Caracterización seminal de individuos ovinos criollos colombianos de pelo en el departamento de Sucre

The aim of this study was to characterize the semen of sheep individuals Colombian Creole hair on the farm at the University of Sucre. The study was carried out on the farm “El Perico” of the University of Sucre, 50 meters, warm dry climate and vegetation formation of tropical dry forest. four crossbred sheep adults, unrelated, which were collected four times at intervals of five days, using the technique of electroejaculation and seminal characteristics were evaluated macroscopic and microscopic were used. It was found that the predominant color is white matte (66.7%) followed by bright white (33.3%) (p<0.05), the seminal aspect is creamy (60%), the average weekly volume is 1.41 ± 0,11ml, individual mobility is 74.09 ± 2%, gross motility is 3.77 ± 0.12 and the average sperm concentration of 711,89x106 ± 133,86x106esp / ml. It was found that 76.64 ± 1.99% spermatozoa have normal morphology and 80.47 ± 1.28% of the sperm had a functional plasma membrane. The seminal evaluation helped to show that the semen of crossbred sheep show similar to those reported in foreign breeds, although with higher volumes and higher percentage of membrane integrity features. It is concluded that the semen of Colombian creole hair sheep, has characteristics similar to other breeds quality, allowing it to be used in breeding programs.El objetivo de este trabajo fue caracterizar el semen de individuos ovinos criollos colombianos de pelo en la granja de la Universidad de Sucre. El estudio se llevó a cabo en la granja “El Perico” de la Universidad de Sucre, a 50 msnm, clima cálido seco y con formación vegetal de bosque seco tropical. Se utilizaron cuatro ovinos criollos adultos, no emparentados, los cuales fueron colectados cuatro veces a intervalos de cinco días, mediante la técnica de electroeyaculación y se evaluaron las características seminales macroscópicas y microscópicas. Se encontró que el color predominante es el blanco mate (66,7%) seguido del blanco brillante (33,3%) (p<0.05), el aspecto seminal es cremoso (60%), el volumen seminal promedio es 1,41±0,11ml, la movilidad individual es 74,09±2%, la movilidad masal es del 3,77±0,12 y la concentración espermática promedio de 711,89x106±133,86x106esp/ml. Se encontró que el 76,64±1,99% de los espermatozoides tenían una morfología normal y el 80,47±1,28% de los espermas presentaron una membrana plasmática funcional. La evaluación seminal permitió demostrar que el semen de los ovinos criollos, presentan características similares a las reportadas en razas foráneas, aunque con mayores volúmenes y mejor porcentaje de integridad de membrana. Se concluye que el semen de los ovinos criollos colombianos de pelo, presenta características de calidad similares a otras razas, lo que le permite ser usado en programas mejoramiento genético

Diversidad genética del bocachico Prochilodus magdalenae en el departamento de Sucre

