Histone Mutants Separate R Loop Formation from Genome Instability Induction

R loops have positive physiological roles, but they can also be deleterious by causing genome instability, and the mechanisms for this are unknown. Here we identified yeast histone H3 and H4 mutations that facilitate R loops but do not cause instability. R loops containing single-stranded DNA (ssDNA), versus RNA-DNA hybrids alone, were demonstrated using ssDNA-specific human AID and bisulfite. Notably, they are similar size regardless of whether or not they induce genome instability. Contrary to mutants causing R loop-mediated instability, these histone mutants do not accumulate H3 serine-10 phosphate (H3S10-P). We propose a two-step mechanism in which, first, an altered chromatin facilitates R loops, and second, chromatin is modified, including H3S10-P, as a requisite for compromising genome integrity. Consistently, these histone mutations suppress the high H3S10 phosphorylation and genomic instability of hpr1 and sen1 mutants. Therefore, contrary to what was previously believed, R loops do not cause genome instability by themselves.European Research Council ERC2014 AdG669898Ministerio de Economía y Competitividad BFU2013-42918-P, BFU2016-75058-

BENEFICIOS DE LA ESCARECTOMIA TEMPRANA Y TARDÍA EN PACIENTES GRAN QUEMADOS

TESIS MAESTRÍAINTRODUCTION: The scarectomy is the removal of non-functional tissue eschar for the epithelialization of the lesion, the intervention is considered early before 5 days after the burn. The purposes of the present investigation were to determine the importance of the scarectomy before it caused more complications, in a tertiary care hospital. MATERIAL AND METHODS: The study design was quantitative, epidemiological, retrospective, observational and descriptive, the sample was selected at convenience and included 30 clinical records of patients with a diagnosis of third degree burns according to Hospital criteria and based on the norms of Wound clinic manuals. RESULTS: In the characterization of the great burn patient, it was found that the majority of patients exposed to burns are men, with a marital status in a marital relationship, with an average age of 18 to 35 years, a level of education: basic medium, with The main job is that of an electrician. The benefits observed were mainly for the treatment with early scarectomy since in these patients there was a lower requirement for grafts, less pain, infectious processes and the hospital stay was also shorter for this group, than the early scarectomy at the level of pain 85% had tolerable pain while 25% had severe pain, delayed scarectomy: 57 & had tolerable pain and 53% had severe pain. CONCLUSIONS: It is recommended to design and implement a training manual aimed at hospital staff with a focus on personalized treatment measures that favor the severe burn patient

