Caracterización biofísica y estructural de C1GalT1 en la síntesis del core 1 de los O-glicanos de tipo mucina

La glicosilación es una de las modificaciones post-traduccionales más comunes en proteínas y es fundamental para muchas funciones biológicas, incluyendo la regulación de la estructura y correcto funcionamiento de las proteínas, así como la interacción proteína-proteína y célula-célula. C1GalT1 es una glicosiltransferasa de inversión que desempeña un papel crucial en la síntesis del core 1, la estructura precursora más común en la síntesis de los O-glicanos de tipo mucina, encontrados principalmente en proteínas de la superficie celular y proteínas secretadas.A pesar de la importancia de C1GalT1 en la glicosilación, la estructura de esta enzima y los detalles de su mecanismo de reconocimiento y catálisis de su sustrato no se conocen. Esta encima realiza la transferencia de una molécula de galactosa al antígeno Tn (molécula de GalNAc unido a un aminoácido de serina o treonina). En esta tesis se utilizaron técnicas biofísicas y celulares para resolver la estructura tridimensional y los mecanismos tanto de catálisis como de reconocimiento de C1GalT1. En concreto, se empleó cristalografía de rayos X para obtener la estructura de C1GalT1 en complejo con un glicopéptido, permitiendo obtener información detallada sobre el mecanismo de reconocimiento y catálisis del sustrato por parte de esta enzima.Gracias a estos hallazgos, pudo descubrirse que C1GalT1 se encuentra en solución en forma de homodímero y que presenta un tipo de plegamiento típico de las glicosiltransferasas de tipo A. Además, se pudo confirmar que sigue un mecanismo de reacción SN2. El estudio también reveló que la unión de los glicopéptidos a la enzima está principalmente impulsada por el grupo GalNAc, mientras que la secuencia del péptido proporciona una mejor optimización de los parámetros cinéticos y de unión. Además, se descubrió que, para lograr la glicosilación de todos sus sustratos, C1GalT1 reconoce una conformación de alta energía del enlace ¿-GalNAc-Thr, que apenas se encuentra en solución. Al imponer este estado tridimensional en ese residuo, característico de los péptidos ¿-GalNAc-Ser, C1GalT1 asegura la glicosilación de ambos sustratos aceptores.En general, estos hallazgos proporcionan una comprensión más detallada de la estructura y la función de C1GalT1 y sugieren un diseño estructural y mecanístico para explicar la glicosilación de múltiples sustratos aceptores. Estos descubrimientos también amplían el conocimiento de los mecanismos adoptados por las glicosiltransferasas para reconocer los diferentes sustratos, pudiendo tener implicaciones importantes para el desarrollo de nuevas terapias basadas en la modulación de la glicosilación.<br /

Applying Model-Driven Web Engineering to the Testing Phase of the ADAGIO Project

The Model-Driven Engineering (MDE) has been used in recent years to promote better results in the development of Web Applications, in the field that has been called Model-Driven Web Engineering (MDWE). One of the advantages of applying MDWE is that it offers a solution to reduce the cost of the tests without affecting their quality execution. This paper presents the application of a MDWE methodology (Navigational Development Techniques, NDT) that provides support for all the phases of the lifecycle of a software project development proposing transformations between these phases, to manage the test phase of a real-world case study named ADAGIO. This project, among other goals, proposes the development of a web application whose main objective is to offer researchers the possibility of integrating and consolidating heterogeneous data sources, showing a unified vision of them, allowing to simplify the search task in different repositories as well as the relationship between the sources found.Ministerio de Economía y Competitividad TIN2016- 76956-C3-2-

Bastetania before Rome. The Iberian Hillfort of La Calera (Dólar, Granada)

El objetivo de este trabajo es presentar un yacimiento arqueológico que fue localizado en los años 90 pero que había pasado prácticamente desapercibido en la historiografía, pues sobre él apenas encontramos algunas referencias cruzadas. Siguiendo la política de haber publicado algunos de los más importantes yacimientos íberos de las estribaciones septentrionales de Sierra Nevada, en Granada, presentamos a continuación el estudio específico de un yacimiento que juega un importante papel en el territorio junto con otros grandes conocidos como el Peñón de Arruta y el Cardal, relacionados con la explotación de los metalocontextos de Sierra Nevada y con las fases de conquista del territorio de lo que será la Colonia Iula Gemella Acci (actual Guadix).The aim of this paper is to present an archaeological site that was located in the 1990s but had gone virtually unnoticed in historiography, as there are hardly any cross-references to it. Following the policy of having published some of the most important Iberian sites in the northern foothills of the Sierra Nevada, in Granada, we present below the specific study of a site that plays an important role in the territory along with other large known sites such as Peñón de Arruta and El Cardal, related to the exploitation of the metallo-texts of the Sierra Nevada and to the phases of conquest of the territory of what will be the Colonia Iula Gemella Acci (present-day Guadix)

