The true story behind the annotation of a pathway

On 2010 we worked on the annotation of the N-Glycosylation pathway in the Reactome database. During this process, we found some unclear points and errors in other databases, and we reported and helped fix them. After we finished, we realized that the work of reporting errors to a database is basically not acknowledged by the scientific community: this is unfortunate because if only this process would be a bit more recognized and transparent, we could have better data in the databases and a more active community. Moreover, the fact that many databases tend to keep error reporting private creates great issues to the reproducibility of a work.

Another way to look at this talk is: if you dedicate 6 months of your PhD thesis to annotate carefully a set of genes, in this case a pathway I have been studying, how many errors do you expect to find in other databases, or what should you be careful at

Kufic ornamental motifs in the wall paintings of six churches in Southern Italy

The churches we are concerned with here are in South eastern Italy where, more than in other parts of Southern Italy (with the exception of Calabria),the Byzantine presence and Byzantine influence were obviously strong. Islam arrived on the Apulian coast from the 11th to 13th century was often mediated by Byzantium: this is verifiable in techniques, iconographies and styles. One case in particular concerns the epigraphic characters of Islamic derivation which abound in many media and, specifically, in architectural decoration: in other words, stone, stucco, mosaic, painting and so on. But, if the Byzantine mediation is evident, it is very important to observe that the labour is always local. We will look at six churches. They do not constitute a «catalogue», but offer a good «sample» of pseudo-kufic of the 13th century. First of all, I wish to present the map of the six churches with frescoes. Four of them are in Apulia: Gravina (province of Bari), Massafra (province of Taranto), Squinzano (on the road between Lecce and Brindisi) and Otranto (both provinces of Lecce). The other two are in the present day Lucania (or Basilicata): Matera and the former town of Anglona, near Tursi (province of Matera). Furthermore, I wish to specify that three of them (those in Massafra, Gravina and Matera) are rock churches, small chapels hewn out of the rock, without doors

Famiglia, città, fazione Gli Sgariglia di Ascoli tra XVI e XVII secolo

L'articolo analizza le vincende e le interazioni sociali di quattro membri della Famiglia degli Sgariglia di Ascoli: Gaspare, Vincenzo, Sgariglia e Giuseppe. Lo sviluppo cronologico dell'albero familiare si incrocia con l'evoluzione del sistema sociale e politico dello "Stato Ascolano": dal governo delle fazioni di inizio Cinquecento alla situazione apparentemente pi\uf9 stabile di inizio Seicento, dovuta alla chiusura cetuale delle cariche pubbliche operata dall'aristocrazia cittadina

Labyrinth as passive defense system. An analysis of Renaissance treatise of Francesco di Giorgio Martini

The labyrinth enriching Francesco De Marchi's treatise on fortification, which could be interpreted as just a generic and decorative symbol of protection useful to illustrate the contents and aims of the treatise, in reality also refers to a widespread design tradition in the construction of fortresses. This figure embodies an architectural device of opacity and deceiving that can be found in the design of the meandering doors, in the arrangement of the rooms and doors of ravelins and case mates and even in the more general conception of a fortress. Its use as a passive defense system is testified both by buildings in Syria and Spain, and by 15th-century treatises, such as Francesco di Giorgio Martini's, whose capannato in particular is here analyzed and redrawn to evaluate the role of labyrinth in the general concept

GRECI E QUESTIONE ORIENTALE NELLE LETTERE DI UN CARDINALE DEL QUATTROCENTO.

