MOLECULAR DYNAMICS OF Edwardsiella tarda ADENOSINE DEAMINASE PROTEIN IN WATER - EXPERIMENTAL TUTORIAL

A bactéria Gram-negativa Edwardsiella tarda é responsável pela edwardisielose, uma doença hemorrágica de peixes, que conduz a grandes perdas econômicas em todo o mundo. O conhecimento das moléculas envolvidas em processos bioquímicos de E. tarda é importante para o desenvolvimento de novos alvos terapêuticos e/ou profiláticos. Uma dessas moléculas é a adenosina deaminase, envolvida no processo de maturação do tRNA, através da conversão de adenosina em inosina, ainda não caracterizada em E. tarda. A caracterização de uma proteína é mais bem conduzida quando se conhece as suas particularidades estruturais. Uma das principais ferramentas de caracterização estrutural é a dinâmica molecular. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi de proporcionar um tutorial facilitado de dinâmica molecular utilizando o GROMACS, bem como, estabelecer a dinâmica molecular in silico da adenosina deaminase de E. tarda. Os dados gerados apontaram que a estrutura da adenosina deaminase é estável, tanto do ponto de vista estrutural, quanto de enovelamento. O uso da dinâmica molecular pode auxiliar na escolha de novos alvos terapêuticos, sobretudo, no desenho racional de fármacos.Palavras-chave: Edwardsiella tarda, adenosina deaminase, dinâmica molecular, GROMACS, tutorial.The Gram-negative bacteria Edwardsiella tarda is responsible for edwardisiellosis, a hemorrhagic disease of fish, which leads to large economic losses worldwide. The knowledge of the molecules involved in biochemical processes in E. tarda is important for the development of new therapeutic and/or prophylactic targets. One of these molecules is adenosine deaminase, involved in the maturation process of the tRNA by converting adenosine to inosine, not yet investigated in E. tarda. The characterization of a protein is best conducted when if know the structural particularities. One of the main tools of structural characterization is molecular dynamics. In this sense, the aim of this work was provide to the reader an eased tutorial of molecular dynamics using the GROMACS, as well as perform molecular dynamics of E. tarda adenosine deaminase.  The data generated by molecular dynamics showed that the structure of adenosine deaminase, determined in silico, is extremely stable. The use of molecular dynamics can assist in the choice of new therapeutic targets, especially in rational drug design.Keywords: Edwardsiella tarda; adenosine deaminase; molecular dynamics; GROMACS; tutorial

Crescimento de gramíneas forrageiras fertirrigadas com água residuária de suinocultura

O objetivo neste trabalho foi caracterizar o crescimento e produção de pastagens de Cynodon dactylon x C. nlemfuensis cv. Tifton 85, Panicum maximum cv. Mombaça e Brachiaria brizantha cv. Piatã no verão, sob fertirrigação com água residuária de suinocultura no estado de Mato Grosso. Avaliou-se diariamente a massa de forragem, altura do relvado e taxa de alongamento foliar em pastagens de três propriedades comerciais localizadas nos municípios de Ipiranga do Norte e Sorriso. Foram gerados modelos de regressão para estimar a oferta de forragem em função dos dias de rebrota. Avaliaram-se dois ciclos do Tifton 85, com duração de 9 e 11 dias, e um ciclo de Mombaça e Piatã, com duração de 27 e 20 dias, respectivamente. As forrageiras não diferiram quanto à taxa de acúmulo de forragem, com médias de 151 a 170 kg ha-1 dia-1 de matéria seca. A taxa de alongamento foliar do capim Mombaça (3,88 cm dia-1) foi significativamente maior que de Tifton 85 (2,03 cm dia-1) e Piatã (2,07 cm dia-1), que não diferiram entre si. Independente do genótipo, as pastagens apresentaram alta capacidade de produção de forragem. Mais estudos são necessários para caracterizar o crescimento em outras estações do ano

