Development of a Panel of Genome-Wide Ancestry Informative Markers to Study Admixture Throughout the Americas

Most individuals throughout the Americas are admixed descendants of Native American, European, and African ancestors. Complex historical factors have resulted in varying proportions of ancestral contributions between individuals within and among ethnic groups. We developed a panel of 446 ancestry informative markers (AIMs) optimized to estimate ancestral proportions in individuals and populations throughout Latin America. We used genome-wide data from 953 individuals from diverse African, European, and Native American populations to select AIMs optimized for each of the three main continental populations that form the basis of modern Latin American populations. We selected markers on the basis of locus-specific branch length to be informative, well distributed throughout the genome, capable of being genotyped on widely available commercial platforms, and applicable throughout the Americas by minimizing within-continent heterogeneity. We then validated the panel in samples from four admixed populations by comparing ancestry estimates based on the AIMs panel to estimates based on genome-wide association study (GWAS) data. The panel provided balanced discriminatory power among the three ancestral populations and accurate estimates of individual ancestry proportions (R2>0.9 for ancestral components with significant between-subject variance). Finally, we genotyped samples from 18 populations from Latin America using the AIMs panel and estimated variability in ancestry within and between these populations. This panel and its reference genotype information will be useful resources to explore population history of admixture in Latin America and to correct for the potential effects of population stratification in admixed samples in the region

Ciencias Sociales: Economía y Humanidades

Este volumen I contiene 29 capítulos arbitrados que se ocupan de estos asuntos en Tópicos Selectos de Ciencias Sociales: Economía y Humanidades, elegidos de entre las contribuciones, reunimos algunos investigadores y estudiantes.Gómez, presenta un breve examen de la producción y comercialización de rosa en México; Arpi y Portillo realiza un estudio en México sobre el ingreso mínimo de las familias que identifica la línea de pobreza alimentaria en el área rural del sur de México, 2012; Bravo realiza un pequeño estudio donde hablará sobre el análisis comparado del Sector Gubernamental y la Economía Mexicana desde la perspectiva de los eslabonamientos productivos Hirshman-Rasmuss; Caamal, Pat, Jerónimo y Romero realizan un estudio sobre los canales de comercialización de limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz; Macías y Perales nos hablarán sobre una análisis del comercio estratégico en el TLCAN: El Estado en la política agrícola de biocombustibles; Figueroa, Pérez y Godínez se expresan acerca de la importancia de la comercialización del café en México; Sepúlveda, Sepúlveda y Pérez realizan un diagnóstico, retos del comercio electrónico en el Sector Agroindustrial Mexicano; Duana mediante su trabajo nos muestra y habla sobre la inversión extranjera directa y su impacto en crecimiento de México, un análisis en prospectiva: 1999-2010; Figueroa, Pérez y Ramírez hacen un estudio acerca sobre la importancia de la Banca en México; Pérez, Figueroa, Godínez y Pérez presenta un trabajo acerca de la competitividad de la producción agrícola en México, un análisis regional; Rodríguez, Espinosa y Márquez analizan todo acerca de el SIAL productor de quesos en Poxtla, competividad y territorio; Garza nos habla acerca de la intermediación financiera al servicio de la comunidad indígena: el fondo regional indígena Tarhiata Keri; Arroyo, Aguilar, Santoyo y Muñoz realizan un estudio acerca de la demanda de Importaciones de durazno (Prunus pérsica L. Batsch) en México procedentes de Estados Unidos de América (1982-2011); Loera y Sepúlveda analizan los parámetros de la productividad forestal en la producción de madera en rollo; Pérez, Morett y Tecpan realizan un análisis de factores sociales, ambientales y económicos del territorio rural cercano a la ciudad de México; Godínez, Figueroa y Pérez realizan un estudio acerca de la crisis económica mundial y su efecto sobre los flujos migratorios de América Latina; Magadán, Hernández y Escalona presentan la tipología de los sujetos sociales que intervienen en el mercado campesino de Ocotlán Oaxaca; Tavera y Cobos nos hablan de la normalización del proceso de compostaje: una opción para desarrollar el mercado de la composta; Piña y Pérez hablan acerca de la reestructuración del capitalismo y crisis política en México; Gonzáles, Rucoba y Ramírez realizan un estudio de la rentabilidad de la producción de miel en el municipio de León, Guanjuato; Ramírez, Gutiérrez y Figueroa realizan un estudio acerca de la economía del maíz en la región metropolitana, Chiapas, 2014; Bueno, Méndez y Cruz realizan un estudio y análisis de los centros de educación y cultura ambiental, necesidad de profesionalización Pedagógica de facilitadores ambientales; Pat, Caamal, Jerónimo y Mendoza presentan un estudio acerca de los Costos y competitividad de la producción del limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz. Vizuet presenta un trabajo de la construcción polisémica e histórica del concepto de la pobreza; Navarrete, Ríos y Arévalo presentan un estudio acerca de la producción ejidal de tomate rojo (Lycopersicum esculentum) en el DR-017, y su huella hídrica; Pérez y Piña hablan acerca de la productividad e inversión extranjera: La industria de Alimentos; Pérez, Figueroa, Godínez y Gómez presentan el trabajo sobre el sector primario en México; Pérez, Figueroa, Godínez y Gómez presentan acerca de los subsidios al campo como instrumento de política económica en México; Venegas, Perales y Del Valle realizan un estudio de rentabilidad de biodigestores y motogeneradores para diferentes tamaños de granjas porcinas en Michoacán