Therefore the objective of the present study was to characterize genetically wild and cultivated populations of P. magdalenae, using molecular markers type RAMs in the area of the lower San Jorge, in the Department of Sucre. For this, DNA was extracted and PCR amplified with seven primers RAMs, in a sample of 80 wild specimens from four sites and 40 cultured specimens from two companies the. All primers RAMs were polymorphic with values ranging from 93,33% in the CA primer to 99,17% in AG, this primer had the highest He value (0,469 ± 0,005), while the CCA primer had the lowest value (0,321 ± 0,010). In the wild populations of P. magdalenae the SBA site was the most diverse (He: 0,194 ± 0,028) and the CAI site was the least diverse (0,150 ± 0,029), with an He average of 0,167 ± 0,019, that was lower than the average often cultivated population (He: 0,194 ± 0,002). The analysis of the population structure reflects greater variation within that between the populations with moderate and high FST values, indicating low gene flow between sites and between wild and cultivated populations, that is evidenced in dendrograms. It is concluded that this genetic structure can be due to natural or artificial physiographic barriers and that the greater diversity in the cultivated population can be due to an adequate reproductive management or endogamy effects in the wild population.El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente poblaciones silvestres y cultivadas de P. magdalenae usando marcadores moleculares tipo RAMs en la zona del bajo San Jorge, Departamento de Sucre. Para ello, de 80 ejemplares silvestres de cuatro sitios y 40 ejemplares cultivados de dos empresas, fue extraído el ADN y amplificado por PCR con siete cebadores RAMs. Todos los cebadores fueron polimórficos, con valores que variaron de 93,33% en el cebador CA hasta 99,17% en AG, este mismo cebador presentó el mayor valor de He (0,469 ± 0,005), mientras que el cebador CCA, presentó el menor (0,321 ± 0,010). En las poblaciones silvestres de P. magdalenae, el sitio SBA fue el más diverso (He: 0,194 ± 0,028) y el sitio CAI el menos diverso (0,150 ± 0,029), para un promedio de He de 0,167 ± 0,019 que fue menor al promedio de la población cultivada (He: 0,194 ± 0,002). El análisis de la estructura poblacional reflejo mayor variación dentro que entre de las poblaciones con valores de FST moderados y altos, indicando bajo flujo de genes entre sitios y entre las poblaciones silvestres y cultivadas que se evidencia en los dendrogramas. Se concluye que esta estructura genética puede ser debida a barreras fisiográficas naturales o artificiales y que la mayor diversidad en la población cultivada puede deberse a un adecuado manejo reproductivo o efectos de endogamia en la población silvestre

Asociación del locus BOLA-DRB3.2 con el virus de la leucosis bovina en el ganado criollo colombiano

  The presence of the bovine leukemia virus (BLV) (pro-virus detection – Nested PCR), BoLA-DRB3.2* gen polymorphisms detection (Semi-nested PCR-RFLP) and the association between them (OR) were carried out in 330 DNA samples from eight creole breeds (Blanco Orejinegro, Caqueteño, Casanareño, Costeño con Cuernos, Chino Santandereano, Hartón del Valle, Romosinuano and Sanmartinero), two Colombian synthetic breeds (Lucerna y Velásquez) and two introduced ones (Brahmán y Holstein). A positive association was found between absence of BLV (resistant individuals) with alleles *21, *24 and *37; and the presence of BLV (susceptible individuals) with alleles *6 and *42. The cumulated allele frequency was 23.7% and 6% for the resistant and susceptible alleles respectively. For the Colombian creole cattle, 10% of genotyped individuals were classified as Resistant/ Resistant (RR), 2.5% as Susceptible/Susceptible (SS) and 57% as neutral homozygous (N/N). For the introduced breeds, 16% were RR and 8.3% SS. The results indicate that the Colombian creole cattle has VLB resistance genes.  En 330 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas (Blanco Orejinegro, Caqueteño, Casanareño, Costeño con Cuernos, Chino Santandereano, Hartón del Valle, Romosinuano y Sanmartinero), dos razas sintéticas colombianas (Lucerna y Velásquez) y dos foráneas (Brahmán y Holstein) se evaluó la presencia del VLB (detección de provirus - PCR anidada), los polimorfismos del gen BoLA-DRB3.2* (PCR semianidada - RFLP) y la asociación entre ambos (OR). Se estimaron asociaciones entre la ausencia (resistentes) del VLB y los alelos *21, *24 y *37 y la presencia (susceptibles) del VLB y los alelos *6 y *42 en los ganados criollos. La frecuencia acumulada de los alelos resistentes fue de 23.7% contra 6% de los susceptibles. El 10% de los individuos fue genotipificado como Resistente/ Resistente, el 2.5% como Susceptible/Susceptible y el 57% fue de genotipo homocigoto neutral (N/N) en el ganado criollo colombiano. En los ganados controles el 16% fueron Resistente/Resistente y el 8.3% Susceptible/Susceptible. Los resultados indican que el ganado criollo colombiano posee genes de resistencia al VLB

