MALDI-TOF-massaspektrometria kliinisessä mikrobiologiassa

Kuluvan vuosikymmenen aikana MALDI-TOF-massaspektrometria (matrix-assisted laser-desorption ionization time-of-flight) on mahdollistanut taudinaiheuttajabakteerien ja -sienten tunnistamisen huomattavasti nopeammin ja luotettavammin kuin biokemiallisilla menetelmillä. Kun bakteerien tunnistus biokemiallisia menetelmiä käyttäen saattaa viedä useita vuorokausia, MALDI-TOF-massaspektrometrialla tunnistus viljelymaljalla kasvavasta pesäkkeestä voidaan tehdä muutamassa minuutissa tai positiivisesta veriviljelypullosta parissakymmenessä minuutissa. Näin kliinisen mikrobiologian laboratorio pystyy antamaan bakteeriviljelyistä tunnistustuloksen hoitavalle yksikölle heti, kun viljelymaljoilla tai veriviljelypulloissa havaitaan kasvua. MALDI-TOF-massaspektrometrian merkittävimpänä rajoituksena on se, että se vaatii edeltävän malja- tai rikastusviljelyn. Lisäksi toisilleen poikkeuksellisen läheistä sukua olevat bakteerit kuten Escherichia coli ja Shigella, jotka eivät erotu toisistaan bakteeritunnistuksessa usein referenssimenetelmänä käytetyllä 16S rRNA -sekvensoinnilla, ovat vaikeita tunnistettavia myös MALDI-TOF-massaspektrometrialla

Sisäilmastoseminaari 2019

MALDI-TOF massaspektrometrialla voidaan luokitella ja tunnistaa mikro-organismeja niiden proteiiniprofiilin mukaan. Tämä kustannustehokas ja nopea menetelmä on otettu laajasti käyttöön mikrobiologisessa analytiikassa. Artikkelissa kuvataan aloitettua selvitys­työtä menetelmän hyödynnettävyydestä asumisterveystutkimuksissa. Esikokeissa menetelmää testattiin 10 Aspergillus-kannalla sekä 50 asumisterveysnäytteistä eristetyllä aktinomykeettikannalla. Aspergillus-lajien tunnistus onnistui tyydyttävästi. Aktinomykeetit tunnistettiin käytetyn tietokannan suppeuden vuoksi pääosin vain sukutasolle. Menetelmän käyttöönotto edellyttäisi MALDI-TOF MS kirjastotietokantojen laajentamista DNA-sekvensoinnilla tunnistetuilla ympäristömikrobikannoilla</p

Supplementary data for article: Djuric, A.; Gojgić-Cvijović, G. D.; Jakovljević, D. M.; Kekez, B.; Kojic, J. S.; Mattinen, M.-L.; Harju, I. E.; Vrvic, M. M.; Beškoski, V. Brachybacterium Sp CH-KOV3 Isolated from an Oil-Polluted Environment-a New Producer of Levan. International Journal of Biological Macromolecules 2017, 104, 311–321. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2017.06.034

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2017.06.034]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/2538

Supplementary data for article: Djuric, A.; Gojgić-Cvijović, G. D.; Jakovljević, D. M.; Kekez, B.; Kojic, J. S.; Mattinen, M.-L.; Harju, I. E.; Vrvic, M. M.; Beškoski, V. Brachybacterium Sp CH-KOV3 Isolated from an Oil-Polluted Environment-a New Producer of Levan. International Journal of Biological Macromolecules 2017, 104, 311–321. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2017.06.034

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2017.06.034]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/2538

Sepelvaltimotauti: Opas potilaalle

Opinnäytetyö tehtiin yhteistyössä HUS Hyvinkään sairaalan kardiologian ja sisätautien vuodeosasto 3A:n kanssa ja perustuu osaston tarpeeseen havainnollistavasta ja selkeästä sepelvaltimotautipotilaan oppaasta. Opinnäytetyön tarkoituksena oli tuottaa opas sepelvaltimotautiin sairastuneelle potilaalle. Oppaan tavoitteena oli antaa selkeää ja havainnollistavaa tietoa potilaalle sepelvaltimotautiin liittyen. Opinnäytetyössä kartoitettiin ajankohtaista näyttöön ja tutkittuun tietoon perustuvaa materiaalia sepelvaltimotaudista, sen riskitekijöistä, lääkehoidosta, tavallisimmista tutkimuksista ja toimenpiteistä, sekä akuutin sepelvaltimotautikohtauksen hoidosta. Teoreettiseen viitekehykseen pohjautuen koostettiin opas sepelvaltimotautipotilaalle. Palautteen perusteella tavoite oppaan selkeydestä saavutettiin ja opas tulee käyttöön kardiologian ja sisätautien osastolle potilaille jaettavaksi.The thesis was made in co-operation with HUS Hyvinkää hospital ward of cardiology and internal medicine 3 A and is based on wards need for an illustrating and explicit guide for a coronary artery disease patient. The purpose of this theses was to provide a guide for a patient with coronary artery disease and the aim of the guide was to provide explicit and illustrative information to the patient regarding that disease. Current evidence-based and research-based material on coronary artery disease, its risk factors, medical treatment, the most ordinary examinations and measures and care of the acute coronary syndrome was surveyed in this thesis. Based on the theoretical frame of reference the guide for patients with coronary artery disease was compiled. Based on the feedback the aim of the guide being clear was achieved and the guide will be made available to the ward of cardiology and internal medicine for distribution to patients

Scedosporium apiospermum as a rare cause of central skull base osteomyelitis

We report a case of Scedosporium apiospermum mold causing ear infection, central skull base osteomyelitis and finally, occlusion of carotid artery in a 48-year-old diabetic man. The exact diagnosis was established and the severity of the disease understood several months after the onset of symptoms. Despite of appropriate antifungal therapy, and repeated surgical and otological procedures, the infection progressed to fatal cerebral infarction

Brachybacterium sp CH-KOV3 isolated from an oil-polluted environment-a new producer of levan

Various microorganisms isolated from polluted environments, such as Pseudomonas sp. and Micrococcus sp. can synthesize exopolysaccharides (EPSs) which are natural, non-toxic and biodegradable polymers. EPSs play a key role in protection of microbial cells under various external influences. For humans, these substances have potential use in many industries. EPSs can be applied as a flavor or a fragrance carrier, an emulsifier, a stabilizer, a prebiotic, an antioxidant or an antitumor agent. In this study, we characterized an environmental microorganism that produces EPS, optimized EPS production by this strain and characterized the EPS produced. Isolate CH-KOV3 was identified as Brachybacterium paraconglomeratum. The sucrose level in the growth medium greatly influenced EPS production, and the highest yield was when the microorganism was incubated in media with 500 g/L, of sucrose. The optimal temperature and pH were 28 degrees C and 7.0, respectively. The nuclear magnetic resonance (NMR) results and GC MS analysis confirmed that the residues were D-fructofuranosyl residues with beta-configuration, where fructose units are linked by beta-2,6-glycosidic bonds, with beta-2,1-linked branches. All these data indicate that the investigated EPS is a levan-type polysaccharide. Thus, it was concluded that Brachybacterium sp. CH-KOV3 could constitute a new source for production of the bioactive polysaccharide, levan. (C) 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.Supplementary material: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/2965