Méthode de mesure d'impédance de petits éléments acoustiques

Le dispositif de mesure d'impédance acoustique proposé dans ce document repose sur la méthode de réciprocité utilisée pour l'étalonnage des microphones électrostatiques. Parce qu'elle fait usage d'un matériel d'une grande sensibilité et d'une grande reproductibilité, cette méthode est particulièrement bien adaptée pour effectuer des mesures précises d'impédances d'entrée de petits éléments acoustiques tels que des tubes ou des fentes annulaires. L'admittance d'entrée de l'élément à caractériser est déduite de mesures électriques et de modèles analytiques de champs acoustiques et est ensuite comparée à l'admittance théorique calculée sur la base des dimensions géométriques de l'élément étudié. La validation de cette méthode de mesure passe par la réalisation de petits éléments acoustiques de dimensions connues avec de faibles incertitudes (de l'ordre du micromètre pour les dimensions sensibles). Ces faibles incertitudes nécessitent une étude fine de la procédure de fabrication et des techniques d'usinages particulières

Mechanistic Insights on the Inhibition of C5 DNA Methyltransferases by Zebularine

In mammals DNA methylation occurs at position 5 of cytosine in a CpG context and regulates gene expression. It plays an important role in diseases and inhibitors of DNA methyltransferases (DNMTs)—the enzymes responsible for DNA methylation—are used in clinics for cancer therapy. The most potent inhibitors are 5-azacytidine and 5-azadeoxycytidine. Zebularine (1-(β-D-ribofuranosyl)-2(1H)- pyrimidinone) is another cytidine analog described as a potent inhibitor that acts by forming a covalent complex with DNMT when incorporated into DNA. Here we bring additional experiments to explain its mechanism of action. First, we observe an increase in the DNA binding when zebularine is incorporated into the DNA, compared to deoxycytidine and 5-fluorodeoxycytidine, together with a strong decrease in the dissociation rate. Second, we show by denaturing gel analysis that the intermediate covalent complex between the enzyme and the DNA is reversible, differing thus from 5-fluorodeoxycytidine. Third, no methylation reaction occurs when zebularine is present in the DNA. We confirm that zebularine exerts its demethylation activity by stabilizing the binding of DNMTs to DNA, hindering the methylation and decreasing the dissociation, thereby trapping the enzyme and preventing turnover even at other sites

EXTENSION DES MOTIFS DE RECONNAISSANCE DE LA TRIPLE-HELICE D'ACIDES NUCLEIQUES. SYNTHESE ET EVALUATION DANS UN CONTEXTE OLIGONUCLEOTIDIQUE DE NOUVEAUX ANALOGUES DE NUCLEOSIDES POUR LA RECONNAISSANCE SPECIFIQUE DE LA PAIRE DE BASES A_T

LES OLIGONUCLEOTIDES FORMANT DES TRIPLE-HELICES (OFT) SONT CONNUS POUR LEUR CAPACITE A SE LIER DANS LE GRAND SILLON DE SEQUENCES D'ADN DOUBLE BRIN (ADNDB) DE TYPE OLIGOPYRIMIDINE_OLIGOPURINE, PAR DES LIAISONS HYDROGENES SPECIFIQUES DE TYPE HOOGSTEEN OU HOOGSTEEN INVERSE AVEC LE BRIN OLIGOPURINE. LA FORMATION DE TRIPLE-HELICES A DES APPLICATIONS CONCERNANT LA MODULATION DE L'EXPRESSION DES GENES : CETTE APPROCHE CONSTITUE LA STRATEGIE ANTI-GENE. CEPENDANT CELLE-CI EST ACTUELLEMENT LIMITEE PAR LE FAIT QUE SEULES, DES SEQUENCES CIBLES OLIGOPYRIMIDINES_OLIGOPURINES DE L'ADNDB PEUVENT ETRE RECONNUES SPECIFIQUEMENT PAR UN OFT. EN EFFET, UNE INVERSION DE PAIRES DE BASES DE TYPE A_T OU G_C DESTABILISE CONSIDERABLEMENT LA TRIPLE-HELICE. LES TRAVAUX PRESENTES DANS CETTE THESE ONT POUR OBJECTIF LA SYNTHESE ET L'EVALUATION DANS UN CONTEXTE OLIGONUCLEOTIDIQUE D'ANALOGUES DE NUCLEOSIDES CAPABLES DE RECONNAITRE SPECIFIQUEMENT UNE INVERSION DE TYPE A_T, AFIN D'ETENDRE LES MOTIFS DE RECONNAISSANCE DE L'ADN PAR LES OFT. LA SYNTHESE DE PLUSIEURS SERIES D'ANALOGUES DE NUCLEOSIDES, DONT LA PARTIE AGLYCONE, PEUT UTILISER SIMULTANEMENT TOUS LES SITES DONNEURS OU ACCEPTEURS DE LIAISONS HYDROGENE DE LA PAIRE DE BASES INVERSEE A_T, DANS LE GRAND SILLON DE L'ADNDB, A ETE REALISEE. L'ELABORATION DES CES COMPOSES NOUS A CONDUIT AU DEVELOPPEMENT DE DIFFERENTES VOIES DE SYNTHESES DE C-NUCLEOSIDES. CES DERNIERS ONT ENSUITE ETE INCORPORES DANS DES OLIGONUCLEOTIDES OLIGOPYRIMIDIQUES AFIN DE DETERMINER, PAR DES MESURES DE TEMPERATURE DE FUSION, LEUR CAPACITE A RESTAURER LA STABILITE D'UN TRIPLEX CONTENANT UNE INVERSION DE TYPE A_T. CETTE ETUDE A PERMIS DE METTRE EN EVIDENCE LA REMARQUABLE EFFICACITE DE L'UN DES COMPOSES SYNTHETISES, S, PUISQUE LA VALEUR DE TM DES TRIPLEX CONTENANT LE MOTIF A_T*S CORRESPOND A CELLE DE TRIPLEX CANONIQUES. DES ETUDES COMPLEMENTAIRES ONT ETE ENTREPRISES AFIN DE DETERMINER SI CET ANALOGUE S FORME DES LIAISONS HYDROGENE SPECIFIQUES AVEC LA PAIRE DE BASES A_T SELON LE MODELE PROPOSE INITIALEMENT.PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocCentre Technique Livre Ens. Sup. (774682301) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF

An active site mutant of Escherichia coli cyclopropane fatty acid synthase forms new non-natural fatty acids providing insights on the mechanism of the enzymatic reaction

International audienc

Chémobiologie et maladies infectieuses : de Pasteur à la COVID-19.

International audienceLa pandémie inédite liée à la COVID-19, maladie émergente causée par le SARS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère), touche tous les continents. La lutte contre cette infection passe par des mesures d’hygiène strictes, ainsi que le développement de vaccins et de nouvelles thérapies. La chémobiologie, domaine de recherche à l’interface de la chimie et de la biologie, développe des approches chimiques, de la synthèse de molécules au développement de nouvelles techniques, pour observer et comprendre le vivant à l’échelle moléculaire. Cette alliance de la chimie et de la biologie ouvre des perspectives excitantes pour comprendre les mécanismes d’infection et mieux lutter contre les maladies infectieuses

Chémobiologie et maladies infectieuses : de Pasteur à la COVID-19.

International audienceLa pandémie inédite liée à la COVID-19, maladie émergente causée par le SARS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère), touche tous les continents. La lutte contre cette infection passe par des mesures d’hygiène strictes, ainsi que le développement de vaccins et de nouvelles thérapies. La chémobiologie, domaine de recherche à l’interface de la chimie et de la biologie, développe des approches chimiques, de la synthèse de molécules au développement de nouvelles techniques, pour observer et comprendre le vivant à l’échelle moléculaire. Cette alliance de la chimie et de la biologie ouvre des perspectives excitantes pour comprendre les mécanismes d’infection et mieux lutter contre les maladies infectieuses

Identification of inhibitors of the E. coli cyclopropane fatty acid synthase from the screening of a chemical library: In vitro and in vivo studies.

International audienceUsing an automated coupled colorimetric assay for the Escherichia coli cyclopropane fatty acid synthase (CFAS), we have screened an academic chemical library of 3040 compounds, to identify new inhibitors of this enzyme. We identified 8 compounds as potent inhibitors of this enzyme, with IC(50) ranging from 1 to 10 microM, in the presence of 750 microM S-adenosyl-l-methionine and 1 mg/mL phospholipids. We conducted kinetic analyses of the inhibition of the CFAS using dioctylamine and three inhibitors identified in this report: sinefungin, 1, a synthetic S-adenosyl-l-homocysteine analog, 2, and an indoloquinolizine derivative, 3. The inhibition patterns observed were interpreted assuming that the E. coli CFAS operated via an ordered Bi Bi mechanism with binding of S-adenosyl-l-methionine first. Dioctylamine was the most potent inhibitor with a competitive inhibition constant of 130 nM with respect to the phospholipids. Compound 2 bound to the two substrate-binding sites of the enzyme suggesting that it acted as a bisubstrate analog (apparent inhibition constant, K(I)=6 microM). Compound 2 was also found to completely inhibit cyclopropanation of the phospholipids in growing E. coli cells, at 150 microM. This molecule is thus the first inhibitor of a cyclopropane synthase that is active in vivo, contrary to sinefungin and other analogs that are only active on the isolated enzyme

Hydrogen peroxide-responsive triggers based on borinic acids: molecular insights into the control of oxidative rearrangement

International audienceArylborinic acids represent new, efficient, and underexplored hydrogen peroxide-responsive triggers. In contrast to boronic acids, two concomitant oxidative rearrangements are involved in the complete oxidation of these species, which might represent a major limitation for an efficient effector (drug or fluorophore) release. Herein, we describe a comprehensive study of H2O2-mediated unsymmetrical arylborinic acid oxidation to investigate the factors that could selectively guide their oxidative rearrangement. The o-CF3 substituent was found to be an excellent directing group since complete regioselectivity was obtained on borinic acid models. This result was successfully applied to synthesizing new borinic acid-based fluorogenic probes, which exclusively release the fluorescent moiety upon H2O2 treatment. These compounds maintained their superior kinetic properties compared to boronic acids, thus further enhancing the potential of arylborinic acids as valuable new H2O2-sensitive triggers