Información climática asociada a estaciones productivas para el ajuste de modelos estadísticos de sistemas bovinos bajo condiciones extensivas

Artículo de investigación publicado en revista internacional indizada.El objeto de este estudio fue desarrollar una metodología para clasificar épocas de nacimiento (EN) y evaluar su impacto en indicadores productivos al compararlas con un método tradicional de clasificación. Con información meteorológica, se generó un índice de aridez para clasificar las EN. Las EN propuesta y tradicional se compararon, incluyéndolas como grupo contemporáneo (GC= hato, sexo, año y EN) a modelos de evaluación genética de caracteres de peso vivo. Fueron estimados los componentes de varianza y valores genéticos (DEP) con sus exactitudes. La clasifica- ción propuesta explicó mayor variabilidad que la clasificación tradicional (≥9,8%). Los parámetros genéticos mostraron cambios importantes, siendo los más evidentes en peso al destete. Los modelos fueron diferentes de acuerdo a la prueba de razón de verosimilitudes (P<0,01). Se observó una mejora de estructura en los GC. Para los dos caracteres evaluados las correlaciones entre los valores genéticos de los animales fueron diferentes, lo que indica cambio en la jerarquización. Este método de clasificación de EN puede ayudar a mejorar el ajuste de modelos estadísticos en condiciones en las que exista la información climática necesaria para su implementación.Los autores agradecen al Consejo Nacional de Cien- cia y Tecnología por el financiamiento del proyecto CB168207 y al Instituto Politécnico Nacional a través del proyecto SIP20150746

Caracterização de registros produtivos de ovinos Katahdin e efeito do tamanho de grupos contemporâneos na avaliação genética do peso ao desmame

The objective of this research was to characterize the database of the Katahdin sheep breed from Mexico, in order to establish editing and modeling criteria for use in national genetic evaluations of said breed and to compare contemporary groups (CG) of different sizes to determine which size produces greater accuracy of breeding values. The analyzed database contains 92,965 phenotypic and genealogical records. To carry out the descriptive analysis, measures of central tendency and dispersion were calculated, and through univariate ANOVA the influence of environmental factors on growth characteristics was evaluated. The productiva variables were: birth weight (BWT), weaning weight (WWT) and post-weaning daily gain (PWG). Data analysis was performed using R software and genetic evaluation using an animal model was performed using the WOMBAT software. The variables of BWT and WWT were statistically influenced (P &lt; 0.001) by the year and month of birth, sex, herd, age of the mother and the number of lambs per birth. The weighing date also influenced the WWT. The age of the mother and the number of lambs per birth did not influence the PWG. The genetic evaluation analysis showed that the use of CG with 1 or more animals generates a higher accuracy (average=0.43) of the breeding values, but restricting the analysis to only CG with 6 or more animals and at least 2 sires produces a similar accuracy (average=0.37) and hierarchy (Spearman's correlation of 0.89). It is recommended to filter the database by extreme values and eliminate levels with few records for factors such as the age of the mother, herd and year of birth. It is also recommended to use CG with enough records to control or remove part of the environmental effects in a genetic evaluation.El objetivo de esta investigación fue realizar una caracterización de la base de datos de la raza ovina Katahdin de México, con el fin de establecer criterios de edición y modelación para su uso en las evaluaciones genéticas nacionales y comparar grupos contemporáneos (GC) de diferentes tamaños para determinar cuál tamaño produce una mayor exactitud de los valores genéticos. La base de datos analizada contiene 92,965 registros fenotípicos y genealógicos. Para realizar el análisis descriptivo, se calcularon medidas de tendencia central y de dispersión, y mediante ANOVA univariados se evaluó la influencia de factores ambientales sobre las características de crecimiento: peso al nacimiento (PN), al destete (PD) y ganancia diaria posdestete (GDP). El análisis de datos se realizó en el software R y la evaluación genética mediante un modelo animal se realizó en el programa WOMBAT. Las variables de PN y PD estuvieron estadísticamente influidas (P &lt; 0.001) por el año y mes de nacimiento, el sexo, el rebaño, la edad de la madre y el número de corderos por parto. La fecha de pesada también influyó sobre el PD. La edad de la madre y el número de corderos por parto no influyeron sobre la GDP. El análisis de evaluación genética mostró que el uso de GC con 1 o más animales genera una mayor exactitud (promedio=0.43) de los valores genéticos, pero restringiendo el análisis a solo GC con 6 o más animales y al menos 2 sementales produce una exactitud (promedio=0.37) y jerarquía similar (correlación de Spearman de 0.89). Se recomienda filtrar la base de datos por valores extremos y eliminar niveles con pocos registros para factores como la edad de la madre, rebaño y año de nacimiento. También se recomienda utilizar GC con suficientes registros para remover parte de los efectos ambientales en evaluaciones genéticas

