Improved integration of multithreading into the STGM

variant of the Spineless Tagless G-Machine (STGM) which contains explicit support for multithreading is introduced in [1]. The main design decisions are the separation of demand for evaluation from case selection and the introduction of an abstract notion of thread boundaries and thread synchronisation. This report proposes an alternative solution which does not separate demand from selection. Instead, case selections are extended by additional alternatives which handle the appearance of long latency operations. The overhead, necessary to control multithreading, is reduced and sequentially evaluated parts of a program are more efficient

Optimal algorithms for global optimization in case of unknown Lipschitz constant

We consider a family of function classes which allow functions with several minima and which demand only Lipschitz continuity for smoothness. We present an algorithm almost optimal for each of these classes

A framework for multi-tier type evolution and data migration

This paper describes a framework that supports the simultaneous evolution of objectoriented data models and relational schemas with respect to a tool- supported object-relational mapping. Thereby the proposed framework accounts for non-trivial data migration induced by type evolution from the outset. The support for data migration is offered on the level of transparent data access. The framework consists of the following integrated parts: an automatic model change detection mechanism, a generator for schema evolution code and a generator for data migration APIs. The framework has been concepted in the IMIS project. IMIS is an information system for environmental radioactivity measurements. Though the indicated domain especially demands a solution like the one discussed in the paper, the achievements are of general purpose for multi-tier system architectures with object-relational mapping

Detection of Counterfeit by the Usage of Product Inherent Features

AbstractOne aspect of the economical dimension of sustainable business development is the protection of high value products from counterfeiting. This holds especially true for consumer goods since the sustainable manufacturing process gains a more and more important role, e.g. in the creation of a brand image. In this paper we propose a method for detecting counterfeit by capture of inherent features indissolubly linked with the product induced by the production process itself. Since a counterfeiter gains margin by the use of inferior production processes and material the differences between genuine product and counterfeit can be captured in an automated fashion. The proposed method not only renders the application of artificial security tags obsolete which helps reducing the material usage but also gives enhanced protection against counterfeiting as the inherent characteristics cannot be removed from the article

Virusinduzierte Fusion zur Beseitigung von Tumorzellen

Adenovirus-Vektoren können zur Expression von Fusionsproteine eingesetzt werden, um neue Strategien zur Beseitigung maligner Tumoren zu entwickeln. Dazu ist zunächst zu klären, wie eine Fusion infizierter Zellen die Replikation und Zytotoxizität onkolytischer Adenoviren beeinflusst. Um diese Fragen zu beantworten, wurden in dieser Arbeit adenovirale Vektoren hergestellt (1st Generations-Vektoren), die beide Masernvirusproteine, F und H, gleichzeitig exprimieren. Die Infektion von permissiven Zellen mit diesen Vektoren verursacht die Erzeugung von Synzytien. Dabei bleibt die Replikation der Adenoviren im Kontext einer von der Fusion erhöhten Zytotoxizität ungestört, und die Expression von adenoviralen- und trans-Genen wurde von der Synzytienbildung nicht beeinträchtigt. Sowohl frühe als auch späte adenovirale Proteine wurden von allen Kernen eines Synzytiums importiert. Um eine mögliche Infektion benachbarter Kerne durch eine intrasynzytielle adenovirale Ausbreitung zu untersuchen, wurde eine FISH-Analyse mit adenoviralen DNA-Sonden durchgeführt. Es wurde beobachtet, dass die Replikation während des Infektionsverlaufs nur in einem einzigen Kern des Synzytiums erfolgt. Die Anwendung des MLP-Promoters zur Expression von F- und H-Protein ermöglicht schließlich eine von der Replikation abhängige Expression der Fusionsproteine und somit eine selektive Steuerung der Zytotoxizität. Diese Arbeit zeigt, dass fusionsfähige Adenoviren zur Expression ihrer Genprodukte und zur Replikation ohne Einschränkung in der Lage sind. Ihre erhöhte Zytotoxizität kann dabei durch geeignete Wahl des Promoters auf Tumorzellen fokussiert werden. Zellfusion hat damit das Potenzial, onkolytische Adenoviren in ihrer Wirkung wesentlich zu verstärken

Optimierung der Therapie von chronischer myeloischer Leukämie mit Hilfe eines dynamischen Modells normaler und leukämischer Stammzellorganisation

