The compound paraquat dichloride hydrate significantly affects the in vitro growth rate of a Chromobacterium violaceum wild type strain

Introduction: the toxicity of pesticides on bacterial cell growth is still limited. Objectives: The current study aimed to assess the in vitro growth rate of the C. violaceum wild type strain ATCC12472 exposed to the herbicide paraquat dichloride hydrate at different incubation times and final concentrations. Methodology: bacterial inocula were incubated in a nutrient broth medium containing the compound paraquat at final concentrations 100 and 1.000 µg mL-1 under aeration conditions. Spectrophotometric readings at different incubation times were carried out to estimate the in vitro bacterial growth rate. Moreover, the number of viable bacteria cells in the samples was also estimated in the presence of the paraquat at two concentrations tested based on colony-forming units grown on the nutrient broth agar. Results: significant decreases in the C. violaceum growth rate were detected, after one hour of paraquat exposure at a final concentration of 1,000 µg mL-1 (p<0.05) compared to all treatments tested. After two hours of paraquat exposure, significant decreases were progressively found at all final concentrations of 100 (p<0.01) and of 1,000 µg mL-1 (p<0.001). These data were also corroborated by counting the total number of colony-forming units at final concentrations tested. Conclusion: the findings described in current study suggest that the compound paraquat dichloride hydrate exerts significant effects on the in vitro growth rate of a C. violaceum wild type strain

MENORES CONCENTRAÇÕES DE FITAS MOLDES DE DNA GENÔMICO EXTRAÍDAS A PARTIR DE MICROBIOTA RUMINAL AUMENTAM A EFICIÊNCIA DAS AMPLIFICAÇÕES IN VITRO

O presente estudo teve como objetivo maximizar a amplificação in vitro de amostras de DNA genômico extraídas a partir de micro-organismos típicos da microbiota ruminal. Diferentes concentrações de amostras de DNA genômico isoladas a partir líquido ruminal foram empregadas como fitas moldes em reações de amplificação na presença de iniciadores específicos para o gene do RNA ribossomal 16S. Um produto amplificado de aproximadamente 500pb foi visualizado em eletroforese em géis de agarose. Baixa eficiência de amplificação com a presença de produtos não-específicos de amplificação foi verificada nas PCRs realizadas na presença de DNA genômico variando de 19,2 a 40ng. Produtos de amplificação foram exclusivamente detectados com maior intensidade e alta especificidade nas amostras de DNA genômico contendo as menores quantidades de fita-molde de 0,8 a 1,6ng. Ausência de sinal de amplificação foi verificada nas reações de PCRs contendo maiores quantidades de DNA genômico variando de 98 a 200ng. Assim, amostras de DNA mais concentradas demonstraram baixa eficiência e especificidade de amplificação em comparação às amostras menos concentradas de fitas moldes. Desta forma, os resultados descritos nesse estudo evidenciam que concentrações de DNA inferiores às quantidades geralmente recomendadas nos protocolos convencionais produziram amplicon com alta especificidade nas reações de amplificação, empregando como fitas moldes DNA genômico isolado a partir de microbiota ruminal. As descobertas descritas nesse estudo apresentam uma estratégia acessível para amplificar in vitro fragmentos de DNAs genômicos ruminais provenientes de complexas comunidades microbianas

IDENTIFICAÇÃO DE POLIMORFISMOS GENÉTICOS EM POPULAÇÕES NATIVAS DE LAMBARIS Astyanax sp. B DO RIO IGUAÇU (ESTADO DO PARANÁ, BRASIL) POR ANÁLISES DE AMPLIFICAÇÃO ALEATÓRIA

