Reordering Rows for Better Compression: Beyond the Lexicographic Order

Sorting database tables before compressing them improves the compression rate. Can we do better than the lexicographical order? For minimizing the number of runs in a run-length encoding compression scheme, the best approaches to row-ordering are derived from traveling salesman heuristics, although there is a significant trade-off between running time and compression. A new heuristic, Multiple Lists, which is a variant on Nearest Neighbor that trades off compression for a major running-time speedup, is a good option for very large tables. However, for some compression schemes, it is more important to generate long runs rather than few runs. For this case, another novel heuristic, Vortex, is promising. We find that we can improve run-length encoding up to a factor of 3 whereas we can improve prefix coding by up to 80%: these gains are on top of the gains due to lexicographically sorting the table. We prove that the new row reordering is optimal (within 10%) at minimizing the runs of identical values within columns, in a few cases.Comment: to appear in ACM TOD

Diversidad fenotipica y genetica de cepas de Ralstonia solanacearum del Peru.

Ralstonia solacearum es el agente causal de la marchiez bacteriana. Esta enfermedad afecta numerosos cultivos de importancia economica especialmente en las regiones tropicales y sub tropicales. La amplia gama de hospsedantes, su distribucion y gran variabilidad del patogeno, hacen dificil el control de la enfermedad. Estudios sobre la variabilidad son importantes en mejoramiento para resistencia, competencia ecologica, manejo de la enfermedad y relaciones evolutivas y filogeneticas. El objetivo de este trabajo fue caracterizar fenotipica y genotipicamente 132 cepas de R. solanacearum aisladas de papa de distintos ecosistemas entre 1974 y 2013. La determinacion de biovares (Bv) se realizo en base a pruebas bioqumicas y se asigno el filotipo y secuevar correspondientemente mediante multiplex-PCR y- analisis de las consecuencias del gen endogluconasa. El analisis de datos se realizo por comparacion con las secuencias de las cepas de referencia depositadas en la base de datos del Gene Bank. Los resultados indican que el 100 % de las cepas del Peru corresponden al Filotipo II, el cual segun la clasificacion actual agrupa a las cepas originarias de America. Todas las cepas pertenecientes al biovar 2A (67.5 %) corresponden a los secuevares 1, 2. Este tipo de cepas tradicionamente presenta una baja variabilidad genetica y son las que afectan al cultivo de papa en zonas frias y templadas. El resto de las cepas analizadas fueron clasificadas dentro de los biovares (24.2%) y 2T (8.3%). Esta cepas presentaron una mayor variabilidad a nivel de secuencia y a la mayoria no se dudo asignar ningun secuevar conocido. Los resultados demuestan la diversidad de la poblacion R. solanacearum en el Peru. Infomacion valiosa que podria ayudar en las estrategias del control de la enfermedad

Evaluacion del gen que codifica la enzima <beta>HPMEH para la inhibicion de la marchitez bacteriana causada por Ralstonia solanacearum.

La marchitez bacteriana causada por Ralstonia solanacearum E.F. Smith es una de las enfermedades bacterianas más importantes que ataca a cultivos agrícolas como papa, tomate, banana, entre otros, causando grandes pérdidas en la producción. Desafortunadamente, su control ha sido difícil por su amplio rango de hospederos alternativos, su supervivencia en el suelo y su variación biológica y genética; así como porque no hay variedades con altos niveles de resistencia y porque no existe un control químico efectivo. Quorum sensing (percepción de quorum) es el fenómeno mediante el cual la acumulación de unas moléculas permite a una bacteria saber el número de bacterias que se encuentran en el medio es decir la densidad poblacional. La bacteria R. solanacearum posee un sistema quorum sensing para la regulación de la expresión de genes de virulencia, y en la cual la molécula 3-OH-PAME es el autoregulador de esta señal. Se conoce que la molécula HPMEH hidroliza a 3-OH-PAME, anulando así la señal de autorregulación y por tanto la comunicación quorum sensing en R. solanacearum. Con el objetivo de evaluar el gen hpmeh, se diseñaron dos vectores que expresen este gen bajo el control de dos diferentes promotores, los cuales fueron verificados por análisis de restricción, secuenciamiento y posteriormente mediante técnicas de agroinfiltración, se observó su expresión y su efecto frente a R. solanacearum en hojas de papa de la variedad Desiree. Los resultados de la expresión transitoria, muestran que el gen hpmeh retrasó la aparición de síntomas de la marchitez bacteriana y sería un candidato potencial para transformación genética de la planta entera

Detection of Ralstonia solanacearum (Rs) in latently infected potato stem extracts by post-enrichment qPCR.

