Topology of evolving, mutagenized viral populations: quasispecies expansion, compression, and operation of negative selection

Additional files: Additional file 1: Neighbour-joining, maximum likelihood and maximum parsimony analysis of populations RAp35 and RA0p35. Additional file 2: Maximum likelihood phylogenetic analysis of mutagenized populations of FMDV. Additional file 3: Standard errors.Background The molecular events and evolutionary forces underlying lethal mutagenesis of virus (or virus extinction through an excess of mutations) are not well understood. Here we apply for the first time phylogenetic methods and Partition Analysis of Quasispecies (PAQ) to monitor genetic distances and intra-population structures of mutant spectra of foot-and-mouth disease virus (FMDV) quasispecies subjected to mutagenesis by base and nucleoside analogues. Results Phylogenetic and PAQ analyses have revealed a highly dynamic variation of intrapopulation diversity of FMDV quasispecies. The population diversity first suffers striking expansions in the presence of mutagens and then compressions either when the presence of the mutagenic analogue was discontinued or when a mutation that decreased sensitivity to a mutagen was selected. The pattern of mutations found in the populations was in agreement with the behavior of the corresponding nucleotide analogues with FMDV in vitro. Mutations accumulated at preferred genomic sites, and dn/ds ratios indicate the operation of negative (or purifying) selection in populations subjected to mutagenesis. No evidence of unusually elevated genetic distances has been obtained for FMDV populations approaching extinction. Conclusion Phylogenetic and PAQ analysis provide adequate procedures to describe the evolution of viral sequences subjected to lethal mutagenesis. These methods define the changes of intra-population structure more precisely than mutation frequencies and Shannon entropies. PAQ is very sensitive to variations of intrapopulation genetic distances. Strong negative (or purifying) selection operates in FMDV populations subjected to enhanced mutagenesis. The quantifications provide evidence that extinction does not imply unusual increases of intrapopulation complexity, in support of the lethal defection model of virus extinction.Work at Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" was supported by grants BFU2006-00863 from MEC, 36558/06 from FIPSE, and Fundación R.Areces. Work at Centro de Astrobiología was supported by INTA, MEC, CAM and UE. CIBERehd is funded by Instituto de Salud Carlos III. S.O. was supported by a predoctoral fellowship from the Ministerio de Educacion y Ciencia.Peer reviewe

Percutaneous tracheostomy in COVID patients. Experience in our hospital center after one year of pandemic and review of the literature

The pandemic caused by SARS-COV-2 has caused an increase in the need of tracheostomies in patients affected with respiratory distress syndrome. In this article we report our experience during a year of pandemic, we develop our surgical technique to perform percutaneous tracheostomy with the patient in apnea and we compare our results with those of other centers through a bibliographic review. A one-year retrospective clinical study was carried out on tracheotomies performed on patients admitted to the intensive care unit with severe SARS-CoV-2, with difficulty for ventilation or weaning. The technique performed was percutaneous, with fibroscopic control through the endotracheal tube, keeping the patient under apnea during the opening of the airway, reducing by this method the risk of exposure to the virus. From 35 percutaneous tracheotomies performed, 31% of the patients died from respiratory complications due to SARS-COV-2, but none due to the surgical procedure. The most frequent complication (8.5% of patients) was bleeding around the tracheostoma, resolved with local measures. No healthcare provider involved in the performance of the technique had symptoms or was diagnosed with COVID-19. Our technique of performing percutaneous tracheostomy maintaining apnea during the procedure, under fibroscopic control, has proven to be safe for all those involved in the procedure, and for the patient

Temporal headache and jaw claudication may be the key for the diagnosis of giant cell arteritis

