Genome‐wide association study of INDELs identified four novel susceptibility loci associated with lung cancer risk

Genome‐wide association studies (GWAS) have identified 45 susceptibility loci associated with lung cancer. Only less than SNPs, small insertions and deletions (INDELs) are the second most abundant genetic polymorphisms in the human genome. INDELs are highly associated with multiple human diseases, including lung cancer. However, limited studies with large‐scale samples have been available to systematically evaluate the effects of INDELs on lung cancer risk. Here, we performed a large‐scale meta‐analysis to evaluate INDELs and their risk for lung cancer in 23,202 cases and 19,048 controls. Functional annotations were performed to further explore the potential function of lung cancer risk INDELs. Conditional analysis was used to clarify the relationship between INDELs and SNPs. Four new risk loci were identified in genome‐wide INDEL analysis (1p13.2: rs5777156, Insertion, OR = 0.92, P = 9.10 × 10−8; 4q28.2: rs58404727, Deletion, OR = 1.19, P = 5.25 × 10−7; 12p13.31: rs71450133, Deletion, OR = 1.09, P = 8.83 × 10−7; and 14q22.3: rs34057993, Deletion, OR = 0.90, P = 7.64 × 10−8). The eQTL analysis and functional annotation suggested that INDELs might affect lung cancer susceptibility by regulating the expression of target genes. After conducting conditional analysis on potential causal SNPs, the INDELs in the new loci were still nominally significant. Our findings indicate that INDELs could be potentially functional genetic variants for lung cancer risk. Further functional experiments are needed to better understand INDEL mechanisms in carcinogenesis

Transcriptome‐wide association study reveals candidate causal genes for lung cancer

We have recently completed the largest GWAS on lung cancer including 29,266 cases and 56,450 controls of European descent. The goal of this study has been to integrate the complete GWAS results with a large‐scale expression quantitative trait loci (eQTL) mapping study in human lung tissues (n=1,038) to identify candidate causal genes for lung cancer. We performed transcriptome‐wide association study (TWAS) for lung cancer overall, by histology (adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, small cell lung cancer) and smoking subgroups (never‐ and ever‐smokers). We performed replication analysis using lung data from the Genotype‐Tissue Expression (GTEx) project. DNA damage assays were performed in human lung fibroblasts for selected TWAS genes. As expected, the main TWAS signal for all histological subtypes and ever‐smokers was on chromosome 15q25. The gene most strongly associated with lung cancer at this locus using the TWAS approach was IREB2 (PTWAS=1.09E‐99), where lower predicted expression increased lung cancer risk. A new lung adenocarcinoma susceptibility locus was revealed on 9p13.3 and associated with higher predicted expression of AQP3 (PTWAS=3.72E‐6). Among the 45 previously described lung cancer GWAS loci, we mapped candidate target gene for 17 of them. The association AQP3‐adenocarcinoma on 9p13.3 was replicated using GTEx (PTWAS=6.55E‐5). Consistent with the effect of risk alleles on gene expression levels, IREB2 knockdown and AQP3 overproduction promote endogenous DNA damage. These findings indicate genes whose expression in lung tissue directly influence lung cancer risk