A sensitive method for detection of Ralstonia solanacearum in latently infected potato stem extracts has been achieved by previous enrichment procedure followed by Real time PCR (qPCR). Sensitivity of qPCR before and after enrichment (48h of incubation of the stem extract with modified SMSA broth at 30oC) was compared with other techniques such as NCM-ELISA and R.solanacearum isolation in Kelman’s medium. Before enrichment procedure, 174.6 cells/ml were detected in Kelman’s medium, 1.71 x 106 cells/ml by NCM-ELISA and 1.29x105 cells/ by qPCR. After enrichment, sensitivities of post enrichment qPCR, NCM- ELISA and isolation on modified Kelman’s medium were similar. As few as 6.56 cells/ml were detected in latently infected potato stem extracts. Serial dilutions of naturally-infected stem extract before enrichment allowed the quantification of populations of R. solanacearum in each stem extract. Post –enrichment qPCR combines the advantages of high sensitivity, ease and speed, but it requires expensive laboratory equipment. Thus it can be used by seed and breeding programmes in developing countries only to confirm positive results obtained by serological tests used for seed quality control and for assessing susceptibility of breeding lines to bacterial wilt

¿Infecciones bacterianas producidas por AINE'S? Are infections induced by NSAI?

Los antiinflamatorios no esteroideos (AINE) constituye una familia farmacológica que comparten efectos antipiréticos, analgésicos y lógicamente anti inflamatorios a través de su capacidad para inhibir la producción de prostaglandina. El término no esteroideo refiere a sus efectos similares a los corticoides, pero sin las consecuencias secundarias que son característicos de los esteroides. Los fármacos que están incluidos son variados, siendo los más tradicionales el Ibuprofeno, AAS, ketoprofeno, ketorolaco, Naproxeno, entre otro

Evaluacion de la estabilidad de resistencia de clones avanzados del CIP a la marchitez bacteriana usando diferentes variantes de Ralstonia solanacearum.

La marchitez bacteriana (MB) o pudricion parda causada por Ralstonia solanacearum es una de las enfermedades bacterianas mas destructivas en el cultivo de la papa. La resistencia de las plantas es el medio mas efectivo para controlar esta enfermedad. Sin embargo, la resistencia a la MB es a menudo superada debido a la gran variabilidad del patogeno. En el presente trabajo se evaluo la reaccion de 10 clones avanzados del CIP (seleccionados previamente por su resistencia al BV2A) contra 5 cepas correspondientes a los biovares 1, 2a, 2T y 3, de R. solanacearum bajo condiciones de invernadero. 15 plantas por clon de aproximadamente 15 cm de altura fueron inoculadas vertiendo en el suelo una suspension de 150 ml de la bacteria para obtener una concentracion final de 10 7 ufc/g suelo. Las variedades de papa Revolucion y CIP -01149 fueron utilizadas como control susceptible y moderadamente resistente, respectivamente. Las evaluaciones de la presencia de los sintomas de marchitez se realizaron semanalmente hasta 10 dias antes de la cosecha de los tuberculos. En plantas sin sintomas, los tallos y tuberculos fueron analizados mediante ELISA-NCM post-enriquecimiento para detectar infeccion latente. El analisis estadistico del porcentaje de plantas infectadas muestra diferencias significativas entre clones y cepas de R. solanacearum. No se observo resistencia completa (0% de infeccion) en ninguno de los clones evaluados a todas las cepas -de R. solanacearum. Sin embargo, el clon 394895.7 fue el mas resistente, mostrando un maximo de 13 % de infeccion cuando fue inoculado con la cepa mas virulenta (CIP-204). La resistencia a todas las cepas de R. solanacearum detectada en el clon 394895.7 muestra su alto potencial como una fuentes genetica de la resistencia a la marchitez bacterian

