Population information and Alleles - Limnoperna fortunei

This dataset describes the genotypes detected for 5 nuclear microsatellite markers in 3 Limnoperna fortunei populations in the Paranapanema River. Locations of populations and number of individuals collected is also described

Data from: Structure and genetic variability of golden mussel (Limnoperna fortunei) populations from Brazilian reservoirs

The golden mussel, Limnoperna fortunei a highly invasive species in Brazil, has generated productive, economical, and biological impacts. To evaluate genetic structure and variability of L. fortunei populations present in fish farms in the reservoirs of Canoas I (CANFF), Rosana (ROSFF), and Capivara (CAPFF) (Paranapanema river, Paraná, Brazil), eight microsatellite loci were amplified. Five of those eight loci resulted in 38 alleles. The observed heterozygosity (Ho) was lower than the expected heterozygosity (He) in all populations, with a deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). The average value for the inbreeding coefficient (Fis) was positive and significative for all populations. There was higher genetic variability within populations than among them. The fixation index (Fst) showed a small genetic variability among these populations. The occurrence of gene flow was identified in all populations, along with the lack of a recent bottleneck effect. The clustering analysis yielded K = 2, with genetic similarity between the three populations. The results demonstrate low genetic structure and suggest a founding population with greater genetic variability (ROSFF). Our data point to the possible dispersal of L. fortunei aided by anthropic factors in the upstream direction. It was concluded that the three populations presented a unique genetic pool for Paranapanema river, with occurrence of gene flow

Ganho de peso e crescimento morfométrico do tambaqui (Colossoma macropomum) melhorado geneticamente

Weight gain and morphometric growth of the genetically improved tambaqui (Colossoma macropomum) are evaluated. Current assay was carried out on the Fish Farm Experimental Station of the Federal University of Mato Grosso, in the municipality of Santo Antonio de Leverger - MT Brazil. Seven fish families from the breeding program and a control group (not genetically improved) were evaluated. All animals were individually identified with a transmitter-responder label (transponder). Weight gain, overall and standard length, head size, height, width and body perimeter were measured. A completely randomized design was used and comparisons among families and the control group were carried out by Dunnett test at 5% significance level. The genetically improved fish families showed a 14.8% higher weight gain when compared to that of control group. Five out of seven families showed greater weight gain when compared to control group, with the best family exhibiting a 24.8% higher rate. Four families had higher growth in all evaluated morphometric characteristics when compared to control group. Only one family did not differ in any of the evaluated characteristics with regard to the control group.Objetivou-se avaliar o ganho de peso e o crescimento morfométrico do tambaqui (Colossoma macropomum) melhorado geneticamente. O trabalho foi realizado na Estação Experimental de Piscicultura da Universidade Federal de Mato Grosso, localizada no município de Santo Antônio de Leverger - MT, Brasil. Foram avaliadas sete famílias oriundas do programa de melhoramento genético e um grupo controle (não melhorado geneticamente). Todos os animais foram individualizados com transponder. Foram mensurados o ganho de peso, comprimento total e padrão, tamanho de cabeça, altura, largura e perímetro do corpo. Utilizou-se delineamento inteiramente casualizado e as comparações entre as famílias e o grupo controle foram realizadas pelo teste de Dunnett com 5% de significância. As famílias melhoradas geneticamente apresentaram ganho de peso 14,8% superior ao grupo controle. Cinco das sete famílias avaliadas apresentaram maior ganho de peso em relação ao grupo controle, sendo que a melhor família foi superior em 24,8%. Quatro famílias apresentaram maior crescimento em todas as características morfométricas avaliadas em relação ao controle. Apenas uma família não diferiu em nenhuma das características avaliadas em relação ao grupo controle

Avaliação de Macroinvertebrados Bentônicos em Viveiros Escavados em Londrina-PR.