Unter Verwendung eines mathematischen Hämatopoese-Modells werden verschiedene Fragen adressiert, die im Zusammenhang mit einer möglichen Optimierung der gegenwärtigen Therapie chronischer myeloischer Leukämie (CML) stehen. Es handelt sich um ein agentenbasiertes Modell, das heißt, jede Zelle wird als einzelnes Objekt repräsentiert und gemäß festgelegter Regeln im Computer simuliert. Es werden proliferative von ruhenden Stammzellen unterschieden, wobei sich der Proliferationszustand reversibel ändern kann. Das Modell basiert auf der Annahme, dass sich normale und maligne Stammzellen in einem Wettbewerb um gemeinsame Ressourcen befinden, wobei der CML-Klon einen kompetitiven Vorteil besitzt. Es ist ungeklärt, ob Tyrosinkinaseinhibitoren wie Imatinib (IM) in der Lage sind, die Erkrankung zu heilen. Es gibt Evidenz, dass residuale leukämische Stammzellen im Knochenmark persistieren, welche in einem Ruhezustand (G0-Phase des Zellzyklus) von IM nicht eradiziert werden können. Proliferativ aktive Zellen sind der IM-Wirkung hingegen ausgesetzt. Das Modell sagt voraus, unter welchen Bedingungen eine Kombinationsstrategie von IM mit stammzellaktivierenden Substanzen Synergieeffekte hervorbringen könnte. Ein verwandtes Problem ist die Frage, in welchen Fällen nach Reduktion der Tumorlast auf ein mittels hochsensitiver Messmethoden undetektierbares Niveau ein Therapieabbruch gerechtfertigt ist. Basierend auf dem dynamischen Modell wird in dieser Arbeit ein Prädiktor vorgeschlagen, der vorhersagt, ob ein Patient nach Abbruch der Therapie einen molekularen Rückfall zu erwarten hat. Zusätzlich wird approximativ ein modellunabhängiger Prädiktor angegeben, der die Vorhersage nur auf Basis klinisch messbarer Größen gestattet

probeBase—an online resource for rRNA-targeted oligonucleotide probes: new features 2007

probeBase is a curated database of annotated rRNA-targeted oligonucleotide probes and supporting information. Rapid access to probe, microarray and reference data is achieved by powerful search tools and via different lists that are based on selected categories such as functional or taxonomic properties of the target organism(s) or the hybridization format (fluorescence in situ hybridization or microarray) in which the probes were applied. Additional information on probe coverage and specificity is available through direct submissions of probe sequences from probeBase to RDP-II and Greengenes, two major rRNA sequence databases. A freely editable user comments field for each probe entry allows any user to add, modify or remove information or to report errors in real-time. probeBase entries increased from 700 to more than 1200 during the past three years. Several options for submission of single probes or entire probe sets, even prior to publication of newly developed probes, should further contribute to keeping probeBase an up-to-date and useful resource. probeBase is freely accessible at . Email correspondence can be addressed to [email protected]

Draft Genome Sequences of Chlamydiales Bacterium STE3 and Neochlamydia sp. Strain AcF84, Endosymbionts of Acanthamoeba spp.

Chlamydiales bacterium STE3 and Neochlamydia sp. strain AcF84 are obligate intracellular symbionts of Acanthamoeba spp. isolated from the biofilm of a littoral cave wall and gills from striped tiger leaf fish, respectively. We report the draft genome sequences of these two environmental chlamydiae affiliated with the family Parachlamydiaceae

Global optimization with unknown Lipschitz constant

We study the global optimization problem, i.e., for a real-valued and bounded function f we are interested in a point x of the domain whose function value f(x) is close to the infimum inf f. We consider the case that f is d-variate, Lipschitz, and, in a certain sense, does not increase too slowly in a neighborhood of the global minimizer(s). We give two contributions: We show that for an optimal method adaptiveness is necessary and that randomization (Monte Carlo) yields no further advantage. We present a method that is universal in the following sense: This algorithm has the optimal rate of convergence even if neither the Lipschitz constant nor any other function parameter is known. Wir betrachten das globale Optimierungsproblem, d.h. für eine reellwertige und beschränkte Funktion f suchen wir eine Stelle x des Definitionsbereichs, deren Funktionswert f(x) nahe dem Infimum inf f liegt. Wir untersuchen den Fall, daß f eine d-variate, Lipschitz-stetige Funktion ist, die in einem gewissen Sinne in der Nähe der globalen Minimalstelle(n) nicht zu langsam wächst. Wir leisten zwei Beiträge: Wir zeigen, daß für eine optimale Methode Adaptivität notwendig ist und daß Randomisierung (Monte-Carlo) keine weiteren Vorteile bringt. Wir stellen eine Methode vor, die universell ist im folgenden Sinne: Diese Methode hat die optimale Konvergenzrate auch in dem Fall, daß weder die Lipschitzkonstante noch die übrigen Klassenparameter bekannt sind