O objetivo deste estudo foi estimar o polimorfismo genético de populações nativas de lambaris Astyanax sp. B oriundos de quatro localidades do Rio Iguaçu (Estado do Paraná, Brasil): areal Água Azul (AA: 25º47´34´´S/50º11´34´´W), Rio Piraquara (PIR: 25º30´10´´S/49º01´25´´W), Rio Passaúna (PAS: 25015’20´´S/49025’15´´W) e Zoológico Municipal de Curitiba (ZOO: 25º33´12´´S/49º13´58´´N). Polimorfismos genéticos foram estimados a partir do DNA genômico extraído de espécimes de cada localidade na presença de primers universais em reações de amplificação aleatória PCR-RAPD. Com o auxílio do programa NTSYS versão 2.02 foram construídas matrizes de similaridade a partir do coeficiente de Jaccard (J), além da construção de um fenograma empregando o algoritmo de agrupamento UPGMA. A caracterização molecular das populações de lambaris de diferentes localizações do Rio Iguaçu demonstrou um padrão eletroforético altamente polimórfico nas análises de PCR-RAPD, totalizando 165 caracteres, sendo 157 polimórficos (95,2%) e 8 monomórficos (4,8%). O fenograma de similaridade genética gerou a separação dos indivíduos em quatro grupos distintos com indivíduos do ZOO, PAS e AA agrupados em uma similaridade variando de 27 a 90%; e os do PIR apresentando o maior distanciamento genético (25%) em relação ao demais. O uso desses marcadores permitiu caracterizar polimorfismos suficientes para discriminar populações de lambaris com intensa diferenciação genética, sem estarem fortemente conectadas por fluxo gênico nem mesmo apresentarem tendência de homogeneização genética entre as mesmas. Os resultados apresentados no presente estudo reforçam a importância do uso da técnica de PCR-RAPD como uma ferramenta eficaz para estimar a diferenciação molecular entre populações nativas de lambaris

The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability

Chromobacterium violaceum is one of millions of species of free-living microorganisms that populate the soil and water in the extant areas of tropical biodiversity around the world. Its complete genome sequence reveals (i) extensive alternative pathways for energy generation, (ii) ≈500 ORFs for transport-related proteins, (iii) complex and extensive systems for stress adaptation and motility, and (iv) wide-spread utilization of quorum sensing for control of inducible systems, all of which underpin the versatility and adaptability of the organism. The genome also contains extensive but incomplete arrays of ORFs coding for proteins associated with mammalian pathogenicity, possibly involved in the occasional but often fatal cases of human C. violaceum infection. There is, in addition, a series of previously unknown but important enzymes and secondary metabolites including paraquat-inducible proteins, drug and heavy-metal-resistance proteins, multiple chitinases, and proteins for the detoxification of xenobiotics that may have biotechnological applications

Regulation of gene expression in Mycoplasmas: contribution from Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma synoviae genome sequences

This report describes the transcription apparatus of Mycoplasma hyopneumoniae (strains J and 7448) and Mycoplasma synoviae, using a comparative genomics approach to summarize the main features related to transcription and control of gene expression in mycoplasmas. Most of the transcription-related genes present in the three strains are well conserved among mycoplasmas. Some unique aspects of transcription in mycoplasmas and the scarcity of regulatory proteins in mycoplasma genomes are discussed

Heterologous expression of predicted promoter site for paraquat-inducible genes of the bacterium Chromobacterium violaceum is increased by plumbagin