Épocas de nacimiento basadas en un índice climático para el ajuste de modelos estadísticos para peso vivo de ganado bovino en México

Artículo de investigación científica publicado en revista indizada.El objetivo fue comparar los efectos de una metodología para la clasificación de épocas climáticas, que tradicionalmente son utilizadas para establecer épocas de nacimiento (EN) en estudios y experimentos estadísticos. Esta metodología se basa en un índice de aridez (IA) para clasificar las EN utilizando información meteorológica histórica. Se trabajó una base de datos con un pedigrí de 7,460 animales, se ajustaron dos modelos para peso al nacimiento y peso al destete en bovinos Charolais manejados en pastoreo extensivo. Los modelos incluyeron el efecto fijo de grupo contemporáneo (GC= subclase de hato, sexo, año y EN) y edad de la madre. Los mismos modelos se compararon utilizando una clasificación tradicional de estaciones del año para clasificar las EN. Al estimar los componentes de varianza y valores genéticos (DEP) con sus exactitudes, los modelos fueron diferentes de acuerdo a la prueba de razón de verosimilitudes (P<0.01). El número de GC se redujo en 25 % para la EN basada en el IA, con GC con mayor número de individuos. El principal efecto observado en los modelos analizados fue el cambio en la jerarquización de las DEP para ambas características. Este método de clasificación de épocas de nacimiento, puede ayudar a mejorar el ajuste de modelos estadísticos en los sistemas ganaderos manejados en pastoreo extensivo

Épocas de nacimiento basadas en un índice climático para el ajuste de modelos estadísticos para peso vivo de ganado bovino en México

The objective of this study was to compare the effects of a methodology for the climatic season classification that traditionally had been used as birth season (BS) in statistical assessments. This methodology bases in an aridity index (AI) to classify BS using meteorological historic information. Using a 7,460-pedigree animals dataset were fitted two statistical models for birth and weaning weights of Charolais cattle. Genetic models included the fixed effect of contemporary groups (CG= herd, sex, year and BS) and dam age as a covariate (linear and quadratic). Same models compared with a traditional season classification for BS. When variance component and expected progeny differences (EPD) were predicted with their accuracies, models were statistically different accordingly to the likelihood ratio test (P<0.01). An improvement and reduction in CG conformation (25 %) were observed for those models including IA based BS. The main effect in assessed models was the ranking changes in EPD from both traits. This classification method of birth season can improve the model fitting in animal production based in extensive systems.El objetivo fue comparar los efectos de una metodología para la clasificación de épocas climáticas, que tradicionalmente son utilizadas para establecer épocas de nacimiento (EN) en estudios y experimentos estadísticos. Esta metodología se basa en un índice de aridez (IA) para clasificar las EN utilizando información meteorológica histórica. Se trabajó una base de datos con un pedigrí de 7,460 animales, se ajustaron dos modelos para peso al nacimiento y peso al destete en bovinos Charolais manejados en pastoreo extensivo. Los modelos incluyeron el efecto fijo de grupo contemporáneo (GC= subclase de hato, sexo, año y EN) y edad de la madre. Los mismos modelos se compararon utilizando una clasificación tradicional de estaciones del año para clasificar las EN. Al estimar los componentes de varianza y valores genéticos (DEP) con sus exactitudes, los modelos fueron diferentes de acuerdo a la prueba de razón de verosimilitudes (P<0.01). El número de GC se redujo en 25 % para la EN basada en el IA, con GC con mayor número de individuos. El principal efecto observado en los modelos analizados fue el cambio en la jerarquización de las DEP para ambas características. Este método de clasificación de épocas de nacimiento, puede ayudar a mejorar el ajuste de modelos estadísticos en los sistemas ganaderos manejados en pastoreo extensivo

Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

Análisis bivariado para mejorar evaluaciones genéticas con bases de datos incompletos en ganado Charolais

Objective: Estimate (co)variance components and genetic parameters of live weight traits and examine the effect of selection culling when using bivariate analysis in registered Charolais beef cattle. Materials and methods: The effect of incomplete data over accuracies was compared, expected progeny differences (EPD) and standard errors of prediction (SEP) were obtained and evaluated by comparing univariate and bivariate models for birth (BW), weaning (WW) and yearling (YW) weights. Results: Bivariate models for WW and YW, improved accuracies of EPDs and reduced the SEPs. Joint analysis for BW and WW increased in a 38% the accuracies and reduced SEP estimators for YW (p&lt;0.001). Accuracies of EPD for BW obtained from univariate models were improved when BW was included in bivariate models. Conclusions: The results support the use of bivariate genetic analysis in limited or incomplete live weight indicators databases that were registered after birth, such as weaning and yearling weight.Objetivo: Estimar los componentes de (co)varianza y parámetros genéticos de indicadores de peso vivo y examinar el efecto de la selección cuando se utiliza análisis bivariado en ganado Charolais de registro. Materiales y métodos: Se comparó el cambio en bases de datos incompletas sobre las exactitudes, se obtuvieron diferencias esperadas de la progenie (DEP) y errores estándar de predicción (SEP), evaluados bajo modelos univariados y multivariados para peso al nacimiento (PN), peso al destete (PD) y peso al año (PA). Resultados: El modelo bivariado para PD y PA mejoró las exactitudes para las DEP´s y redujo las SEP. Los análisis conjuntos para PN y PD incrementaron en un 38% las exactitudes y se redujeron los estimadores SEP para PA (p&lt;0.001). Las exactitudes de las DEP para PN obtenidas mediante modelos univariados mejoraron al incluir PN en modelos bivariados. Conclusiones: Los resultados apoyan el uso de análisis genéticos bivariados en bases de datos limitadas en información para indicadores registrados posteriores al nacimiento tales como peso vivo al destete y al año.&nbsp

Épocas de nacimiento basadas en un índice climático para el ajuste de modelos estadísticos para peso vivo de ganado bovino en México

Artículo de investigación científica publicado en revista indizada.El objetivo fue comparar los efectos de una metodología para la clasificación de épocas climáticas, que tradicionalmente son utilizadas para establecer épocas de nacimiento (EN) en estudios y experimentos estadísticos. Esta metodología se basa en un índice de aridez (IA) para clasificar las EN utilizando información meteorológica histórica. Se trabajó una base de datos con un pedigrí de 7,460 animales, se ajustaron dos modelos para peso al nacimiento y peso al destete en bovinos Charolais manejados en pastoreo extensivo. Los modelos incluyeron el efecto fijo de grupo contemporáneo (GC= subclase de hato, sexo, año y EN) y edad de la madre. Los mismos modelos se compararon utilizando una clasificación tradicional de estaciones del año para clasificar las EN. Al estimar los componentes de varianza y valores genéticos (DEP) con sus exactitudes, los modelos fueron diferentes de acuerdo a la prueba de razón de verosimilitudes (P<0.01). El número de GC se redujo en 25 % para la EN basada en el IA, con GC con mayor número de individuos. El principal efecto observado en los modelos analizados fue el cambio en la jerarquización de las DEP para ambas características. Este método de clasificación de épocas de nacimiento, puede ayudar a mejorar el ajuste de modelos estadísticos en los sistemas ganaderos manejados en pastoreo extensivo

Global variation in postoperative mortality and complications after cancer surgery: a multicentre, prospective cohort study in 82 countries

