Phosphomannosylation and the functional analysis of the extended Candida albicans MNN4-like gene family

We thank Luz A. López-Ramírez (Universidad de Guanajuato) for technical assistance. This work was supported by Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (ref. CB2011/166860; PDCPN2014-247109, and FC 2015-02-834), Universidad de Guanajuato (ref. 000025/11; 0087/13; ref. 1025/2016; Convocatoria Institucional para Fortalecer la Excelencia Académica 2015; CIFOREA 89/2016), Programa de Mejoramiento de Profesorado (ref. UGTO-PTC-261), and Red Temática Glicociencia en Salud (CONACYT-México). NG acknowledges the Wellcome Trust (086827, 075470, 101873, and 200208) and MRC Centre for Medical Mycology for funding (N006364/1). KJ was supported by a research visitor grant to Aberdeen from China Scholarship Council (CSC No. 201406055024). The Supplementary Material for this article can be found online at: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.02156/full#supplementary-materialPeer reviewedPublisher PD

Estado del arte de los productos de información climática en Colombia

Este trabajo presenta el inventario del estado del arte de los productos de información climática en Colombia. Se espera que este documento se convierta en una guía, para conocer la oferta de información climática disponible en internet, que es relevante en la toma de decisiones agrícolas, identificando cuáles son sus principales usuarios y cuáles son los mecanismos de flujo de información utilizados. La metodología que orienta este documento se basa en el informe técnico, realizado por CATIE, sobre el estado del arte de los productos de información agroclimática en América Central (CATIE, 2015). Con este enfoque, La información fue colectada a través de búsquedas sistemáticas en el buscador web de Google con palabras clave. Adicionalmente, se realizó la revisión de las páginas Web de organismos como el servicio meteorológico y Ministerios de agricultura y de ambiente, y del sector publico/privado como: gremios, corporaciones y centro de investigación. Los resultados muestran aproximadamente 17 instituciones generando información climática, agroclimática y de seguridad alimentaria para Colombia. La mayoría de publicaciones con información agroclimática de forma periódica proviene de instituciones como IDEAM, CENICAFÉ, CENICAÑA y CIAT-CCAFS vinculadas a los cultivos de interés y difundida por AGRONET, páginas web de cada institución y redes sociales. Se recomienda tener un sistema unificado de consulta (metadato y mapa) sobre información de todas las estaciones meteorológicas activas en el territorio nacional, dada la dificultad para encontrar la información. El ámbito geográfico de las publicaciones abarca en muchos casos la escala nacional, pero se encuentra distintas publicaciones para las principales ciudades, enfoque en departamentos específicos. El tipo de usuarios a los cuales se dirige la información son, en su mayoría para técnicos o servicios de extensión, pero se encuentran algunas publicaciones enfocadas para agricultores a través de boletines en formato físico y medios audiovisuales. Se encontraron varias publicaciones con recomendaciones para apoyar la toma de decisiones en el sector agropecuario, ya sea por cultivos o por región productiva. La periodicidad de las publicaciones varía desde información en tiempo real, corto plazo (días), análisis decadales e información mensual. Se percibe en reuniones con diferentes usuarios de información climática un alto nivel de desconocimiento sobre toda la oferta y utilidad de dicha información para la toma de decisiones en el sector agropecuario

Mapeo de Actores y Necesidades de Información Agroclimática en los Cultivos de Maíz y Frijol en sitios piloto - Colombia

