Combinatorial protein–protein interactions on a polymerizing scaffold

Scaffold proteins organize cellular processes by bringing signaling molecules into interaction, sometimes by forming large signalosomes. Several of these scaffolds are known to polymerize. Their assemblies should therefore not be understood as stoichiometric aggregates, but as combinatorial ensembles. We analyze the combinatorial interaction of ligands loaded on polymeric scaffolds, in both a continuum and discrete setting, and compare it with multivalent scaffolds with fixed number of binding sites. The quantity of interest is the abundance of ligand interaction possibilities—the catalytic potential Q—in a configurational mixture. Upon increasing scaffold abundance, scaffolding systems are known to first increase opportunities for ligand interaction and then to shut them down as ligands become isolated on distinct scaffolds. The polymerizing system stands out in that the dependency of Q on protomer concentration switches from being dominated by a first order to a second order term within a range determined by the polymerization affinity. This behavior boosts Q beyond that of any multivalent scaffold system. In addition, the subsequent drop-off is considerably mitigated in that Q decreases with half the power in protomer concentration than for any multivalent scaffold. We explain this behavior in terms of how the concentration profile of the polymer-length distribution adjusts to changes in protomer concentration and affinity. The discrete case turns out to be similar, but the behavior can be exaggerated at small protomer numbers because of a maximal polymer size, analogous to finite-size effects in bond percolation on a lattice

Context matters-consensus molecular subtypes of colorectal cancer as biomarkers for clinical trials

The Colorectal Cancer Subtyping Consortium identified four gene expression consensus molecular subtypes, CMS1 (immune), CMS2 (canonical), CMS3 (metabolic), and CMS4 (mesenchymal), using multiple microarray or RNA-sequencing datasets of primary tumor samples mainly from early stage colon cancer patients. Consequently, rectal tumors and stage IV tumors (possibly reflective of more aggressive disease) were underrepresented, and no chemo-and/or radiotherapy pretreated samples or metastatic lesions were included. In view of their possible effect on gene expression and consequently subtype classification, sample source and treatments received by the patients before collection must be carefully considered when applying the classifier to new datasets. Recently, several correlative analyses of clinical trials demonstrated the applicability of this classification to the metastatic setting, confirmed the prognostic value of CMS subtypes after relapse and hinted at differential sensitivity to treatments. Here, we discuss why contexts and equivocal factors need to be taken into account when analyzing clinical trial data, including potential selection biases, type of platform, and type of algorithm used for subtype prediction. This perspective article facilitates both our clinical and research understanding of the application of this classifier to expedite subtype-based clinical trials

Temperature Dependence of Electrical Resistance in Ge-Sb-Te Thin Films

Nowadays, the Ge-Sb-Te system is studied extensively for use in the field of both electrical and optical non-volatile memories. The key of this application is based on the changes in the physical properties (electrical conductivity or refractive index) of these films as a result of structural transformation between amorphous and crystalline states. Both states are highly stable and it is relatively easy to change between them when they are prepared as thin films. In this work, structural and electrical behaviours with the temperature of thin films with compositions Ge13Sb5Te82, Ge1Sb2Te4, Ge2Sb2Te5, Ge1Sb4Te7 and Sb70Te30 (atomic fraction) were studied. Films were obtained by pulsed laser deposition (PLD) using a pulsed Nd:YAG laser (λ = 355 nm) and they were structurally characterized by X-ray diffraction. Temperature dependence of electrical resistance was studied for these films from room temperature to 520 K at a heating rate about 3 K/min. During crystallization, their electrical resistance falls several orders of magnitude in a narrow temperature range. The electrical conduction activation energies of the amorphous and crystalline states and the crystallization temperature were determined. The crystallization products were characterized by X-ray diffraction. The results were compared with those obtained by other authors.Fil: Rocca, Javier Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Sólidos Amorfos; ArgentinaFil: García, Jose Luis Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Sólidos Amorfos; ArgentinaFil: Ureña, María Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Sólidos Amorfos; ArgentinaFil: Fontana, Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Sólidos Amorfos; ArgentinaFil: Arcondo, Bibiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Instituto de Tecnologías y Ciencias de la Ingeniería "Hilario Fernández Long"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería. Departamento de Física. Laboratorio de Sólidos Amorfos; Argentin

Laparoscopic surgery of vesicovaginal fistula: results of a multi institutional experience