Solid-State Synthesis and Phase Transitions in the RE2(MoO4)3 Family Monitored by Thermodiffraction

Solid-state synthesis and phase transitions of RE2(MoO4)3 (RE ≡ Nd, Sm, Eu, and Gd) samples have been monitored by X-ray thermodiffraction with synchrotron radiation. The experiment was divided in two stages. In the first heating, different non-stoichiometric molybdates (Eu4Mo7O27, Eu2Mo4O15, and Pr2Mo4O15 structure types) emerged from the RE2O3 and MoO3 oxides before the expected phases (with α-Eu2(WO4)3 and La2(MoO4)3 structure types and the β-Gd2(MoO4)3 phase). The formation and coexistence of intermediate phases have been explained by common structural motifs with unit cell volumes per atom among those with the formula RE2(MoO4)3. Subsequent heating–cooling cycles showed the occurrence of the reversible and reconstructive α [La2(MoO4)3] ↔ β phase transition, including the less common transition β → α [La2(MoO4)3] obtained by heating the β′-Gd2(MoO4)3 phase from room temperature and clarifying much of the controversy in the literature. The transition mechanisms were studied by proposing a common supercell and comparing the RE and vacancy ordering within similar layers of MoO42– tetrahedra. The possible formation of stacking faults in Nd2(MoO4)3 was explained as a mixture of modulated scheelite phases. This research supports the importance of a directed and rational synthesis analyzing the intermediate products and their phase transitions for the enrichment of materials with new or improved properties.This work has been partially supported by the Agencia Canaria de Investigación, the Innovación y Sociedad de la Información of Gobierno Autónomo de Canarias (PROID2021010027, PROID202101010, and PROID2020010067), and by Cajacanarias Foundation (from Caixa Bank, Spain) with code 2021ECO5. We also wish to thank the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) organization, in particular, the BM25A beamline

Producción de hojarasca y retorno potencial de nutrientes en tres sitios del Estado de Nuevo León, México = Litterfall and potential nutrient return in three sites of the state of Nuevo León, México

RESUMEN Los objetivos de este estudio fueron estimar y cuantificar la dinámica mensual (enero a diciembre 2009) de la deposición de la hojarasca y macro (Ca, K, Mg, N y P) y microminerales (Cu, Fe, Mn, y Zn) de las hojas de la hojarasca en los municipios Los Ramones, China y Linares, del estado de Nuevo León, México. La vegetación está caracterizada como matorral espinoso tamaulipeco. La deposición anual total de hojarasca fue de 321.5 (Los Ramones), 431.6 (China) y 462.9 (Linares) g/m2/año. Las hojas representaron el mayor componente (154.4 a 304.5 g/m2/año) del total de hojarasca depositada. La deposición de ramas varió de 48.25 a 75.16 g/m2/año y la de estructuras reproductivas de 58.4 a 98.9 g/m2/año. La de otros componentes (material vegetal no identifi cado, cuerpos y heces de insecto) varió de 19.9 a 29.2 g/m2/año. La deposición anual de Caen los tres sitios fl uctuó de 3.4 a 8.1; K de 1.4 a 3.2; Mg de 0.76 a 1.6; N de 3.0 a 5.5 y P de 0.05 a 0.11 g/m2/año. El Cu fl uctuó de 0.84 a 2.8; Fe de 14.7 a 21.7; Mn de 5.5 a 11.8 y Zn de 3.3 a 5.2 mg/m2/año. En invierno se depositó la mayor cantidad de minerales. Además, en Linares se depositó la mayor cantidad de minerales y en Los Ramones la menor. Hubo diferencias espaciales y temporales en cantidad de hojarasca colectada y retorno de minerales, mas no así en la calidad foliar entre los sitios de estudio. ABSTRACT The aims of the study were to estimate and quantify the monthly dynamics (January to December 2009) of litterfall deposition and macro (Ca, K, Mg, N y P) and microminerals (Cu, Fe, Mn, y Zn) of litterfall leaves in the counties Los Ramones, China y Linares, of Nuevo León State, México. The plant community is named as Tamaulipan Thornscrub Annual deposition was 321.5 (Los Ramones), 431.6 (China) and 462.9 (Linares) g/m2/year. Leaves represented the highest component (154.4 to 304.5 g/m2/year) of total litterfall production. Branches varied from 48.25 to 75.16 g/m2/year. Reproductive structures from 58.4 to 98.9 g/m2/year and other components (unidentifi ed material, bodies and insect feces) ranked from 19.9 to 29.2 g/m2/year. Annual deposition of Ca in the three sites varied from 3.4 to 8.1; K from 1.4 to 3.2; Mg from 0.76 to 1.6; N from 3.0 to 5.5 and P from 0.05 to 0.11 g/m2/year. Cu ranked from 0.84 to 2.8; Fe from 14.7 to 21.7; Mn from 5.5 to 11.8 and Zn from 3.3 to 5.2 mg/m2/year. In winter mineral deposition was higher. Moreover, the highest mineral deposition occurred in Linares and Los Ramones was the lowest. There were spatiotemporal variations in quantity of literfall collected and return of minerals, but not so in leaf quality between study sites

CODICE: Un nuevo enfoque metodológico para el Procesamiento Inteligente de Documentos

La automatización de los procesos organizativos suele implicar el tratamiento de documentos en los que se emplean distintas técnicas de procesamiento. La Inteligencia Artificial (IA) y la Automatización Robótica de Procesos (RPA) se usan cada vez más para mejorar este procesamiento. Para ello, existen diferentes metodologías y técnicas para resolver problemas relacionados con la integración y uso cohesionado de dichas tecnologías en el campo del procesamiento inteligente de documentos (IDP). Este trabajo presenta el proyecto CODICE, que aborda la necesidad de crear una metodología para pipelines IDP, definiendo cómo incorporar la asistencia de IA y RPA, y una arquitectura que de soporte a ésta.Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades PID2019-105455GB-C31Ministerio de Educación y Formación Profesional FPU20/0598

Litterfall production and nutrient deposition through leaf fallen in three tamaulipan thornscrub communities, north-eastern Mexico

Litterfall and the contents of macro- and micro-nutrients derived from its decomposition contribute greatly to the growth and productivity of forest ecosystem. The present study was undertaken to know the variability during two years in the deposition of litterfall and deposition of nutrients through leaf fallen litterfall in three sites of the state of Nuevo Leon (Los Ramones, China and Linares), north-eastern Mexico, which encompasses the Tamaulipan thornscrub plant community. The quantities of litterfall production and its constituents varied between 2009 and 2010, being the year 2010 where higher litterfall and nutrients occured. Mean litterfall production during the two years showed the following trend: Los Ramones (364.8), China (522.7) and Linares (583.1 g m-2 year-1). For leaf constituent, mean deposition ranged from 200.9 (Los Ramones) to 409.8 g m-2 year-1 (Linares), twigs from 62.4 (Los Ramones) to 89.3 (Linares), reproductive structures from 62.5 (Linares) to 80.3 (Los Ramones) and the miscellaneous component, constituted by unidentified plant material, body and insect feces, ranged from 21.1 (Linares) to 32.7 g m-2 year-1 (China). During the two years, mean annual deposition of Ca+K+Mg+P+N for Los Ramones, China and Linares was 10.1, 21.5 and 24.8 g m-2 year-1, respectively. Regardless of the research site, the order of macro and micro-nutrients deposition was as follows: Ca>N>K>Mg>P and Fe>Mn>Zn>Cu, respectively. There were spatial and temporal variations in litterfall deposition in terms of quantity, quality and potential nutrient returns. It is documented that the variability of litterfall and contents of nutrients derived from litterfall is influenced by the physioco-chemical characteristics of soils, diversity in vegetation and climatic conditions prevailing in different sites and year

Ensemble of random forests One vs. Rest classifiers for MCI and AD prediction using ANOVA cortical and subcortical feature selection and partial least squares.

Background: Alzheimer’s disease (AD) is the most common cause of dementia in the elderly and affects approximately 30 million individuals worldwide. Mild cognitive impairment (MCI) is very frequently a prodromal phase of AD, and existing studies have suggested that people with MCI tend to progress to AD at a rate of about 10 % to 15 % per year. However, the ability of clinicians and machine learning systems to predict AD based on MRI biomarkers at an early stage is still a challenging problem that can have a great impact in improving treatments. Method: The proposed system, developed by the SiPBA-UGR team for this challenge, is based on feature standardization, ANOVA feature selection, partial least squares feature dimension reduction and an ensemble of one vs. rest random forest classifiers. With the aim of improving its performance when discriminating healthy controls (HC) from MCI, a second binary classification level was introduced that reconsiders the HC and MCI predictions of the first level. Results: The system was trained and evaluated on an ADNI datasets that consist of T1-weighted MRI morphological measurements from HC, stable MCI, converter MCI and AD subjects. The proposed system yields a 56.25 % classification score on the test subset which consists of 160 real subjects. Comparison with Existing Method(s): The classifier yielded the best performance when compared to: i) One vs. One (OvO), One vs. Rest (OvR) and error correcting output codes (ECOC) as strategies for reducing the multiclass classification task to multiple binary classification problems, ii) support vector machines, gradient boosting classifier and random forest as base binary classifiers, and iii) bagging ensemble learning. Conclusions: A robust method has been proposed for the international challenge on MCI prediction based on MRI data.This work was supported by the MINECO/FEDER under TEC2015-64718-R project, the Consejería de Economía, Innovacion, Ciencia, y Empleo of the Junta de Andalucía under the P11-TIC-7103 Excellence Project and the Salvador de Madariaga Mobility Grants 2017