Este trabajo presenta los resultados del mapeo de actores y necesidades de información agroclimática en los cultivos transitorios de seguridad alimentaria: maíz y frijol arbustivo en sitios piloto en Colombia. A través del mapeo de los actores que transmiten información a los agricultores, la confianza en la información proporcionada, y las necesidades de información para la toma de decisiones, logramos entender el ancho espectro de problemas y prioridades a tomar en cuenta en la producción de estos cultivos, y proponer soluciones útiles, relevantes, confiables, sostenibles y aplicables. Con este enfoque, se llevaron a cabo 27 entrevistas semi-estructuradas con informantes clave y 12 grupos focales con un total de 151 agricultores en los departamentos de Córdoba y Santander. Los resultados evidencian que una de las prioridades de los agricultores es recibir información agroclimática confiable a escala local, que permita tomar mejores decisiones de siembra, variedades, insumos y manejo de suelos y cultivos ante eventos de variabilidad climática. Se evidencia una desconfianza en las instituciones oficiales que transmiten información climática y un sentimiento difuso de falta de interés de las instituciones hacia los pequeños agricultores. Los agricultores se endeudan para lograr producir fríjol arbustivo y maíz o subsidian la producción por otros cultivos, mientras el acceso a un seguro agrícola es limitado. El formato preferido para recibir información climática es a través de mensajes de texto (celular) y mensajes en la radio local. Grupos de interacción presencial o virtual entre agricultores y expertos parecen una alternativa útil y confiable para recibir y compartir información en tiempo real. Sin embargo, los agricultores están interesados en adoptar el manejo agrícola tras un pronóstico si: a) la información es local, b) proviene de una fuente considerada confiable como expertos u otros agricultores, c) se transmite en el momento adecuado para la toma de decisiones y d) si sus efectos son medibles, verificables y validados, por ejemplo, a través de resultados de pilotos o parcelas experimentales en dos años consecutivos. ENGLISH This working paper presents the results of the mapping of actors and of agroclimatic information needs in pilot sites in Colombia for two annual crops, fundamental for food security: maize and bush beans. The mapping of the actors that transmit information to farmers, the confidence the latter have in the information provided, and their information needs for decision-making, allows us to understand the broad spectrum of issues and priorities to be taken into account in the production of these crops, and suggest solutions that are useful, relevant, reliable, sustainable and applicable. Under this assumption, we conducted 27 semi-structured interviews with key informants and 12 focus groups with a total of 151 farmers in the departments of Córdoba and Santander. Results show that one of the priorities of farmers is to receive reliable local agroclimatic information that enables them to take decisions on planting, varieties, inputs, soil and crop management, that address climate variability. We find a generalized distrust of official institutions that transmit weather information, and a feeling that institutions are not interested in smallholders. Farmers resort to indebtedness to produce beans and maize, or subsidize production with cash crops, while access to agricultural insurance is limited. The format preferred to receive weather information is text messages (phone) and information through the local radio. The creation of groups of farmers and experts who interact in person or virtually seem a useful and reliable alternative to receive and share information in real time. However, farmers are only interested in adopting farm management changes after a forecast if: a) the information is local, b) the information is given by a trusted source such as experts or other farmers, c) the information is transmitted at the right time for decision-making d) the effects of taking these decisions are measurable, verifiable and validated, for example, through pilots or results from experimental plots in two consecutive years

Local, reliable and timely agro-climatic information: a requirement of Colombian farmers

Awareness of climatic information relevant for future decisions through climatic forecasts is not enough to support farmer’s decision-making. It is necessary to look for agricultural management alternatives that allow farmers to adapt to climatic conditions and implement efficient and sustainable management systems, within a framework of effective communication with farmers (Jones, 2003; Pulwarty et al., 2003). In Latin America are very few the initiatives related to climatic forecasts. The Project “Agroclimatic services and food security information for improved decision-making – AgroClimas” aims to support private and public sector actors in Colombia, Guatemala and Honduras to implement and use agro-climatic risk management tools, validated and adjusted to the needs of final users. This info note presents results from a mapping of actors and agro-climatic information needs in crops important for food security (maize and bush beans), in pilot sites of the project in Colombia. The hypothesis underlying the study is that through mapping actors who transmit information (climatic, prices, technical and financial) to farmers, knowing if this information is considered reliable, identifying unattended information needs and preferred formats to receive it that would support production decisions, one can devise useful, relevant, reliable, sustainable applicable solutions

Medición de las capacidades tecnológicas para la innovación en los sistemas de conocimiento e innovación agrícola

Innovation systems’ knowledge and technology generation, diffusion and use functions are associated with technological innovation capabilities (TICs). TICs play a crucial role in the innovating performance of agricultural knowledge and innovation systems (AKISs). Yet, the perspectives of current methods do not facilitate a dynamical and organizational understanding of TICs and, thus, innovation systems. This paper proposes a method that relates TICs to an organizational behavior model to measure the TIC level. We apply the method through a survey of 256 coffee AKIS firms and 74 avocado AKIS firms in Antioquia, Colombia. The results presented confirm that the measurement of TIC levels and their dynamics over time provides a better understanding of innovation processes to evaluate and identify existing gaps between TICs and these systems’ innovation functions.Las funciones de generación, difusión y uso de conocimiento y tecnología en los sistemas de innovación están asociadas a las capacidades tecnológicas para la innovación (TICs, por su sigla en inglés), las cuales juegan un papel fundamental en el desempeño innovador de los sistemas de conocimiento e innovación agrícola (AKIS, por su sigla en inglés). No obstante, las metodologías actuales no exhiben perspectivas que faciliten la comprensión dinámica y organizacional de las TICs, lo que dificulta la comprensión de dichos sistemas. Este artículo presenta una propuesta metodológica para medir el nivel de las TICs al asociarlas a un modelo de comportamiento organizacional para aplicarlo en una muestra de 256 organizaciones del AKIS del café y 74 organizaciones del AKIS del aguacate en el departamento de Antioquia (Colombia). Los resultados confirman que la medición del nivel de las TICs y de sus variaciones dinámicas en el tiempo permite mejorar la comprensión de los procesos de innovación y evaluar e identificar las brechas existentes entre las TICs y las funciones de innovación de estos sistemas. &nbsp

