40 research outputs found
The relevance of goodness-of-fit, robustness and prediction validation categories of OECD-QSAR principles with respect to sample size and model type.
We investigated the relevance of the validation principles on the Quantitative Structure Activity Relationship models issued by Organization for Economic and Co-operation and Development. We checked the goodness-of-fit, robustness and predictivity categories in linear and nonlinear models using benchmark datasets. Most of our conclusions are drawn using the sample size dependence of the different validation parameters. We found that the goodness-of-fit parameters misleadingly overestimate the models on small samples. In the case of neural network and support vector models, the feasibility of the goodness-of-fit parameters often might be questioned. We propose to use the simplest y-scrambling method to estimate chance correlation. We found that the leave-one-out and leave-many-out cross-validation parameters can be rescaled to each other in all models and the computationally feasible method should be chosen depending on the model type. We assessed the interdependence of the validation parameters by calculating their rank correlations. Goodness of fit and robustness correlate quite well over a sample size for linear models and one of the approaches might be redundant. In the rank correlation between internal and external validation parameters, we found that the assignment of good and bad modellable data to the training or the test causes negative correlations
Estimation of AM fungal colonization — Comparability and reliability of classical methods
The characterization of mycorrhizal status in hosts can be a good indicator of symbiotic associations in inoculation experiments or in ecological research. The most common microscopic-based observation methods, such as (i) the gridline intersect method, (ii) the magnified intersections method and (iii) the five-class system of Trouvelot were tested to find the most simple, easily executable, effective and objective ones and their appropriate parameters for characterization of mycorrhizal status. In a pot experiment, white clover (Trifolium repens L.) host plant was inoculated with 6 (BEG144; syn. Rhizophagus intradices) in pumice substrate to monitor the AMF colonization properties during host growth. Eleven (seven classical and four new) colonization parameters were estimated by three researchers in twelve sampling times during plant growth. Variations among methods, observers, parallels, or individual plants were determined and analysed to select the most appropriate parameters and sampling times for monitoring. The comparability of the parameters of the three methods was also tested. As a result of the experiment classical parameters were selected for hyphal colonization: colonization frequency in the first stage or colonization density in the later period, and arbuscular richness of roots. A new parameter was recommended to determine vesicule and spore content of colonized roots at later stages of symbiosis
Szárazságstressz és mikorrhiza gombák búza gyökérnövekedésére gyakorolt hatásának monitorozása elektromos kapacitás mérésével
TenyĂ©szedĂ©ny-kĂsĂ©rletben vizsgáltuk, hogy a szárazságstressz Ă©s az arbuszkuláris mikorrhiza gomba (AMF) oltás milyen változást okoz a bĂşza gyökĂ©rnövekedĂ©sĂ©ben, Ă©s ez hogyan követhetĹ‘ nyomon a gyökĂ©r–talaj rendszer elektromos kapacitásának (CR) in situ mĂ©rĂ©sĂ©vel.
A kĂsĂ©rletet randomizált blokk elrendezĂ©sben vĂ©geztĂĽk kĂ©t bĂşzafajtával (Mv. Hombár Ĺ‘szi Ă©s TC 33 tavaszi), kĂ©tfĂ©le öntözĂ©ssel (optimális Ă©s szárazságstressz) Ă©s kĂ©tfĂ©le oltással (oltatlan Ă©s AM-gombával oltott), 12 ismĂ©tlĂ©sben. A tenyĂ©szidĹ‘szakban monitoroztuk a CR-t, valamint mĂ©rtĂĽk a sztĂłmakonduktanciát Ă©s a levelek klorofilltartalmát (SPAD-Ă©rtĂ©kben). A kĂsĂ©rlet vĂ©gĂ©n TTC-teszttel vizsgáltuk a gyökerek Ă©letkĂ©pessĂ©gĂ©t, mikroszkĂłpos vizsgálattal becsĂĽltĂĽk az AM gomba gyökĂ©rkolonizáciĂłját, valamint meghatároztuk a gyökĂ©r- Ă©s hajtástömeget.
A vĂzhiány szignifikánsan (9–35%-kal) csökkentette a bĂşzafajták gyökĂ©rtömegĂ©t, mely a mĂ©rt CR-Ă©rtĂ©kekben is tĂĽkrözĹ‘dött. A szárazság okozta CRĂ©s biomassza-csökkenĂ©s jelentĹ‘sebb volt a TC 33, mint az Mv. Hombár esetĂ©ben. A CR monitorozásával kimutattuk a növĂ©nyek stressz utáni regeneráciĂłját Ă©s a fajták eltĂ©rĹ‘ gyökĂ©rnövekedĂ©si dinamikáját. Az AMF oltás csökkentette a CR-t Ă©s a biomassza-produkciĂłt (29–42%-kal), vĂ©lhetĹ‘en az intenzĂv (84–87%-os) gyökĂ©rkolonizáciĂł Ă©s a növĂ©nynevelĂ©s körĂĽlmĂ©nyei (erĹ‘s szárazságstressz) következtĂ©ben. Az oltás optimális öntözĂ©s mellett növelte a sztĂłmakonduktanciát Ă©s a gyökĂ©r vitalitását. A vĂzhiány azonban csökkentette a gyökĂ©r Ă©letkĂ©pessĂ©gĂ©t. A klorofilltartalom leginkább a bĂşzafajták között mutatott eltĂ©rĂ©st az Mv. Hombár nagyobb SPAD-Ă©rtĂ©kĂ©vel. A gyökĂ©rtömeg Ă©s -kapacitás között szoros lineáris korreláciĂłt (R2 = 0,792–0,865) találtunk. A TC 33 fajta regressziĂłs egyenesĂ©nek nagyobb meredeksĂ©ge a nagyobb hajtástömegbĹ‘l eredĹ‘ nagyobb fajlagos vĂzfelvĂ©telre vezethetĹ‘ vissza.
EredmĂ©nyeink alapján a CR-mĂ©rĂ©s alkalmas a gyökĂ©rnövekedĂ©si dinamika monitorozására Ă©s a környezeti hatások detektálására. A roncsolásmentes eljárás egyĂ©b növĂ©nymorfolĂłgiai Ă©s -Ă©lettani vizsgálĂłmĂłdszerek hasznos kiegĂ©szĂtĹ‘je lehet