Ciencias Sociales: Economía y Humanidades HANDBOOK T-I

Se presenta un breve examen de la producción y comercialización de rosa en México; un estudio en México sobre el ingreso mínimo de las familias que identifica la línea de pobreza alimentaria en el área rural del sur de México, 2012; un pequeño estudio donde hablará sobre el análisis comparado del Sector Gubernamental y la Economía Mexicana desde la perspectiva de los eslabonamientos productivos Hirshman-Rasmuss; un estudio sobre los canales de comercialización de limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz; una análisis del comercio estratégico en el TLCAN: El Estado en la política agrícola de biocombustibles; también se expresan acerca de la importancia de la comercialización del café en México; un diagnóstico, retos del comercio electrónico en el Sector Agroindustrial Mexicano; trabajo nos muestra y habla sobre la inversión extranjera directa y su impacto en crecimiento de México, un análisis en prospectiva: 1999-2010; un estudio acerca sobre la importancia de la Banca en México; un trabajo acerca de la competitividad de la producción agrícola en México, un análisis regional; se analizan todo acerca de el SIAL productor de quesos en Poxtla, competividad y territorio; se habla acerca de la intermediación financiera al servicio de la comunidad indígena: el fondo regional indígena Tarhiata Keri; ademas un estudio acerca de la demanda de Importaciones de durazno (Prunus pérsica L. Batsch) en México procedentes de Estados Unidos de América (1982-2011); Loera y Sepúlveda analizan los parámetros de la productividad forestal en la producción de madera en rollo; un análisis de factores sociales, ambientales y económicos del territorio rural cercano a la ciudad de México; un estudio acerca de la crisis económica mundial y su efecto sobre los flujos migratorios de América Latina; Magadán, Hernández y Escalona presentan la tipología de los sujetos sociales que intervienen en el mercado campesino de Ocotlán Oaxaca; la normalización del proceso de compostaje: una opción para desarrollar el mercado de la composta; acerca de la reestructuración del capitalismo y crisis política en México; la rentabilidad de la producción de miel en el municipio de León, Guanjuato; la economía del maíz en la región metropolitana, Chiapas, 2014; análisis de los centros de educación y cultura ambiental, necesidad de profesionalización Pedagógica de facilitadores ambientales; los Costos y competitividad de la producción del limón persa en el municipio de Martínez de la Torre, Veracruz

4to. Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad. Memoria académica

Este volumen acoge la memoria académica de la Cuarta edición del Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad, CITIS 2017, desarrollado entre el 29 de noviembre y el 1 de diciembre de 2017 y organizado por la Universidad Politécnica Salesiana (UPS) en su sede de Guayaquil. El Congreso ofreció un espacio para la presentación, difusión e intercambio de importantes investigaciones nacionales e internacionales ante la comunidad universitaria que se dio cita en el encuentro. El uso de herramientas tecnológicas para la gestión de los trabajos de investigación como la plataforma Open Conference Systems y la web de presentación del Congreso http://citis.blog.ups.edu.ec/, hicieron de CITIS 2017 un verdadero referente entre los congresos que se desarrollaron en el país. La preocupación de nuestra Universidad, de presentar espacios que ayuden a generar nuevos y mejores cambios en la dimensión humana y social de nuestro entorno, hace que se persiga en cada edición del evento la presentación de trabajos con calidad creciente en cuanto a su producción científica. Quienes estuvimos al frente de la organización, dejamos plasmado en estas memorias académicas el intenso y prolífico trabajo de los días de realización del Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad al alcance de todos y todas

Variation in postoperative outcomes of patients with intracranial tumors: insights from a prospective international cohort study during the COVID-19 pandemic