Temporal artery biopsy (TAB) is a surgical procedure with a low positive yield. The purpose of this study is to determine which variables are the most important in the giant cell arteritis (GCA) diagnosis. The objective of this evaluation is to improve the percentage of positive temporal artery biopsy and if possible, avoid the biopsy in some cases. A retrospective clinical study consisted of 90 patients who had undergone TAB at the Río Hortega Hospital (Spain) from January 2009 to December 2016. Clinical findings, erythrocyte sedimentation rates (ESR) and other laboratory parameters, American College of Rheumatology (ACR) criteria for GCA score and biopsy results were recorded. Nineteen (21.1%) biopsies were positive for GCA. The mean age in positive TAB was 78.6 years old (SD 7.93), and 73.7% were female. Presence of temporal headache (p = 0.003), jaw claudication (p = 0.001), abnormal artery exploration (p = 0.023), elevated erythrocyte sedimentation rate (p = 0.035), CRP (p = 0.018) and platelets (p = 0.042), were significantly associated with GCA. Multivariate logistic regression revealed that the best predictors for the diagnosis of GCA are headache and jaw claudication, adjusted by sex, age, and temporal exploration. TAB has benefit only for patients who score a 2 or 3 on the ACR criteria for GCA without biopsy. These findings highlight the need for a better diagnostic strategy for patients with suspected temporal arteritis

Significado de intención que los docentes dan a la evaluación y contribuyen a la formación integral de los educandos// Meanings that the teachers give evaluation and contribute to the integral formation of students.

El presente trabajo aborda el tema de los significados que los educadores otorgan a laevaluación y su contribución a la formación integral de los educandos. Para tal fin, se toma como punto de partida el análisis del significado Intención, que los maestros asignan al objeto de estudio. El objetivo planteado para este (significado) es Interpretar la intencionalidad de la evaluación dada por el docente. Teniendo en cuenta su relación con la formación integral de los estudiantes en diferentes niveles de formación de cuatro instituciones educativas ubicadas en Villavicencio, Cartagena y Bogotá. Las autoras optaron por la investigación cualitativa con enfoque hermenéutico mediante la utilización del estudio de caso. Las unidades de trabajo son los maestros participantes en las entrevistas semi estructuradas; en cuanto a la unidad documental se trabajó con el Sistema Institucional de Evaluación (SIE) de las entidades involucradas. Las interpretaciones permitieron generar algunas consideraciones que sirvieron de pilares para reflexiones finales, en aras de contribuir a la construcción de nuevos saberes, para favorecer elejercicio de la práctica docente en miras de una evaluación cuya intención sea la de promover la formación integral de los educandos. Donde la primera (evaluación) es entendida como un proceso de asimilación del aprendizaje que de acuerdo a la forma enque es enfocada trasciende en el desarrollo de las dimensiones del ser humano. ABSTRACT: This paper addresses the issue of the meanings that teachers attach to the evaluation and its contribution to the integral formation of students. To this end, we take as a starting point the analysis of Intent meaning that teachers assign to the object of study. Our goal for this meaning is to interpret the intent of the evaluation given by the teacher. Given its relationship to the integral formation of students at different levels of training of four educational institutions located in Villavicencio, Cartagena and Bogota.  The authors chose the hermeneutic approach qualitative research using case study. Work units are teachers participating in semi-structured interviews, about the documentary unit worked with the Institutional System of Evaluation (SIE) of the entities involved. Interpretations allowed generating some considerations that served as pillars for final thoughts, in order to contribute to the construction of new knowledge, to promote the exercise of teaching practice in view of an assessment is intended to promote the integral formation of learners. Where the first (assessment) is understood as a process of assimilation of learning according to the way that is focused on developing beyond the dimensions of the human being

Significado de intención que los docentes dan a la evaluación y contribuyen a la formación integral de los educandos// Meanings that the teachers give evaluation and contribute to the integral formation of students.

