NMR spectroscopy studies to elucidate the role of SPX domains in phosphate homeostasis

This PhD thesis focuses on two main areas of research. The first area deals with structural and functional studies of SPX domains in yeast and plants that are key to the understanding of the basis of eukaryotic phosphate (Pi) homeostasis. A better understanding potentially offers a door-opener for future treatment of human primary familial brain calcification disease. Furthermore, engineered highly improved crops with better phosphate efficiencies could help to fight the imminent crisis due to overuse of soil biodiversity destructive Pi fertilizers and the limited world supply in Pi rock. The second part deals with the pore-forming proteins bacterial Escherichia coli Colicin Ia and human Gasdermin D. Working with pore-forming toxin Colicin Ia can pave the way for novel drug-like antibiotics targeting E. coli related strains. The structure and function of Gasdermin D can help to develop therapeutics targeting aberrant immflammatory response causing neurodegenerative diseases like Alzheimer’s, autoimmflamatory disorders e.g. multiple sclerosis and macular degeneration as well as cardiometabolic disease type 2 diabetes. This work focuses on SPX domains from yeast Saccharomyces cerevisiae. SPX domains are present in many functionally different proteins linked to Pi homeostasis. For the first time we were able to structurally and dynamically characterize a SPX domain in solution state by NMR discovering a previously unknown α-helix7 expanding the known SPX domain boundaries. This α-helix7 most likely plays a key role to diversify protein function of SPX-containing proteins. The molecular mechanism of the SPX-containing VTC complex in dependence of inositol pyrophosphates that are known to modulate Pi homeostasis was elucidated. We show for the first time that SPX domains form of a non- active inhibitory state comprised of a SPX-SPX heterodimer. Upon addition of inositol pyrophosphates or inositol phosphate this interaction is disrupted forming single monomers. The ligand binding induces a conformational change of the conserved α- helix1 reorienting. The α-helix1 is not only involved in the ligand binding, known from earlier studies, but also in protein-protein interactions. α-helix1 contributes to the binding to other SPX domains as well as to the central TTM domain of Vtc2 suggesting a competitive binding mode. We propose a molecular mechanism for the function of SPX to consist of two main events – the inhibition of the function of SPX domain in the absence of inositol pyrophosphates and a second event activating the function of SPX 2 protein by inositol pyrophosphates, an event that is most likely protein specific. For SPX system in VTC complex, we speculate that the α-helix7 could get exposed upon inositol (pyro-) phosphate binding and subsequently phosphorylated by cellular kinases and pyrophosphorylated by inositol pyrophosphates enabling the activation of ATPase activity for the required synthesis of polyphosphate chains. The findings of this study offer a new dimension for understanding cellular Pi homeostasis regulation. My work on the role of SPX domains in plants resulted in a co-authored paper that can be found in the attachments. Here we show that the coiled-coil (CC) domain of a PSR transcription factor - known to interact with a stand-alone SPX protein in the presence of inositol pyrophosphates - is able to bind inositol pyrophosphate by itself. This is suggesting inositol pyrophosphate to act as molecular glue between stand-alone SPX proteins and the PSR transcription factor. This complex is important for inactivation of Pi-starvation genes under conditions with excess Pi. Furthermore, I performed electron microscopy and x-ray crystallography studies on membrane-bound Colicin Ia demonstrating that the only known structure of colicin - the membrane-inserted pore of Colicin Ia at a low-resolution by negative-stain electron microscopy - is actually a contamination. We identified the contamination to be the oligomeric protein Dps form E. coli induced under mitomycin C reagent. The manuscript is in the submission phase and attached to this thesis. It will help the scientific community to rethink potential pore-forming mechanisms based on this wrong interpretation of the data. Finally, the cryo-electron microscopy I conducted on caspase-cleaved Gasdermin D shed light on its previously unclear function. Gasdermin D was known to be a crucial substrate for inflammatory caspases causing pyroptosis via IL-1β and IL-18, however, the mechanism of Gasdermin D was still unknown. I observed gigantic membrane pores in the liposomes that were not reported before identifying the Gasdermin D as a pore- forming protein

Pemanfatan Limbah Pertanian dan Kotoran Ternak dalam Pembuatan Mikroorganisme Lokal (MOL) di Desa Upfaon Kabupaten TTU

