Analysis on conservation of disulphide bonds and their structural features in homologous protein domain families

International audienceBackground: Disulphide bridges are well known to play key roles in stability, folding and functions of proteins. Introduction or deletion of disulphides by site-directed mutagenesis have produced varying effects on stability and folding depending upon the protein and location of disulphide in the 3-D structure. Given the lack of complete understanding it is worthwhile to learn from an analysis of extent of conservation of disulphides in homologous proteins. We have also addressed the question of what structural interactions replaces a disulphide in a homologue in another homologue.Results: Using a dataset involving 34,752 pairwise comparisons of homologous protein domains corresponding to 300 protein domain families of known 3-D structures, we provide a comprehensive analysis of extent of conservation of disulphide bridges and their structural features. We report that only 54% of all the disulphide bonds compared between the homologous pairs are conserved, even if, a small fraction of the non-conserved disulphides do include cytoplasmic proteins. Also, only about one fourth of the distinct disulphides are conserved in all the members in protein families. We note that while conservation of disulphide is common in many families, disulphide bond mutations are quite prevalent. Interestingly, we note that there is no clear relationship between sequence identity between two homologous proteins and disulphide bond conservation. Our analysis on structural features at the sites where cysteines forming disulphide in one homologue are replaced by non-Cys residues show that the elimination of a disulphide in a homologue need not always result in stabilizing interactions between equivalent residues.Conclusion: We observe that in the homologous proteins, disulphide bonds are conserved only to a modest extent. Very interestingly, we note that extent of conservation of disulphide in homologous proteins is unrelated to the overall sequence identity between homologues. The non-conserved disulphides are often associated with variable structural features that were recruited to be associated with differentiation or specialisation of protein function

A short survey on protein blocks.

International audienceProtein structures are classically described in terms of secondary structures. Even if the regular secondary structures have relevant physical meaning, their recognition from atomic coordinates has some important limitations such as uncertainties in the assignment of boundaries of helical and β-strand regions. Further, on an average about 50% of all residues are assigned to an irregular state, i.e., the coil. Thus different research teams have focused on abstracting conformation of protein backbone in the localized short stretches. Using different geometric measures, local stretches in protein structures are clustered in a chosen number of states. A prototype representative of the local structures in each cluster is generally defined. These libraries of local structures prototypes are named as "structural alphabets". We have developed a structural alphabet, named Protein Blocks, not only to approximate the protein structure, but also to predict them from sequence. Since its development, we and other teams have explored numerous new research fields using this structural alphabet. We review here some of the most interesting applications

The Oxygen Paradox, the French Paradox, and age-related diseases

open46openDavies, Joanna M. S.; Cillard, Josiane; Friguet, Bertrand; Cadenas, Enrique; Cadet, Jean; Cayce, Rachael; Fishmann, Andrew; Liao, David; Bulteau, Anne-Laure; Derbré, Frédéric; Rébillard, Amélie; Burstein, Steven; Hirsch, Etienne; Kloner, Robert A.; Jakowec, Michael; Petzinger, Giselle; Sauce, Delphine; Sennlaub, Florian; Limon, Isabelle; Ursini, Fulvio; Maiorino, Matilde; Economides, Christina; Pike, Christian J.; Cohen, Pinchas; Salvayre, Anne Negre; Halliday, Matthew R.; Lundquist, Adam J.; Jakowec, Nicolaus A.; Mechta-Grigoriou, Fatima; Mericskay, Mathias; Mariani, Jean; Li, Zhenlin; Huang, David; Grant, Ellsworth; Forman, Henry J.; Finch, Caleb E.; Sun, Patrick Y.; Pomatto, Laura C. D.; Agbulut, Onnik; Warburton, David; Neri, Christian; Rouis, Mustapha; Cillard, Pierre; Capeau, Jacqueline; Rosenbaum, Jean; Davies, Kelvin J. A.Davies, Joanna M. S.; Cillard, Josiane; Friguet, Bertrand; Cadenas, Enrique; Cadet, Jean; Cayce, Rachael; Fishmann, Andrew; Liao, David; Bulteau, Anne-Laure; Derbré, Frédéric; Rébillard, Amélie; Burstein, Steven; Hirsch, Etienne; Kloner, Robert A.; Jakowec, Michael; Petzinger, Giselle; Sauce, Delphine; Sennlaub, Florian; Limon, Isabelle; Ursini, Fulvio; Maiorino, Matilde; Economides, Christina; Pike, Christian J.; Cohen, Pinchas; Salvayre, Anne Negre; Halliday, Matthew R.; Lundquist, Adam J.; Jakowec, Nicolaus A.; Mechta-Grigoriou, Fatima; Mericskay, Mathias; Mariani, Jean; Li, Zhenlin; Huang, David; Grant, Ellsworth; Forman, HENRY J.; Finch, Caleb E.; Sun, Patrick Y.; Pomatto, Laura C. D.; Agbulut, Onnik; Warburton, David; Neri, Christian; Rouis, Mustapha; Cillard, Pierre; Capeau, Jacqueline; Rosenbaum, Jean; Davies, Kelvin J. A

