Kokogenomianalyysin mahdollisuudet elintarvikevälitteisten patogeenien ekologian ja evoluution ymmärtämiseksi.

Globally, an estimated 1.9 billion people acquire a foodborne infection, and 715,000 die each year. The burden of foodborne disease is significant, yet the reservoirs, attributable sources of infection, lifestyles, and ecological niches of many sporadic foodborne pathogens remain poorly understood. The availability of genomic data makes it an appealing starting point for the study of ecological niches and evolution within bacteria. This thesis assessed the suitability and prospects of comparative genome analysis and pangenomic approach for a better understanding of the ecology, evolution, and through these, also the epidemiology of foodborne pathogens. Comparative genome analyses conducted on Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Yersinia enterocolitica, and Yersinia pseudotuberculosis shed light on genetic differences that contributed to cold adaptation and spore heat resistance. Psychrotrophic C. botulinum strains Type E lacked cold shock protein genes conserved in other strains suggesting that cold shock protein homologs are not necessary for cold adaptation in C. botulinum Type E. The comparative genome analysis of cpe-carrying C. perfringens strains revealed a novel subgroup, and a corresponding gene profile, of food poisoning-associated lineage IV strains that produced heat-sensitive spores. A transcriptome study on cold shock response and cold adaptation of Y. pseudotuberculosis identified cold shock proteins, RNA helicases, and transcription factors seemingly contributing to survival in cold. Additionally, genetic changes contributing to niche adaptation and survival in different reservoirs were identified. Comparative genome analysis of C. perfringens revealed a putative reservoir for lineage IV strains within swine and poultry farms. The comparison of enteropathogenic Yersinia isolates revealed that all Y. pseudotuberculosis isolates shared several genetic traits, useful for survival in variable environments that were absent from Y. enterocolitica. Most notably, the Y. pseudotuberculosis strains harbored a selection of type VI secretion systems targeting the competitive organisms. The pangenomic approach was applied to provide a scalable, high-resolution view of the population structure for all studied bacteria. Comparative genome analysis and pangenomic approach successfully elucidated adaptive evolution within virulence and stress response mechanisms and allowed inference of evolutionary relationships between foodborne pathogens. The studies shed light on the genes contributing to stress tolerance and ecological niche adaptation in foodborne pathogens and the distribution of these genes within the population. Knowledge of genes associated with stress tolerance, reservoirs, and lifestyles is beneficial in the development of new targeted strategies and measures to identify and control the food safety risks caused by these bacteria.Vuosittain 1,9 miljardia ihmistä sairastuu elintarvikevälitteiseen infektioon ja heistä 715 000 kuolee. Elintarvikevälitteisten tautien taakka on merkittävä, mutta taudinaiheuttajien säilymöt, tartunnanlähteet sekä ekologia ja elämäntyyli tunnetaan yhä puutteellisesti. Genomidatan saatavuus on tehnyt kokogenomianalyysista houkuttelevan mahdollisuuden bakteerien ekologian ja evoluution tutkimiselle. Tässä väitöskirjassa arvioitiin vertailevan genomianalyysin mahdollisuuksia ja soveltuvuutta ympäristöperäisten elintarvikevälitteisten bakteerien ekologian, evoluution ja näiden myötä myös epidemiologian ymmärtämiseksi. Clostridium botulinumin, Clostridium perfringensin, Yersinia enterocolitican ja Yersinia pseudotuberculosiksen vertailevat genomianalyysit paljastivat geneettisiä eroja, jotka liittyvät kantojen kylmänsietokykyyn ja itiöiden lämmönsietokykyyn. Psykrotrofisista tyypin E C. botulinum -kannat olivat menettäneet muissa kannoissa konservoituneet kylmäshokkiproteiinien homologit, mikä viittaa siihen, että nämä kylmäshokkiproteiinit eivät ole välttämättömiä tyypin E C. botulinum -kantojen kylmänsiedolle. C. perfringensin vertaileva genomianalyysi paljasti uuden alaryhmän ruokamyrkytyksiin liitettyjä linja IV kantoja, joiden itiöt eivät olleet lämmönsietokykyisiä. Tutkimalla kylmäshokin ja kylmään sopeutumisen aikaista transkriptiota Y. pseudotuberculosiksessa tunnistettiin useita kylmäshokkigeenejä, RNA helikaaseja sekä transkriptiotekijöitä, jotka ilmentyvät merkittävästi enemmän kylmissä olosuhteissa. Genomianalyyseissä tunnistettiin geneettisiä muutoksia, joita ekolokeroihin sopeutuminen ja selviytyminen eri säilymöissä vaikuttaa populaatioissa saaneen aikaan. Genomitiedon valossa linjan IV C. perfringens -kantojen todennäköinen säilymö vaikuttaisi olevan sika- ja siipikarjatiloilla. Enteropatogeenisten Yersinioiden analyysissa havaittiin, että Y. pseudotuberculosis -kannoilla on genomeissaan monia ympäristössä selviämiselle hyödyllisiä geneettisiä työkaluja, joka puuttuvat Y. enterocoliticasta. Näistä merkittävä on Y. pseutotuberculosiksen valikoima tyypin VI -eritysjärjestelmiä, jotka tyypillisesti toimivat puolustusmekanismina kilpailevia organismeja vastaan. Tutkittavan populaation kaikkien geenien eli pangenomin analysointi tuotti myös skaalautuvan ja resoluutioltaan tarkan kuvan tutkittavien bakteerien populaatiorakenteesta. Vertaileva genomianalyysi soveltui hyvin virulenssi- ja stressitekijöiden evoluution sekä sopeutumisen tutkimiseen elintarvikevälitteisten bakteerien populaatioissa. Analyysin tulokset erittelivät stressinsietoon sekä ekologiseen sopeutumiseen liittyviä geenejä ja näiden jakaumaa populaatiossa. Stressinsiedon, säilymöiden sekä kantojen ekologian ymmärtäminen on tärkeää näihin liittyvien elintarviketurvallisuusriskien arvioimiseksi ja hallitsemiseksi