Desa Upfaon merupakan desa yang kaya akan sumberdaya alamnya untuk pembuatan MOL, diantaranya adalah tanaman pisang dan jambu mete. Selain itu terdapat hewan ternak seperti sapi, kambing, dan babi yang menghasilkan limbah kotoran. Sampah organik sisa aktivitas rumah tangga dan usahatani/ternak di Desa Upfaon dapat didayagunakan menjadi Mikrorgranisme Lokal (MOL) yang membantu meningkatkan kesuburan tanaman. Metode yang digunakan dalam kegiatan pengabdian pembuatan MOL adalah FGD (Focus Group Discussion) dan juga penyuluhan disertai praktek secara langsung  pembuatan MOL dari bonggol pisang, jambu mete, dan kotoran ternak. Kegiatan program pengabdian masyarakat yang telah dilaksanakan adalah pembuatan MOL dengan penerapan prinsip teknologi pengolahan limbah rumah tangga petani/peternak. Melalui kegiatan yang diberikan berupa pembelajaran dan pendampingan, jasa penyuluhan (melalui demonstrasi pembuatan produk), serta pengaplikasian produk pada tanaman rumput peternak dan tanaman hortikultura yang menjadi tanaman unggulan di Desa Upfaon. Dari hasil pengamatan dapat terlihat antusiasme masyarakat di lokasi pengabdian ini yang tinggi, dengan ingin nya mereka untuk maju dan mau menerapkan pemanfaatan limbah kotoran dan sisa pakan sebagai bahan untuk membuat MOL. &nbsp

Arsitektur Three Tier (Client Server Programing) pada Aplikasi Perpustakaan Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Bengkulu

—Perpustakaan Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Bengkulu adalah salah satu penunjang proses pembelajaran civitas akademika mahasiswa, dosen dan semua yang membutuhkan peningkatan pembelajarannya. Namun kadang kala mahasiswa masih sulit memperoleh informasi buku-buku seperti ketersediaan buku serta letak buku yang di cari pada perpustakaan. Untuk itu perlunya membangun suatu sistem layanan informasi yang dapat diakses oleh banyak orang sekaligus tanpa harus mengantri dan mendatangi pusat pelayanan informasi. Yaitu membangun terdistirbusi. Membangun terdistribusi dengan konsep client server model three tier merupakan inovasi dari model tier sebelum nya, yaitu one tier dan two tier. Konsep client server model three tier adalah model yang membagi fungsionalitas ke dalam lapisan-lapisan, lapisan client, lapisan application server, dan lapisan database server. memusatkan logika pada server application atau middle tier, dapat mendistribusikan beban data pada beberapa mesin, meningkatkan keamanan dan kemampuan menyembunyikan data, cepatnya perawatan dengan tanpa instalasi database server pada setiap client. Dengan demikian pembangunan perpustakaan Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Bengkulu dengan model arsitektur three tier sangat aman diterapkan pada jaringan yang luas atau pada internet, serta mahasiswa atau masyarakat dapat dengan mudah mencari buku-buku diperpustakaan Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Bengkulu setelah mendapatkan informasi buku yang dicar

Implikasi Pandemi Covid-19 Terhadap Pemenuhan Hak Hukum Pekerja yang Diputuskan Hubungan Kerja Oleh Pengusaha

