Analysis of BAC end sequences in oak, a keystone forest tree species, providing insight into the composition of its genome

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>One of the key goals of oak genomics research is to identify genes of adaptive significance. This information may help to improve the conservation of adaptive genetic variation and the management of forests to increase their health and productivity. Deep-coverage large-insert genomic libraries are a crucial tool for attaining this objective. We report herein the construction of a BAC library for <it>Quercus robur</it>, its characterization and an analysis of BAC end sequences.</p> <p>Results</p> <p>The <it>Eco</it>RI library generated consisted of 92,160 clones, 7% of which had no insert. Levels of chloroplast and mitochondrial contamination were below 3% and 1%, respectively. Mean clone insert size was estimated at 135 kb. The library represents 12 haploid genome equivalents and, the likelihood of finding a particular oak sequence of interest is greater than 99%. Genome coverage was confirmed by PCR screening of the library with 60 unique genetic loci sampled from the genetic linkage map. In total, about 20,000 high-quality BAC end sequences (BESs) were generated by sequencing 15,000 clones. Roughly 5.88% of the combined BAC end sequence length corresponded to known retroelements while <it>ab initio </it>repeat detection methods identified 41 additional repeats. Collectively, characterized and novel repeats account for roughly 8.94% of the genome. Further analysis of the BESs revealed 1,823 putative genes suggesting at least 29,340 genes in the oak genome. BESs were aligned with the genome sequences of <it>Arabidopsis thaliana</it>, <it>Vitis vinifera </it>and <it>Populus trichocarpa</it>. One putative collinear microsyntenic region encoding an alcohol acyl transferase protein was observed between oak and chromosome 2 of <it>V. vinifera.</it></p> <p>Conclusions</p> <p>This BAC library provides a new resource for genomic studies, including SSR marker development, physical mapping, comparative genomics and genome sequencing. BES analysis provided insight into the structure of the oak genome. These sequences will be used in the assembly of a future genome sequence for oak.</p

Artist Emil Pacovsky as an organizer and publisher

Emil Pacovsky. Painter, graphic artist, writer, critic, esthetician, historian and theorist art. In his life he worked in many clubs, associations and art unions. In most of them held important positions. Major was his editorial activity, which started in the first decade of the twentieth century and which remained until the second half of the thirties. In the first half of the twentieth century, especially by the end thirties, was among the respectable and universally recognized figures of the former cultural life. Yet his name is almost unknown to the public today. or in professional circles not find much information about him. usually mentioned only in connection with the Sursum association, which was only art association generation late symbolists. Similarly, researchers are by far engaged exclusively in the context of the association

Artist Emil Pacovský as organizator and editor

Emil Pacovský. Malíř, grafik, spisovatel, kritik, estetik, historik a teoretik umění. Za svůj život působil v mnoha spolcích, sdruženích či výtvarných svazech. Ve většině z nich zastával významné funkce. Zásadní byla jeho redaktorská činnost, kterou zahájil v prvním desetiletí dvacátého století a u níž setrval až do druhé poloviny třicátých let. V první polovině dvacátého století, především však do konce třicátých let, patřil mezi vážené a všeobecně uznávané osobnosti tehdejšího kulturního života. Přesto je jeho jméno veřejnosti dnes takřka neznámé. Ani v odborných kruzích nenacházíme příliš informací o jeho osobě. Obvykle bývá zmiňován pouze v souvislosti se spolkem ,JSursum", který byl jediným uměleckým sdružením generace pozdních symbolistů. Stejně tak i badatelé se jím dosud zabývali výhradně v kontextu tohoto sdružení. Někteří autoři byli překvapeni ze setkání sjeho osobou v souvislosti s problémem, jemuž se věnovali. Např. Pavel Šopák si ve spojitosti se sdružením "Koliba" E. Pacovského povšiml a zdůraznil opomíjení jeho osoby nejen v kontextu tohoto spolku. Dále se mu však již nevěnoval. Záměrem této práce je rehabilitovat Emila Pacovského také v jiných sférách jeho působení, než ve spojení se ,JSursem" a ,J(olibou". Skutečnost, že je dosud osobností více než opomíjenou, se jeví přinejmenším jako..

