Modelo computacional de la interacción compatible entre Phytophthora infestans y Solanum tuberosum a través de la reconstrucción computacional del metabolismo de la planta y datos de expresión génica

Solanum tuberosum, la papa común, es uno de los principales cultivos para el consumo humano; el patógeno más importante que afecta su producción es el oomicete Phytophthora infestans, causante de la enfermedad del tizón tardío. Análisis de la expresión génica en plantas enfermas sugieren disminución de la capacidad de fijación de CO2. Este trabajo presenta un modelo metabólico computacional de la interacción compatible entre S. tuberosum y P. infestans, para analizar a nivel sistémico, los mecanismos metabólicos asociados a la fotosíntesis (reacciones lumínicas y fijación de CO2) en plantas enfermas. Para este fin se reconstruyó la red metabólica de la planta a partir de anotaciones funcionales del genoma de S. tuberosum y bases de datos bioquímicas y metabólicas. La reconstrucción fue refinada manualmente y automáticamente usando el paquete “g2f”, desarrollado para este trabajo en el lenguaje de programación R. La reconstrucción refinada se transformó en un modelo metabólico computacional, al cual se le integraron datos de expresión génica obtenidos durante la interacción compatible entre S. tuberosum y P. infestans en tres momentos (0, 2 y 3 días post-inoculación); para esto se desarrolló el paquete de R “exp2flux”, que permite integrar restricciones de flujo a partir de datos ómicos a modelos metabólicos. El análisis de balance de flujo, mostró disminución de flujos metabólicos en la ruta de fijación de CO2 y en las reacciones lumínicas de la fotosíntesis durante la infección. Este trabajo reafirma la disminución de la capacidad de fijación de CO2 y sugiere, además, una supresión general de la capacidad fotosintética en la planta durante la interacción compatible con P. infestans, probablemente asociada a un mecanismo de defensa. Aquí se reporta la primer reconstrucción metabólica a escala genómica de S. tuberosum y el primer modelo metabólico a escala genómica de una interacción plantapatógeno.Abstract. The potato plant (Solanum tuberosum) is one of the main crops for human consumption; the most important pathogen that affects its production is the oomycete Phytophthora infestans, which causes late blight disease. Gene expression analysis suggests decreased CO2 fixation capacity in diseased plants. This work presents a computational metabolic model of the compatible interaction between S. tuberosum and P. infestans which allowed us to study the metabolic mechanisms associated with photosynthesis (light reactions and CO2 fixation) at a systemic level in diseased plants. For this purpose, the reconstruction of the metabolic network of the plant was obtained from functional annotations of the S. tuberosum genome and biochemical and metabolic databases. The reconstruction was refined manually and automatically using the R package "g2f", developed for this work. Refined reconstruction was transformed into a computational metabolic model, and gene expression data during the compatible interaction between S. tuberosum and P. infestans at three times (0, 2 and 3 days post-inoculation) was integrated into the model. For this, the "exp2flux" R package was developed, which allows the integration of flux constraints from omics data to metabolic models. Flux balance analysis showed decreased metabolic fluxes in the CO2 fixation pathway and in the light reactions of the photosynthesis during infection. This work reaffirms the decrease of the CO2 fixation capacity and also suggests a general suppression of the photosynthetic capacity in the plant during the interaction compatible with P. infestans, likely associated to an oxidative defense mechanism. Here, the first genome-scale metabolic reconstruction of S. tuberosum and the first genome-scale metabolic model of a plant-pathogen interaction are reported.Maestrí

Uso de las ciencias ómicas para el mejoramiento genético de cultivos

El crecimiento de la población, el cambio climático y la pérdida de los servicios ecosistémicos, son algu-nos de los desafíos que enfrenta el sector agrícola en las últimas décadas para garantizar la seguridad alimentaria a largo plazo. Los programas de mejoramiento genético son un frente de acción que puede contribuir al desarrollo de materiales genéticos adaptados a nuevas condiciones ambientales. El desa-rrollo y la implementación de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento han permitido acelerar dichos programas en cultivos que alimentan a la mayoría de la población mundial. El propósito de este artículo es revisar algunos de los desarrollos tecnológicos de las ciencias ómicas para el estudio de mejoramiento genético de cultivos. En este trabajo se discuten cuatro enfoques de las ciencias ómicas y sus aplicaciones en la agricultura: la filogenómica, la genómica comparativa, la transcriptómica compa-rativa y la selección asistida por marcadores moleculares. Estos enfoques permiten comprender la his-toria evolutiva de cultivos y sus parientes silvestres, identificar la estructura y función de los genes de interés en la agricultura, revelar la expresión de los genes importantes en el proceso de domesticación y caracterizar molecularmente individuos de especies agrícolas, con el fin de evidenciar variaciones genéticas que permitan agilizar procesos de selección. Es necesario implementar programas de mejo-ramiento genético que incluya el uso de algunas, o todas estas tecnologías con el propósito de acelerar los resultados de dichos procesos y contribuir a los desafíos del sector agrícol

Propuesta de Implementación del Centro de Desarrollo y Comercialización Agrícola para el Municipio de Simijaca Cundinamarca

Trabajo de síntesis aplicadaPropuesta de implementación del centro de desarrollo y comercialización agrícola para el municipio de Simijaca Cundinamarca, obteniendo una serie de beneficios sociales, económicos, ambientales y financieros, correspondientes al proyecto de inversión contenidos dentro de la dimensión Económica del PDM, se desarrolla la promoción y fomento al desarrollo económico y empleo agrícola bajo los puntos de comercialización, tecnología y productividad.INTRODUCCIÓN 1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA 2. IDENTIFICACIÓN DE LAS CONDICIONES DEL MERCADO RELACIONADAS CON EL PROCESO DE IMPLEMENTACIÓN DEL CDCA 3. ANÁLISIS TÉCNICO PARA LA EJECUCIÓN Y PUESTA EN MARCHA DEL PROYECTO 5. EVALUACIÓN DEL POSIBLE IMPACTO SOCIAL, AMBIENTAL Y FINANCIERO DEL CDCA CONCLUSIONES 6. RECOMENDACIONES BIBLIOGRAFÍA ANEXOSEspecializaciónEspecialista en Formulación y Evaluación Social y Económica de Proyecto

Criterios de implementación ISO 14001:2015 Caso estudio sector de diseño de plantas de tratamiento de aguas residuales.

Criterios de implementación ISO 14001:2015 Caso estudio sector de diseño de plantas de tratamiento de aguas residuales.La empresa dedicada al diseño de plantas de tratamiento de aguas residuales analizada durante el desarrollo de este estudio de caso, contiene una unidad de negocio que busca establecer las políticas de protección, cuidado y preservación del medio ambiente; mediante la implementación y ejecución de un sistema de gestión ambiental basados en la norma ISO 14001:2015, con el fin de generar una mejora continua en el desarrollo de los procesos productivos y comerciales de la organización, a través de la gestión de sus aspectos e impactos ambientales y así contribuir directamente al cumplimiento de la normatividad ambiental legal relacionada al tema de tratamiento de aguas residuales para cada uno de sus clientes, asegurando y mejorando las condiciones físicas, químicas y microbiológicas del agua antes de que lleguen a los diferentes cuerpos de agua en donde se realiza el vertimiento. Durante el presente estudio de caso se incluye una síntesis del contexto de la organización, la descripción de los problemas ambientales propios del sector, la legislación ambiental aplicable a la organización, seguido de la identificación y evaluación de los aspectos e impactos ambientales. Para la organización es fundamental la estructuración de un Sistema de Gestión Ambiental, porque le permitirá generar mayores oportunidades de mercado, reducir costos, aumentar la eficacia de los procesos productivos y generar una satisfacción de las actividades desarrolladas permitiendo una mejor relación con sus clientes.This company which is dedicated to the design of wastewater treatment plants analyzed during the development of this case of study, it has a business unit that seeks to establish policies for the protection, care and preservation of the environment; through the implementation and execution of an environmental management system based on the ISO 14001: 2015 standard, in order to generate continuous improvement in the development of the production and commercial processes of the organization, through the management of its aspects and environmental impacts and thus contribute directly to compliance with legal environmental regulations related to the subject of wastewater treatment for each of its customers, ensuring and improving the physical, chemical and microbiological conditions of the water before it reaches the different bodies of water where the shedding is done. During the present case of study, a synthesis of the context of the organization is included, as well as the description of the environmental problems specific to the sector, the environmental legislation applicable to the organization, followed by the identification and evaluation of environmental aspects and impacts. For the organization, the structuring of an Environmental Management System is fundamental, because it will allow to generate greater market opportunities, reduce costs, increase the efficiency of the productive processes and generate a satisfaction of the activities developed, allowing a better relationship with its customers

Finding of a novel fungal immunomodulatory protein coding sequence in ganoderma australe

