Synthèse sur les politiques institutionnelles de libre accès à la recherche

En matière d'archives ouvertes, les politiques strictement incitatives se sont avérées relativement peu efficaces (environ 15% de dépôts plein texte volontaires). Par contraste, les mandats institutionnels, dont le principe est de rendre ce dépôt plus ou moins obligatoire, permettent d'augmenter significativement la participation des chercheurs. Diverses enquêtes ont d'ailleurs montré qu'une majorité d'auteurs seraient disposés à archiver leurs travaux si un tel mandat les y contraignait. Depuis 2003, les mandats essaiment à travers le monde, particulièrement aux États-Unis, mais également en Europe, où l'Université de Liège fait désormais figure de modèle. L'Union européenne, qui via son 8e PCRD (Horizon 2020) devrait rendre obligatoire le libre accès à toute recherche qu'elle finance, recommande l'adoption de mandats à ses États membres. De son côté, le Royaume-Uni semble privilégier la voie dorée, au détriment de la voie verte, avec pour conséquence probable l'envolée des coûts de publication, à la charge des universités. En France, les mandats, défendus par le CNRS et dont l'efficacité a été reconnue et approuvée à un niveau officiel, sont encore plutôt le fait d'organismes nationaux que d'universités. L'adoption et la mise en œuvre d'une politique institutionnelle est un processus de longue haleine : pour qu'elle soit comprise et acceptée par la communauté scientifique, il faut en méditer soigneusement la formulation, l'expliquer aux chercheurs de manière à éviter tout risque d'interprétation erronée, l'accompagner par des actions de soutien et de suivi, proposer des services à valeur ajoutée en rétribution aux efforts d'auto-archivage. Il peut s'avérer stratégiquement judicieux de limiter dans un premier temps l'application du mandat à des laboratoires-relais, dont l'exemple peut avoir un effet incitatif

Echappement à la chimiothérapie et émergence de cellules plus agressives : Importance de l’hétérogénéité tumorale

Activated by chemotherapy, senescence is a suppressive response which prevents cell cycle progress through activation of the p53-p21 and p16-Rb signaling pathways. However, despite the efficiency of this suppression, cancer cells can emerge to induce clinical relapse. In this study, we analyzed senescence escape in response to irinotecan, one of the first line treatment used in colorectal cancer. After treatment, senescence is induced in LS174T cell but a subpopulation of cells finally resume proliferation. Persistent cells (PLCs) are composed of an heterogenous mixture of senescent (PLS) and dividing cells (PLD). In spite of PLS, PLCs are able to grow in vivo as efficiently as parental LS174T cells. Importantly, persistence induced the emergence of more transformed cells characterized by the ability to grow in low adhesion conditions. PLD emergence and anoikis resistance depend on Mcl-1, Bcl-xL and p21. PLD and PLS enrichment, by flow cytometry, allowed us to identify PLS as essential for anoikis resistance. Our results suggest that PLS establish a favorable environment for the transformation of unaffected cells. Mcl-1 and Bcl-xL role in each population remains to be determined, but inhibitors of these protein used in combination with irinotecan should restrict the heterogeneity of the response and tumoral aggressiveness.Les dommages de l’ADN, induits par les traitements de chimiothérapie, sont responsables de l’induction de la sénescence, un arrêt définitif du cycle cellulaire dépendant des voies p53-p21 et p16-Rb. L'efficacité de cette suppression n’est pas optimale en raison d’une hétérogénéité de réponse à la chimiothérapie. Dans cette étude, nous avons analysé l’échappement à la sénescence en réponse à l’irinotécan, un traitement des cancers colorectaux. Dans les cellules LS174T, le processus de sénescence est induit mais des cellules conservent leurs capacités prolifératives et l’exercent après l’élimination du traitement. Les cellules proliférantes (PLD) et sénescentes (PLS) forment un mélange hétérogène appelé cellules persistantes (PLCs). Alors qu’elles sont constituées d’une part importante de cellules sénescentes, les PLCs sont capables de former des tumeurs in vivo, de manière comparable aux cellules parentales. De façon intéressante, le traitement est également associé à l’augmentation de l’agressivité caractérisée par la croissance en faible adhérence. L’émergence des PLD et la résistance à l’anoikis sont dépendantes de l’expression des protéines Mcl-1, Bcl-xL et p21. L’enrichissement des PLD et PLS, réalisé par cytométrie en flux, a permis d’identifier les PLS comme nécessaires à la résistance à l’anoikis. Les PLS pourraient donc créer un environnement favorable à la transformation de cellules non touchées par le traitement. Alors que le rôle de Mcl-1 et Bcl-xL dans chaque population reste à déterminer, l’utilisation d’inhibiteurs de ces protéines combinés à l’irinotécan pourrait limiter l’hétérogénéité de réponse à la chimiothérapie et l’agressivité tumorale

Gene expression profiling to identify eggshell proteins involved in physical defense of the chicken egg