Déformation et quantification par groupoïde des variétés toriques

rapporteurs : J. Bellissard, N. P. Landsman jury : C. Anantharaman, J. Bellissard,, G. Hains, J. Renault,, G. Skandalis, D. SternheimerThis thesis provides a notion of deformation quantization of Poisson manifolds, in a C*-algebraic framework, in relation with the use of groupoids. This theory is illustrated by examples, in particular the one of toric manifolds. The first part recalls some known facts on groupoids and their C*-algebras discovered in the past decades. The second part exposes the definitions of deformation and quantization used in the thesis, and their translation in terms of groupoids with the important notion of a deformation groupoid. A large class of subgroupoids of Lie groupoids is of this type. The main result of the thesis gives a condition on a manifold M endowed with an action of a torus Tn such that there is a deformation groupoid associated to it. It requires an action of Rn on a manifold containing the orbit space M/Tn ; the groupoid obtained is a subgroupoid of a groupoid of an action of a discrete group. We recover by this method known results for the quantization of Cn and the noncommutative torus and 4-spheres. The third part is an application of this result to the more complicated case of toric manifolds, using the unexpected discoveries of the 80's on the geometry of their moment map. This construction is the first exemple of quantization of toric manifolds, in a C*-algebraic framwork, even is the simplest cases (2-sphere and complex projective spaces). This provides in particular a C*-algebraic quantization of the 2-sphere and of complex projective spaces and answers the problem of the existence of such a quantization.Cette thèse propose une notion de quantification par déformation des variétés de Poisson au sens des C*-algèbres, en lien notamment avec l'emploi de groupoïdes. Cette théorie s'appuie sur des exemples, notamment celui des variétés toriques. La première partie est un rappel de connaissances développées depuis quelques dizaines d'années sur les groupoïdes et leurs C*-algèbres. La deuxième partie présente les définitions de déformation et de quantification utilisées ensuite, et leur traduction, pour les groupoïdes, dans la notion importante de groupoïde de déformation. Une large classe de sous-groupoïdes des groupoïdes de Lie est de ce type. Enfin le résultat principal de cette thèse est une condition suffisante sur les variétés M munies de l'action d'un tore Tn pour construire un groupoïde de déformation associé, au moyen du choix d'une action de Rn sur une variété contenant le quotient M/Tn ; ce groupoïde se présente comme un sous-groupoïde du groupoïde de l'action d'un groupe discret. On retrouve alors des résultats de quantification connus pour Cn, les tores et les sphères de dimension 4 non commutatifs. La troisième partie applique ce résultat à l'exemple des variétés toriques, dont la géométrie étonnante, en terme de moment notamment, fut découverte dans les années 80. Cette construction fournit le premier exemple de quantification des variétés toriques dans un cadre C*-algebrique, même dans les cas les plus simples (sphère de dimension 2, espaces projectifs complexes)

