Prediction of non-genotoxic carcinogenicity based on genetic profiles of short term exposure assays

Non-genotoxic carcinogens are substances that induce tumorigenesis by non-mutagenic mechanisms and long term rodent bioassays are required to identify them. Recent studies have shown that transcription profiling can be applied to develop early identifiers for long term phenotypes. In this study, we used rat liver expression profiles from the NTP (National Toxicology Program, Research Triangle Park, USA) DrugMatrix Database to construct a gene classifier that can distinguish between non-genotoxic carcinogens and other chemicals. The model was based on short term exposure assays (3 days) and the training was limited to oxidative stressors, peroxisome proliferators and hormone modulators. Validation of the predictor was performed on independent toxicogenomic data (TG-GATEs, Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation System, Osaka, Japan). To build our model we performed Random Forests together with a recursive elimination algorithm (VarSelRF). Gene set enrichment analysis was employed for functional interpretation. A total of 770 microarrays comprising 96 different compounds were analyzed and a predictor of 54 genes was built. Prediction accuracy was 0.85 in the training set, 0.87 in the test set and increased with increasing concentration in the validation set: 0.6 at low dose, 0.7 at medium doses and 0.81 at high doses. Pathway analysis revealed gene prominence of cellular respiration, energy production and lipoprotein metabolism. The biggest target of toxicogenomics is accurately predict the toxicity of unknown drugs. In this analysis, we presented a classifier that can predict non-genotoxic carcinogenicity by using short term exposure assays. In this approach, dose level is critical when evaluating chemicals at early time points.Fil: Perez, Luis Orlando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: González José, Rolando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico para el Estudio de los Ecosistemas Continentales; ArgentinaFil: Peral Garcia, Pilar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria ; Argentin

Hydration properties of soybean protein isolates

Hydration properties of soybean isolates with different processing conditions (heat treatments, pH and protein concentrations) were studied. Degree of denaturation, solubility in water, in 0.2mol/L NaCl, and in media of different sodium dodecyl sulfate concentrations, viscosity and water imbibing capacity of the different samples were determinated and correlated. Treatments at temperatures higher than 80°C denatured US and 7S proteins, leading to exposure of'Hydrophobie groups, which produced insoluble aggregates either in water or in high ionic strength media. These isolates possessed high water imbibing capacities and gave rise to viscous dispersions. Significant correlations were obtained between hydration properties and the "m" coefficient as calculated by a power law equation relating viscosity with the protein concentration of the dispersion. This "m" coefficient also correlated with the denaturation enthalpy of the protein isolates. On the basis of these results, it might be suggested that the "m" coefficient - dependent of the hydrodynamic behaviour of the particles - was a good estimator of the degree of protein denaturation.Facultad de Ciencias Exacta

Prediction of non-genotoxic carcinogenicity based on genetic profiles of short term exposure assays

Non-genotoxic carcinogens are substances that induce tumorigenesis by non-mutagenic mechanisms and long term rodent bioassays are required to identify them. Recent studies have shown that transcription profiling can be applied to develop early identifiers for long term phenotypes. In this study, we used rat liver expression profiles from the NTP (National Toxicology Program, Research Triangle Park, USA) DrugMatrix Database to construct a gene classifier that can distinguish between non-genotoxic carcinogens and other chemicals. The model was based on short term exposure assays (3 days) and the training was limited to oxidative stressors, peroxisome proliferators and hormone modulators. Validation of the predictor was performed on independent toxicogenomic data (TG-GATEs, Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation System, Osaka, Japan). To build our model we performed Random Forests together with a recursive elimination algorithm (VarSelRF). Gene set enrichment analysis was employed for functional interpretation. A total of 770 microarrays comprising 96 different compounds were analyzed and a predictor of 54 genes was built. Prediction accuracy was 0.85 in the training set, 0.87 in the test set and increased with increasing concentration in the validation set: 0.6 at low dose, 0.7 at medium doses and 0.81 at high doses. Pathway analysis revealed gene prominence of cellular respiration, energy production and lipoprotein metabolism. The biggest target of toxicogenomics is accurately predict the toxicity of unknown drugs. In this analysis, we presented a classifier that can predict non-genotoxic carcinogenicity by using short term exposure assays. In this approach, dose level is critical when evaluating chemicals at early time points.Facultad de Ciencias VeterinariasInstituto de Genética Veterinari

Effect of cultivars and planting date on yield, oil content, and fatty acid profile of flax varieties (Linum usitatissimum L.)