Repositioning of the global epicentre of non-optimal cholesterol

High blood cholesterol is typically considered a feature of wealthy western countries1,2. However, dietary and behavioural determinants of blood cholesterol are changing rapidly throughout the world3 and countries are using lipid-lowering medications at varying rates. These changes can have distinct effects on the levels of high-density lipoprotein (HDL) cholesterol and non-HDL cholesterol, which have different effects on human health4,5. However, the trends of HDL and non-HDL cholesterol levels over time have not been previously reported in a global analysis. Here we pooled 1,127 population-based studies that measured blood lipids in 102.6 million individuals aged 18 years and older to estimate trends from 1980 to 2018 in mean total, non-HDL and HDL cholesterol levels for 200 countries. Globally, there was little change in total or non-HDL cholesterol from 1980 to 2018. This was a net effect of increases in low- and middle-income countries, especially in east and southeast Asia, and decreases in high-income western countries, especially those in northwestern Europe, and in central and eastern Europe. As a result, countries with the highest level of non-HDL cholesterol—which is a marker of cardiovascular risk—changed from those in western Europe such as Belgium, Finland, Greenland, Iceland, Norway, Sweden, Switzerland and Malta in 1980 to those in Asia and the Pacific, such as Tokelau, Malaysia, The Philippines and Thailand. In 2017, high non-HDL cholesterol was responsible for an estimated 3.9 million (95% credible interval 3.7 million–4.2 million) worldwide deaths, half of which occurred in east, southeast and south Asia. The global repositioning of lipid-related risk, with non-optimal cholesterol shifting from a distinct feature of high-income countries in northwestern Europe, north America and Australasia to one that affects countries in east and southeast Asia and Oceania should motivate the use of population-based policies and personal interventions to improve nutrition and enhance access to treatment throughout the world.</p

Repositioning of the global epicentre of non-optimal cholesterol

High blood cholesterol is typically considered a feature of wealthy western countries1,2. However, dietary and behavioural determinants of blood cholesterol are changing rapidly throughout the world3 and countries are using lipid-lowering medications at varying rates. These changes can have distinct effects on the levels of high-density lipoprotein (HDL) cholesterol and non-HDL cholesterol, which have different effects on human health4,5. However, the trends of HDL and non-HDL cholesterol levels over time have not been previously reported in a global analysis. Here we pooled 1,127 population-based studies that measured blood lipids in 102.6 million individuals aged 18 years and older to estimate trends from 1980 to 2018 in mean total, non-HDL and HDL cholesterol levels for 200 countries. Globally, there was little change in total or non-HDL cholesterol from 1980 to 2018. This was a net effect of increases in low- and middle-income countries, especially in east and southeast Asia, and decreases in high-income western countries, especially those in northwestern Europe, and in central and eastern Europe. As a result, countries with the highest level of non-HDL cholesterol�which is a marker of cardiovascular risk�changed from those in western Europe such as Belgium, Finland, Greenland, Iceland, Norway, Sweden, Switzerland and Malta in 1980 to those in Asia and the Pacific, such as Tokelau, Malaysia, The Philippines and Thailand. In 2017, high non-HDL cholesterol was responsible for an estimated 3.9 million (95 credible interval 3.7 million�4.2 million) worldwide deaths, half of which occurred in east, southeast and south Asia. The global repositioning of lipid-related risk, with non-optimal cholesterol shifting from a distinct feature of high-income countries in northwestern Europe, north America and Australasia to one that affects countries in east and southeast Asia and Oceania should motivate the use of population-based policies and personal interventions to improve nutrition and enhance access to treatment throughout the world. © 2020, The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature Limited

Rijksweg 75a te Nieuwendijk, gemeente Altena: Een Bureauonderzoek en Inventariserend Veldonderzoek in de vorm van een verkennend booronderzoek