Η νεανική εμπειρία του Ιακώβου Αμμαννάτι, ουμανιστή που καταγόταναπό τη Λούκκα, έπειτα Επισκόπου και καρδιναλίου, αναπτύχθηκε στη Φλωρεντίατων αρχών του 15ου αιώνα, μια πόλη που είχε χαρακτηριστεί εκείνητην περίοδο από την παρουσία των συνοδικών πατέρων που είχαν κληθεί γιανα κηρύξουν την ένωση των δύο Εκκλησιών. Σ' αυτή την περίοδο ανάγονταιπιθανώς η φιλία του με τον Ιωάννη Αργυρόπουλο και, κυρίως, η φιλία του μετον καρδινάλιο Βησσαρίωνα, καθώς και το αρχικό του ενδιαφέρον για τηνελληνική γλώσσα και τα κείμενα (αργότερα έλαβε ως δώρο, ανάμεσα σεάλλα, ένα λαμπρό Τετραβάγγελο στα ελληνικά), αλλά με την πάροδο τωνετών ανέτρεχε όλο και πιο συχνά στις λατινικές μεταφράσεις.Μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης, όταν είχε ήδη εισαχθεί στηνκουρία, και ιδιαίτερα κατά την εποχή του πάπα Πίου Β', έγινε βαθύτερο τοενδιαφέρον του για τους Χριστιανούς της Ανατολής. Από τη μια παρέσχε,όσο μπόρεσε, τη δική του βοήθεια στους εξόριστους που έφταναν στηνΙταλία —ανάμεσα τους ο Ιωάννης Κεντυρίων γιος του Ζαχαρία Β' Ασάν,ηγεμόνα της Αχαΐας, ο Αλέξανδρος Ασάνης από την Κωνσταντινούπολη καιο Ιάκωβος Νοταράς, ο μικρότερος από τους γιους του βυζαντινού μεγαδούκαΛουκά Νοταρά— και υποστήριξε με κάθε τρόπο τις προσπάθειες του ποντίφικαγια τη σταυροφορία. Από την άλλη μεριά, στο δικό του ιστορικό έργο, ταΑπομνημονεύματα (Commentarli), στερέωσε γραπτά τη μνήμη για τα πιοσπουδαία και θλιβερά γεγονότα που εκείνα τα χρόνια σημάδευαν την προοδευτικήπτώση των χριστιανικών κοινοτήτων στα χέρια του Μωάμεθ Β' τουΚατακτητή. Αυτό το έργο παρέμεινε δυστυχώς ημιτελές (διακόπηκε το 1469)εξαιτίας του πρόωρου θανάτου του συγγραφέα, αλλά ίχνη από εκείνη πουέπρεπε να είναι η μελλοντική αφήγηση —σχετικά για παράδειγμα με τηναπώλεια της Τραπεζούντας το 1472, της Εύβοιας και της Πελοποννήσου το1474, του Σκουτάρι, του Καφφά και της χερσονήσου της Χαλκιδικής το1475— διαβάζονται ακόμη στην πλουσιότατη επιστολογραφία του. Αντίθετα,για ένα από τα λίγα ευνοϊκά για τα χριστιανικά όπλα επεισόδια, την κατάληψητης Αίνου στη Θράκη το 1469 από τον βενετικό στόλο με επικεφαλής τονΛουκά Κανάλ, ο Αμμανάτι παρέχει στα Απομνημονεύματα του ένα απολογισμό,που δημοσιεύεται εδώ, και που εν μέρει απομακρύνεται από τις σύγχρονεςαφηγήσεις ακόμη και του βενετικού περιβάλλοντος (Σαμπέλλικο και Ναβα-τζέριο), σε σχέση με τις οποίες είναι εκτενέστερη και λεπτομερέστερη

Organismo e determinazione: il corpo nella dottrina della scienza di Fichte

The essay is focused on J.G. Fichte‟s wide elaboration on the concept of body, mainly in the years from 1796 to 1799. The point of view of transcendental philosophy is analyzed as a possible alternative both to the reductive empiricism and to the different forms of ideal-ism, by means of the concept of articulated and organized body. Further, I propose these concepts as useful tools for the analysis of some contemporary theories of perception (e.g., McDowell‟s and Brandom‟s)

GRECI E QUESTIONE ORIENTALE NELLE LETTERE DI UN CARDINALE DEL QUATTROCENTO.