Biomonitoring with the use of benthic macroinvertebrates has been an effective tool used to evaluate water quality in several water bodies. In this context, there are several factors that can act on the structure of macroinvertebrate commuinities, with indications of the influence of aquaculture. Therefore, the present study evaluated the composition of macroinvertebrate populations in two earthen ponds of a fish farm in Londrina-PR. Three collections were carried out: in October of 2015 and February and July of 2016, with the use of artificial biocolectors. The macroinvertebrates were quantified and identified, and diversity indexes were calculated with the data obtained. Higher number of taxa, higher number of individuals and greater diversity and uniformity in macroinvertebrate communities were found in pond 1 (water entrance), due mainly to the presence of taxa tolerant or resistant to organic pollution, which may be related to the higher concentration of nutrients and organic matter in this pond. However, in pond 2 (water outlet), individuals of Polycentropodidae (Trichoptera) were found in all collections, in addition to a low abundance of taxa that would indicate organic enrichment, demonstrating better water quality. Furthermore, greater abundance and diversity were observed in the months with higher level of precipitation. From the perspective of aquaculture, the results found in pond 1 can be used as indicative of greater productive potential, however, the low frequency of taxa typical of clean environments may indicate low oxygen levels.These results demonstrate that the position of the pond relative to the water source in a fish farm can influence the water quality, which can be verified through the structure of the benthic macroinvertebrates communities

Diversidade genética de estoques de reprodutores de tambaqui utilizados em programas de repovoamento

Natural populations of tambaqui (Colossoma macropomum) have significantly decreased in recent decades especially due to human extraction activities. So that the environmental impact may be reduced, the restocking of fish and increase in fish production are enhanced. Genetic evaluations using molecular markers are essential for this purpose. Current study evaluates the genetic variability of two tambaqui broodstocks used in restocking programs. Sixty-five samples (33 samples from broodstock A and 32 samples from broodstock B) were collected. DNA was extracted from caudal fin samples, with the amplification of four microsatellite loci: Cm1A11 (EU685307) Cm1C8 (EU685308) Cm1F4 (EU685311) and Cm1H8 (EU685315). Fourteen alleles in the stock of broodstock A were produced, five alleles for Cm1A11 locus (230, 255, 260, 270 and 276 bp), three alleles Cm1C8 (239, 260, and 273 bp), two alleles Cm1F4 (211 and 245 bp), four alleles for Cm1H8 (275, 290, 320 and 331 bp) and two unique alleles were found for Cm1A11 loci (alleles 270 and 276 bp) and Cm1H8 (alleles 275 and 331 bp). In broodstock B, ten alleles were produced, the same alleles of the first stock except for alleles 270 and 276 bp in Cm1A11 locus and 275 and 331 bp in Cm1H8 locus. Broodstock A revealed low frequency alleles in Cm1A11 loci, Cm1C8, Cm1F4 and Cm1H8, whereas broodstock B had no locus with low allelic frequency. Loci Cm1A11, Cm1C8 and Cm1H8 exhibited significant deficit of heterozygotes in both broodstocks, revealing changes in Hardy-Weinberg equilibrium. Genetic diversity between stocks was 0.1120, whilst genetic similarity was 0.894, with FST rate = 0.05, and Nm = 3.93, indicating gene flow between the two broodstocks. Results show that broodstocks are genetically closely related, with no great genetic variability. Strategies such as a previous genetic analysis of breeding with its marking, use of a large Ne crossing between the most genetically divergent specimens, and the introduction of new genetic material to broodstocks may maximize genetic diversity and minimize inbreeding within the next generation.A população natural do tambaqui (Colossoma macropomum) está reduzindo significativamente nas últimas décadas devido às ações antrópicas, como o extrativismo. Para diminuir este impacto ambiental, o repovoamento de peixes e aumento da produção piscícola estão sendo realizados. Para tanto, avaliações genéticas por meio de marcadores moleculares são fundamentais. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de dois estoques de reprodutores de tambaqui utilizados em programas de repovoamento. Foram coletadas 65 amostras (33 amostras do estoque A e 32 amostras do estoque B). O DNA foi extraído de amostras da nadadeira caudal, com a amplificação de quatro loci microssatélite: Cm1A11 (EU685307), Cm1C8 (EU685308), Cm1F4 (EU685311) e Cm1H8 (EU685315). Foram produzidos 14 alelos no estoque de reprodutores A, cinco alelos para o locus Cm1A11 (230, 255, 260, 270 e 276 pb), três alelos para Cm1C8 (239, 260 e 273 pb), dois alelos para Cm1F4 (211 e 245 pb), quatro alelos para Cm1H8 (275, 290, 320 e 331 pb) e dois alelos exclusivos foram encontrados para os loci Cm1A11 (alelos 270 e 276 pb) e Cm1H8 (alelos 275 e 331 pb). Para o estoque de reprodutores B foram produzidos 10 alelos, os mesmos alelos do primeiro estoque, exceto para os alelos 270 e 276 pb no locus Cm1A11 e 275 e 331 pb no locus Cm1H8. No estoque de reprodutores A foi observado alelos de baixa frequência nos loci Cm1A11, Cm1C8, Cm1F4 e Cm1H8. Já o estoque de reprodutores B não apresentou locus com baixa frequência alélica. Os loci Cm1A11, Cm1C8 e Cm1H8 exibiram significativo défict de heterozigotos em ambos os estoques de reprodutores, indicando alteração no equilíbrio de Hardy-Weinberg. A divergência genética foi de 0,1120 entre os estoques, enquanto a similaridade genética foi de 0,894, com o valor de FST igual a 0,05, e o Nm igual a 3,93 indicando fluxo gênico entre os dois estoques de reprodutores. Os resultados obtidos revelam que os estoques de reprodutores estão geneticamente muito relacionados e que ambos os estoques não apresentam alta variabilidade genética. Estratégias como uma prévia análise genética dos reprodutores com sua marcação, utilização de um grande Ne , cruzamento entre indivíduos geneticamente mais divergentes, além da introdução de um novo material genético aos estoques de reprodutores, poderiam ser utilizadas para maximizar a variabilidade genética e minimizar a endogamia na próxima geração