In order to determine the effect of cultivars and planting date on flax fatty acid profile, seed yield, and oil content, an assay with seven cultivars (Baikal, Prointa Lucero, Prointa Ceibal, Panambí INTA, Curundú INTA, Carapé INTA, and Tape INTA) was carried out at Parana Agricultural Experimental Station, Argentina. Significant differences among cultivars were found for content of palmitic (5–7 g/100 g), stearic (5–8 g/100 g), linoleic (13–19 g/100 g), saturated (11–15 g/100 g), and unsaturated acids (92–96 g/100 g) within the seven cultivars. The best seed yields were observed in Prointa Lucero and Carapé INTA varieties (2091.50 kg·ha−1 and 2183.34 kg·ha−1, respectively) in the first planting date and in Carapé INTA and Prointa Lucero (1667 kg·ha−1 and 1886 kg·ha−1, respectively) in the second planting date. A delayed planting date had a negative effect on seed yield (1950 kg·ha−1 and 1516 kg·ha−1) and oil content (845 kg·ha−1 and 644 kg·ha−1) but did not affect oil composition.Fil: Gallardo, Maricel Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Entre Rios. Estación Experimental Agropecuaria Parana; ArgentinaFil: Milisich, Héctor José. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Entre Rios. Estación Experimental Agropecuaria Parana; ArgentinaFil: Drago, Silvina Rosa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Ingeniería Química. Departamento de Ingeniería Química; ArgentinaFil: González, Rolando José. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Ingeniería Química. Instituto de Tecnología de Alimentos; Argentin

Cambios de forma y tamaño en el cráneo humano: el efecto de las transiciones dietarias

Evaluamos diferentes subregiones  del cráneo para detectar si los cambios en la consistencia de los alimentos producen un efecto en la variación de tamaño y forma. Se analizaron tres transiciones económicas poblacionales y tres poblaciones no transicionales. Se digitalizaron noventa coordenadas de landmarks en 3D en una muestra de 459 cráneos y se analizaron mediante morfometría geométrica. Adicionalmente se estimo la fuerza de mordida para cada grupo. Nuestros resultados indican diferencias de tamaño entre las transiciones y las regiones craneales. Los cambios de forma se concentran en la inserción de los músculos temporal y masetero, que muestran un alargamiento anteroposterior en los grupos de dieta dura en relación con los grupos de dieta blanda. Otros cambios importantes ocurren en el arco cigomático, que es más ancho en los grupos de dieta dura. La fuerza de mordida en general es mayor en los grupos que representan las dietas más duras

Diferencias geográficas en la forma del caparazón del cangrejo Cyrtograpsus affinis (Decapoda: Varunidae) y sus implicaciones taxonómicas

Cyrtograpsus genus was traditionally considered to be composed of three species: C. angulatus, C. altimanus and C. affinis. However, recent studies have found solid evidence suggesting that C. affinis and C. altimanus belong to a single species and hypothesize that the morphological differences which caused this misclassification could be related to different ecophenotypes or life stages. Here we report a geometric morphometrics study on the carapace shape of Cyrtograpsus specimens from the Río de la Plata estuary (36°S) and the Nuevo Gulf (42.75°S), testing for shape differences between different sizes (allometry) in the two environments. We found that previous morphological descriptions of the two species were associated with different sizes of a continuous, statistically significant allometric shape variation, concluding that C. affinis is a junior synonym of C. altimanus. We also found significant differences in the carapace shape between estuarine and marine environments, suggesting an effect of the environmental variables on carapace shape and a potential adaptive value of this trait.El género Cyrtograpsus fue tradicionalmente considerado como formado por tres especies: C. angulatus, C. altimanus y C. affinis. Trabajos recientes reportan sólida evidencia que sugiere que C. altimanus y C. affinis pertenecen a una única especie y proponen que las formas que originaron esta clasificación errónea pueden corresponderse con diferentes ecofenotipos o estadios sucesivos del ciclo de vida de una misma especie. Este trabajo presenta un estudio de morfometría geométrica sobre la forma del caparazón de especímenes del género Cyrtograpsus provenientes del estuario del Río de la Plata (36°S) y del golfo Nuevo (42.75°S), en el que se prueban las diferencias en la forma del caparazón relativas al tamaño (alometría) y a los distintos ambientes. Nuestros resultados muestran que las descripciones morfológicas previas de ambas especies están asociadas a diferentes regiones de una variación alométrica continua y estadísticamente significativa, y nos permite concluir que C. affinis es un sinónimo juvenil de C. altimanus. Además encontramos diferencias significativas en la forma del caparazón entre especímenes provenientes del ambiente estuárico y el marino, lo cual sugiere un efecto de ciertas variables ambientales sobre la forma del caparazón y un potencial valor adaptativo de esta característica