Η νεανική εμπειρία του Ιακώβου Αμμαννάτι, ουμανιστή που καταγόταναπό τη Λούκκα, έπειτα Επισκόπου και καρδιναλίου, αναπτύχθηκε στη Φλωρεντίατων αρχών του 15ου αιώνα, μια πόλη που είχε χαρακτηριστεί εκείνητην περίοδο από την παρουσία των συνοδικών πατέρων που είχαν κληθεί γιανα κηρύξουν την ένωση των δύο Εκκλησιών. Σ' αυτή την περίοδο ανάγονταιπιθανώς η φιλία του με τον Ιωάννη Αργυρόπουλο και, κυρίως, η φιλία του μετον καρδινάλιο Βησσαρίωνα, καθώς και το αρχικό του ενδιαφέρον για τηνελληνική γλώσσα και τα κείμενα (αργότερα έλαβε ως δώρο, ανάμεσα σεάλλα, ένα λαμπρό Τετραβάγγελο στα ελληνικά), αλλά με την πάροδο τωνετών ανέτρεχε όλο και πιο συχνά στις λατινικές μεταφράσεις.Μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης, όταν είχε ήδη εισαχθεί στηνκουρία, και ιδιαίτερα κατά την εποχή του πάπα Πίου Β', έγινε βαθύτερο τοενδιαφέρον του για τους Χριστιανούς της Ανατολής. Από τη μια παρέσχε,όσο μπόρεσε, τη δική του βοήθεια στους εξόριστους που έφταναν στηνΙταλία —ανάμεσα τους ο Ιωάννης Κεντυρίων γιος του Ζαχαρία Β' Ασάν,ηγεμόνα της Αχαΐας, ο Αλέξανδρος Ασάνης από την Κωνσταντινούπολη καιο Ιάκωβος Νοταράς, ο μικρότερος από τους γιους του βυζαντινού μεγαδούκαΛουκά Νοταρά— και υποστήριξε με κάθε τρόπο τις προσπάθειες του ποντίφικαγια τη σταυροφορία. Από την άλλη μεριά, στο δικό του ιστορικό έργο, ταΑπομνημονεύματα (Commentarli), στερέωσε γραπτά τη μνήμη για τα πιοσπουδαία και θλιβερά γεγονότα που εκείνα τα χρόνια σημάδευαν την προοδευτικήπτώση των χριστιανικών κοινοτήτων στα χέρια του Μωάμεθ Β' τουΚατακτητή. Αυτό το έργο παρέμεινε δυστυχώς ημιτελές (διακόπηκε το 1469)εξαιτίας του πρόωρου θανάτου του συγγραφέα, αλλά ίχνη από εκείνη πουέπρεπε να είναι η μελλοντική αφήγηση —σχετικά για παράδειγμα με τηναπώλεια της Τραπεζούντας το 1472, της Εύβοιας και της Πελοποννήσου το1474, του Σκουτάρι, του Καφφά και της χερσονήσου της Χαλκιδικής το1475— διαβάζονται ακόμη στην πλουσιότατη επιστολογραφία του. Αντίθετα,για ένα από τα λίγα ευνοϊκά για τα χριστιανικά όπλα επεισόδια, την κατάληψητης Αίνου στη Θράκη το 1469 από τον βενετικό στόλο με επικεφαλής τονΛουκά Κανάλ, ο Αμμανάτι παρέχει στα Απομνημονεύματα του ένα απολογισμό,που δημοσιεύεται εδώ, και που εν μέρει απομακρύνεται από τις σύγχρονεςαφηγήσεις ακόμη και του βενετικού περιβάλλοντος (Σαμπέλλικο και Ναβα-τζέριο), σε σχέση με τις οποίες είναι εκτενέστερη και λεπτομερέστερη

L'Archeologia italiana nel Maghreb e nei paesi del Mediterraneo occidentale

L'Autore presenta un bilancio complessivo dell'attività di ricerca archeologica italiana attualmente in corso in Maghreb e nei paesi del Mediterraneo occidentale