Diversidade genética de estoques de reprodutores de tambaqui utilizados em programas de repovoamento

Natural populations of tambaqui (Colossoma macropomum) have significantly decreased in recent decades especially due to human extraction activities. So that the environmental impact may be reduced, the restocking of fish and increase in fish production are enhanced. Genetic evaluations using molecular markers are essential for this purpose. Current study evaluates the genetic variability of two tambaqui broodstocks used in restocking programs. Sixty-five samples (33 samples from broodstock A and 32 samples from broodstock B) were collected. DNA was extracted from caudal fin samples, with the amplification of four microsatellite loci: Cm1A11 (EU685307) Cm1C8 (EU685308) Cm1F4 (EU685311) and Cm1H8 (EU685315). Fourteen alleles in the stock of broodstock A were produced, five alleles for Cm1A11 locus (230, 255, 260, 270 and 276 bp), three alleles Cm1C8 (239, 260, and 273 bp), two alleles Cm1F4 (211 and 245 bp), four alleles for Cm1H8 (275, 290, 320 and 331 bp) and two unique alleles were found for Cm1A11 loci (alleles 270 and 276 bp) and Cm1H8 (alleles 275 and 331 bp). In broodstock B, ten alleles were produced, the same alleles of the first stock except for alleles 270 and 276 bp in Cm1A11 locus and 275 and 331 bp in Cm1H8 locus. Broodstock A revealed low frequency alleles in Cm1A11 loci, Cm1C8, Cm1F4 and Cm1H8, whereas broodstock B had no locus with low allelic frequency. Loci Cm1A11, Cm1C8 and Cm1H8 exhibited significant deficit of heterozygotes in both broodstocks, revealing changes in Hardy-Weinberg equilibrium. Genetic diversity between stocks was 0.1120, whilst genetic similarity was 0.894, with FST rate = 0.05, and Nm = 3.93, indicating gene flow between the two broodstocks. Results show that broodstocks are genetically closely related, with no great genetic variability. Strategies such as a previous genetic analysis of breeding with its marking, use of a large Ne crossing between the most genetically divergent specimens, and the introduction of new genetic material to broodstocks may maximize genetic diversity and minimize inbreeding within the next generation.A população natural do tambaqui (Colossoma macropomum) está reduzindo significativamente nas últimas décadas devido às ações antrópicas, como o extrativismo. Para diminuir este impacto ambiental, o repovoamento de peixes e aumento da produção piscícola estão sendo realizados. Para tanto, avaliações genéticas por meio de marcadores moleculares são fundamentais. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de dois estoques de reprodutores de tambaqui utilizados em programas de repovoamento. Foram coletadas 65 amostras (33 amostras do estoque A e 32 amostras do estoque B). O DNA foi extraído de amostras da nadadeira caudal, com a amplificação de quatro loci microssatélite: Cm1A11 (EU685307), Cm1C8 (EU685308), Cm1F4 (EU685311) e Cm1H8 (EU685315). Foram produzidos 14 alelos no estoque de reprodutores A, cinco alelos para o locus Cm1A11 (230, 255, 260, 270 e 276 pb), três alelos para Cm1C8 (239, 260 e 273 pb), dois alelos para Cm1F4 (211 e 245 pb), quatro alelos para Cm1H8 (275, 290, 320 e 331 pb) e dois alelos exclusivos foram encontrados para os loci Cm1A11 (alelos 270 e 276 pb) e Cm1H8 (alelos 275 e 331 pb). Para o estoque de reprodutores B foram produzidos 10 alelos, os mesmos alelos do primeiro estoque, exceto para os alelos 270 e 276 pb no locus Cm1A11 e 275 e 331 pb no locus Cm1H8. No estoque de reprodutores A foi observado alelos de baixa frequência nos loci Cm1A11, Cm1C8, Cm1F4 e Cm1H8. Já o estoque de reprodutores B não apresentou locus com baixa frequência alélica. Os loci Cm1A11, Cm1C8 e Cm1H8 exibiram significativo défict de heterozigotos em ambos os estoques de reprodutores, indicando alteração no equilíbrio de Hardy-Weinberg. A divergência genética foi de 0,1120 entre os estoques, enquanto a similaridade genética foi de 0,894, com o valor de FST igual a 0,05, e o Nm igual a 3,93 indicando fluxo gênico entre os dois estoques de reprodutores. Os resultados obtidos revelam que os estoques de reprodutores estão geneticamente muito relacionados e que ambos os estoques não apresentam alta variabilidade genética. Estratégias como uma prévia análise genética dos reprodutores com sua marcação, utilização de um grande Ne , cruzamento entre indivíduos geneticamente mais divergentes, além da introdução de um novo material genético aos estoques de reprodutores, poderiam ser utilizadas para maximizar a variabilidade genética e minimizar a endogamia na próxima geração