ADC ArcheoProjecten heeft een Inventariserend veldonderzoek uitgevoerd op de locatie Rijksweg 75a in Nieuwendijk. Aanleiding voor het onderzoek is de sanering van een bedrijfslocatie en de bouw van een woning. Uit het bureauonderzoek volgt dat het plangebied in een nat en moerassig gebied (vlakte van getijafzettingen) heeft gelegen dat niet aantrekkelijk is geweest voor bewoning. Pas na aanleg van dijken werd het gebied bewoonbaar. Uit historische kaarten kan worden afgeleid dat in het begin van de 19e eeuw diverse huizen direct aan de dijk hebben gestaan, tevens in het plangebied. Binnen het plangebied geldt een hoge verwachting voor archeologische resten uit de periode Nieuwe tijd B en C (1650-heden). Er kunnen nog restanten van oude, gesloopte bebouwing aanwezig zijn of andere bewoningssporen uit deze periode. Teneinde deze verwachting te toetsen en aan te vullen werd in het plangebied een verkennend booronderzoek uitgevoerd. Er is in twee boringen natuurlijk sediment aangetroffen in het zuidoostelijke deel van het plangebied op een diepte van 180 centimeter beneden maaiveld in boring 1 en 65 centimeter beneden maaiveld in boring 2. In de boringen zijn archeologische indicatoren aangetroffen in de vorm van baksteenfragmenten en mortelresten. Het ondoordringbare pakket dat in boringen 3, 4 en 5 is aangetroffen en in de zone ten oosten van boring 1 kunnen eventueel fundamenten uit de Nieuwe tijd B of later betreffen. De natuurlijke sedimenten aangetroffen in boringen 1 en 2 zijn geïnterpreteerd als zandige sedimenten die zijn afgezet na de St. Elisabethsvloed. De hierop aangetroffen sedimenten vermengd met puinresten en spikkels mortel is geïnterpreteerd als een verstoringslaag. Mogelijk hangt de diepe verstoring in boring 1 (tot 1,8 m beneden maaiveld) samen met de watergang die zichtbaar is op de kaart met de situatie van 1937. In de overige drie boringen is een ondoordringbaar pakket aangetroffen op 50 centimeter beneden maaiveld. Het kan hier gaan om funderingsresten van gebouwen gezien de puin-/baksteenfragmenten en mortelresten

Een Bureauonderzoek en Inventariserend Veldonderzoek in de vorm van een verkennend booronderzoek

ADC ArcheoProjecten heeft een Inventariserend veldonderzoek uitgevoerd op de locatie Rijksweg 75a in Nieuwendijk. Aanleiding voor het onderzoek is de sanering van een bedrijfslocatie en de bouw van een woning. Uit het bureauonderzoek volgt dat het plangebied in een nat en moerassig gebied (vlakte van getijafzettingen) heeft gelegen dat niet aantrekkelijk is geweest voor bewoning. Pas na aanleg van dijken werd het gebied bewoonbaar. Uit historische kaarten kan worden afgeleid dat in het begin van de 19e eeuw diverse huizen direct aan de dijk hebben gestaan, tevens in het plangebied. Binnen het plangebied geldt een hoge verwachting voor archeologische resten uit de periode Nieuwe tijd B en C (1650-heden). Er kunnen nog restanten van oude, gesloopte bebouwing aanwezig zijn of andere bewoningssporen uit deze periode. Teneinde deze verwachting te toetsen en aan te vullen werd in het plangebied een verkennend booronderzoek uitgevoerd. Er is in twee boringen natuurlijk sediment aangetroffen in het zuidoostelijke deel van het plangebied op een diepte van 180 centimeter beneden maaiveld in boring 1 en 65 centimeter beneden maaiveld in boring 2. In de boringen zijn archeologische indicatoren aangetroffen in de vorm van baksteenfragmenten en mortelresten. Het ondoordringbare pakket dat in boringen 3, 4 en 5 is aangetroffen en in de zone ten oosten van boring 1 kunnen eventueel fundamenten uit de Nieuwe tijd B of later betreffen. De natuurlijke sedimenten aangetroffen in boringen 1 en 2 zijn geïnterpreteerd als zandige sedimenten die zijn afgezet na de St. Elisabethsvloed. De hierop aangetroffen sedimenten vermengd met puinresten en spikkels mortel is geïnterpreteerd als een verstoringslaag. Mogelijk hangt de diepe verstoring in boring 1 (tot 1,8 m beneden maaiveld) samen met de watergang die zichtbaar is op de kaart met de situatie van 1937. In de overige drie boringen is een ondoordringbaar pakket aangetroffen op 50 centimeter beneden maaiveld. Het kan hier gaan om funderingsresten van gebouwen gezien de puin-/baksteenfragmenten en mortelresten