El presente trabajo aborda el tema de los significados que los educadores otorgan a laevaluación y su contribución a la formación integral de los educandos. Para tal fin, se toma como punto de partida el análisis del significado Intención, que los maestros asignan al objeto de estudio. El objetivo planteado para este (significado) es Interpretar la intencionalidad de la evaluación dada por el docente. Teniendo en cuenta su relación con la formación integral de los estudiantes en diferentes niveles de formación de cuatro instituciones educativas ubicadas en Villavicencio, Cartagena y Bogotá. Las autoras optaron por la investigación cualitativa con enfoque hermenéutico mediante la utilización del estudio de caso. Las unidades de trabajo son los maestros participantes en las entrevistas semi estructuradas; en cuanto a la unidad documental se trabajó con el Sistema Institucional de Evaluación (SIE) de las entidades involucradas. Las interpretaciones permitieron generar algunas consideraciones que sirvieron de pilares para reflexiones finales, en aras de contribuir a la construcción de nuevos saberes, para favorecer elejercicio de la práctica docente en miras de una evaluación cuya intención sea la de promover la formación integral de los educandos. Donde la primera (evaluación) es entendida como un proceso de asimilación del aprendizaje que de acuerdo a la forma enque es enfocada trasciende en el desarrollo de las dimensiones del ser humano.ABSTRACT:This paper addresses the issue of the meanings that teachers attach to the evaluation and its contribution to the integral formation of students. To this end, we take as a starting point the analysis of Intent meaning that teachers assign to the object of study. Our goal for this meaning is to interpret the intent of the evaluation given by the teacher. Given its relationship to the integral formation of students at different levels of training of four educational institutions located in Villavicencio, Cartagena and Bogota.  The authors chose the hermeneutic approach qualitative research using case study. Work units are teachers participating in semi-structured interviews, about the documentary unit worked with the Institutional System of Evaluation (SIE) of the entities involved. Interpretations allowed generating some considerations that served as pillars for final thoughts, in order to contribute to the construction of new knowledge, to promote the exercise of teaching practice in view of an assessment is intended to promote the integral formation of learners. Where the first (assessment) is understood as a process of assimilation of learning according to the way that is focused on developing beyond the dimensions of the human being

DNA Hydroxymethylation in the Regulation of Gene Expression in Human Solid Cancer

Chromatin in cancer undergoes chemical and structural changes that alter gene expression patterns. One of the chemical modifications that impacts gene regulation is 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), also called DNA hydroxymethylation. 5hmC is a stable mark that is commonly associated with transcriptional activation. In cancer, the global loss of 5hmC is a hallmark. In addition, the deregulation of 5hmC in specific regions of the genome, such as enhancers, promoters, and body of the gene, alters the expression of genes in cancer. These alterations have been detected by the improvement in the mapping of 5hmC at genomic scale, which has allowed us to evaluate the sites where 5hmC alterations occur and the genes that are affected. In this chapter, the recent knowledge about the status of 5hmC in genome specific sites of human solid cancers, the relationship with enzymes ten-eleven translocation (TET) and isocitrate dehydrogenase (IDH) involved in the dynamic regulation of 5hmC levels, and the impact of the 5hmC aberrant changes on the genic expression in these malignances is reviewed

Plan de trabajo y cronograma para la ejecución de actividades

Propuesta técnica que incluye el desarrollo de seis actividades que comprometen la entrega de resultados a través de siete productos principales. Las actividades entorno al cumplimiento del convenio son i) Construir la línea base de información secundaria disponible sobre biodiversidad para la cuenca del río Claro, Antioquia, que incluya, entre otros, datos sobre ecología, genética, uso, conservación, distribución, uso de hábitat, impactos e información espacial, procesos ecológicos; ii) Desarrollar un taller con actores clave en la gestión de la biodiversidad en la cuenca del río Claro, para la validación y robustecimiento de la línea base de información, así como para la identificación de vacíos de información y priorización de especies de interés, ecosistemas y temáticas, con miras a la construcción de agendas de investigación a largo plazo; iii) Construir propuestas de diseño de muestreo de la biodiversidad a diferentes niveles: especies, poblaciones, comunidades, ecosistemas, paisaje, ajustadas a las características socioecológicas de la cuenca del río Claro, para el establecimiento de plataformas de monitoreo, que incluyan además el recurso hídrico de la cuenca del río Claro, la diversidad subterránea, epígea y asociada al ecosistema cárstico; iv) Realizar al menos dos pre-salidas a la cuenca del río Claro, para el reconocimiento de las ventanas o localidades de trabajo y ajuste de las propuestas de diseño de muestreo, así como para la definición de aspectos logísticos; v) Evaluar el estado del conocimiento sobre la ecología del Jaguar ( Panthera onca ) en la cuenca del río Claro y generar una propuesta de muestreo no invasivo para conocer el estado de la diversidad genética de la especie en la región; vi) Articular la red de actores y expertos en grandes felinos para la construcción colectiva de herramientas de gestión y conservación para el Jaguar (Panthera onca).Bogotá, ColombiaCiencias Básicas de la Biodiversida

Point-of-care lung ultrasound assessment for risk stratification and therapy guiding in COVID-19 patients. A prospective non-interventional study.