Tropical tree growth driven by dry-season climate variability

Interannual variability in the global land carbon sink is strongly related to variations in tropical temperature and rainfall. This association suggests an important role for moisture-driven fluctuations in tropical vegetation productivity, but empirical evidence to quantify the responsible ecological processes is missing. Such evidence can be obtained from tree-ring data that quantify variability in a major vegetation productivity component: woody biomass growth. Here we compile a pantropical tree-ring network to show that annual woody biomass growth increases primarily with dry-season precipitation and decreases with dry-season maximum temperature. The strength of these dry-season climate responses varies among sites, as reflected in four robust and distinct climate response groups of tropical tree growth derived from clustering. Using cluster and regression analyses, we find that dry-season climate responses are amplified in regions that are drier, hotter and more climatically variable. These amplification patterns suggest that projected global warming will probably aggravate drought-induced declines in annual tropical vegetation productivity. Our study reveals a previously underappreciated role of dry-season climate variability in driving the dynamics of tropical vegetation productivity and consequently in influencing the land carbon sink.We acknowledge financial support to the co-authors provided by Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica, Argentina (PICT 2014-2797) to M.E.F.; Alberta Mennega Stichting to P.G.; BBVA Foundation to H.A.M. and J.J.C.; Belspo BRAIN project: BR/143/A3/HERBAXYLAREDD to H.B.; Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil - CNA to C.F.; Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES, Brazil (PDSE 15011/13-5 to M.A.P.; 88881.135931/2016-01 to C.F.; 88887.199858/2018-00 to G.A.-P.; Finance Code 001 for all Brazilian collaborators); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq, Brazil (ENV 42 to O.D.; 1009/4785031-2 to G.C.; 311874/2017-7 to J.S.); CONACYT-CB-2016-283134 to J.V.-D.; CONICET to F.A.R.; CUOMO FOUNDATION (IPCC scholarship) to M.M.; Deutsche Forschungsgemeinschaft - DFG (BR 1895/15-1 to A.B.; BR 1895/23-1 to A.B.; BR 1895/29-1 to A.B.; BR 1895/24-1 to M.M.); DGD-RMCA PilotMAB to B.T.; Dirección General de Asuntos del Personal Académico of the UNAM (Mexico) to R.B.; Elsa-Neumann-Scholarship of the Federal State of Berlin to F.S.; EMBRAPA Brazilian Agricultural Research Corporation to C.F.; Equatorian Dirección de Investigación UNL (21-DI-FARNR-2019) to D.P.-C.; São Paulo Research Foundation FAPESP (2009/53951-7 to M.T.-F.; 2012/50457-4 to G.C.; 2018/01847‐0 to P.G.; 2018/24514-7 to J.R.V.A.; 2019/08783-0 to G.M.L.; 2019/27110-7 to C.F.); FAPESP-NERC 18/50080-4 to G.C.; FAPITEC/SE/FUNTEC no. 01/2011 to M.A.P.; Fulbright Fellowship to B.J.E.; German Academic Exchange Service (DAAD) to M.I. and M.R.; German Ministry of Education, Science, Research, and Technology (FRG 0339638) to O.D.; ICRAF through the Forests, Trees, and Agroforestry research programme of the CGIAR to M.M.; Inter-American Institute for Global Change Research (IAI-SGP-CRA 2047) to J.V.-D.; International Foundation for Science (D/5466-1) to M.I.; Lamont Climate Center to B.M.B.; Miquelfonds to P.G.; National Geographic Global Exploration Fund (GEFNE80-13) to I.R.; USA’s National Science Foundation NSF (IBN-9801287 to A.J.L.; GER 9553623 and a postdoctoral fellowship to B.J.E.); NSF P2C2 (AGS-1501321) to A.C.B., D.G.-S. and G.A.-P.; NSF-FAPESP PIRE 2017/50085-3 to M.T.-F., G.C. and G.M.L.; NUFFIC-NICHE programme (HEART project) to B.K., E.M., J.H.S., J.N. and R. Vinya; Peru ‘s CONCYTEC and World Bank (043-2019-FONDECYT-BM-INC.INV.) to J.G.I.; Peru’s Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica (FONDECYT-BM-INC.INV 039-2019) to E.J.R.-R. and M.E.F.; Programa Bosques Andinos - HELVETAS Swiss Intercooperation to M.E.F.; Programa Nacional de Becas y Crédito Educativo - PRONABEC to J.G.I.; Schlumberger Foundation Faculty for the Future to J.N.; Sigma Xi to A.J.L.; Smithsonian Tropical Research Institute to R. Alfaro-Sánchez.; Spanish Ministry of Foreign Affairs AECID (11-CAP2-1730) to H.A.M. and J.J.C.; UK NERC grant NE/K01353X/1 to E.G.Peer reviewe