Genetic diversity of pacu and piapara broodstocks in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema (Brazil)

O objetivo da pesquisa foi analisar a diversidade genética de estoques de Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piapara (Leporinus elongatus) utilizados em programas de repovoamento dos rios Paraná e Paranapanema. Foram analisados 120 exemplares (dois estoques de cada espécie) de pisciculturas das cidades de Palotina (Paraná) e da cidade de Salto Grande (São Paulo). Os 10 iniciadores produziram 96 fragmentos, dos quais 68 (70,83%) e 94 (97,92%) foram polimórficos para os estoques de P. mesopotamicus e L. elongatus, respectivamente. Foram observadas diferenças (P < 0,05) na frequência de 15 e 27 fragmentos para cada espécie, sem a presença de fragmentos exclusivos. Os valores do índice de Shannon (0,347 a 0,572) e da porcentagem de fragmentos polimórficos (57,3% a 94,8%) mostraram uma alta variabilidade genética intra-populacional para todos os estoques. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) mostraram que a maior parte da variação está dentro de cada estoque (89%) e não entre os estoques. Os valores da distância (0,088 e 0,142) e identidade (0,916 e 0,868) genética demonstraram que existe similaridade entre os estoques de cada espécie, sendo corroborado pelos valores de Fst (0,1023 e 010,27) e Nm (4,18 e 4,33) que mostraram uma moderada diferenciação genética com presença de fluxo gênico. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional e similaridade entre os estoques de cada espécie demonstrando uma origem em comum.The genetic diversity of Piaractus mesopotamicus (pacu) and Leporinus elongatus (piapara) broodstocks used in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema is analyzed. One hundred and twenty specimens (two broodstocks of each species) from fish ponds in Palotina PR Brazil and in Salto Grande SP Brazil were assessed. Ten primers produced 96 fragments, comprising 68 (70.83%) and 94 (97.92%) polymorphic fragments for P. mesopotamicus and L. elongatus broodstocks, respectively. Differences (p < 0.05) in the frequency of 15 and 27 fragments were detected for each species, without exclusive fragments. Shannon Index (0.347 - 0.572) and the percentage of polymorphic fragments (57.3% - 94.8%) revealed high intra-population genetic variability for all broodstocks. Results of molecular variance analyses (AMOVA) showed that most variations do not lie between the broodstocks but within each broodstock (89%). Genetic (0.088 and 0.142) and identity (0.916 and 0.868) distance rates demonstrated similarity between the broodstocks of each species, corroborated by Fst (0.1023 and 010.27) and Nm (4.18 and 4.33) rates, with a slight genetic difference due to genic flux. High intrapopulation genetic variability and similarity between the broodstocks of each species was also detected, proving a common ancestry