Papel de la cromatina en la formación de R-loops

La inestabilidad genómica es una patología celular asociada a múltiples enfermedades genéticas, incluido el cáncer (Aguilera & García-Muse, 2013). Fallos en procesos metabólicos que ocurren en el ADN, tales como la replicación o la reparación de daños, son una fuente de inestabilidad. Otra fuente importante de inestabilidad es la transcripción, ya sea porque impida la progresión de la maquinaria de replicación o porque genere estructuras nocivas como los bucles R (R-loops) (Santos-Pereira & Aguilera, 2015). Éstos están constituidos por un híbrido de ARN-ADN y la cadena sencilla de ADN desplazada, y se forman generalmente durante la transcripción por hibridación de la cadena de ARN naciente con la cadena molde de ADN. Aunque estas estructuras son intermediarios naturales de diversos procesos biológicos, su acumulación puede ser una fuente importante de inestabilidad genómica (Santos-Pereira & Aguilera, 2015). La relevancia biológica de los fenotipos de inestabilidad genética que presentan las células que acumulan R-loops nos hace plantearnos en esta tesis el estudio de los mecanismos o elementos celulares que están implicados en la formación de dichas estructuras. El ADN no está desnudo dentro de las células sino asociado a histonas y otras proteínas estructurales, formando la cromatina. La cromatina puede constituir una barrera para los procesos que ocurren en el ADN, por ello la célula ha desarrollado distintos mecanismos para solventar estas situaciones. Las modificaciones postraduccionales de las histonas favorecen el reclutamiento de remodeladores de la cromatina y chaperonas de histonas, facilitando el acceso al ADN (Tessarz & Kouzarides, 2014). Por lo tanto, cabe la posibilidad de que la cromatina sea un factor regulador de la formación de R-loops, controlando la accesibilidad del ARN al ADN. El objetivo principal de este trabajo es dilucidar si la cromatina tiene algún papel en la formación de R-loops y la inestabilidad genómica asociada, y si así fuera, explorarlo. En esta tesis hemos escrutado una colección de mutantes puntuales no esenciales de las histonas H3 y H4 en el organismo modelo Saccharomyces cerevisiae, para identificar mutaciones que alteran la formación de R-loops. Hemos identificado mutantes de ambas histonas que aumentan la inestabilidad de forma dependiente de AID y sensible a RNasa H, siendo el AID una enzima que actúa en la cadena sencilla desplazada del R-loop deaminando las citosinas y cuya acción incrementa la recombinación en levaduras con altos niveles de R-loops (Gómez-González & Aguilera, 2007). El análisis genético y molecular de estos mutantes confirma la acumulación de R-loops en los mismos, poniendo de manifiesto que la estructura de la cromatina ejerce un papel en prevención de la formación de híbridos de ARN-ADN. Los mutantes identificados no presentan defectos ni en replicación ni en transcripción, a diferencia de otros mutantes que acumulan R-loops, tales como hpr1Δ, rnh1Δ, sen1-1, etc (Huertas & Aguilera, 2003; Mischo et al., 2011). Por lo tanto, en esta tesis se describe por primera vez que los R-loops por sí mismos no suponen una amenaza para la integridad del genoma, ya que los mutantes de histonas identificados acumulan R-loops y no presentan fenotipos de inestabilidad. A nivel molecular observamos que los mutantes de histonas no acumulan histona H3 fosforilada en la serina 10 de la histona H3, una marca de cromatina condensanda, al contrario de los mutantes que acumulan R-loops y presentan inestabilidad genómica, tales como hpr1Δ o sen1-1 (Castellano-Pozo et al., 2013; Mischo et al., 2011). De hecho, los altos niveles de histona H3 fosforilada en la serina 10 y los fenotipos de inestabilidad presentes en los mutantes hpr1Δ o sen1-1 son suprimidos por las mutaciones de histonas seleccionadas, que impiden dicho incremento en fosforilación. Los datos sugieren que esta modificación postraduccional es necesaria para que el R-loop sea una fuente de roturas del ADN y, por tanto, de inestabilidad. En conclusión, los resultados obtenidos en esta tesis nos llevan a proponer que para que los R-loops causen inestabilidad genómica se requiere un paso adicional en el que el R-loop induciría cambios en la cromatina, tales como la fosforilación de la serina 10 de la histona H3. Esta tesis, por tanto, sugiere una explicación para la diferencia entre los R-loops que se consideran “buenos” y “malos”, y abre nuevas vías de investigación para comprender el papel de los R-loops y las modificaciones de la cromatina en el origen de la inestabilidad genómica

Efectos del entrenamiento en generación de preguntas sobre el conocimiento metacognitivo, la autorregulación y los enfoques de aprendizaje en Ciencias

Background: Although much research has examined the impact of question generation on students’ reading comprehension and learning from lectures, far less research has analysed its influence on how students learn and study science. The present study aims to bridge this knowledge gap. Method: Using a quasi-experimental design, three complete ninth-grade science classes, with a total of 72 students, were randomly assigned to three conditions (groups): (G1) questioning-training by providing prompts; (G2) question-generation without any explicit instruction; and (G3) no question control. Participants’ pre-test and post-test self-reported measures of metacognitive knowledge, self-regulation and learning approaches were collected and data analysed with multivariate and univariate analyses of covariance. Results: (a) MANCOVA revealed a significant effect for group; (b) ANCOVAs showed the highest average gains for G1 and statistically significant between-group differences in the two components of metacognition: metacognitive knowledge and self-regulation; and (c) the direction of these differences seemed to vary in each of these components. Conclusions: Question-generation training influenced how students learned and studied, specifically their metacognition, and it had a medium to large effect size, which was somewhat related to the prompts used.Antecedentes: aunque muchas investigaciones han examinado el impacto de la generación de preguntas en la comprensión lectora de los estudiantes, pocas de ellas han analizado su influencia en cómo los estudiantes aprenden y estudian en Ciencias. Este estudio pretrende reducir ese déficit de conocimientos. Método: utilizando un diseño cuasi-experimental, tres clases de Ciencias de noveno grado (N = 72 estudiantes) fueron asignadas aleatoriamente a tres grupos: (G1) entrenamiento en generación de preguntas mediante indicaciones; (G2) generación de preguntas sin instrucción explícita; y (G3) grupo control. Los participantes proporcionaron medidas de autoinforme pre-test y post-test en conocimiento metacognitivo, autorregulación y enfoques de aprendizaje, las cuales fueron analizadas mediante análisis de covarianza univariados y multivariados. Resultados: a) el MANCOVA reveló un efecto significativo del factor Grupo; b) los ANCOVAs mostraron el cambio promedio más elevado para G1 y diferencias significativas en dos componentes de la metacognición (conocimiento y autorregulación); y c) la dirección de esas diferencias pareció variar en cada uno de esos componentes. Conclusiones: entrenar en generar preguntas influenció el modo de aprender de los estudiantes (e.g., metacognición), influencia de tamaño medio a grande relacionada con las indicaciones utilizadas.This research was funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation (MICINN, EDU2011-27416)

Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca. Retos y oportunidades

El propósito de la presente obra es ofrecer al lector una mayor información sobre aspectos científicos, sociales y técnicos que fueron considerados en el impulso del cambio de categoría de Parque Nacional a Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca, así como en el respectivo Programa de Manejo; sin embargo, y más allá de eso, es un reconocimiento a la labor de investigación de académicos de la Universidad Autónoma de México, que desde sus ámbitos de especialidad han dedicado su mayor esfuerzo e interés por aportar hacia la sustentabilidad del Nevado de Toluca. Gracias a todos ellos.El texto Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca, Retos y Oportunidades recopila 50 años de investigación científica en aspectos de biodiversidad, clima, hidrología, forestal, arqueología, ordenación, política, turismo y usos de los recursos. Así mismo, se abordan las problemáticas actuales que enfrenta el Área Natural Protegida (ANP) y se plantea un abanico de propuestas en alineación con el Resumen del Programa de Manejo publicado el 21 de octubre de 2016. La obra también pone a consideración la reflexión, la construcción de un marco teórico conceptual que permita abordar de manera integral los elementos que conforman la compleja realidad y la interacción entre los elementos que integran el paisaje en su contexto local, regional y nacional. El libro es producto del esfuerzo de conocer y comprender el complejo mosaico de elementos que conforman el área de estudio, mismo que no hubiera sido posible sin el apoyo del Lic. Ignacio Pichardo Pagaza como impulsor del proyecto que da lugar a esta importante obra editorial de referencia en el Estado de México

Effects of Non-Circular Motions on Azimuthal Color Gradients

Assuming that density waves trigger star formation, and that young stars preserve the velocity components of the molecular gas where they are born, we analyze the effects that non-circular gas orbits have on color gradients across spiral arms. We try two approaches, one involving semi-analytical solutions for spiral shocks, and another with magnetohydrodynamic (MHD) numerical simulation data. We find that, if non-circular motions are ignored, the comparison between observed color gradients and stellar population synthesis models would in principle yield pattern speed values that are systematically too high for regions inside corotation, with the difference between the real and the measured pattern speeds increasing with decreasing radius. On the other hand, image processing and pixel averaging result in systematically lower measured spiral pattern speed values, regardless of the kinematics of stellar orbits. The net effect is that roughly the correct pattern speeds are recovered, although the trend of higher measured $\Omega_p$ at lower radii (as expected when non-circular motions exist but are neglected) should still be observed. We examine the Martinez-Garcia et al. (2009) photometric data and confirm that this is indeed the case. The comparison of the size of the systematic pattern speed offset in the data with the predictions of the semi-analytical and MHD models corroborates that spirals are more likely to end at Outer Lindblad Resonance, as these authors had already found.Comment: 32 pages, 15 figures, accepted to Ap

A new approach to influence analysis in linear models

propose a new approach to the study of influence in the General Linear Model based on conditional bias. This approach enables us to apply such an analysis to all particular cases of this model. The theoretical foundation, on which this approach is based, does not presuppose a particular hypothesis on the distribution of the variables. Applying the results obtained to the Multiple Linear Regression Model, measures of influence are obtained as already proposed by other authors. Finally we carry out an application of the results on the analysis of covariance