Background Lung ultrasound is feasible for assessing lung injury caused by coronavirus disease 2019 (COVID-19). However, the prognostic meaning and time-line changes of lung injury assessed by lung ultrasound in COVID-19 hospitalised patients are unknown. Methods Prospective cohort study designed to analyse prognostic value of lung ultrasound in COVID-19 patients by using a quantitative scale (lung ultrasound Zaragoza (LUZ)-score) during the first 72 h after admission. The primary end-point was in-hospital death and/or admission to the intensive care unit. Total length of hospital stay, increase of oxygen flow and escalation of medical treatment during the first 72 h were secondary end-points. Results 130 patients were included in the final analysis; mean±sd age was 56.7±13.5 years. Median (interquartile range) time from the beginning of symptoms to admission was 6 (4–9) days. Lung injury assessed by LUZ-score did not differ during the first 72 h (21 (16–26) points at admission versus 20 (16–27) points at 72 h; p=0.183). In univariable logistic regression analysis, estimated arterial oxygen tension/inspiratory oxygen fraction ratio (PAFI) (hazard ratio 0.99, 95% CI 0.98–0.99; p=0.027) and LUZ-score >22 points (5.45, 1.42–20.90; p=0.013) were predictors for the primary end-point. Conclusions LUZ-score is an easy, simple and fast point-of-care ultrasound tool to identify patients with severe lung injury due to COVID-19, upon admission. Baseline score is predictive of severity along the whole period of hospitalisation. The score facilitates early implementation or intensification of treatment for COVID-19 infection. LUZ-score may be combined with clinical variables (as estimated by PAFI) to further refine risk stratification