Regulation of innate immune responses in macrophages differentiated in the presence of vitamin D and infected with dengue virus 2

A dysregulated or exacerbated inflammatory response is thought to be the key driver of the pathogenesis of severe disease caused by the mosquito-borne dengue virus (DENV). Compounds that restrict virus replication and modulate the inflammatory response could thus serve as promising therapeutics mitigating the disease pathogenesis. We and others have previously shown that macrophages, which are important cellular targets for DENV replication, differentiated in the presence of bioactive vitamin D (VitD3) are less permissive to viral replication, and produce lower levels of pro-inflammatory cytokines. Therefore, we here evaluated the extent and kinetics of innate immune responses of DENV-2 infected monocytes differentiated into macrophages in the presence (D(3)-MDMs) or absence of VitD3 (MDMs). We found that D(3)-MDMs expressed lower levels of RIG I, Toll-like receptor (TLR)3, and TLR7, as well as higher levels of SOCS-1 in response to DENV-2 infection. D(3)-MDMs produced lower levels of reactive oxygen species, related to a lower expression of TLR9. Moreover, although VitD3 treatment did not modulate either the expression of IFN-α or IFN-β, higher expression of protein kinase R (PKR) and 2′-5′-oligoadenylate synthetase 1 (OAS1) mRNA were found in D(3)-MDMs. Importantly, the observed effects were independent of reduced infection, highlighting the intrinsic differences between D(3)-MDMs and MDMs. Taken together, our results suggest that differentiation of MDMs in the presence of VitD3 modulates innate immunity in responses to DENV-2 infection

Detekcija polimorfizama jednog nukleotida (SNP-a) u HER2, MUC1, ESR1 i BRCA1 gena povezanih s tumorom mliječne žlijezde kuja

Worldwide, canine mammary cancer (CMC) is the most frequent type of neoplasia in female dogs, and it is three times more frequent in dogs than in humans. In Colombia, CMC is the second most frequent type of cancer, after skin neoplasia. Genetics is one of the most important factors involved in any type of cancer, and the genetic basis of this disease is reflected through line breeding due to changes in allelic frequencies that are traceable using molecular markers. This study aimed to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with CMC in blood samples collected from collected from healthy and CMC female dogs at Diego Villegas Toro Veterinary Hospital of Universidad de Caldas (Manizales, Colombia). We designed primers using Primer-BLAST and Primer3, and gene fragments from HER2, MUC1, ESR1, and BRCA1 were amplified to identify SNPs through genome mapping using the UCSC Genome Institute genome browser. We used the genome of Canis lupus familaris Boxer breed [GCF_000002285.3, (CanFam 3.1)] as a reference to compare the gene fragments and SNPs. We associated SNPs with the CMC and control groups by testing odds ratios (OR) through Fisher’s exact tests to determine an association or risk for CMC. We detected two SNPs for ESR1, three for MUC1, six for HER2, and one for BRCA1. MUC1 was the only gene to display an SNP in an exonic region that resulted in an amino acid substitution (Pro>Thr). No significant differences based on the OR were found, though the majority of SNPs, with the exception of four, were found in females with CMC. We report a novel molecular marker for HER2 that amplifies exons 25–26 and introns 24-25, and highlight the importance of conducting further studies on MUC1 and elucidating the role of introns and splicing in candidate genes associated with CMC.Diljem svijeta, tumor mliječne žlijezde kuja (CMC) najčešća je skupina neoplazija kuja te je tri puta učestalija u pasa nego u ljudi. U Kolumbiji, CMC je bio druga najčešća vrsta tumora, nakon neoplazija na koži. Nadalje, genetika je jedan od najvažnijih čimbenika uključenih u bilo koju vrstu tumora, a genetska baza ove bolesti održava se kroz linijski uzgoj uslijed promjena alelnih frekvencija, koje se mogu pratiti preko molekularnih markera. Ova studija imala je za cilj detektirati polimorfizme jednog nukleotida (SNP-e) povezane s CMC-om u uzorcima krvi prikupljenih od kuja s CMC-om i zdravih kuja u veterinarskoj bolnici Diego Villegas Toro Sveučilišta Caldas (Manizales, Kolumbija). Dizajnirali smo početnice uporabom Primer-BLAST i Primer3 te su fragmenti gena HER2, MUC1, ESR1 i BRCA1 pojačani za identifikaciju SNP-a preko mapiranja genoma uporabom preglednika genoma Instituta za genom Sveučilišta Santa Cruz u Kaliforniji (UCSC). Rabili smo genom Canis lupus familaris pasmine bokser [GCF_000002285.3, (CanFam 3.1)] kao referencu za usporedbu fragmenata gena i SNP-a. Povezali smo SNP-e s CMC-om i kontrolnim skupinama testiranjem omjera izgleda (OR) pomoću Fisherovih egzaktnih testova za određivanje povezanosti ili rizika od CMC-a. Detektirali smo dva SNP-a za ESR1, tri za MUC1, šest za HER2 i jedan za BRCA1. MUC1 je bio jedini gen koji je pokazao SNP u regiji egzona što je rezultiralo supstitucijom aminokiseline (Pro>Thr). Nismo pronašli značajne razlike na temelju OR-a, premda je većina SNP-a, izuzev četiri, pronađena u kuja s CMC-om. Prijavljujemo novi molekularni marker za HER2 koji pojačava egzone 25 - 26 i introne 24 - 25 te naglašavamo važnost provođenja dodatnih studija na MUC1, kao i pojašnjenja uloge introna i izrezivanja u gena kandidata poveznih s CMC-om