Lignes électriques aériennes à très haute tension - DUP. Risques liés aux champs électromagnétiques. Contrôle du respect du principe de précaution : méconnaissance (non). Utilité publique du projet (oui). Conseil d’Etat, Assemblée, 12 avril 2013, Association Coordination Interrégionale Stop THT et autres, n° 342409, avec note

Cadet Frédéric. Lignes électriques aériennes à très haute tension - DUP. Risques liés aux champs électromagnétiques. Contrôle du respect du principe de précaution : méconnaissance (non). Utilité publique du projet (oui). Conseil d’Etat, Assemblée, 12 avril 2013, Association Coordination Interrégionale Stop THT et autres, n° 342409, avec note. In: Revue Juridique de l'Environnement, n°4, 2013. pp. 675-687

Déformation et quantification par groupoïde des variétés toriques

rapporteurs : J. Bellissard, N. P. Landsman jury : C. Anantharaman, J. Bellissard,, G. Hains, J. Renault,, G. Skandalis, D. SternheimerThis thesis provides a notion of deformation quantization of Poisson manifolds, in a C*-algebraic framework, in relation with the use of groupoids. This theory is illustrated by examples, in particular the one of toric manifolds. The first part recalls some known facts on groupoids and their C*-algebras discovered in the past decades. The second part exposes the definitions of deformation and quantization used in the thesis, and their translation in terms of groupoids with the important notion of a deformation groupoid. A large class of subgroupoids of Lie groupoids is of this type. The main result of the thesis gives a condition on a manifold M endowed with an action of a torus Tn such that there is a deformation groupoid associated to it. It requires an action of Rn on a manifold containing the orbit space M/Tn ; the groupoid obtained is a subgroupoid of a groupoid of an action of a discrete group. We recover by this method known results for the quantization of Cn and the noncommutative torus and 4-spheres. The third part is an application of this result to the more complicated case of toric manifolds, using the unexpected discoveries of the 80's on the geometry of their moment map. This construction is the first exemple of quantization of toric manifolds, in a C*-algebraic framwork, even is the simplest cases (2-sphere and complex projective spaces). This provides in particular a C*-algebraic quantization of the 2-sphere and of complex projective spaces and answers the problem of the existence of such a quantization.Cette thèse propose une notion de quantification par déformation des variétés de Poisson au sens des C*-algèbres, en lien notamment avec l'emploi de groupoïdes. Cette théorie s'appuie sur des exemples, notamment celui des variétés toriques. La première partie est un rappel de connaissances développées depuis quelques dizaines d'années sur les groupoïdes et leurs C*-algèbres. La deuxième partie présente les définitions de déformation et de quantification utilisées ensuite, et leur traduction, pour les groupoïdes, dans la notion importante de groupoïde de déformation. Une large classe de sous-groupoïdes des groupoïdes de Lie est de ce type. Enfin le résultat principal de cette thèse est une condition suffisante sur les variétés M munies de l'action d'un tore Tn pour construire un groupoïde de déformation associé, au moyen du choix d'une action de Rn sur une variété contenant le quotient M/Tn ; ce groupoïde se présente comme un sous-groupoïde du groupoïde de l'action d'un groupe discret. On retrouve alors des résultats de quantification connus pour Cn, les tores et les sphères de dimension 4 non commutatifs. La troisième partie applique ce résultat à l'exemple des variétés toriques, dont la géométrie étonnante, en terme de moment notamment, fut découverte dans les années 80. Cette construction fournit le premier exemple de quantification des variétés toriques dans un cadre C*-algebrique, même dans les cas les plus simples (sphère de dimension 2, espaces projectifs complexes)

Caractérisation et analyse génétique de la résistance de la canne à sucre à Xanthomonas albilineans