Genetic diversity of bocachico Prochilodus magdalenae in the department of Sucre

Therefore the objective of the present study was to characterize genetically wild and cultivated populations of P. magdalenae, using molecular markers type RAMs in the area of the lower San Jorge, in the Department of Sucre. For this, DNA was extracted and PCR amplified with seven primers RAMs, in a sample of 80 wild specimens from four sites and 40 cultured specimens from two companies the. All primers RAMs were polymorphic with values ranging from 93,33% in the CA primer to 99,17% in AG, this primer had the highest He value (0,469 ± 0,005), while the CCA primer had the lowest value (0,321 ± 0,010). In the wild populations of P. magdalenae the SBA site was the most diverse (He: 0,194 ± 0,028) and the CAI site was the least diverse (0,150 ± 0,029), with an He average of 0,167 ± 0,019, that was lower than the average often cultivated population (He: 0,194 ± 0,002). The analysis of the population structure reflects greater variation within that between the populations with moderate and high FST values, indicating low gene flow between sites and between wild and cultivated populations, that is evidenced in dendrograms. It is concluded that this genetic structure can be due to natural or artificial physiographic barriers and that the greater diversity in the cultivated population can be due to an adequate reproductive management or endogamy effects in the wild population

Polimorfismos de los genes calpaína y calpastatina en dos poblaciones de ovinos de pelo colombiano

ABSTRACT Objetive. Characterize the genetic polymorphism type SNPs in the calpain (CAPN) and calpastatin (CAST) genes of Colombian creole hair sheep (OPC). Materials and methods. In 300 individuals belonging to two OPC subpopulations from the departments of Sucre (SC) and Valle del Cauca (VC) were genotyped by PCR-RFLP (MspI) for the CAST locus and by PCR-SSCP for the CAPN locus. The allelic and genotypic frequencies, the observed (Ho) and expected heterozygosity (He), the fixation index (F) and the deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were calculated and a molecular analysis of variance to estimate the values of FST, FIS and FIT. Results. In the CAST locus, the MM genotype was the most frequent (83.9±1.1%), followed by the other genotypes (MN: 15.5±1.1, NN: 6.0±0.0%) and the allelic frequency of M (91.7±0.4%) exceeded that of N (8.3±0.4%). For the CAPN locus the heterozygous genotype (48.2±0.7%) was the most frequent, the other genotypes presented frequencies TT:44.7 ± 1.9 and CC:7.0 ± 1.4%. The T allele reached a frequency of 68.8±1.5% (C: 31.3±1.5%). Similar percentages of allelic and genotypic frequencies were found in the subpopulations. The He was less than the Ho in both loci, with negative values of F and deviations of EHW only in CAPN. All the variation found was due to differences within the individuals, with non-significant values (p>0.05) of FST, FIS, and FIT (0.002, -0.093 and -0.095, respectively). Conclusions. The loci studied has high variability, these results can be used for future gene-assisted selection plans to increase OPC productivity.RESUMEN Objetivo. El propósito del presente estudio fue caracterizar el polimorfismo genético tipo SNPs en los genes calpaína (CAPN) y calpastatina (CAST) en el ovino de pelo criollo colombiano (OPC). Materiales y métodos. 300 individuos pertenecientes a dos subpoblaciones de OPC de los departamentos de Sucre (SC) y Valle del Cauca (VC) fueron genotipados por PCR-RFLP (MspI) para el locus CAST y por PCR-SSCP para el locus CAPN. Se calcularon las frecuencias genotípicas, alélicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice de fijación (F), los desvíos del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y un análisis de varianza molecular para estimar los valores de FST, FIS y FIT. Resultados. En el locus CAST, el genotipo MM fue el más frecuente (83.9±1.1%), seguido por los otros genotipos (MN: 15.5±1.1; NN:6.0±0.0%) y la frecuencia alélica de M (91.7±0.4%) superó la del N (8.3±0.4%). Para el locus CAPN el genotipo heterocigoto (48.2±0.7%) fue el más frecuente; los otros genotipos presentaron frecuencias de TT:44.7±1.9 y CC:7.0±1.4%. El alelo T alcanzó una frecuencia de 68.8±1.5% (C:31.3±1.5%). Similares frecuencias alélicas y genotípicas se encontraron en las subpoblaciones. La He fue menor que la Ho en ambos loci, con valores negativos de F y desvíos de EHW solo en CAPN. Toda la variación encontrada fue debida a diferencias dentro de los individuos, con valores no significativos (p>0.05) de FST, FIS y FIT (0.002, -0.093 y -0.095, respectivamente). Conclusiones. Los loci estudiados tiene alta variabilidad, estos resultados pueden ser utilizados para futuros planes de selección asistida por genes para aumentar la productividad del OPC