Indexación: Web of Science; Scielo.Introduction: Vesico-vaginal fistula is a rare complication of gynecologic surgery, with a high rate of surgical resolution O'Conor open technique. Aim: To report the results of a multi-institutional experience in laparoscopic repair of vesico-vaginal fistula. Material and Methods: Between January 2006 and June 2011, 21 laparoscopic vesico-vaginal fistula were performed. The surgical technique, demographic variables and results are described. Results: The mean age was 45.6 years. The average time between the diagnosis of the fistula and the laparoscopic repair was 15.23 months. The mean total operative time (bladder and laparoscopic) was 153.12 minutes and the average hospital stay was 2.7 days. The average time of bladder catheter was 9.4 days. There was a minimal recurrence of a fistula, repaired by a vaginal approach. Urethrocystography revealed indemnity of the repair in the other 20 cases. The overall success rate was 95.2% (20 out of 21 patients) Conclusions: The laparoscopic approach follows all principles for repair of a vesico-vaginal fistulas. It look like a good alternative in the hands of experienced surgeons. Key words: Vesicovaginal fistula, hysterectomy, complications, laparoscopy, O'Conor.Introducción: La fístula vesico-vaginal es una complicación infrecuente de la cirugía ginecológica, con alta tasa de resolución quirúrgica con la técnica abierta tradicional de O'Conor. Objetivo: Comunicar los resultados de una experiencia multi-institucional en la reparación laparoscópica de las fístulas vesico-vaginales. Material y Método: Entre enero de 2006 y junio de 2011 se realizaron 21 reparaciones de fístulas vesico-vaginales por vía laparoscópica. Se describe la técnica quirúrgica y se analizan las variables demográficas, quirúrgicas y resultados de la serie. Resultados: La edad media de las pacientes fue de 45,6 años. El tiempo promedio transcurrido entre el diagnóstico de la fistula y su reparación laparoscópica fue de 15,23 meses. El tiempo quirúrgico medio total (vesical y laparoscópico) fue de 153,12 min y el de hospitalización 2,7 días. El tiempo promedio de catéter uretro-vesical fue de 9,4 días. Hubo una mínima recidiva de una fístula, la cual fue reparada por vía vaginal. El control radiológico mediante cistografía reveló indemnidad de la reparación en el resto de los casos. La tasa global de éxito fue de 95,2% (20 de 21 pacientes) Conclusiones: El abordaje laparoscópico permite cumplir con todos los principios para la reparación de las fístulas vesico-vaginales. La reducción de la morbilidad y la eficacia del procedimiento, lo transforman en una excelente alternativa en manos de cirujanos experimentados. Palabras clave: Fístula vesico-vaginal, histerectomía, complicaciones, laparoscopia, O'Conor.http://ref.scielo.org/f3vxt

¿Estamos avanzando hacía una socio-ecología? Reflexiones sobre la integración de las dimensiones "humanas" en la ecología en el sur de América