ADHD-oireisen oppilaan haasteet esi- ja alkuopetuksessa

Tiivistelmä. Kandidaatintutkielmassani tarkastelen, millaisia haasteita ADHD-oireisella oppilaalla esiintyy esi- ja alkuopetuksessa. Perehdyn tutkielmassani erityisesti siihen, kuinka kodin ja koulun välisellä yhteistyöllä voidaan tukea ADHD-oireista oppilasta. Lisäksi tarkastelen ADHD:n keskeisimpiä piirteitä, liitännäishäiriöitä, diagnosointia ja hoitomenetelmiä. Tutkielmani on kuvaileva kirjallisuuskatsaus, jossa olen käyttänyt kattavasti tieteellisesti tutkittua lähdemateriaalia. Tutkielma sisältää johdannon, teoreettisen viitekehyksen, yhteenvedon ja pohdinnan. Teoreettisessa viitekehyksessä tarkastelen keskeisiä käsitteitä ja niiden välisiä suhteita. Lisäksi vastaan tutkimuskysymyksiin sekä perehdyn laajemmin aiheeseen valitsemani näkökulman valossa lähdemateriaalia hyödyntäen. Tutkielman lopussa kokoan tärkeimmät johtopäätökset aiheesta sekä pohdin tutkielman luotettavuutta ja mahdollisia jatkotutkimusaiheita. Opettaja on merkittävässä roolissa osana lapsen kasvatusta. Opettajalla tulee olla valmiuksia kohdata jokainen oppilas omana itsenään ja löytää jokaiselle oppilaalle tarvittavat yksilölliset tukikeinot. Oppimisympäristöjen muokkaamisella, toiminnanohjauksen tukemisella ja välittömän positiivisen palautteen antamisella voidaan lieventää ADHD-oireisen oppilaan kohtaamia haasteita koulumaailmassa. ADHD-oireisella oppilaalla ilmenee keskittymisvaikeuksia, ylivilkkautta ja impulsiivisuutta, jotka yhdessä luovat haasteita kouluympäristöön. Tutkielman tarkoituksena on tarjota menetelmiä ja toimintatapoja ADHD-oireisen lapsen kanssa toimiville. ADHD-oireisen oppilaan haasteita koulumaailmassa ja mahdollisia tukikeinoja on tutkittu jonkin verran, mutta kodin ja koulun väliseen yhteistyöhön kaivataan lisää näkökulmia. Kodin ja koulun välisen yhteistyön toimivuudella on merkittävä vaikutus lapsen kasvun ja kehityksen turvaamiseksi. Tutkielma osoittaa, että erilaisten tukikeinojen myötä ADHD-oireisen oppilaan haasteita pystytään tukemaan. Kodin ja koulun välisessä yhteistyössä on erityisen tärkeää, että kommunikointi on avointa ja luottamuksellista. Yhteistyöllä voidaan taata oppilaalle turvallinen kasvuympäristö niin koulussa kuin kotona.Challenges of ADHD-symptomatic student in preschool and primary education. Abstract. In this bachelor’s thesis I will get acquainted what kind of challenges a student with ADHD has in preschool and primary education. I will become delve deeper into how collaboration between home and school can support a student with ADHD. In addition, I look the key features of ADHD, comordial disorders, diagnosis and treatment methods. I execute my bachelor’s thesis as a literature review, which I have used extensively scientifically proven source material. Thesis includes and introduction, a theoretical framework, a summary and a reflection part. In the theoretical framework, I look at key concepts and the relationships between them, and in addition I will answer the research questions and become more familiar with the topic from my chosen perspective, utilizing source material. At the end of the thesis, I will summarize the most important conclusions on the topic and consider the reliability of the research and possibilities for further researching. The teacher has a significant role in the upbringing of the child. The teacher should have to professionalism to face each student individually and find the support needed for each student. Modifying learning environments, supporting action guidance, and providing immediate positive feedback can alleviate the challenges of student with ADHD at school. A pupil with ADHD often has difficulty concentrating, hyperactivity, and impulsivity, which together create challenges for the school environment. The purpose of this thesis is to provide methods and procedures for those who is working with a child with ADHD. The challenges of a student with ADHD in the school world and possible support measures have been researched, but more perspectives are needed on cooperation between home and school. The effectiveness of cooperation between school and home has a significant impact on ensuring a child’s growth and development. The research shows that with different means of support, the challenges of a student with ADHD can be supported. In cooperation between home and school, it is especially important that communication is open and confidential. Cooperation can guarantee a safe growth environment for students at school and at home

Comparative genomic hybridization analysis of Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis identifies genetic traits to elucidate their different ecologies

Enteropathogenic Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis are both etiological agents for intestinal infection known as yersiniosis, but their epidemiology and ecology bearmany differences. Swine are the only known reservoir for Y. enterocolitica 4/O:3 strains, which are the most common cause of human disease, while Y. pseudotuberculosis has been isolated from a variety of sources, including vegetables and wild animals. Infections caused by Y. enterocolitica mainly originate froms wine, but fresh produce has been the source for widespread Y. pseudotuberculosis outbreaks within recent decades. A comparative genomic hybridization analysis with a DNA microarray based on three Yersinia enterocolitica and four Yersinia pseudotuberculosis genomes was conducted to shed light on the genomic differences between enteropathogenic Yersinia. The hybridization results identified Y. pseudotuberculosis strains to carry operons linked with the uptake and utilization of substances not found in living animal tissues but present in soil, plants, and rotting flesh. Y. pseudotuberculosis also harbors a selection of type VI secretion systems targeting other bacteria and eukaryotic cells. These genetic traits are not found in Y. enterocolitica, and it appears that while Y. pseudotuberculosis has many tools beneficial for survival in varied environments, the Y. enterocolitica genome is more streamlined and adapted to their preferred animal reservoir.Peer reviewe

Changes in Transcriptome of Yersinia pseudotuberculosis IP32953 Grown at 3 and 28 degrees C Detected by RNA Sequencing Shed Light on Cold Adaptation

Yersinia pseudotuberculosis is a bacterium that not only survives, but also thrives, proliferates, and remains infective at cold-storage temperatures, making it an adept foodborne pathogen. We analyzed the differences in gene expression between Y. pseudotuberculosis IP32953 grown at 3 and 28°C to investigate which genes were significantly more expressed at low temperature at different phases of growth. We isolated and sequenced the RNA from six distinct corresponding growth points at both temperatures to also outline the expression patterns of the differentially expressed genes. Genes involved in motility, chemotaxis, phosphotransferase systems (PTS), and ATP-binding cassette (ABC) transporters of different nutrients such as fructose and mannose showed higher levels of transcripts at 3°C. At the beginning of growth, especially genes involved in securing nutrients, glycolysis, transcription, and translation were upregulated at 3°C. To thrive as well as it does at low temperature, Y. pseudotuberculosis seems to require certain cold shock proteins, especially those encoded by yptb3585, yptb3586, yptb2414, yptb2950, and yptb1423, and transcription factors, like Rho, IF-1, and RbfA, to maintain its protein synthesis. We also found that genes encoding RNA-helicases CsdA (yptb0468), RhlE (yptb1214), and DbpA (yptb1652), which unwind frozen secondary structures of nucleic acids with cold shock proteins, were significantly more expressed at 3°C, indicating that these RNA-helicases are important or even necessary during cold. Genes involved in excreting poisonous spermidine and acquiring compatible solute glycine betaine, by either uptake or biosynthesis, showed higher levels of transcripts at low temperatures. This is the first finding of a strong connection between the aforementioned genes and the cold adaptation of Y. pseudotuberculosis. Understanding the mechanisms behind the cold adaptation of Y. pseudotuberculosis is crucial for controlling its growth during cold storage of food, and will also shed light on microbial cold adaptation in general.Peer reviewe

Yield, Quality and Nitrogen Use of Forage Maize under Different Nitrogen Application Rates in Two Boreal Locations

Research focusing on the nitrogen (N) application and N use of forage maize (Zea mays L.) in the boreal region is either limited or non-existent. The aim of this study was to investigate the response of yield, quality and N recovery efficiency (NRE) of forage maize to an increase in the N application rate and different climatic conditions in two locations in Finland. The field experiment was conducted in southern (Helsinki; 60° N) and central (Maaninka; 63° N) Finland in 2019 and 2020. Dry matter (DM) yield, forage quality and NRE were determined for N application rates of 100, 150 and 200 N kg ha−1. The DM yield was similar to all studied N application rates. Moreover, there were no marked differences in the studied forage quality traits or the NRE following the N application rates. However, the NRE of maize was generally low at 45%. The current study recommends a N application rate of 100–150 N kg ha−1 for forage maize in the boreal region. There is no need to increase the N application from current recommendations since climate conditions seem to limit the growth, development and NRE of forage maize. The observed low NRE of forage maize warrants further research in the future

Yield, Quality and Nitrogen Use of Forage Maize under Different Nitrogen Application Rates in Two Boreal Locations

Research focusing on the nitrogen (N) application and N use of forage maize (Zea mays L.) in the boreal region is either limited or non-existent. The aim of this study was to investigate the response of yield, quality and N recovery efficiency (NRE) of forage maize to an increase in the N application rate and different climatic conditions in two locations in Finland. The field experiment was conducted in southern (Helsinki; 60° N) and central (Maaninka; 63° N) Finland in 2019 and 2020. Dry matter (DM) yield, forage quality and NRE were determined for N application rates of 100, 150 and 200 N kg ha−1. The DM yield was similar to all studied N application rates. Moreover, there were no marked differences in the studied forage quality traits or the NRE following the N application rates. However, the NRE of maize was generally low at 45%. The current study recommends a N application rate of 100–150 N kg ha−1 for forage maize in the boreal region. There is no need to increase the N application from current recommendations since climate conditions seem to limit the growth, development and NRE of forage maize. The observed low NRE of forage maize warrants further research in the future

Nurmisäilörehun osittainen korvaaminen maissisäilörehulla lypsylehmien ruokinnassa

Non peer reviewe

Leikki-ikäisten lapsipotilaiden preoperatiivinen ohjaaminen päiväkirurgiseen korvatoimenpiteeseen

Opinnäytetyön tarkoituksena oli luoda leikki-ikäisille lapsille suunnattu kuvallinen ohjauskansio erään eteläsuomalaisen sairaalan päiväkirurgian yksikköön. Tavoitteena oli lapsipotilaiden preoperatiivisen ohjauksen kehittäminen yhteistyöorganisaatiossa. Opinnäytetyön aihe oli työelämälähtöinen, koska aihe tuli suoraan yhteistyöorganisaatiolta ja heidän tarpeistaan. Opinnäytetyö toteutettiin toiminnallisena opinnäytetyönä. Päiväkirurginen toimenpide on aina suunniteltu toimenpide, jossa potilas viipyy sairaalassa korkeintaan 12 tuntia. Lyhyen keston vuoksi se soveltuu hyvin lapsipotilaille. Korvien tärykalvoputkitus on yleinen lasten päiväkirurginen toimenpide. Hyvä potilasohjaus korostuu päiväkirurgiassa, koska potilaat viipyvät sairaalassa vain vähän aikaa. Lasta ohjattaessa tulisi aina ottaa huomioon hänen ikänsä ja kehitystasonsa. Leikki-ikäiselle ohjauksen tulisi olla lyhyt ja selkeä, sillä lapsi pystyy ottamaan tietoa vastaan kerralla vain rajallisesti. Lapsen hyvä valmistelu toimenpidettä varten vähentää lapsen kivun ja pelon kokemusta ja nopeuttaa toimenpiteestä toipumista. Leikki-ikäisellä lapsella tarkoitetaan tässä opinnäytetyössä 1–6-vuotiaita lapsia. Yhteistyöoganisaation antaman palautteen perusteella ohjauskansio oli hyvä ja tarpeellinen. Se oli toimiva apuväline lapsipotilaan ohjauksessa. Ohjauskansion soveltuvuudesta saatiin palautetta kuitenkin hyvin lyhyeltä ajanjaksolta. Tulevaisuudessa olisi hyvä saada palautetta useammalta asiakkaalta, jotta kansiota voidaan kehittää saadun palautteen perusteella.The purpose of this study was to create a photo album to a hospital's day surgery unit in southern Finland. The purpose was to develop preoperative counseling to the pediatric patients in the day surgery unit. The topic was work oriented, because the subject was given from the organization and their needs. The method of the thesis was functional thesis and a literature review of the topic. A preschool-age child is defined in this thesis children ages of 1–6. The day surgical measure is a planned operation and the patient stays in the hospital only for 12 hours. Because of the shortness of the operation, it is very suitable for child patients. Tympanostomia is a really common children's day surgical measure. Good counseling is important in the day surgery, because patients will stay in the hospital for a short time. When directing children, the child’s age and level of development should always be taken into account. A pre-school child’s counseling should be short and clear. The child's good preparation reduces the child's experience of pain and fear, and speeds up the recovery from the measure. The organization’s feedback was good and they thought that the photo album was necessary for them. It was a good working tool for the pediatric patients’ counseling. The counseling album probation period was too short, so it would be good to research its significance for a longer

Palvelumuotoilulla arvoa palvelupolkuihin : LAB.fi-verkkopalvelun asiakaslähtöinen kehittäminen

Suuret muutostrendit, yllättävät muutokset ja epävarmuus leimaavat tämän päivän arkea ja haastavat tulevaisuudenkuvia. Työelämän murros sekä opetuksen ja oppimisen muutos luovat muutospaineita osaamiselle ja yhteiskunnallisille rakenteille ja vaativat myös koulutusorganisaatiolta entistä syvempää ymmärrystä sen kohderyhmistä muuttuvassa maailmassa. Tämän opinnäytetyön aihe syntyi toimeksiantajan tarpeesta ymmärtää ja saada ajantasaista tietoa suomalaisista alle 25-vuotiaista korkeakouluopintoja suunnittelevista potentiaalisista hakijoista. Opinnäytetyön tavoitteena on kasvattaa asiakasymmärrystä valitusta kohderyhmästä ja hyödyntää sitä LAB-ammattikorkeakoulun verkkopalvelun asiakaslähtöisessä kehittämisessä. Tarkoitus on saada kiinni siitä, mikä tuo arvoa niin potentiaalisille hakijoille, kuin myös LAB-ammattikorkeakoululle. Opinnäytetyössä hyödynnetään palvelumuotoilua ja sen menetelmiä verkkopalvelun palvelupolkujen kehittämisessä ja hakijoille suunnattujen sisältöjen suunnittelussa. Työssä kerätään asiakastietoa laadullisin tutkimusmenetelmin asiakasymmärryksen syventämiseksi. Lopputuloksena esitellään aineistosta löydetyt havainnot ja tuodaan esiin kehittämiskohteet ratkaisuehdotuksineen. Työ tarjoaa myös työkaluja ja menetelmiä hyödynnettäväksi asiakaslähtöiseen jatkuvaan kehittämiseen