Caracterización morfológica de la gallina criolla de traspatio de la subregión Sabana departamento de Sucre (Colombia)

El objetivo fue evaluar algunas características morfológicas de gallinas de traspatio (n= 255) provenientes de 65 unidades rurales de producción, localizadas en 52 municipios de 18 estados de la República Mexicana. El modelo estadístico incluyó los efectos de sexo, estado y municipio anidado en estado. El efecto de sexo fue importante para todas las variables analizadas (P<0.0001), excepto para robustez (P=0.33). El efecto de estado fue importante (P<0.0001) para todas las variables analizadas, mientras que municipio solo influyó significativamente a envergadura (P<0.0001), peso corporal (P=0.0271) y solidez (P=0.0267). Los machos tuvieron mayor (P<0.0001) longitud corporal (4.85 cm), envergadura (5.66 cm), circunferencia de la pechuga (2.94 cm), longitud del tarso (1.73 cm), peso corporal (0.65 kg) y solidez (0.99 puntos porcentuales). El peso corporal aumentó 126 g (P<0.01) en machos y 61 g en hembras (P<0.01) por cada centímetro que aumentó la circunferencia de la pechuga. El peso corporal mostró estar moderadamente correlacionado con longitud del cuerpo (r= 0.65), envergadura (r= 0.49) y longitud del tarso (r= 0.67), y altamente correlacionada con circunferencia de la pechuga (r= 0.76) en machos. La gallina de traspatio en México presentó una diferenciación morfológica importante entre machos y hembras para las características estudiadas, excepto para robustez, en la cual no se detectaron diferencias

Caracterización morfológica de la gallina criolla de traspatio de la subregión Sabana departamento de Sucre (Colombia)