Posicionamiento automático de landmarks anatómicos en ojos

Se muestra el desarrollo de una aplicaci ón para la detección y adquisicióon autom ática de landmarks y semilandmarks pertenecientes al ojo, en particular los p árpados en un espacio bidimensional. En fases ulteriores de este trabajo se continuar a con otra informaci ón fenot ípica cuantitativa como el color de ojos y otros rasgos faciales. Con Popeye se plantea mejorar el relevamiento de información fenotí pica externa destinada tanto a estudios de Genéetica Cuantitativa que buscan identifi car marcadores gen éticos involucrados en la expresi ón de dichos fenotipos, como a alimentar bases de datos masivas empleadas en protocolos de fenotipado forense por ADN (DNA forensic phenotyping), una t écnica que busca predecir valores de determinados fenotipos para un individuo a partir de una muestra de su ADN.Eje: Workshop Computación gráfica, imágenes y visualización (WCGIV)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae: prevalencia y relación con los datos clínicos de vaginitis

Antecedentes: estudios previos indican que la C. trachomatis y la N. gonorrhoeae son bacterias con alta prevalencia debido a que causan pocos síntomas y no se estudian específi camente. Objetivo: comparar la prevalencia de C. trachomatis y N. gonorrhoeae en mujeres con síntomas de vaginitis y asintomáticas. Pacientes y métodos: se estudiaron 200 pacientes y se dividieron en dos grupos: 100 mujeres con vaginitis y 100 mujeres asintomáticas. Se preguntó la edad, edad de inicio de vida sexual, portadoras de DIU, antecedente de vaginitis de repetición (tres veces o más en un año) y las características del endocérvix. Se tomaron dos muestras de secreción del endocérvix. La C. trachomatis se estudió con el estuche comercial MicrotraK Chlamydia trachomatis directa (Trinity Biotech, USA). Para la N. gonorrhoeae se hicieron cultivos en medio de agar chocolate y agar Thayer Martin. El análisis estadístico con la χ2. Resultados: La C. trachomatis se detectó en 40 mujeres con vaginitis y en 17 de las asintomáticas. No se aisló N. gonorrhoeae. Sólo el29% de las Chlamydia positivas tenía menos de 25 años. No hubo diferencia estadística entre C. trachomatis y el inicio temprano de la vida sexual y el uso de DIU. En 72 hubo el antecedente de vaginitis de repetición, con 46.7% de Chlamydia positivas, y 28% de las que no lo tenían (p < 0.01). De 69 con el endocérvix sangrante, 37 fueron positivas a C. trachomatis; en 131 sin alteraciones en endocérvix, sólo 20 tuvieron C. trachomatis (p < 0.01). Conclusiones: No encontramos N. gonorrhoeae. La C. trachomatis fue más frecuente en mujeres con síntomas de vaginitis, vaginitis de repetición y endocérvix sangrante

A Preliminary Ontology for Spermatozoa Analysis

Biomedical computation has used ontologies as a foundation for building knowledge-based systems and technologies for SemanticWeb applications. However, so far they had not been utilized in andrology related domains. This paper presents a preliminary effort to provide a comprehensive ontology for classifying and managing spermatozoa samples and their phenotypic traits, in order to analyze and diagnose them. Our study is centered around the development of a Computer Asisted Sperm Analysis (CASA) system.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO