29 research outputs found
Mutations in sphingosine-1-phosphate lyase cause nephrosis with ichthyosis and adrenal insufficiency
Steroid-resistant nephrotic syndrome (SRNS) causes 15% of chronic kidney disease cases. A mutation in 1 of over 40 monogenic genes can be detected in approximately 30% of individuals with SRNS whose symptoms manifest before 25 years of age. However, in many patients, the genetic etiology remains unknown. Here, we have performed whole exome sequencing to identify recessive causes of SRNS. In 7 families with SRNS and facultative ichthyosis, adrenal insufficiency, immunodeficiency, and neurological defects, we identified 9 different recessive mutations in SGPL1, which encodes sphingosine-1-phosphate (S1P) lyase. All mutations resulted in reduced or absent SGPL1 protein and/or enzyme activity. Overexpression of cDNA representing SGPL1 mutations resulted in subcellular mislocalization of SGPL1. Furthermore, expression of WT human SGPL1 rescued growth of SGPL1-deficient dpl1. yeast strains, whereas expression of disease-associated variants did not. Immunofluorescence revealed SGPL1 expression in mouse podocytes and mesangial cells. Knockdown of Sgpl1 in rat mesangial cells inhibited cell migration, which was partially rescued by VPC23109, an S1P receptor antagonist. In Drosophila, Sply mutants, which lack SGPL1, displayed a phenotype reminiscent of nephrotic syndrome in nephrocytes. WT Sply, but not the disease-associated variants, rescued this phenotype. Together, these results indicate that SGPL1 mutations cause a syndromic form of SRNS
Ătudes fonctionnelles de gĂšnes mutĂ©s dans les syndromes nĂ©phrotiques hĂ©rĂ©ditaires
Le syndrome nĂ©phrotique (SN) est caractĂ©risĂ© par une fuite massive de protĂ©ines dans les urines due Ă une altĂ©ration du filtre glomĂ©rulaire, dont le podocyte est un composant essentiel. Lâatteinte rĂ©nale peut ĂȘtre associĂ©e Ă des anomalies neurologiques comme dans le syndrome de Galloway-Mowat (GAMOS). LâĂ©tude de formes familiales rares de SN a permis dâidentifier des mutations dans de nombreux gĂšnes codant des protĂ©ines exprimĂ©es par le podocyte. Cependant, dans environ la moitiĂ© des cas familiaux de SN, le gĂšne impliquĂ© dans la maladie reste inconnu, et il nâexiste Ă ce jour aucun traitement, mis Ă part la dialyse et la transplantation rĂ©nale. Au cours de ce travail, jâai participĂ© Ă deux projets de recherche, lâun portant sur lâĂ©tude de deux mutations identifiĂ©es dans deux gĂšnes candidats chez des patients avec un SN syndromique en utilisant le modĂšle de la Drosophile, lâautre portant sur lâĂ©tude des consĂ©quences fonctionnelles des mutations du complexe KEOPS, identifiĂ©es chez des patients avec GAMOS, dans des modĂšles in vitro et in vivo. Pour la premiĂšre partie de mon travail, jâai travaillĂ© sur deux variants homozygotes identifiĂ©s dans les gĂšnes ADD3 et KAT2B chez des enfants prĂ©sentant un SN associĂ© Ă une microcĂ©phalie et une cardiomyopathie. Le premier gĂšne code lâadducine-Îł, un important rĂ©gulateur du cytosquelette dâactine, et le second pour la lysine acĂ©tyltransfĂ©rase KAT2B responsable de lâacĂ©tylation des histones. Mon projet avait pour but dâĂ©valuer la pathogĂ©nicitĂ© des mutations pour dĂ©finir leur contribution au phĂ©notype des patients en utilisant le modĂšle