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>As uricoletic animals, chickens produce cleidoic eggs, which are self-contained bacteria-resistant biological packages for extra-uterine development of the chick embryo. The eggshell constitutes a natural physical barrier against bacterial penetration if it forms correctly and remains intact. The eggshell's remarkable mechanical properties are due to interactions among mineral components and the organic matrix proteins. The purpose of our study was to identify novel eggshell proteins by examining the transcriptome of the uterus during calcification of the eggshell. An extensive bioinformatic analysis on genes over-expressed in the uterus allowed us to identify novel eggshell proteins that contribute to the egg's natural defenses.</p> <p>Results</p> <p>Our 14 K Del-Mar Chicken Integrated Systems microarray was used for transcriptional profiling in the hen's uterus during eggshell deposition. A total of 605 transcripts were over-expressed in the uterus compared with the magnum or white isthmus across a wide range of abundance (1.1- to 79.4-fold difference). The 605 highly-expressed uterine transcripts correspond to 469 unique genes, which encode 437 different proteins. Gene Ontology (GO) analysis was used for interpretation of protein function. The most over-represented GO terms are related to genes encoding ion transport proteins, which provide eggshell mineral precursors. Signal peptide sequence was found for 54 putative proteins secreted by the uterus during eggshell formation. Many functional proteins are involved in calcium binding or biomineralization--prerequisites for interacting with the mineral phase during eggshell fabrication. While another large group of proteins could be involved in proper folding of the eggshell matrix. Many secreted uterine proteins possess antibacterial properties, which would protect the egg against microbial invasion. A final group includes proteases and protease inhibitors that regulate protein activity in the acellular uterine fluid where eggshell formation takes place.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our original study provides the first detailed description of the chicken uterus transcriptome during formation of the eggshell. We have discovered a cache of about 600 functional genes and identified a large number of encoded proteins secreted into uterine fluid for fabrication of the eggshell and chemical protection of the egg. Some of these uterine genes could prove useful as biological markers for genetic improvement of phenotypic traits (i.e., egg and eggshell quality).</p

Irinotecan treatment and senescence failure promote the emergence of more transformed and invasive cells that depend on anti-apoptotic Mcl-1.

Induction of senescence by chemotherapy was initially characterized as a suppressive response that prevents tumor cell proliferation. However, in response to treatment, it is not really known how cells can survive senescence and how irreversible this pathway is. In this study, we analyzed cell escape in response to irinotecan, a first line treatment used in colorectal cancer that induced senescence. We detected subpopulations of cells that adapted to chemotherapy and resumed proliferation. Survival led to the emergence of more transformed cells that induced tumor formation in mice and grew in low adhesion conditions. A significant amount of viable polyploid cells was also generated following irinotecan failure. Markers such as lgr5, CD44, CD133 and ALDH were downregulated in persistent clones, indicating that survival was not associated with an increase in cancer initiating cells. Importantly, malignant cells which resisted senescence relied on survival pathways induced by Mcl-1 signaling and to a lesser extent by Bcl-xL. Depletion of Mcl-1 increased irinotecan efficiency, induced the death of polyploid cells, prevented cell emergence and inhibited growth in low-adhesion conditions. We therefore propose that Mcl-1 targeting should be considered in the future to reduce senescence escape and to improve the treatment of irinotecan-refractory colorectal cancers

Distinct Merkel Cell Polyomavirus Molecular Features in Tumour and Non Tumour Specimens from Patients with Merkel Cell Carcinoma

Merkel Cell Polyomavirus (MCPyV) is associated with Merkel Cell carcinoma (MCC), a rare, aggressive skin cancer with neuroendocrine features. The causal role of MCPyV is highly suggested by monoclonal integration of its genome and expression of the viral large T (LT) antigen in MCC cells. We investigated and characterized MCPyV molecular features in MCC, respiratory, urine and blood samples from 33 patients by quantitative PCR, sequencing and detection of integrated viral DNA. We examined associations between either MCPyV viral load in primary MCC or MCPyV DNAemia and survival. Results were interpreted with respect to the viral molecular signature in each compartment. Patients with MCC containing more than 1 viral genome copy per cell had a longer period in complete remission than patients with less than 1 copy per cell (34 vs 10 months, P = 0.037). Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) contained MCPyV more frequently in patients sampled with disease than in patients in complete remission (60% vs 11%, P = 0.00083). Moreover, the detection of MCPyV in at least one PBMC sample during follow-up was associated with a shorter overall survival (P = 0.003). Sequencing of viral DNA from MCC and non MCC samples characterized common single nucleotide polymorphisms defining 8 patient specific strains. However, specific molecular signatures truncating MCPyV LT were observed in 8/12 MCC cases but not in respiratory and urinary samples from 15 patients. New integration sites were identified in 4 MCC cases. Finally, mutated-integrated forms of MCPyV were detected in PBMC of two patients with disseminated MCC disease, indicating circulation of metastatic cells. We conclude that MCPyV molecular features in primary MCC tumour and PBMC may help to predict the course of the disease

Identification of genes and proteins involved in the mineral transfer, the eggshell calcification and the antimicrobial protection of hen eeg