Covid-19 (corona virus disease 19) adalah sebuah jenis virus yang menyerang sistem pernapasan manusia dan menular hanya pada manusia. Saat ini jenis virus ini telah mewabah ke seluruh dunia dan tidak terkecuali Indonesia, dampaknya sangat luar biasa karena telah mengorbankan nyawa ratusan manusia di Indonesia dan juga puluhan ribu manusia di dunia. Selain berdampak pada aspek kesehatan, virus ini pun berdampak pada aspek ekonomi yakni telah menurunkan produktivitas perusahan secara drastis bahkan menghentikan kegiatan usaha pada beberapa sektor usaha seperti sektor perhotelan, transportasi, ritel, restoran dan lainnya. Karena dampaknya terhadap kegiatan usaha yang luar biasa sehingga mengakibatkan jutaan pekerja/buruh kehilangan penghasilan akibat dirumahkan dan diputuskan hubungan kerja oleh pengusaha. Karena pekerja/buruh telah dirumahkan dan/atau diputuskan hubungan kerja oleh pengusaha maka diperlukan perlindungan hukum atas hak-haknya agar pekerja yang bersangkutan tetap memperoleh penghasilan selama masa pandemi covid-19. Menurut Surat Edaran Menteri Ketenagakerjaan Nomor 05/M/BW/1998 tahun 1998 tentang upah pekerja yang dirumahkan bukan ke arah pemutusan hubungan kerja maka bagi pekerja tersebut akan mendapatkan upah penuh untuk setiap bulannya dan apabila pengusaha tidak mempunyai kemampuan membayar secara penuh maka perlu dirundingkan dengan pekerja mengenai besarnya upah, cara pembayarannya dan lamanya waktu dirumahkan. Sedangkan bagi pekerja yang diputuskan hubungan kerja maka berdasarkan Pasal 164 ayat (1) Undang-Undang Nomor 13 tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan, pekerja/buruh tersebut dapat diputuskan hubungan kerja oleh pengusaha dengan alasan karena keadaan memaksa (force majeure) dengan ketentuan bahwa pekerja/buruh tersebut berhak atas uang pesangon sebesar 1 (satu) kali ketentuan Pasal 156 ayat (2), uang penghargaan masa kerja sebesar 1 (satu) kali ketentuan Pasal 156 ayat (3) dan uang penggantian hak sesuai dengan ketentuan Pasal 156 ayat (4). Selain itu pekerja yang bersangkutan juga dapat diputuskan hubungan kerja oleh Pengusaha dengan alasan efisiensi sesuai dengan ketentuan Pasal 164 ayat (3) dengan ketentuan bahwa pekerja/buruh tersebut akan mendapatkan hak pesangon sebesar 2 (dua) kali ketentuan Pasal 165 ayat (2), uang penghargaan masa kerja sebesar 1 (satu) kali sesuai ketentuan Pasal 165 ayat (3) dan uang penggantian hak sesuai dengan ketentuan Pasal 165 ayat (4) Undang-Undang Nomor 13 tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan. Kata Kunci: covid-19, PHK, hak atas pesangon

Efek Multiplier Dana Desa di Masyarakat Tani Desa Perbatasan NKRI-RDTL Kabupaten Timor Tengah Utara

Village funds provided by the Central Government to Village Governments are aimed at equitable distribution of the Indonesian economy. The Village Government is expected to be able to manage village funds to accelerate Indonesia's development, especially in disadvantaged areas. This study aims to analyze the multiplier effect of village funds in the border villages of the Republic of Indonesia- Democratic Republic of Timor Leste, North Central Timor Regency. The research was conducted in the border village of the Republic of Indonesia-Democratic Republic of Timor Leste in June-August 2020. The method used in this research is quantitative descriptive. The results of this study indicate that the multiplier effect rate in the research village is below 1.5. This shows that the use of village funds until 2020 has not been optimal because the economic activities carried out in border communities in North Central Timor Regency are still relatively low.Dana desa yang diberikan oleh Pemerintah Pusat kepada Pemerintah Desa bertujuan untuk mempercepat pemerataan perekonomian Indonesia. Pemerintah Desa diharapkan mampu mengelola dana desa untuk percepatan pembangunan Indonesia khususnya didaerah tertinggal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis efek multiplier dana desa di desa perbatasan NKRI-RDTL Kabupaten Timor Tengah Utara. Penelitian dilaksanakan di desa perbatasan NKRI-RDTL pada bulan Juni-September 2020. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kuantitatif. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa angka multiplier effect pada desa penelitian berada dibawah 1,5. Hal ini menunjukkan bahwa penggunaan dana desa sampai tahun 2020 belum maksimal karena aktivitas ekonomi yang dilakukan pada masyarakat perbatasan di Kabupaten Timor Tengah Utara masih tergolong rendah

Android-Based Muhammadiyah Organization Introduction Application Using the Linear Congruent Generator Method

The aim of the research is to build an android-based application for introducing the Muhammadiyah organization using a Linear Congruent Generator, to introduce Muhammadiyah teachings to many people more easily and to provide knowledge about Muhammadiyah worship procedures. its function in the development of Islam in Indonesia, which so far has been carried out through branches and branches throughout the archipelago. The solution to this problem is to introduce Muhammadiyah teachings, it requires the help of technology that is currently developing. By using Android, we can introduce Muhammadiyah to more people because it can be used anywhere and anytime. In the application, it will be displayed starting from the history of the founding of Muhammadiyah, Muhammadiyah teachings and Muhammadiyah practical worship. It is hoped that with this application in Test results The nature of the Linear Congruent Method (LCM) method is that repetition occurs at a certain time period or after a certain number of times of generation so that there are no repetitions in the problem, the choice of constant values ​​must be correct and the existence of a shuffling process, helps overcome the problem of Linear Congruential Generator (LCG)

Daya Saing Komoditas Padi Sawah di Kecamatan Biboki Moenleu Kabupaten Timor Tengah Utara Provinsi Nusa Tenggara Timur

This study aims to analyze competitiveness (comparative advantage and competitive advantage) as well as to analyze the impact of government policies on input prices (fertilizer subsidies) and output (basic price of grain) on lowland rice farming income in Biboki Moenleu District, North Central Timor Regency. This research was conducted from July to August 2020. The sample was determined using simple random sampling technique, namely randomly totaling 100 farmers. The types of data used are primary data and secondary data. The data analysis method used is descriptive qualitative method and Policy Analysis Matrix (PAM). Results of the study: 1) Rice farming in Biboki Moenleu District, North Central Timor Regency has a competitive advantage with a Private Cost Ratio (PCR) value of 0.19 and a comparative advantage in a Domestic Resource Cost Ratio (DRCR) of 0.13 so that lowland rice farming is feasible to continue. . 2). The government policy on input-output prices for lowland rice farming in Biboki Moenleu District, North Central Timor Regency has a significant impact on the income of lowland rice farmers at private prices with a Nominal Protection Coefficient on Tradable Output (NPCO) value of 1.13 and a Subsidy Ratio of Producer (SRP) of 0.05.Penelitian inibertujuan untuk menganalisis daya saing ( keunggulan komparatif dan keunggulan kompetitif) serta menganalisa dampak kebijakan pemerintah pada harga input (subsidi pupuk) dan output (harga dasar gabah) terhadap pendapatan usahatani padi sawah di Kecamatan Biboki Moenleu, Kabupaten Timor Tengah Utara. Penelitian ini dilaksanakandari bulan Juli s/d Agustus tahun 2020. Penentuan sampel mengunakan teknik simple random samplingyaitu secara acak berjumlah 100 petani. Jenis data yang digunakan yaitu data primer dan data sekunder. Metode analisis data yang digunakan yaitu metode deskriptif kualitatif dan Policy Analisys Matrix(PAM). Hasil penelitian: 1)Usahatani padi sawah di Kecamatan Biboki Moenleu,Kabupaten Timor Tengah Utaramemilki keunggulan kompetitif nilai Private Cost Ratio(PCR) sebesar 0,19 dan keunggulan komparatif nilai Domestic Resource Cost Ratio(DRCR) sebesar 0,13 sehingga usahatani padi sawah layak untuk diteruskan. 2). Kebijakan pemerintah pada harga input-output pada usahatani padi sawah di Kecamatan Biboki Moenleu,Kabupaten Timor Tengah Utaraberdampak nyata terhadap pendapatan petani padi sawah pada harga privatdengan nilai Nominal Protection Coefficient on Tradable Output(NPCO) sebesar 1,13 dan nilai Subsidy Ratio of Producer(SRP) sebesar0,05

A validation study of appropriate phonological verbal fluency stimulus letters for use with Croatian speaking individuals [Fonološka verbalna fluentnost na hrvatskom uzorku: primjena testa, izbor podražaja i norme]

The aim of this study is to determine the word frequency for all thirty letters of the Croatian alphabet and to collect normative data for the letter fluency task in Croatian speakers. Ninety two healthy participants were given each of the Croatian letters, and asked to generate as many words as possible in 60 seconds for each letter. Results suggested that participants generated most frequently words starting with the letters as follows: »K«, »P«, »S« and »M«