La complejidad y la velocidad de los actuales cambios ambientales a escala global presentan desafíos y oportunidades para la investigación, la gestión y la conservación de la biosfera (Millenium Ecosystem Assessment [MA] 2005). La magnitud de estos cambios derivó en la propuesta de llamar Antropoceno a nuestra época geológica (Crutzen 2002), ya que los seres humanos nos hemos convertido en la mayor fuerza de cambio planetario. Es evidente que los grandes factores promotores de este nuevo escenario (e.g., el calentamiento global, la urbanización y la globalización cultural y económica) afectan a los ecosistemas (Ellis et al. 2011), aunque también existe un reconocimiento creciente de que estos factores influyen sobre las sociedades humanas (MA 2005). Por lo tanto, se puede decir que los problemas categorizados tradicionalmente como “ambientales” (e.g., el cambio climático) poseen causas y consecuencias sociales (e.g., políticas energéticas para combustibles fósiles, impacto económico de la desertificación). De manera recíproca, los problemas “humanos” (e.g., planificación territorial y políticas de inmigración) están vinculados a los ecosistemas y a la biodiversidad (e.g., fragmentación del paisaje, introducción de especies no-nativas y homogeneización biótica). En el contexto del Antropoceno, se hace urgente integrar las dimensiones ecológicas y las sociales del ambiente para mejorar nuestro conocimiento y tomar decisiones más efectivas (Carpenter et al. 2009). El desafío llega a ser aun más relevante en Latinoamérica, que cubriendo sólo el 10% de la superficie del planeta alberga el 50% de la biodiversidad terrestre (Wilson 1989) y el 15% de la diversidad lingüística (Skutnabb-Kangas 2000). Es en Latinoamérica donde se han generado grandes conflictos socioambientales (Wagner 2010). Entonces, ¿Qué papel tiene la ecología como disciplina en Argentina y Chile con respecto a estas transformaciones? Sabemos que a nivel mundial y regional existen ejemplos de integración entre diversos campos académicos que abordan problemáticas “bioculturales” (Toledo & Barrera 2008) y “socioecológicas” (Domptail et al. 2013) de manera interdisciplinaria. Por estas razones, y para pensar juntos sobre esta conceptualización de lo “humano” y lo “natural” en la ecología en nuestros países, presentamos el simposio “Socio-ecología: Avanzando hacia la Integración de ‘la Dimensión Humana’ en el Estudio y Entendimiento de los Ecosistemas del Sur de Sudamérica” en la V Reunión Binacional de Ecología realizada en Chile en 2013. Las reflexiones y discusiones del simposio motivaron este artículo, que sin ser una revisión exhaustiva, intenta catalizar el debate sobre lo socioecológico en la ecología austral. Consideramos que la interdisciplinariedad es una propiedad emergente del análisis holístico de una problemática compleja (García 2006). De esta forma quisimos superar el sesgo de la hiper-especialización individual, obstáculo para reflexiones epistemológicas y prácticas del quehacer de la ecología (Graham & Dayton 2002). Al usar distintas perspectivas acerca de estas preguntas: a) ofrecemos una breve reseña de algunas bases epistemológicas de la dimensión humana en la ecología y revisamos las tendencias en las publicaciones socio-ecológicas a nivel mundial y regional, b) consideramos aspectos interdisciplinarios de la formación de los profesionales relacionados con la ecología y c) presentamos antecedentes de la ciencia ciudadana para ilustrar la integración de nuevos actores sociales en la investigación ecológica. Esperamos contribuir al debate sobre la postura actual y futura que pueda tener la ecología en nuestros países, y hacemos un llamado a convertirnos en agentes activos de la conceptualización y las aproximaciones de investigación y formación.Fil: Anderson, Christopher Brian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur. Instituto de Ciencias Polares, Recursos Naturales y Ambiente. Departamento de Biología; ArgentinaFil: Pizarro Pinochet, Jose Cristobal. University Of Waterloo; CanadáFil: Fontana Estevez, Rodrigo Javier. Pontificia Universidad Católica de Chile; ChileFil: Sapoznikow, Alexandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Pauchard, Aníbal. Universidad de Concepción; Chile. Instituto de Ecología y Biodiversidad; ChileFil: Barbosa, Olga. Instituto de Ecología y Biodiversidad; Chile. Universidad Austral de Chile; Chile. Centro de Desarrollo Urbano Sustentable; ChileFil: Moreira Muñoz, Andrés. Pontificia Universidad Católica de Valparaíso; ChileFil: Valenzuela, Alejandro Eduardo Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Administración de Parques Nacionales; Argentina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur. Instituto de Ciencias Polares, Recursos Naturales y Ambiente. Departamento de Biología; Argentin

Pulse Quenching and Charge-Sharing Effects on Heavy-Ion Microbeam Induced ASET in a Full-Custom CMOS OpAmp

In this work, charge sharing effects on Analog Single Event Transients are experimentally observed in a fully-custom designed, 180nm CMOS Operational Amplifier by means of a heavy-ion microbeam. Sensitive nodes of the differential stage showed bipolar output transients that cannot be explained by single node collection for the closed loop characteristics of the circuit under test. Layout of these transistors are consistent with charge sharing effects due to deposited charge diffusion. Implementation of linear modeling and simulations of multiple node collection between paired transistors of the input stage showed great coincidence with the obtained experimental waveforms, shaped as bipolar, quenched pulses. These effects are also observed due to dummy transistors placed in the layout. A simple parametrization at the simulation level is proposed to reproduce the observed experimental waveforms. Results indicate that charge-sharing effects should be taken into account during simulation-based sensitivity evaluation of analog circuits, as pulse quenching can alter the obtained results, and linear modeling is a simple approach to emulate simultaneous charge collection in multiple nodes by applying superposition principles, with aims of hardening a design.Fil: Fontana, Andrés. Universidad Tecnológica Nacional; ArgentinaFil: Pazos, Sebastián Matías. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia de Área Investigaciones y Aplicaciones No Nucleares. Gerencia Física (CAC). Departamento de Física de la Materia Condensada; Argentina. Universidad Tecnológica Nacional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aguirre, Fernando Leonel. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia de Área Investigaciones y Aplicaciones No Nucleares. Gerencia Física (CAC). Departamento de Física de la Materia Condensada; Argentina. Universidad Tecnológica Nacional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Vega, Nahuel Agustín. Comisión Nacional de Energía Atómica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Muller, Nahuel. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: De la Fourniere, Emmanuel. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Silveira, Fernando. Universidad de la Republica. Facultad de Ingeniería; UruguayFil: Debray, Mario Ernesto. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Palumbo, Félix Roberto Mario. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia de Área Investigaciones y Aplicaciones No Nucleares. Gerencia Física (CAC). Departamento de Física de la Materia Condensada; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Yields and economic results of sugarcane cultivation under an alternative system compared to traditional management