ABSTRACT Objective. Characterize morphometric and phaneroptics of the Creole backyard hens from the savanna subregion department of Sucre (Colombia). Materials and methods. 520 adult Creole animals (350 chickens and 170 roosters) were evaluated, in the period 2017-2018, located in 10 localities of the savanna sub-region of the department of Sucre Colombia. The information was collected in a survey format composed of quantitative and qualitative variables. The data obtained were subjected to univariate descriptive analysis, for independent samples. In addition, the analysis of variance technique was used. Comparisons between males and females were made by means of a t-test. The analyses were performed using the statistical package R. Results. The descriptors analyzed showed the superiority of the roosters over the hens (p<0.05). The analysis of variance in the population of females with respect to weight determined that there are significant differences (p<0.05). The morphological and phaneroptic characteristics studied describe a yellow metatarsal bird, with plumage color that combines brown, black, gray and white tones, the morphology and distribution of feathers in most birds is normal characteristic (smooth typical), with a uniform distribution to a length of the body, although specimens with different plumage patterns can be found. Conclusions. A wide variation could be observed among animals from the 10 localities studied. There is evidence of a typological differentiation in relation to the weight and size of the tarsus in the animals evaluated, which can be used as a selection criterion.RESUMEN Objetivo. Caracterizar morfométrica y faneróptica de la gallina Criolla de traspatio de la subregión Sabana, departamento de Sucre (Colombia). Materiales y métodos. Se evaluaron 520 animales adultos criollos (350 gallinas y 170 gallos), en el periodo 2017-2018, ubicados en 10 localidades de la subregión Sabanas del departamento de Sucre Colombia. Se recolectó la información en un formato de encuesta integrado por variables cuantitativas y cualitativas. Los datos obtenidos fueron sometidos a análisis descriptivos univariado para muestras independiente. Además, se empleó la técnica de análisis de varianza. Las comparaciones entre machos y hembras se realizaron mediante una prueba de t. Los análisis fueron realizados usando paquete estadístico R. Resultados. Los descriptores analizados mostraron superioridad de los gallos sobre las gallinas (p<0.05). El análisis de varianza en la población de hembras con respecto al peso, determino que existen diferencias significativas (p<0.05). Las características morfológicas y fanerópticas estudiadas, describen un ave de metatarso amarillo, con color de plumaje que combinan tonalidades marrones, negras, gris y blanco, la morfología y distribución de las plumas en la mayoría de las aves es de característica normal (lisa típica), con distribución uniforme a lo largo del cuerpo, aunque se pueden encontrar ejemplares con patrones de plumaje diferente. Conclusiones. Se pudo observar una amplia variación entre animales procedentes de las 10 localidades estudiadas. Se evidencia una diferenciación tipológica con relación al peso y al tamano del tarso, en los animales evaluados, lo que puede ser utilizado como criterio de selección

Polimorfismos del gen BoLA-DRB3.2* en ganado criollo colombiano

Objetivo. Caracterizar el polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2* en las razas bovinas criollas y colombianas. Materiales y métodos. En 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas (Blanco Orejinegro, Casanareño, Costeño con Cuernos, Chino Santandereano, Caqueteño, Hartón del Valle, Romosinuano y San Martinero), dos razas sintéticas Colombianas (Lucerna y Velásquez) y dos razas foráneas (Brahman y Holstein) se evaluó el polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2 mediante técnicas moleculares (PCR-RFLP); se calculó el número promedio de alelos (NPA), las frecuencias, la heterocigocidad esperada (He) y observada (Ho), el equilibrio de Hardy-Weinberg, la estructura genética y los valores de FST y FIS. Resultados. El NPA fue 14.6 ± 3.8 siendo Caqueteño la raza con mayor NPA (25) y el menor el Chino Santandereano (10). Se encontraron 41 alelos BoLA-DRB3.2* los más frecuentes fueron *28, *37, *24, *23, *20, *27, *8, *16, *39 (0.17, 0.11, 0.10, 0.09, 0.09, 0.07, 0.07 y 0.06 respectivamente). Se encontró alta diversidad genética (He = 0.878) con mayor valor en Caqueteño (0.96) y menor en San Martinero (0.81). Todas las razas se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg, se encontraron valores altamente significativos de diferenciación genética (FST= 0.044) y de coeficiente de endogamia (FIS = 0.249). Conclusiones. El ganado criollo colombiano posee alto polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2* representado en los altos valores de NPA y diversidad génetica