Título en ingles: Finding of a novel fungal immunomodulatory protein coding sequence in Ganoderma australeTítulo en español: Hallazgo de una nueva secuencia codificadora para una proteína inmunomoduladora de origen fúngico en Ganoderma australeSHORT TITLE: A novel hypothetical immunomodulatory protein in Ganoderma australeAbstract:  Among the most common human diseases with immune system compromise are autoimmune diseases, cancer, and the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Many of these diseases still have no treatment or their therapies have undesirable side effects. This has aroused a great interest in the search for new natural products with therapeutic potential and scientifically proven effects, showing minimal side effects. Formal clinical and pharmacological investigation in various medicinal fungi of the genus Ganoderma (Ganodermataceae) has shown immunomodulatory effects and tumor growth inhibition in mammals, attributable to the presence of immunomodulatory proteins and other secondary metabolites. To date, six fungal immunomodulatory proteins (FIPs) have been reported in Ganoderma. This paper seeks to advance in the discovery of immunomodulatory proteins present in Ganoderma australe, through mycelium transcriptome 454 Roche® pyrosequencing (RNA-seq) and bioinformatics analyses. The results suggest the presence of gene sequences related to an immunomodulatory protein which has been reported only once in other fungal species Taiwanofungus camphoratus. The candidate gene sequences found in G. australe exhibit high identity values in their amino acid composition and predicted protein secondary structure with the protein reported for Tai. camphoratus. According to present knowledge about the action mechanisms of these proteins, it is possible to suggest that this is a promising molecule for the treatment and prevention of diseases associated with certain immune deficiencies, cancer, and other diseases with compromised immune systems. Future studies are proposed in order to determine its immunomodulatory potential using in vitro and in vivo assays. Keywords: Ganoderma, fungal immunomodulatory protein, immunomodulation, transcriptome, therapeuticResumen: Enfermedades comunes como las autoinmunes, el cáncer y el síndrome de inmunodeficiencia adquirida aún no tienen tratamiento o sus terapias tienen efectos secundarios indeseables. Ello ha suscitado el interés en la investigación de bioproductos con potencial terapéutico, que no impliquen efectos secundarios. Investigaciones farmacológicas y clínicas en algunos hongos medicinales del género Ganoderma (Ganodermataceae) han comprobado efectos inmunomoduladores e inhibidores de crecimiento tumoral en mamíferos, atribuibles a la presencia de proteínas fúngicas inmunomoduladoras (FIPs) y otros metabolitos secundarios. Este trabajo busca avanzar en el descubrimiento de proteínas inmunomoduladoras presentes en Ganoderma australe, mediante la secuenciación del transcriptoma de micelio por tecnología de pirosecuenciación 454 Roche® (RNA-seq) y análisis bioinformáticos. Los resultados sugieren la presencia de secuencias génicas relacionadas con una proteína inmunomoduladora que se ha reportado en la especie de hongos Taiwanofungus camphoratus. Las secuencias génicas candidatas halladas en G. australe exhiben una altos valores de similitud en sus predicciones de composición aminoacídica y estructura secundaria proteica con la proteína reportada para Tai. camphoratus. Los mecanismos de acción de este tipo de proteínas inmunomoduladoras sugieren que se trata de una molécula con potencial promisorio para el tratamiento y prevención de enfermedades con compromiso del sistema inmunológico y el cáncer. Se proponen nuevos estudios que permitan determinar el potencial inmunomodulador de la proteína hipotética hallada mediante estudios in vivo e in vitro.Palabras clave: Ganoderma, proteína fúngica inmunomoduladora, inmunomodulación, transcriptoma, terapéuticaRecibido: Febrero 18 de 2014  Aprobado: octubre 10 de 201

Sistema de información para el manejo de expedientes de la comisaría de familia del municipio de Popayán

This work shows the development of the so-called “Simexco” thesis project, an information system that allowed improving the processes of records’ handling and control within family services agency from Popayán municipality. It is structured in the following way: first, the family services agency from Popayán Municipality is described, then, the methodology carried out for the development of Simexco is explained; and finally, the results obtained are shown with their respective analysis.El presente trabajo muestra el desarrollo del proyecto de grado denominado “Simexco”, sistema de información que permitió mejorar los procesos de manejo y control de expedientes en la Comisaría de Familia del municipio de Popayán. Se encuentra estructurado de la siguiente manera:primero, se describe la Comisaría de Familia del municipio, luego, se explica la metodología seguida para el desarrollo de Simexco y, por último, se muestran los resultados obtenidos con su respectivo análisis

Sistema de información para el manejo de expedientes de la comisaría de familia del municipio de Popayán

This work shows the development of the so-called “Simexco” thesis project, an information system that allowed improving the processes of records’ handling and control within family services agency from Popayán municipality. It is structured in the following way: first, the family services agency from Popayán Municipality is described, then, the methodology carried out for the development of Simexco is explained; and finally, the results obtained are shown with their respective analysis.El presente trabajo muestra el desarrollo del proyecto de grado denominado “Simexco”, sistema de información que permitió mejorar los procesos de manejo y control de expedientes en la Comisaría de Familia del municipio de Popayán. Se encuentra estructurado de la siguiente manera:primero, se describe la Comisaría de Familia del municipio, luego, se explica la metodología seguida para el desarrollo de Simexco y, por último, se muestran los resultados obtenidos con su respectivo análisis