XXX Congress of the ISSCT (International Society of Sugar Cane Technologists), Tucumán, from 31 August to 8 September 2019In the traditional method of managing sugarcane in Argentina, the entire field where the crop will be planted is severely ploughed, requiring large amounts of energy. In addition, during the subsequent maintenance tasks, furrows are worked at depth, reducing their yielding capacity and making them more vulnerable to traffic from farming equipment, harvesters and heavy trucks. The use of this system during prolonged periods of monoculture affects the soil physical integrity, compromising yields and the efficient use of the inputs. It was necessary, therefore, to develop an enhanced alternative management system to the traditional one in order to revert, stop or mitigate soil deterioration and improve crop economic results. A possible solution was to use energy only where it could be harnessed by the roots of the crop and maintain, without disturbing, the traffic lanes throughout the cane cycle. In order to implement this form of controlled-traffic management, an experimental scarifier for deep strip-tillage was developed and manufactured. Since 2013, trials have been carried out at EEA INTA Famaillá (Tucumán) comparing both cultivation technologies. Results indicate that, during the cane production stage, fuel consumption, energy requirements and operating times and costs can be reduced by 60-70% with this new management system. The average gross margin over five harvests was approximately 15% than that of the traditional management system, due to an increase in yields and fewer maintenance tasks required by the new technology. The new system is presented as less operationally complex, economically profitable and a more sustainable management alternative.Instituto de Ingeniería RuralFil: Tesouro, Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Fernandez Ullivarri, Enrique. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; ArgentinaFil: Venturelli, Leonardo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Roba, Marcos. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Romito, Angel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Donato, Lidia Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Bongiovanni, Rodolfo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: Erazzú, Luis Ernesto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; ArgentinaFil: Fontana, Paola Daniela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; ArgentinaFil: Peralta, Adriana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; Argentin

A revised electronic version of RUCAM for the diagnosis of DILI

Background and Aims: Roussel Uclaf Causality Assessment Method (RUCAM) for DILI has been hindered by subjectivity and poor reliability. We sought to improve the RUCAM using data from the Drug-Induced Liver Injury Network (DILIN) and the Spanish DILI Registry, published literature, and it- erative computer modeling. Approach and Results: RUCAM criteria were updated, clarified, and com- puterized. We removed criteria 3 (risk factors) for lack of added value and cri- teria 4 because we felt it more useful to assess each drug separately. Criteria 6 (drug-specific risk) was anchored to LiverTox likelihood scores. Iterative testing in subsets of 50–100 single-agent, nonherbal cases from both regis- tries was done to optimize performance. We used classification tree analysis to establish diagnostic cutoffs for this revised electronic causality assessment method (RECAM) and compared RECAM with RUCAM for correlation with expert opinion diagnostic categories in 194 DILI cases (98 DILIN, 96 Spanish DILI). Area under receiver operator curves for identifying at least probable DILI were the same at 0.89 for RECAM and RUCAM. However, RECAM diagnostic categories have better observed overall agreement with expert opinion (0.62 vs. 0.56 weighted kappa, p = 0.14), and had better sensitivity to detect extreme diagnostic categories (73 vs. 54 for highly likely or high probable, p = 0.02; 65 vs. 48 for unlikely/excluded, p = 0.08) than RUCAM diagnostic categories. Conclusions: RECAM is an evidence-based update that is at least as capa- ble as RUCAM in diagnosing DILI compared with expert opinion but is better than RUCAM at the diagnostic extremes. RECAM’s increased objectivity and clarity will improve precision, reliability, and standardization of DILI diagnosis, but further refinement and validation in other cohorts are needed.Funding information The Drug-Induced Liver Injury (DILN) Network is structured as a U01 cooperative agreement with funds provided by the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (U24-DK065176, U01-DK065201, U01-DK065184, U01-DK065211, U01DK065193, U01-DK065238, U01-DK083023, U01-DK083027, U01-DK082992, U01-DK083020, and U01-DK100928). Additional support is provided by CTSA grants (UL1 RR025761, UL1TR000083, UL1 RR024134, UL1 RR024986, UL1 RR024982, UL1 RR024150), the Intramural Research Program of the National Institutes of Health, the National Cancer Institute (ClinicalTrials.gov number: NCT00345930), and the 2016 American Association for the Study of Liver Disease (AASLD) Innovations Fund. The Spanish DILI Registry is funded by grants from Instituto de Salud Carlos III, cofounded by Fondo Europeo de Desarrollo Regional - FEDER (PI 18/01804 and PT 20/00127) and Agencia Española del Medicamento. Plataforma ISCiii de Investigación Clínica and CIBERehd are funded by ISCIII