The relevance of goodness-of-fit, robustness and prediction validation categories of OECD-QSAR principles with respect to sample size and model type.

We investigated the relevance of the validation principles on the Quantitative Structure Activity Relationship models issued by Organization for Economic and Co-operation and Development. We checked the goodness-of-fit, robustness and predictivity categories in linear and nonlinear models using benchmark datasets. Most of our conclusions are drawn using the sample size dependence of the different validation parameters. We found that the goodness-of-fit parameters misleadingly overestimate the models on small samples. In the case of neural network and support vector models, the feasibility of the goodness-of-fit parameters often might be questioned. We propose to use the simplest y-scrambling method to estimate chance correlation. We found that the leave-one-out and leave-many-out cross-validation parameters can be rescaled to each other in all models and the computationally feasible method should be chosen depending on the model type. We assessed the interdependence of the validation parameters by calculating their rank correlations. Goodness of fit and robustness correlate quite well over a sample size for linear models and one of the approaches might be redundant. In the rank correlation between internal and external validation parameters, we found that the assignment of good and bad modellable data to the training or the test causes negative correlations

Estimation of AM fungal colonization — Comparability and reliability of classical methods

The characterization of mycorrhizal status in hosts can be a good indicator of symbiotic associations in inoculation experiments or in ecological research. The most common microscopic-based observation methods, such as (i) the gridline intersect method, (ii) the magnified intersections method and (iii) the five-class system of Trouvelot were tested to find the most simple, easily executable, effective and objective ones and their appropriate parameters for characterization of mycorrhizal status. In a pot experiment, white clover (Trifolium repens L.) host plant was inoculated with 6 (BEG144; syn. Rhizophagus intradices) in pumice substrate to monitor the AMF colonization properties during host growth. Eleven (seven classical and four new) colonization parameters were estimated by three researchers in twelve sampling times during plant growth. Variations among methods, observers, parallels, or individual plants were determined and analysed to select the most appropriate parameters and sampling times for monitoring. The comparability of the parameters of the three methods was also tested. As a result of the experiment classical parameters were selected for hyphal colonization: colonization frequency in the first stage or colonization density in the later period, and arbuscular richness of roots. A new parameter was recommended to determine vesicule and spore content of colonized roots at later stages of symbiosis

Szárazságstressz és mikorrhiza gombák búza gyökérnövekedésére gyakorolt hatásának monitorozása elektromos kapacitás mérésével

Tenyészedény-kísérletben vizsgáltuk, hogy a szárazságstressz és az arbuszkuláris mikorrhiza gomba (AMF) oltás milyen változást okoz a búza gyökérnövekedésében, és ez hogyan követhető nyomon a gyökér–talaj rendszer elektromos kapacitásának (CR) in situ mérésével. A kísérletet randomizált blokk elrendezésben végeztük két búzafajtával (Mv. Hombár őszi és TC 33 tavaszi), kétféle öntözéssel (optimális és szárazságstressz) és kétféle oltással (oltatlan és AM-gombával oltott), 12 ismétlésben. A tenyészidőszakban monitoroztuk a CR-t, valamint mértük a sztómakonduktanciát és a levelek klorofilltartalmát (SPAD-értékben). A kísérlet végén TTC-teszttel vizsgáltuk a gyökerek életképességét, mikroszkópos vizsgálattal becsültük az AM gomba gyökérkolonizációját, valamint meghatároztuk a gyökér- és hajtástömeget. A vízhiány szignifikánsan (9–35%-kal) csökkentette a búzafajták gyökértömegét, mely a mért CR-értékekben is tükröződött. A szárazság okozta CRés biomassza-csökkenés jelentősebb volt a TC 33, mint az Mv. Hombár esetében. A CR monitorozásával kimutattuk a növények stressz utáni regenerációját és a fajták eltérő gyökérnövekedési dinamikáját. Az AMF oltás csökkentette a CR-t és a biomassza-produkciót (29–42%-kal), vélhetően az intenzív (84–87%-os) gyökérkolonizáció és a növénynevelés körülményei (erős szárazságstressz) következtében. Az oltás optimális öntözés mellett növelte a sztómakonduktanciát és a gyökér vitalitását. A vízhiány azonban csökkentette a gyökér életképességét. A klorofilltartalom leginkább a búzafajták között mutatott eltérést az Mv. Hombár nagyobb SPAD-értékével. A gyökértömeg és -kapacitás között szoros lineáris korrelációt (R2 = 0,792–0,865) találtunk. A TC 33 fajta regressziós egyenesének nagyobb meredeksége a nagyobb hajtástömegből eredő nagyobb fajlagos vízfelvételre vezethető vissza. Eredményeink alapján a CR-mérés alkalmas a gyökérnövekedési dinamika monitorozására és a környezeti hatások detektálására. A roncsolásmentes eljárás egyéb növénymorfológiai és -élettani vizsgálómódszerek hasznos kiegészítője lehet

Differences in the sensitivity of classically and alternatively activated macrophages to TAK1 inhibitor-induced necroptosis

l