Levels of satisfaction of dentistry students in the “universidad nacional de colombia” about their career

Several studies evaluating stress and satisfaction levels on dentistry students reveal high levels of stress related to personal and adaptability issues, discontent with educative processes and financial issues. This study thus measures satisfaction levels of dentistry students at the Facultad de Odontología of the Universidad Nacional de Colombia, intending to identify factors affecting satisfaction levels, taking into account that between 2004 and 2010 the Facultad de Odontología (FOUN) registered14% desertion average out students. This study combined both quantitative and qualitative research. The first phase established positive, negative and neutral aspects perceived by students throughout the carrier. The second phase applied and analyseda survey made to 221 students. Results show that satisfaction levels vary from positive to negative, depending mainly on student’s financial situation, emotional stability, pedagogy and Faculty’s administration processes. It additionally concludes that it is necessary to develop further research on this topic in order to design strategies to improve student satisfaction, guarantee higher levels of continuity and increase their adherence to the dentistry program.Diferentes estudios destinados a evaluar el nivel de estrés y el grado de satisfacción de los estudiantes de odontología con su carrera, indican que los estudiantes manejan altos niveles de estrés relacionados con situaciones personales, dificultades deadaptación, inconformidad con los procesos educativos y dificultades económicas. En ese mismo sentido, este estudio buscó medir el nivel de satisfacción de los estudiantes de la Facultad de Odontología durante su carrera, pretendiendo identificar factores que puedan incrementarla o disminuirla, teniendo en cuenta que la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Colombia (FOUN), entre los años 2004 al 2010 registró un promedio de deserción estudiantil del 14%. Es un estudio descriptivo que combinó métodos cualitativos y cuantitativos; la primera fase cualitativa mediante técnica degrupo focal estableció los aspectos positivos, negativos y neutros percibidos por el estudiante durante su carrera. En la segunda fase se elaboró un cuestionario construido con la información obtenida en la fase anterior y aplicó a 221 estudiantes de todoslos semestres. Los resultados evidencian que el nivel de satisfacción varía de positivo a negativo, siendo los factores más determinantes la situación económica, la seguridad emocional, la enseñanza y los aspectos administrativos. Es necesario  profundizar en investigaciones de este tipo a fin de establecer estrategias o herramientas para mejorar el nivel de satisfacción estudiantil y aumentar su adherencia al programa de la FOUN

Procjena gama-aktina, beta-aktina, gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze i 18S kao referentnih gena za qRT-PCR uporabom uzoraka krvi u istraživanju mliječnih žlijezda kujica