Le travail présenté concerne l'étude de la résistance de la canne à sucre à une bactériose grave provoquée par Xanthomonas albilineans, agent de la maladie de l'échaudure des feuilles. Ce travail comporte deux volets. Le premier volet visait à explorer différentes façons de mesurer la résistance et à rechercher les paramètres de résistance qui seraient les plus utiles en sélection variétale et pour des études génétiques. Nous avons précisé que la symptomatologie fournit des paramètres dont la mesure à l'intérieur d'une expérience est fiable mais que ceux ci sont peu stables entre expériences. L'étude des densités des populations bactériennes a confirme qu'une forte colonisation des tiges était nécessaire mais n'était pas suffisante pour qu'il y ait apparition des symptômes foliaires. L'étude de la distribution de la bactérie dans les tiges a permis de définir de nouveaux paramètres de résistance. Nous avons précisé que la résistance était associée à une faible progression de la bactérie dans les tiges. Ces paramètres de colonisation sont fiables et ont une bonne stabilité entre expériences. Le deuxième volet concerne l'étude du déterminisme génétique de la résistance. La première étape de cette étude a consiste à construire une carte génétique AFLP de la variété R570. Cette carte comporte 887 marqueurs simple dose repartis sur 120 segments chromosomiques et est longue de 5800 cm. Dans la deuxième étape, nous avons étudie la ségrégation de la résistance dans une descendance et nous avons recherché des associations significatives entre marqueurs et QTL (quantitative trait loci) de résistance. Ces QTL sont peu nombreux. Ils ont des effets individuels modestes mais le cumul de leurs effets explique dans certains cas jusqu'a 46% de la variation mesurée. Globalement les points de convergence entre les QTLs détectés entre les différentes expériences sont tenus. L'ensemble des résultats n'engage pas sur le développement à court terme des marqueurs en sélection.SAINT DENIS/REUNION-Droit Lettre (974112101) / SudocSudocFranceReunionFRR

Contamination de poissons par des PCB constatée dans trois cours d’eau. Arrêté préfectoral interdisant de consommer et de commercialiser tous les poissons pêchés dans lesdits cours d’eau situés dans le département du Val-d’Oise. Mesure disproportionnée qui n’a pas limité aux seules espèces fortement bio-accumulatrices l’interdiction de consommation et de commercialisation. Tribunal administratif de Cergy-Pontoise, 27 septembre 2012, Fédération du Val-d’Oise pour la pêche et la protection du milieu aquatique, n° 109069, avec conclusions et note

Marias Hugues, Cadet Frédéric. Contamination de poissons par des PCB constatée dans trois cours d’eau. Arrêté préfectoral interdisant de consommer et de commercialiser tous les poissons pêchés dans lesdits cours d’eau situés dans le département du Val-d’Oise. Mesure disproportionnée qui n’a pas limité aux seules espèces fortement bio-accumulatrices l’interdiction de consommation et de commercialisation. Tribunal administratif de Cergy-Pontoise, 27 septembre 2012, Fédération du Val-d’Oise pour la pêche et la protection du milieu aquatique, n° 109069, avec conclusions et note. In: Revue Juridique de l'Environnement, n°3, 2013. pp. 449-456

Arrêté du maire de la commune des Halles interdisant sur le territoire de la commune de semer du colza enrobé par un produit phytopharmaceutique. Pouvoir de police spéciale du ministre. Exclusion de l’immixtion de l’autorité de police générale. Tribunal administratif de Lyon, 12 décembre 2012, Préfet du Rhône, n° 1200196, avec conclusions et note

Burnichon Claire, Cadet Frédéric. Arrêté du maire de la commune des Halles interdisant sur le territoire de la commune de semer du colza enrobé par un produit phytopharmaceutique. Pouvoir de police spéciale du ministre. Exclusion de l’immixtion de l’autorité de police générale. Tribunal administratif de Lyon, 12 décembre 2012, Préfet du Rhône, n° 1200196, avec conclusions et note. In: Revue Juridique de l'Environnement, n°2, 2013. pp. 269-277