La coquille de l’œuf est un biominéral qui protège l’embryon au cours de son développement. La coquille se forme dans l’utérus de poule et est constituée majoritairement de carbonate de calcium (CaCO3) et d’une faible proportion de matrice organique. La formation de la coquille requiert de grandes quantités de calcium et de bicarbonates, dont l’apport est le résultat de transports trans-épithéliaux importants dans l’endothélium utérin. La matrice organique joue un rôle fonctionnel important au niveau de la formation de la coquille et dans l’établissement de ses propriétés mécaniques remarquables. L’objectif de ce travail de thèse a été d’identifier les gènes et protéines de l’utérus impliqués dans le transfert minéral, la calcification de la coquille et la protection antimicrobienne de l’œuf de poule. Pour ce faire, nous avons utilisé des puces à ADNc pour une identification globale des gènes spécifiquement exprimés dans l’utérus, lors de la calcification de la coquille. Cette approche transcriptomique a été basée sur la séquence spatiale et temporelle de la synthèse et des secrétions des constituants de l’œuf le long de l’oviducte. L'expression des gènes de l'utérus pendant la minéralisation de la coquille a été comparée à celle du magnum et de l’isthme impliqués respectivement dans la synthèse du blanc et des membranes coquillières. Cette étude révèle 605 transcrits spécifiquement surexprimés dans l'utérus. Ces transcrits correspondent à 469 gènes et 437 protéines. L’analyse de la fonction des transcrits utérins met en évidence une surexpression importante des gènes codant des protéines impliquées dans le transport et/ou la liaison aux ions. L’approche transcriptomique identifie également 54 protéines avec un signal peptide, donc potentiellement sécrétées pour être déposées dans la coquille pour jouer un rôle biologique. L’analyse des fonctions potentielles de ces 54 protéines sécrétées, à l’aide des domaines protéiques et des données bibliographiques a permis un classement en quatre groupes. De nombreuses protéines présentent une capacité à lier les ions et notamment le calcium, et pourraient donc être impliquées dans le contrôle de la minéralisation de la coquille. Plusieurs protéines présentent également une activité antimicrobienne potentielle ou avérée. Un troisième groupe de protéines est constitué de protéases et anti-protéases qui pourraient jouer un rôle essentiel dans la régulation de l’activité des protéines impliquées dans la biominéralisation de la coquille. Enfin un ensemble de protéines joueraient un rôle dans le repliement protéique nécessaire à la minéralisation ordonnée. L’approche transcriptomique a également permis l’identification de nouvelles protéines impliquées dans les transports ioniques trans-épithéliaux. Leur implication dans l’apport des précurseurs minéraux de la coquille a été confirmée et testée en comparant leur expression à deux autres tissus (magnum et duodénum) où les transferts trans-épithéliaux en calcium et en bicarbonates sont respectivement faibles et forts. Cette approche a identifiée 33 gènes essentiels à l’apport du calcium et des ions bicarbonates. Ce travail constitué la base d’un schéma global et cohérent de l’apport des constituants minéraux nécessaires à la formation de la coquille dans l’utérus.The chicken eggshell is a biomineral which protects the embryo during its development. The eggshell formation takes place in the hen’s uterus. The eggshell mainly contains calcium carbonate (CaCO3) and a few amount of organic matrix. The eggshell formation required high calcium and bicarbonate ions, which are provided by important trans-epithelial transports through the uterine endothelium. The organic matrix plays an important role in the eggshell fabric and in the establishment of its remarkable mechanical properties.The aim of this PHD study was to identify the genes and proteins of the uterus, involved in the mineral transfer, the eggshell calcification and the antimicrobial protection of the egg. We have used cDNA microarrays to allow a global identification of genes specifically expressed in the uterus during the process of eggshell calcification. In this transcriptomic approach, we have used the spatial and temporal sequence of synthesis and secretions of the egg components along the oviduct. The expression of genes in the uterus was compared during the mineralization of the eggshell with magnum and isthmus tissues, which are involved in the egg white synthesis and the eggshell membranes deposit respectively. This study revealed 605 specifically over expressed transcripts in uterus, which are corresponding to 469 genes and 437 proteins. Uterine transcripts analysis highlighted an important over expression of genes coding ion transports and ion binding proteins. The transcriptomic approach also revealed 54 proteins with a signal peptide, potentially secreted to be deposited in the eggshell to play a biological role. These 54 secreted proteins were classified according to their putative biological functions using protein databases and bibliographic data. Among these proteins, many exhibited calcium and ion binding properties, and consequently could be implied in the control of the eggshell mineralization. Several proteins also present antimicrobial activities. A third group of proteins consists of proteases and anti-protease, which could play a crucial role in the control of the biomineralization of the eggshell. Finally, a group of proteins might be involved in proper folding of the eggshell matrix proteins, which is important to ordered mineralization. The transcriptomic approach also allowed the identification of new proteins involved in uterine trans-epithelial ion transports. Their involvement in supplying eggshell precursors was confirmed by comparing their expression with two other tissues (magnum and duodenum), in which calcium and bicarbonate trans-epithelial transfers are weak and strong respectively. This approach allowed the identification of 33 important genes involved in calcium and bicarbonate ions supplies, a prerequisite needed for the eggshell calcification. This work produced a global and coherent description of the mechanisms supplying the mineral for uterine eggshell formation