de la Drosophile. Jâai rĂ©alisĂ© des expĂ©riences dâextinction de lâexpression de ces deux gĂšnes, sĂ©parĂ©ment puis simultanĂ©ment, suivi par des expĂ©riences de « sauvetage » pour Ă©tudier le phĂ©notype des nĂ©phrocytes, Ă©quivalents chez la Drosophile des podocytes. Les rĂ©sultats obtenus ont montrĂ© que la mutation dâADD3 seule nâaffecte pas les nĂ©phrocytes, alors que la mutation de KAT2B entraĂźne des dĂ©fauts des nĂ©phrocytes. De plus, la suppression simultanĂ©e dans les nĂ©phrocytes de lâexpression des gĂšnes ADD3 et KAT2B altĂšre de façon synergique les nĂ©phrocytes et lâexpression de la mutation dâADD3 ne permet pas de restaurer le phĂ©notype sauvage. Lâensemble de nos rĂ©sultats suggĂšre que les mutations dans les deux gĂšnes sont nĂ©cessaires Ă lâapparition de lâatteinte rĂ©nale chez ces patients. Pour la seconde partie de ce travail, jâai Ă©tudiĂ© le complexe KEOPS, un complexe protĂ©ique composĂ© de 5 sous-unitĂ©s qui associĂ© Ă lâenzyme YRDC est responsable de la biosynthĂšse de la modification t6A sur les ARN de transfert (ARNt) jouant un rĂŽle primordial dans la fidĂ©litĂ© de la traduction. Le but de ce projet est de comprendre le rĂŽle de la nouvelle sous-unitĂ© GON7, une protĂ©ine intrinsĂšquement dĂ©sordonnĂ©e, sur la stabilitĂ© du complexe KEOPS, en particulier sur la sous-unitĂ© LAGE3 qui interagit directement avec GON7. Nous avons montrĂ© que les protĂ©ines GON7 et LAGE3 ont une demi-vie plus courte lorsquâelles sont exprimĂ©es individuellement alors que leur demi-vie augmente lorsquâelles sont co-exprimĂ©es, suggĂ©rant que lâinteraction stabilise les deux protĂ©ines. En parallĂšle, jâai dĂ©veloppĂ© des modĂšles murins de « knock-in » (KI) en insĂ©rant une mutation dans le gĂšne Osgep ou dans le gĂšne Lage3 par CRISPR/Cas9 afin dâĂ©tudier lâeffet des mutations sur le dĂ©veloppement de lâatteinte rĂ©nale et neurologique. Les rĂ©sultats obtenus Ă ce jour indiquent que les souris KI ne prĂ©sentent aucun signe clinique (absence de protĂ©inurie) et histologique Ă©vident dâatteinte rĂ©nale ou cĂ©rĂ©brale, suggĂ©rant que le modĂšle murin ne reproduit pas les atteintes observĂ©es chez les patients avec GAMOS. Cependant, des Ă©tudes plus approfondies sont en cours afin de valider lâabsence totale de phĂ©notype rĂ©nal et cĂ©rĂ©bral
Vademecum pour la réutilisabilité des données: Groupe de travail Réutilisatibilité, Consortium Cahier
Ce document est issu des rĂ©flexions du groupe de travail « (RĂ©)utilisabilitĂ© » du consortium Cahier , consortium de projets dâĂ©dition de corpus dâauteurs, qui sâest rĂ©uni plusieurs fois en 2021. Son objectif est de proposer des recommandations pratiques concernant la rĂ©utilisabilitĂ© des donnĂ©es textuelles dans le cadre des projets de recherche.Ce travail sâinscrit, pour le contexte français, dans les dĂ©marches d'incitation Ă l'ouverture des donnĂ©es de la recherche initiĂ© par la Loi pour une RĂ©publique numĂ©rique de 2016 et encouragĂ© par le mouvement de la Science Ouverte, dont le premier plan a Ă©tĂ© publiĂ© en 2018. Le deuxiĂšme plan national pour la Science ouverte , qui couvre la pĂ©riode 2021-2024, insiste encore davantage sur la notion de rĂ©utilisation en incitant à « reconnaĂźtre et amplifier la rĂ©utilisation des donnĂ©es de la recherche »
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