Cosmic Ray Muons in the Standard Model of Fundamental Particles

Muons are one of the twelve fundamental particle types of matter, having relatively long free-particle lifetime. A muon decays into three other light particles (leptons) through action of the “weak” force, transmitted by the so-called “heavy photons” - bosons W+/W-. Muons are present in the secondary cosmic ray showers in the atmosphere and reach the sea level. By detecting the delay time between arrival of the muon and an appearance of the decay electron in our single scintillation detector, we measured the muon’s average lifetime at rest in the material of our detector. This compares well with the established value. From the lifetime, using the Standard Model of Fundamental Particles’ (SM) relations and an experimental value for masses of W boson MW and of the muon mμ, we calculated the universal weak and electric charges and the vacuum expectation value of the Higgs field. We measured the sea-level fluxes of both low-energy (below 140 MeV) and high-energy muons and found that they must be energy-independent in the lower part of their spectrum. We also found the shapes of the energy spectra of low-energy muons and of their decay electrons. We were unsuccessful in our attempt to measure the stopping power of muons in lead shielding

Detection of magnetic moment in thin films with a home-made vibrating sample magnetometer

This paper explores the optimization of an array of pick-up coils in a home-made vibrating sample magnetometer for the detection of magnetic moment in thin films. Sensitivity function of a 4-coils Mallinson configuration was numerically studied for the determination of the physical dimensions that enhance the sensitivity of the magnetometer. By performing numerical simulations using the Biot-Savart law combined with the principle of reciprocity we were able to determine the maximum values of sensitivity and the influence of the separation of the coils on the sensitivity function. After the optimization of the pick-up coils, the vibrating sample magnetometer was able to detect the magnetic moment of a 100 nm-thickness Fe19Ni81 magnetic thin film along and perpendicular to the in-plane anisotropy easy axis. The implemented vibrating sample magnetometer is able to detect changes in the magnetic moment of ∼2 × 10-4 emu.Fil: Jordán, D.. Universidad Nacional de Ingeniería. Facultad de Ciencias; PerúFil: González Chávez, D.. Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas; BrasilFil: Laura, D.. Universidad Nacional de Ingeniería. Facultad de Ciencias; PerúFil: Leon Hilario, Ludwin Misael. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Ingeniería. Facultad de Ciencias; PerúFil: Monteblanco, E.. Universite de Lorraine; FranciaFil: Gutarra Espinoza, Abel. Universidad Nacional de Ingeniería. Facultad de Ciencias; PerúFil: Aviles Felix, Luis Steven. Comision Nacional de Energía Atómica. Gerencia de Área Investigaciones y Aplicaciones no Nucleares. Gerencia de Física (Centro Atómico Bariloche). División Resonancias Magnéticas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Filogenia molecular del gene SUC-1 perteneciente a una invertasa presente en microorganismos

Realiza un estudio bioinformático acerca de la filogenia del gene suc-1, para reconstruir una proteína ancestral en base a esta información

Microdureza superficial in vitro de una resina bulk fill según el momento de pulido

El presente estudio tuvo como objetivo comparar la microdureza superficial de una resina Bulk Fill según el momento de pulido. Se diseñó un estudio prospectivo, longitudinal, comparativo y experimental; con una muestra conformada por 20 especímenes de resina Filtek TM Bulk Fill 3M ESPE, según la ISO 4049, y se dividió en 2 grupos de 10. Un grupo fue pulido inmediatamente después de su polimerización y el otro grupo a las 24 horas. La microdureza Vickers se determinó con una carga de 60 kg y los datos obtenidos fueron analizados por la prueba T-student. Los especímenes pulidos a las 24 horas obtuvieron mayor microdureza superficial (147.7±19.88) con respecto al pulido inmediato (121.3±20.01) siendo estadísticamente significativo (P=0.0084), concluyendo que el pulido a las 24 horas después de su polimerización presenta mayores valores de microdureza superficial.The objective of the present study was to compare the surface microhardness of a Bulk Fill resin according to the polishing time. A prospective, longitudinal, comparative and experimental study was designed; with a sample consisting of 20 specimens of FiltekTM Bulk Fill 3M ESPE resin, according to ISO 4049, and divided into 2 groups of 10. One group was polished immediately after its polymerization and the other group at 24 hours. The Vickers microhardness was determined with a load of 60 kg and the data were analyzed by the T-student test. The specimens polished at 24 hours obtained higher superficial microhardness (147.7 ± 19.88) compared to immediate polishing (121.3 ± 20.01) being statistically significant (P = 0.0084), concluding that the polishing at 24 hours after polymerization presents higher values of superficial microhardness