La imagen y la narrativa como herramientas para el abordaje psicosocial en escenarios de violencia. Bogotá, municipios de Madrid y Facatativá, Cundinamarca

En el siguiente documento el lector se encontrará con el desarrollo de un informe donde se evidencia las diversas realidades y contextos en que tienen lugar los diferentes hechos violentos en el marco del conflicto armado en Colombia, que enmarca una historia y relatos de vida. Se evidencia el relato del caso de Nelson, donde se realiza una reflexión y análisis de la experiencia de una memoria histórica, desde diferentes perspectivas; identificando los emergentes psicosociales, haciendo una revisión y análisis discursivo sobre su posicionamiento como víctima o sobreviviente. Se reflexiona alrededor de los significados de la violencia desde la experiencia subjetiva del protagonista, se identifican los recursos de afrontamiento y finalmente, se hace una exposición de los elementos resilientes que se dan en el discurso. En este sentido, se genera una formulación de preguntas, circulares, reflexivas y estratégicas para el caso. Por otra parte, en el segundo tema Masacre en El Salado desde el enfoque narrativo, se logra recopilar información de los hechos violentos vividos, donde se da muestra de la capacidad de adaptación y transformación que cada víctima tiene después de los hechos ocurridos, esta comunidad busca dignificar su existencia y la reconstrucción de sus realidades contextuales a causa del conflicto armado. Es posible comprender la trascendencia de este ejercicio en el que puede darse continuidad a la memoria histórica. Finalmente, se incluye un informe analítico y reflexivo sobre la imagen y la narrativa como instrumentos para la identificación de variables psicosociales y un video resultado de la experiencia.In the following document the reader will find the development of a report where the different realities and contexts in which the different violent events take place in the framework of the armed conflict in Colombia are evidenced, framing a history and life stories. The story of Nelson's case is evidenced, where a reflection and analysis of the experience of the story is made from different perspectives; identifying the psychosocial emergents, making a review and discursive analysis of his positioning as a victim or survivor, reflecting on the meanings of violence from the subjective experience of the protagonist, identifying the coping resources and finally, an exposition of the resilient elements that occur in the discourse. In this sense, a formulation of circular, reflexive and strategic questions is generated for the case. On the other hand, in the second topic, “Masacre en El Salado”, from the narrative approach, it is possible to compile information on the violent events experienced, where it is shown the capacity of adaptation and transformation that each victim has after the events occurred, this community seeks to dignify their existence and the reconstruction of their contextual realities due to the armed conflict. It is possible to understand the transcendence of this exercise in which continuity can be given to the historical memory. Finally, an analytical and reflective report on the image and narrative as instruments for the identification of psychosocial variables is included, as well as a video resulting from the experience

Reflections: Students\u27 Tribute to Stan Kuczaj (1950-2016)

On April 14th, 2016, Animal Behavior and Cognition lost its Editor-in-Chief. But the scientific community and the friends and colleagues of Stanley ‘Stan’ Kuczaj III lost so much more. As many know, Stan began his career in Developmental Psychology, making enormous contributions in the area of language development, but became best known for his many innovative contributions in the area of marine mammal behavior. Stan founded Animal Behavior and Cognition because he was deeply passionate about research with a broad range of topics concerning animal behavior, animal cognition, and animal welfare. He was equally passionate about the idea that science should be accessible to all, and that accessibility should not come at a financial burden to researchers. The current editorial team is committed to carrying on Stan’s vision for the journal, and we believe that its continuation will pay homage to Stan as a researcher, and as a leader within the scientific community. However, for the next few pages, we wish to pay special tribute to Stan as a mentor, as this role was perhaps the one that was most pivotal in defining who he was as a scientist, colleague, and friend. We take comfort in the fact that Stan’s memory will live on in the legacy of his mentees, many of whom became cherished friends and colleagues. Below you will find reflections from several of these former students who were given the difficult task of trying to summarize the most meaningful aspect of Stan’s influence on their personal and professional development. Although no few words could summarize the impact of someone as enigmatic as Stan, we hope that these reflections will contribute to a full and nuanced tribute to the man he was

Strengthening Supersalud is a priority to guarantee the fundamental right to health

El fortalecimiento técnico de la Superintendencia Nacional de Salud (SuperSalud), ente de inspección, vigilancia y control del Sistema General de Seguridad Social en Salud de Colombia, es necesario. Para tal fin, se propone el uso eficiente de los sistemas de información, que permita la toma de decisiones en política pública y que garantice el derecho fundamental de la salud.The technical strengthening of the National Superintendence of Health, an inspection, surveil-lance and control entity of the General System of Social Security in Health of Colombia, is nec-essary. For this, the efficient implementation of information systems will allow decision-making in public policy that guarantees the fundamental right to health.https://orcid.org/0000-0003-4579-6033Revista Nacional - IndexadaN