On-line academic tutoring implementation in a basic subject of veterinary degree

[ES] La  tutoría  es  una  herramienta  útil  en el  proceso  de  enseñanza-aprendizaje universitario, aunque su desarrollo se ve dificultado en las aulas masificadas. Con este estudio se ha pretendido potenciar esta  función  tutorial  en  una  asignatura en  la  que  concurre  esta  circunstancia, con  el  fin  de  mejorar  el  rendimiento académico del alumnado. Para ello, se ha implementado un programa de tutorías en línea en la asignatura de “Microbiología e Inmunología” del Grado en Veterinaria de la Universidad de León, mediante la plataforma virtual Moodle. Cuarenta estudiantes se incorporaron voluntariamente (25% de la matrícula) al estudio, en menos de un día. Se elaboraron tres cuestionarios de quince preguntas  sobre  la  materia  impartida, con  el  objetivo  de  fomentar  el  trabajo del estudiante. Finalizado el periodo de resolución  establecido,  los  estudiantes obtenían automáticamente la calificación y las respuestas correctas. Posteriormente, se habilitaban tres días pa[EN] Tutoring is a useful tool in the university teaching-learning  process,  although  its development is impaired in overcrowded classrooms. In this study, we have tried to strengthen the tutoring function, which is complex in subjects with high number of students, in order to improve academic efficiency.  For  this  purpose,  on-line tutoring have been implemented in the subject “Microbiology and Immunology”, belonging  to  Veterinary  Degree  at  the University of León, by means of Moodle. Forty students who registered voluntarily were  accepted  (25%  of  the  students enrolled). They filled these places in less than one day. Three on-line questionnaires with  fifteen  questions  each  about  the subject taught were carried out, in order to promote the student work. Once the time given for their reply had finished, students automatically got the answers and their marks. Then, they had three days to clarify any doubts by e-mail. In addition, satisfaction  surveys  were  made  among stud.La realización de este estudio ha sido posible gracias a la concesión de un Proyecto de Ayuda a la Innovación Docente (PAID), denominado “La tutoría presencial y on line como herramienta para la adaptación y mejora en el rendimiento académico de asignaturas básicas en el Grado en Veterinaria (TUBAVET)”, concedido por la Universidad de León en su convocatoria de 2013. Este proyecto forma parte de un trabajo coordinado por dos departamentos de la Universidad de León (Ciencias Biomédicas y Sanidad Animal), que fue galardonado con el primer premio al mejor trabajo presentado en el “I Congreso de Docencia Veterinaria”, celebrado en Lugo en septiembre de 2014, organizado por la “Asociación Española de Veterinarios Docentes (VetDoc)”.Gutiérrez Martín, C.; García Iglesias, M.; Pérez Martínez, C.; Sahagún Prieto, A.; Martínez Martínez, S.; Díez Láiz, R.; López Cadenas, C.... (2015). Implementación de tutorías académicas en línea en una asignatura básica del grado en veterinaria. REDU. Revista de Docencia Universitaria. 13(3):97-122. https://doi.org/10.4995/redu.2015.5469OJS97122133Álvarez, P. (2005). La tutoría universitaria en la nueva coyuntura de la enseñanza superior: el programa VELERO. Contextos Educativos, 8-9, 281-293.Álvarez, P., Álvarez, D., González, M. (2001). Evaluación de la implantación de un plan de tutoría en la universidad. X Congreso Nacional de Modelos de Investigación Educativa: Investigación y evaluación educativa en la sociedad del conocimiento.A Coruña.Álvarez, P., González, M. (2003). La tutoría de iguales en la enseñanza superior: un estudio realizado en la Universidad de La Laguna. XI Congreso Nacional de Modelos de Investigación Educativa: Investigación y Sociedad, Granada.Álvarez, P.R., González, M.C. (2008). Análisis y valoración conceptual sobre las modalidades de tutoría universitaria en el Espacio Europeo de Educación Superior. Revista Interuniversitaria de Formación del Profesorado, 22, 21-48.Bricall, J.M. (2000a). Informe Universidad 2000. III. Difusión del Conocimiento: Formar para aprender. Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas. Barcelona, 186-87. www.oei.es/oeivirt/bricall.htm.Bricall, J.M. (2000b). Informe Universidad 2000. IX. Redes Tecnológicas y Redes Universitarias. Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas. Barcelona, 455. www.oei.es/oeivirt/bricall.htm.Chen, J.Y., Lee M.C., Lee, H.S., Wang, Y.C., Lin, L.Y., Yang, J.H. (2006). An online evaluation of problem-based learning (PBL) in Chung Shan Medical University, Taiwan- A pilot study. Annals Academy of Medicine, 35, 624-633.Del Rincón, B. (2000). Tutorías personalizadas en la universidad. Servicio de Publicaciones de la Universidad de Castilla-La Mancha, Toledo.Díez Liébana, M.J., Mauriz Gutiérrez, J.L., Gutiérrez Martín, C.B. (2006). Modelo de Guía Docente. Universidad de León.Durán, D., Vinyent, V. (2004). Tutoría entre iguales: de la teoría a la práctica. Ed. Graó, Barcelona.Lee, W.S.C., Cholowski, K., Williams, A.K. (2002). Nursing students' and clinical educators' perceptions of characteristics of effective clinical educators in an Australian University school of nursing. Journal of Advanced Nursing, 29, 412-420. https://doi.org/10.1046/j.1365-2648.2002.02306.xLobato, C. (2003). Estrategias y recursos para el desarrollo de la acción tutorial en la Universidad. En: Álvarez, P. & Jiménez, H. (eds.) Tutoría Universitaria. Servicio de Publicaciones de la Universidad de La Laguna, Tenerife, 51-77.Markowsitsch, J., Plaimauer, C. (2009). Descriptors for competence: towards an international standard classification for skills and competences. Journal of European Industrial Training, 33, 817-837. https://doi.org/10.1108/03090590910993652Sebastián, A., Sánchez, M.F. (1999). La función tutorial en la Universidad y la demanda de atención personalizada en la orientación. 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