Structural and mechanistic insights into the cleavage of clustered O-glycan patches-containing glycoproteins by mucinases of the human gut

Mucinases of human gut bacteria cleave peptide bonds in mucins strictly depending on the presence of neighboring O-glycans. The Akkermansia muciniphila AM0627 mucinase cleaves specifically in between contiguous (bis) O-glycans of defined truncated structures, suggesting that this enzyme may recognize clustered O-glycan patches. Here, we report the structure and molecular mechanism of AM0627 in complex with a glycopeptide containing a bis-T (Galβ1-3GalNAcα1-O-Ser/Thr) O-glycan, revealing that AM0627 recognizes both the sugar moieties and the peptide sequence. AM0627 exhibits preference for bis-T over bis-Tn (GalNAcα1-O-Ser/Thr) O-glycopeptide substrates, with the first GalNAc residue being essential for cleavage. AM0627 follows a mechanism relying on a nucleophilic water molecule and a catalytic base Glu residue. Structural comparison among mucinases identifies a conserved Tyr engaged in sugar-π interactions in both AM0627 and the Bacteroides thetaiotaomicron BT4244 mucinase as responsible for the common activity of these two mucinases with bis-T/Tn substrates. Our work illustrates how mucinases through tremendous flexibility adapt to the diversity in distribution and patterns of O-glycans on mucins

Resultados clínicos de un programa de protección renal en pacientes con enfermedad renal crónica estadio 5 en Medellín, Colombia. Informe preliminar

Introduction: Chronic kidney disease remains a major cause of morbidity and mortality in our environment. A proper medical intervention of risk factors slow disease progression to dialysis. The usefulness of renal protection programs in our country has not been evaluated.Objective: To describe the clinical and medical results obtained in patients with chronic kidney disease stage 5 belonging to renal protection program.Materials and Methods: A total of 4727 patients belong to renal protection program at the Medellin General Hospital-Savia Salud started in November 2013 and followed up until December 31, 2015. Those patients with GFRe &lt; 15 cc/min by Cockcroft-Gault were included taking into account the guidelines and policies of high cost in Colombia. We excluded patients with a history of renal transplantation.Results: A total of 112 patients were included in the analysis, with an average age of 71.8 years and an average follow-up of 343.2 days. Diabetic nephropathy was the leading cause of chronic kidney disease with 36.6 %. The mortality rate was 6.25% (7 deaths), median dialysis-free days was 694 days IQR (199 -&gt; 694) and average reduction in GFRe by MDRD was -2.88 ml/min/year.Conclusions: Renal protection programs are a useful tool in the management of patients with advanced chronic kidney disease and help slow the progression to dialysis.Introducción: La enfermedad renal crónica continúa siendo una causa importante de morbilidad y mortalidad en nuestro medio. La adecuada intervención médica de los factores de riesgo de la enfermedad retarda que vaya en progresión a diálisis. La utilidad de los programas de protección renal en nuestro país no ha sido evaluada.Objetivo: Describir las características clínicas y los resultados médicos obtenidos en los pacientes con enfermedad renal crónica estadio 5 pertenecientes a un programa de protección renal.Materiales y métodos: Un total de 4727 pacientes pertenecen al Programa de Protección Renal del Hospital General de Medellín-Savia Salud iniciado en noviembre de 2013 y con seguimiento hasta el 31 de diciembre de 2015. Se incluyeron aquellos pacientes con GFRe por Cockcroft-Gault &lt; 15 cc/min teniendo en cuenta los lineamientos de la cuenta de alto costo en Colombia. Se excluyeron pacientes con antecedente de trasplante renal.Resultados: Un total de 112 pacientes fueron incluídos dentro del análisis, con una media de edad de 71,8 años y un promedio de seguimiento a 343,2 días. La nefropatía diabética fue la principal causa de enfermedad renal crónica con un 36,6 %. La tasa de mortalidad fue del 6,25 % (7 muertes), la mediana de días libres de diálisis fue de 694 días IQR (199 - &gt;694) y la reducción promedio en la GFRe por MDRD fue de -2,88 ml/min/año.Conclusiones: Los programas de protección renal son una herramienta útil en el manejo de pacientes con enfermedad renal crónica avanzada, puesto que retrasan una evolución hacia la diálisis