Artist Emil Pacovský as organizator and editor

Emil Pacovský. Malíř, grafik, spisovatel, kritik, estetik, historik a teoretik umění. Za svůj život působil v mnoha spolcích, sdruženích či výtvarných svazech. Ve většině z nich zastával významné funkce. Zásadní byla jeho redaktorská činnost, kterou zahájil v prvním desetiletí dvacátého století a u níž setrval až do druhé poloviny třicátých let. V první polovině dvacátého století, především však do konce třicátých let, patřil mezi vážené a všeobecně uznávané osobnosti tehdejšího kulturního života. Přesto je jeho jméno veřejnosti dnes takřka neznámé. Ani v odborných kruzích nenacházíme příliš informací o jeho osobě. Obvykle bývá zmiňován pouze v souvislosti se spolkem ,JSursum", který byl jediným uměleckým sdružením generace pozdních symbolistů. Stejně tak i badatelé se jím dosud zabývali výhradně v kontextu tohoto sdružení. Někteří autoři byli překvapeni ze setkání sjeho osobou v souvislosti s problémem, jemuž se věnovali. Např. Pavel Šopák si ve spojitosti se sdružením "Koliba" E. Pacovského povšiml a zdůraznil opomíjení jeho osoby nejen v kontextu tohoto spolku. Dále se mu však již nevěnoval. Záměrem této práce je rehabilitovat Emila Pacovského také v jiných sférách jeho působení, než ve spojení se ,JSursem" a ,J(olibou". Skutečnost, že je dosud osobností více než opomíjenou, se jeví přinejmenším jako...Emil Pacovský. Malíř, grafik, spisovatel, kritik, estetik, historik a teoretik umění. Za svůj život působil v mnoha spolcích, sdruženích či výtvarných svazech. Ve většině z nich zastával významné funkce. Zásadní byla jeho redaktorská činnost, kterou zahájil v prvním desetiletí dvacátého století a u níž setrval až do druhé poloviny třicátých let. V první polovině dvacátého století, především však do konce třicátých let, patřil mezi vážené a všeobecně uznávané osobnosti tehdejšího kulturního života. Přesto je jeho jméno veřejnosti dnes takřka neznámé. Ani v odborných kruzích nenacházíme příliš informací o jeho osobě. Obvykle bývá zmiňován pouze v souvislosti se spolkem ,JSursum", který byl jediným uměleckým sdružením generace pozdních symbolistů. Stejně tak i badatelé se jím dosud zabývali výhradně v kontextu tohoto sdružení. Někteří autoři byli překvapeni ze setkání sjeho osobou v souvislosti s problémem, jemuž se věnovali. Např. Pavel Šopák si ve spojitosti se sdružením "Koliba" E. Pacovského povšiml a zdůraznil opomíjení jeho osoby nejen v kontextu tohoto spolku. Dále se mu však již nevěnoval. Záměrem této práce je rehabilitovat Emila Pacovského také v jiných sférách jeho působení, než ve spojení se ,JSursem" a ,J(olibou". Skutečnost, že je dosud osobností více než opomíjenou, se jeví přinejmenším jako...Katedra dějin a didaktiky dějepisuFaculty of EducationPedagogická fakult

Artist Emil Pacovský as organizator and editor

Emil Pacovský. Malíř, grafik, spisovatel, kritik, estetik, historik a teoretik umění. Za svůj život působil v mnoha spolcích, sdruženích či výtvarných svazech. Ve většině z nich zastával významné funkce. Zásadní byla jeho redaktorská činnost, kterou zahájil v prvním desetiletí dvacátého století a u níž setrval až do druhé poloviny třicátých let. V první polovině dvacátého století, především však do konce třicátých let, patřil mezi vážené a všeobecně uznávané osobnosti tehdejšího kulturního života. Přesto je jeho jméno veřejnosti dnes takřka neznámé. Ani v odborných kruzích nenacházíme příliš informací o jeho osobě. Obvykle bývá zmiňován pouze v souvislosti se spolkem ,JSursum", který byl jediným uměleckým sdružením generace pozdních symbolistů. Stejně tak i badatelé se jím dosud zabývali výhradně v kontextu tohoto sdružení. Někteří autoři byli překvapeni ze setkání sjeho osobou v souvislosti s problémem, jemuž se věnovali. Např. Pavel Šopák si ve spojitosti se sdružením "Koliba" E. Pacovského povšiml a zdůraznil opomíjení jeho osoby nejen v kontextu tohoto spolku. Dále se mu však již nevěnoval. Záměrem této práce je rehabilitovat Emila Pacovského také v jiných sférách jeho působení, než ve spojení se ,JSursem" a ,J(olibou". Skutečnost, že je dosud osobností více než opomíjenou, se jeví přinejmenším jako..