Accuracy of genomic selection in simulated populations mimicking the extent of linkage disequilibrium in beef cattle

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The success of genomic selection depends mainly on the extent of linkage disequilibrium (LD) between markers and quantitative trait loci (QTL), the number of animals in the training set (TS) and the heritability (h²) of the trait. The extent of LD depends on the genetic structure of the population and the density of markers. The aim of this study was to calculate accuracy of direct genomic estimated breeding values (DGEBV) using best linear unbiased genomic prediction (GBLUP) for different marker densities, heritabilities and sizes of the TS in simulated populations that mimicked previously reported extent and pattern of LD in beef cattle.</p> <p>Results</p> <p>The accuracy of DGEBV increased significantly (p < 0.05) with the increase in the number of bulls in the TS (480, 960 or 1920), trait h²(0.10, 0.25 or 0.40) and marker densities (40 k or 800 k). Increasing the number of animals in the TS by 4-fold and using their phenotypes to estimate marker effects was not sufficient to maintain or increase the accuracy of DGEBV obtained using estimated breeding values (EBVs) when the trait h²was lower than 0.40 for both marker densities. Comparing to expected accuracies of parent average (PA), the gains by using DGEBV would be of 27%, 13% and 10% for trait h²equal to 0.10, 0.25 and 0.40, respectively, considering the scenario with 40 k markers and 1920 bulls in TS.</p> <p>Conclusions</p> <p>As reported in dairy cattle, the size of the TS and the extent of LD have major impact on the accuracy of DGEBV. Based on the findings of this simulation study, large TS, as well as dense marker panels, aiming to increase the level of LD between markers and QTL, will likely be needed in beef cattle for successful implementation of genomic selection.</p

Efeitos da adição de Carbetocina na motilidade e vigor do sêmen ovino refrigerado a 4ºC

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Genetic associations between reproductive and linear-type traits of Holstein cows in Brazil

This study aimed to estimate heritability, genetic, and residual correlations between reproductive traits such as age at first calving, calving interval, dry period, and first service period and linear type traits measured in Holstein cows born between the years 1990 and 2008 in Brazil. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood, using the MTDFREML software. The heritability for reproductive traits and linear-type traits ranged from 0.02 to 0.03 and from 0.07 to 0.40, respectively. Estimates of genetic correlations between reproductive and linear-type traits ranged from -0.23 (top line) to 0.28 (angularity) to age at first calving, from -0.54 (final score) to 0.34 (foot angle) to calving interval, from -0.23 (angularity) to 0.56 (stature) to dry period, and from -0.52 (final score) to 0.36 (height udder) to first service period. Direct selection for any of the reproductive traits implies low genetic gains by virtue of their low heritabilities. Among the linear-type traits, the final score, chest width, top line, angularity, teat length, udder attachment, rear teat placement were highlighted as good auxiliary traits to improve reproductive efficiency of Holstein cows in Brazil. The simultaneous selection for reproductive and linear-type traits can lead a higher genetic progress in the reproductive traits

Comparação dos níveis de nitrogênio e fósforo em efluente de aquacultura com e sem sedimentação utilizando Azolla filiculoides

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Estimativa de custos de três sistemas alimentares para a recria de novilhas acasaladas aos 18 meses de idade

A idade ao acasalamento da novilha está relacionada com a eficiência econômica da produção de bovinos. A determinação de sistemas alimentares para a recria é fundamental para que as novilhas apresentem elevada taxa de prenhez. O objetivo deste trabalho foi estimar e avaliar os custos de alternativas alimentares na recria de novilhas de corte destinadas ao acasalamento aos 18 meses de idade. Foram avaliados sistemas alimentares que atendessem o ganho de peso em cada fase da recria utilizando o campo natural e suplementos alimentares para determinar o custo final do sistema. Para tanto foram definidos os seguintes pressupostos: peso ao desmame – 160 kg; ganho do desmame ao início do acasalamento – 140 kg; peso ao início do acasalamento – 300 kg (raça britânica, 65% do peso adulto). Os tratamentos foram denominados conforme o ganho de peso diário médio (GDM) no primeiro (INV), segundo (PRI) e terceiro (VER) período, respectivamente: BAM – Baixo (0,000 kg/d), Alto (1,111 kg/d) e Moderado (0,500 kg/d); MMA – Moderado (0,120 kg/d), Moderado (0,800 kg/d) e Alto (0,500 kg/d); ABB – Alto (0,373 kg/d), Baixo (0,600 kg/d) e Baixo (0,300 kg/d). O sistema de recria ABB apresentou o menor custo (R$96,19/cab), seguido pelo MMA (R$ 114,60/cab) e pelo BAM (R$ 134,40/cab). A utilização de diferentes sistemas alimentares apresenta implicações econômicas na recria de fêmeas. Novilhas destinadas ao acasalamento aos 18 meses no outono necessitam de suplementação alimentar durante pelo menos um dos três períodos de recria. A suplementação visando obter altas taxas de ganho de peso durante o primeiro período de recria (inverno) apresentou menor custo em relação a ganhos elevados no segundo e terceiro períodos (primavera e verão, respectivamente)

Crescimento de novilhas de corte com diferentes ganhos de peso dos 12 aos 18 meses de idade

A recria de novilhas é uma etapa estratégica, sob o ponto de vista bioeconômico, e depende essencialmente de programas alimentares do desmame ao primeiro acasalamento ajustados aos diferentes sistemas de produção. O objetivo do experimento foi avaliar o efeito do ganho de peso (GP) sobre o crescimento de novilhas de corte nos períodos dos 12 aos 15 meses (P15) e dos 15 aos 18 meses (P18) de idade. As novilhas tinham idade média de 12 meses e peso vivo inicial de 170,5; 188,6 e 230,5 kg para os respectivos tratamentos: AM (Alto-Moderado), MA (Moderado-Alto) e BB (Baixo-Baixo), que foram diferentes sequências de GP nos períodos P15 e P18. As características avaliadas foram: escore de condição corporal (ECC, escala de 5 pontos), altura da garupa (AG), perímetro torácico (PT) e relação peso:altura (PA). Ao final do experimento, os três tratamentos convergiram no peso vivo médio de 312 kg e apresentaram valores semelhantes para AG, PT e relação peso:altura (P> 0,05). O tratamento AM que aprese ntou menor GP no P18 que no P15, perdeu 0,38 pontos de ECC, resultando em menor escore final que nos tratamentos MA e BB (P< 0,05). O ganho de AG mostrou pouca relação com o GP. O efeito do ganho de peso sobre o ganho de PT ocorreu somente no P15, em que a taxa de crescimento foi maior. O ganho de PA respondeu linearmente em todos os tratamentos ao GP e foram altamente correlacionados