Genetic diversity of pacu and piapara broodstocks in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema (Brazil) Diversidade genética de estoques de Pacu e Piapara em programas de repovoamento nos rios Paraná e Paranapanema (Brasil)

Abstract The genetic diversity of Piaractus mesopotamicus (pacu) and Leporinus elongatus (piapara) broodstocks used in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema is analyzed. One hundred and twenty specimens (two broodstocks of each species) from fish ponds in Palotina PR Brazil and in Salto Grande SP Brazil were assessed. Ten primers produced 96 fragments, comprising 68 (70.83%) and 94 (97.92%) polymorphic fragments for P. mesopotamicus and L. elongatus broodstocks, respectively. Differences (p &lt;0.05) in the frequency of 15 and 27 fragments were detected for each species, without exclusive fragments. Shannon Index (0.347 -0.572) and the percentage of polymorphic fragments (57.3% -94.8%) revealed high intra-population genetic variability for all broodstocks. Results of molecular variance analyses (AMOVA) showed that most variations do not lie between the broodstocks but within each broodstock (89%). Genetic (0.088 and 0.142) and identity (0.916 and 0.868) distance rates demonstrated similarity between the broodstocks of each species, corroborated by Fst (0.1023 and 010.27) and Nm (4.18 and 4.33) rates, with a slight genetic difference due to genic flux. High intrapopulation genetic variability and similarity between the broodstocks of each species was also detected, proving a common ancestry. Resumo O objetivo da pesquisa foi analisar a diversidade genética de estoques de Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piapara (Leporinus elongatus) utilizados em programas de repovoamento dos rios Paraná e Paranapanema. Foram analisados 120 exemplares (dois estoques de cada espécie) de pisciculturas das cidades de Palotina (Paraná) e da cidade de Salto Grande (São Paulo). Os 10 iniciadores produziram 96 fragmentos, dos quais 68 (70,83%) e 94 (97,92%) foram polimórficos para os estoques de P. mesopotamicus e L. elongatus, respectivamente. Foram observadas diferenças (P &lt;0,05) na frequência de 15 e 27 fragmentos para cada espécie, sem a presença de fragmentos exclusivos. Os valores do índice de Shannon (0,347 a 0,572) e da porcentagem de fragmentos polimórficos (57,3% a 94,8%) mostraram uma alta variabilidade genética intra-populacional para todos os estoques. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) mostraram que a maior parte da variação está dentro de cada estoque (89%) e não entre os estoques. Os valores da distância (0,088 e 0,142) e identidade (0,916 e 0,868) genética demonstraram que existe similaridade entre os estoques de cada espécie, sendo corroborado pelos valores de Fst (0,1023 e 010,27) e Nm (4,18 e 4,33) que mostraram uma moderada diferenciação genética com presença de fluxo gênico. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional e similaridade entre os estoques de cada espécie demonstrando uma origem em comum

Effects of dietary β-glucans on the productive performance, blood parameters, and intestinal microbiota of angelfish (Pterophyllum scalare) juveniles

Abstract Among the potential feed additives, β-glucans are known to positively affect the growth performance, blood parameters, and intestinal microbiota of fish, even the ornamental species. Therefore, the present study evaluated the effects of the dietary supplementation of different Saccharomyces cerevisiae β-glucans concentrations (0, 0.05, 0.1, and 0.2%) in juvenile angelfish (Pterophyllum scalare) over a 42-day period. Regarding growth performance, no effects were observed on most parameters. However, 0.2% β-glucans supplementation produced higher condition factor values, indicating a better nutritional status. Furthermore, β-glucans supplementation did not affect blood parameters. Regarding intestinal microbiota, β-glucans supplementation increased the abundance of the potentially beneficial bacterial genus Phascolarctobacterium. The high abundance of bacteria from the phylum Bacteroidetes, which can degrade β-glucans, may be attributed to the increased abundance of Phascolarctobacterium spp. In addition, 0.2% β-glucans supplementation produced more operational taxonomic units and higher Sobs (observed species richness), indicating effects on the overall bacterial community structure. These results demonstrate the potential application of β-glucans as a dietary supplement to improve the performance and modulate the intestinal microbiota of angelfish