Mammary tumours are the most frequent group of neoplasia in female dogs. Tumorigenesis is associated with gene expression changes in a wide variety of genes. For this reason, real-time quantitative PCR (qRT-PCR) is used in routine diagnostic procedures in clinical practice due to its the specificity, sensitivity, simplicity, and high performance. qRT-PCR is also widely used to measure the expression of target genes compared to reference genes in several tissues. We collected blood samples from healthy female dogs and females with canine mammary cancer in Manizales, Colombia between June 2018 and January 2019, and mRNA was isolated from each sample for cDNA synthesis. qRT-PCR-based expression assays were performed using primers designed for gamma-actin, beta-actin, GAPDH, and 18S genes. We calculated the amplification efficiency, specificity, and stability using geNorm, NormFinder, BestKeeper, and the ΔCt comparative method. We obtained linear regressions to verify constant gene expression and conducted an ANOVA to detect expression differences regarding Ct values and healthy vs. ill conditions. We found stability for primers 18S-1, GAPDH-1, GAPDH-NM, and Gamma-actin-1 (in increasing order). Furthermore, these genes showed constant expression levels in patients (R2>0.80). We report novel primers for gamma-actin and GAPDH, which proved to be efficient endogenous control genes for qRT-PCR applications in blood tissue. These primers are useful for gene expression research in canine mammary cancer.Tumori mliječnih žlijezda najčešća su skupina neoplazija u kujica. Tumorogeneza je povezana s promjenama u ekspresiji gena u širokom rasponu gena. Iz tog razloga se rabi kvantitativna lančana reakcija polimerazom u stvarnom vremenu (qRT-PCR) u rutinskim dijagnostičkim postupcima u kliničkoj praksi, uslijed specifičnosti, osjetljivosti, jednostavnosti i visoke učinkovitosti ove tehnike. qRT-PCR se široko rabi i za mjerenje ekspresije ciljanih gena u usporedbi s referentnim genima u više vrsta tkiva. Prikupili smo uzorke krvi zdravih kujica i kujica s tumorom mliječnih žlijezda u Manizalesu, Kolumbiji, od lipnja 2018. do siječnja 2019. godine. Izolirali smo mRNK iz svakog uzorka za cDNK sintezu. Pokusi ekspresije na bazi qRT-PCR obavljeni su uporabom primera dizajniranih za gama-aktin, beta-aktin, gliceraldehid- 3-fosfat dehidrogenazu (GAPDH) i 18S gene. Izračunali smo pojačanu učinkovitost, specifičnost i stabilnost uporabom geNorm, NormFinder, BestKeeper i ΔCt komparativne metode. Dobili smo linearne regresije za potvrđivanje stalne ekspresije gena i proveli smo analizu varijance (ANOVA) za detekciju razlika u ekspresiji s obzirom na Ct vrijednosti te zdrava u usporedbi s bolesnim stanjima. Otkrili smo i stabilnost za primere 18S-1, GAPDH-1, GAPDH-NM i Gamma-actin-1 (rastućim redoslijedom). Nadalje, ovi geni su pokazali konstantne razine ekspresije u pacijenata (R2>0,80). Izvještavamo o novim primerima za gama-aktin i GAPDH, koji su se pokazali učinkovitim endogenim kontrolnim genima za qRT-PCR primjene u krvnom tkivu. Ti primeri su korisni za istraživanje ekspresije gena u tumora psećih mliječnih žlijezda

SISTEMA DE INFORMACIÓN MÓVIL PARA LA GESTIÓN METROLÓGICA

Este artículo se enfoca en una reflexión sobre la importancia de la metrología en Colombia y específicamente en las organizaciones prestadoras de servicios de calibración y medición, y se da un enfoque general hacia el diseño y desarrollo de un sistema de información móvil que permita la gestión de la información metrológica en diferentes entidades y laboratorios prestadores de servicios. De manera conceptual se introducen términos explícitos que permiten contextualizar al lector entorno a la investigación a desarrollarse, siendo amplios en los temas concernientes al ciclo de vida del software, a la ingeniería del software y a los dispositivos móviles como enfoque de valor agregado del proyecto de investigación. Posteriormente se da una explicación sobre las características de los Sistemas de Información para la Gestión Metrológica teniendo en cuenta la perspectiva administrativa y técnica dentro de todo el proceso de la calidad del servicio, logrando de esta manera enmarcar la metrología dentro de los procesos tecnológicos y la apropiación de herramientas tecnológicas que permitan agilizar y controlar los procesos de aseguramiento metrológico y el sistema de gestión de las mediciones con buenos niveles de eficiencia en la calidad, productividad y rentabilidad de las organizaciones