LUZ, MELATONINA E ESTRESSE OXIDATIVO NA PISCICULTURA

In fish, as in mammals, parts of the nervous system are involved in mechanisms for regulation of body systems in harmony with the environment. The photoperiod is translated into physiological information from melatonin secretion. There seems no morphological and physiological hurdles for this indoleamine, i.e., melatonin quickly into perfuses every cell of the body and in some cases membrane and interacts with receptors locate don’t he cell surface and appears to be related to food in take, growth and locomotion fish. Molecules are important metabolizing reactive oxygen species to in active products and thus reducing oxidative damage. This work aims to give a brief survey of recent articles about light, melatonin and oxidative stress in fish, and correlates them with fish farming. We conclude that the light appears to be linked to the production of melatonin, and this antioxidant molecule, which favors the reduction of oxidative stress, seem to improve performance in fish production.Keywords: Melatonin; oxidative stress; pisciculture.Em peixes, como nos mamíferos, partes do sistema nervoso estão envolvidas em mecanismos para regulação dos sistemas corporais em sintonia com o meio. O fotoperíodo é traduzido em informações fisiológicas a partir da secreção de melatonina.Parece não haver barreiras morfofisiológicas para esta indolamina, isto é, a melatonina perfunde-se rapidamente em cada célula do organismo e em alguns casos interage com receptores e membrana situados na superfície celular, e parece estar ligada à ingestão de alimentos, crescimento e atividade locomotora de peixes. São moléculas importantes metabolizando espécies reativas de oxigênio a produtos inativos e, portanto, reduzindo o dano oxidativo.Este trabalho tem por objetivo fazer um breve levantamento em artigos recentes sobre luminosidade, melatonina e o estresse oxidativo em peixes, e correlaciona-los com piscicultura. Concluímos que a luminosidade parece estar ligada a produção de melatonina, e esta molécula antioxidante, que favorece a redução do estresse oxidativo, parecem melhorar o desempenho na produção de peixes em criadouros.Palavras-chave: Melatonina, estresse oxidativo, piscicultura

BIOLOGICAL ASPECTS OF THE MAJOR FREE-LIVING AMOEBAE OF MEDICAL IMPORTANCE

O objetivo desta revisão é de compilar informações sobre os principais aspectos das amebas de vida-livre (AVL). Para tal, foram consultados artigos depositados no PubMed, entre os anos de 1947 a 2014. As AVL são protozoários amplamente distribuídos no ambiente. Apesar de não serem considerados parasitos clássicos, tais como o Trypanosoma cruzi, as AVL são responsáveis por infecções oportunistas e não oportunistas em seres humanos e animais. Entre todas as AVL, apenas três gêneros são conhecidamente capazes de infectar o homem e outros animais, são eles Balamuthia, Naegleria e Acanthamoeba. Felizmente, as infecções por AVL são extremamente raras. Espécies desses gêneros são responsáveis por infecções fatais, tais como: i) Acanthamoeba causa a encefalite amebiana granulomatosa (EAG), além de causar ceratites e infecções de pele, rins e pulmões; ii) Balamuthia mandrillaris também provoca o mesmo tipo de encefalite; iii) Naegleria fowleri é o agente etiológico da meningoencefalite amebiana primária (MAP).Palavras-chave: Amebas de vida-livre; Balamuthia mandrillaris; Naegleria fowleri; Acanthamoeba spp.; encefalite amebiana.The goal of this review is to compile information on the main aspects of free-living amoebae (FLA). For such articles deposited in PubMed, between the years 1947 to 2014 were consulted. FLA are protozoa widely distributed in the environment. Although not considered classic parasites, such as Trypanosoma cruzi, the FLA are responsible for opportunistic and non-opportunistic infections in humans and animals. Among all FLA, only three genera are able to infect humans and other animals, they are Balamuthia, Naegleria, and Acanthamoeba. Fortunately, FLA infections are extremely rare. Species of these genera are responsible for fatal infections, such as: i) Acanthamoeba causes granulomatous amoebiac encephalitis (GAE), in addition to causes keratitis skin, lung, and kidney infections ii) Balamuthia causes encephalitis infections similar to GAE; iii) Naegleria fowleri is the etiologic agent of primary amoebic menigoencephalitis (PAM).Keywords: Free-living amoebae; Balamuthia mandrillaris; Naegleria fowleri; Acanthamoeba spp.; amoebic encephalitis

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