The aim of this study was to evaluate functionally the effect of plumbagin on the heterologous expression of a predicted promoter region of open reading frames of paraquat-inducible (pqi) genes revealed during genome annotation analyses of the bacterium Chromobacterium violaceum. First, the promoter of interest was amplified using specific primers and cloned into a conjugative vector carrying the Escherichia coli lacZ gene without a promoter. The heterologous expression of the predicted promoter region was then examined in the presence of 50 µg/mL plumbagin by β-galactosidase expression assays. Significant differences were detected in the levels of β-galactosidase as a result of the activation of the promoter region of interest in response to plumbagin at the concentration tested. On the other hand, no growth of the wild strain of C. violaceum was found during its incubation in nutrient broth medium containing different concentrations of plumbagin compared to control group. The findings described herein demonstrate that the heterologous expression of a predicted promoter site of pqi genes of C. violaceum is induced by plumbagin in a fusion strain, giving insights into the functional characterization of intrinsic regulatory DNA motifs annotated in this bacterial genome. O objetivo deste estudo foi avaliar funcionalmente a influência do composto plumbagin sobre a indução heteróloga de uma região promotora predita de genes paraquat-induzíveis revelada durante as análises de anotação do genoma da bactéria Chromobacterium violaceum. A região promotora de interesse de C. violaceum foi amplificada a partir de sequências oligonucleotídicas específicas e clonada em vetor conjugativo, sendo acoplada à região codificante do gene lacZ de Escherichia coli. Em seguida, a indução heteróloga desse segmento regulatório foi estimada em cepa de E. coli na presença do plumbagin em uma concentração final de 50 µg/mL por mensurações dos níveis de expressão da enzima β-galactosidase. Diferenças significativas nos níveis da β-galactosidase foram observadas como resultado da ativação da região promotora de interesse pelo plumbagin na concentração testada em comparação às condições controle. Por outro lado, nenhum crescimento da cepa selvagem de C. violaceum foi observado durante a incubação dessas células em meio nutritivo contendo diferentes concentrações do plumbagin. As descobertas descritas aqui sugerem que uma região promotora predita para genes paraquat-induzíveis da bactéria C. violaceum sofra indução heteróloga pelo plumbagin, reforçando evidências acerca da caracterização funcional de motivos regulatórios intrínsecos a essa bactéria

Características agronômicas e bromatológicas de vinte genótipos de milho (Zea mays L.) para silagem na região leste paranaense - DOI: 10.4025/actascianimsci.v27i2.1220

The aim of this work was evaluating the agronomical and chemical characteristics of 20 different genotypes of maize used as silage. A complete randomized experimental design was used, with three replicates per treatment. Each hybrid was harvested when plants reached 1/3 of milk line stage, using two cut heights: immediately above the senescent leaves (whole-plant) and immediately below ear attachment (half-plant), and all hybrids were ensiled in PVC silos. After 50 days of ensiling, DM, CP, EE, ADF, NDF, ash and estimated TDN were determined. DM for all hybrids ranged from 26.56% to 32.19% for whole-plant silage, and from 29.53 to 36.08 for half-plant silage. CP values varied widely among hybrids, ranging from 5.80% to 8.00% in the whole-plant group and from 6.91% to 8.88 in half-plant group. On the basis of DM yield, CP and TDN, one should recommend hybrids GARRA e P30R07 to be used as whole-plant silage in the region under studyO presente experimento teve por objetivo avaliar as características agronômicas e a composição químico-bromatológica de vinte genótipos de milho para ensilagem. O delineamento experimental utilizado foi inteiramente casualizado, com 3 repetições. Os híbridos foram colhidos no estádio ⅓ da linha do leite em duas alturas de corte: imediatamente acima das folhas senescentes (planta inteira) e imediatamente abaixo da inserção da espiga (meia planta), ensilados em silos de PVC por 50 dias. Após abertura dos silos, foram realizadas determinações de MS, PB, EE, FDA, FDN, cinzas e estimativa de NDT. O teor de MS oscilou entre 26,56 e 32,19 e entre 29,53 e 36,08 para planta inteira e meia planta, respectivamente. O teor de PB apresentou alta variação entre os híbridos, sendo os valores obtidos entre 5,80 e 8,00 e entre 6,91 e 8,88 para planta inteira e meia planta, respectivamente. Concluiu-se que, utilizando-se produção de matéria seca/ha, % proteína bruta e % NDT como critérios de seleção, os híbridos mais recomendados para região do leste paranaense são o GARRA e o P 30R07, em se tratando de ensilagem de planta inteir