk tilnærming med et case-design. Studien er intensiv og baserer seg på ti dybdeintervjuer. Våre funn viser at hotelldesignet spiller en viktig rolle når det gjelder førsteinntrykket og helhetsinntrykket av hotellet og bidrar til at hotellgjester danner positive eller negative holdninger til hotellbedriften. Både gjestenes følelsesmessige respons til hotellomgivelsene og deres kognitive inntrykk påvirker holdningene. Videre bidrar et flott hotelldesign til at gjestene får høye forventninger til service og kvalitet. Flere faktorer enn design er imidlertid avgjørende når det gjelder hvilket helhetsinntrykk gjestene får, og hvilken holdning som dannes til hotellbedriften. Selv om en kvalitativ case-studie ikke setter oss i posisjon til å generalisere, eller peke på kausale årsakssammenhenger, bidrar undersøkelsen til å skaffe større kunnskap om den subjektive erfaringen med design