© 2021 The Author(s). Published by Elsevier Ltd. This is an Open Access article under the CC BY-NC-ND 4.0 licenseBackground: 80% of individuals with cancer will require a surgical procedure, yet little comparative data exist on early outcomes in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared postoperative outcomes in breast, colorectal, and gastric cancer surgery in hospitals worldwide, focusing on the effect of disease stage and complications on postoperative mortality. Methods: This was a multicentre, international prospective cohort study of consecutive adult patients undergoing surgery for primary breast, colorectal, or gastric cancer requiring a skin incision done under general or neuraxial anaesthesia. The primary outcome was death or major complication within 30 days of surgery. Multilevel logistic regression determined relationships within three-level nested models of patients within hospitals and countries. Hospital-level infrastructure effects were explored with three-way mediation analyses. This study was registered with ClinicalTrials.gov, NCT03471494. Findings: Between April 1, 2018, and Jan 31, 2019, we enrolled 15 958 patients from 428 hospitals in 82 countries (high income 9106 patients, 31 countries; upper-middle income 2721 patients, 23 countries; or lower-middle income 4131 patients, 28 countries). Patients in LMICs presented with more advanced disease compared with patients in high-income countries. 30-day mortality was higher for gastric cancer in low-income or lower-middle-income countries (adjusted odds ratio 3·72, 95% CI 1·70–8·16) and for colorectal cancer in low-income or lower-middle-income countries (4·59, 2·39–8·80) and upper-middle-income countries (2·06, 1·11–3·83). No difference in 30-day mortality was seen in breast cancer. The proportion of patients who died after a major complication was greatest in low-income or lower-middle-income countries (6·15, 3·26–11·59) and upper-middle-income countries (3·89, 2·08–7·29). Postoperative death after complications was partly explained by patient factors (60%) and partly by hospital or country (40%). The absence of consistently available postoperative care facilities was associated with seven to 10 more deaths per 100 major complications in LMICs. Cancer stage alone explained little of the early variation in mortality or postoperative complications. Interpretation: Higher levels of mortality after cancer surgery in LMICs was not fully explained by later presentation of disease. The capacity to rescue patients from surgical complications is a tangible opportunity for meaningful intervention. Early death after cancer surgery might be reduced by policies focusing on strengthening perioperative care systems to detect and intervene in common complications. Funding: National Institute for Health Research Global Health Research Unit

Effects of hospital facilities on patient outcomes after cancer surgery: an international, prospective, observational study

© 2022 The Author(s). Published by Elsevier Ltd. This is an Open Access article under the CC BY 4.0 licenseBackground: Early death after cancer surgery is higher in low-income and middle-income countries (LMICs) compared with in high-income countries, yet the impact of facility characteristics on early postoperative outcomes is unknown. The aim of this study was to examine the association between hospital infrastructure, resource availability, and processes on early outcomes after cancer surgery worldwide. Methods: A multimethods analysis was performed as part of the GlobalSurg 3 study—a multicentre, international, prospective cohort study of patients who had surgery for breast, colorectal, or gastric cancer. The primary outcomes were 30-day mortality and 30-day major complication rates. Potentially beneficial hospital facilities were identified by variable selection to select those associated with 30-day mortality. Adjusted outcomes were determined using generalised estimating equations to account for patient characteristics and country-income group, with population stratification by hospital. Findings: Between April 1, 2018, and April 23, 2019, facility-level data were collected for 9685 patients across 238 hospitals in 66 countries (91 hospitals in 20 high-income countries; 57 hospitals in 19 upper-middle-income countries; and 90 hospitals in 27 low-income to lower-middle-income countries). The availability of five hospital facilities was inversely associated with mortality: ultrasound, CT scanner, critical care unit, opioid analgesia, and oncologist. After adjustment for case-mix and country income group, hospitals with three or fewer of these facilities (62 hospitals, 1294 patients) had higher mortality compared with those with four or five (adjusted odds ratio [OR] 3·85 [95% CI 2·58–5·75]; p<0·0001), with excess mortality predominantly explained by a limited capacity to rescue following the development of major complications (63·0% vs 82·7%; OR 0·35 [0·23–0·53]; p<0·0001). Across LMICs, improvements in hospital facilities would prevent one to three deaths for every 100 patients undergoing surgery for cancer. Interpretation: Hospitals with higher levels of infrastructure and resources have better outcomes after cancer surgery, independent of country income. Without urgent strengthening of hospital infrastructure and resources, the reductions in cancer-associated mortality associated with improved access will not be realised. Funding: National Institute for Health and Care Research