Background: This study assessed the international variation in surgical neuro-oncology practice and 30-day outcomes of patients who had surgery for an intracranial tumor during the COVID-19 pandemic. Methods: We prospectively included adults aged ≥18 years who underwent surgery for a malignant or benign intracranial tumor across 55 international hospitals from 26 countries. Each participating hospital recorded cases for 3 consecutive months from the start of the pandemic. We categorized patients’ location by World Bank income groups (high [HIC], upper-middle [UMIC], and low- and lower-middle [LLMIC]). Main outcomes were a change from routine management, SARS-CoV-2 infection, and 30-day mortality. We used a Bayesian multilevel logistic regression stratified by hospitals and adjusted for key confounders to estimate the association between income groups and mortality. Results: Among 1016 patients, the number of patients in each income group was 765 (75.3%) in HIC, 142 (14.0%) in UMIC, and 109 (10.7%) in LLMIC. The management of 200 (19.8%) patients changed from usual care, most commonly delayed surgery. Within 30 days after surgery, 14 (1.4%) patients had a COVID-19 diagnosis and 39 (3.8%) patients died. In the multivariable model, LLMIC was associated with increased mortality (odds ratio 2.83, 95% credible interval 1.37–5.74) compared to HIC. Conclusions: The first wave of the pandemic had a significant impact on surgical decision-making. While the incidence of SARS-CoV-2 infection within 30 days after surgery was low, there was a disparity in mortality between countries and this warrants further examination to identify any modifiable factors

Prevalencia y factores asociados con sífilis y herpes genital en dos grupos de población femenina

Objetivo. Evaluar la frecuencia de marcadores de infección por el VHS-2 y Treponema pallidum, y su relación con algunas características de las mujeres que acuden a consulta ginecológica. Material y métodos. Durante 1994 y 1995 se estudiaron 388 y 448 mujeres en sendos hospitales, el primero en Cuernavaca, Morelos, México, y el segundo en la Ciudad de México. Las participantes proporcionaron una muestra de sangre para identificar, a través de la técnica de Western blot y las pruebas de VDRL y FTA-ABS, anticuerpos específicos contra los microrganismos mencionados; asimismo, contestaron un cuestionario sobre sus características sociodemográficas y de comportamiento sexual. Los datos se analizaron con los paquetes estadísticos SPSS y EGRET. Resultados. Las frecuencias de anticuerpos contra el VHS-2 fueron 28.3%, para las mujeres del primer hospital, y 18.1% para las del segundo. En el caso de anticuerpos contra T pallidum las frecuencias fueron de 2.3% y 1.1%, respectivamente. La edad, el estado civil, la escolaridad y el número de compañeros sexuales de las mujeres estudiadas estuvieron asociados con los marcadores de infección por el VHS-2. Conclusiones. Se encontraron frecuencias bajas de infección por los microrganismos estudiados en ambos grupos de mujeres. La infección por el VHS-2 estuvo asociada a periodos de exposición, comportamiento sexual y nivel socioeconómico de las mujeres. El texto completo en inglés de este artículo está disponible en: http://www.insp.mx/salud/ index.htm

Whole genome gene expression analysis reveals casiopeína-induced apoptosis pathways.

Copper-based chemotherapeutic compounds Casiopeínas, have been presented as able to promote selective programmed cell death in cancer cells, thus being proper candidates for targeted cancer therapy. DNA fragmentation and apoptosis-in a process mediated by reactive oxygen species-for a number of tumor cells, have been argued to be the main mechanisms. However, a detailed functional mechanism (a model) is still to be defined and interrogated for a wide variety of cellular conditions before establishing settings and parameters needed for their wide clinical application. In order to shorten the gap in this respect, we present a model proposal centered in the role played by intrinsic (or mitochondrial) apoptosis triggered by oxidative stress caused by the chemotherapeutic agent. This model has been inferred based on genome wide expression profiling in cervix cancer (HeLa) cells, as well as statistical and computational tests, validated via functional experiments (both in the same HeLa cells and also in a Neuroblastoma model, the CHP-212 cell line) and assessed by means of data mining studies

Early Transcriptomic Response to LDL and oxLDL in Human Vascular Smooth Muscle Cells.

Although nowadays it is well known that the human transcriptome can importantly vary according to external or environmental condition, the reflection of this concept when studying oxidative stress and its direct relationship with gene expression profiling during the process of atherogenesis has not been thoroughly achieved.The ability to analyze genome-wide gene expression through transcriptomics has shown that the genome responds dynamically to diverse stimuli. Here, we describe the transcriptome of human vascular smooth muscle cells (hVSMC) stimulated by native and oxidized low-density lipoprotein (nLDL and oxLDL respectively), with the aim of assessing the early molecular changes that induce a response in this cell type resulting in a transcriptomic transformation. This expression has been demonstrated in atherosclerotic plaques in vivo and in vitro, particularly in the light of the oxidative modification hypothesis of atherosclerosis.Total RNA was isolated with TRIzol reagent (Life Technologies) and quality estimated using an Agilent 2100 bioanalyzer. The transcriptome of hVSMC under different experimental conditions (1,5 and 24 hours for nLDL and oxLDL) was obtained using the GeneChip Human Gene 1.0 ST (Affymetrix) designed to measure gene expression of 28,869 well-annotated genes. A fixed fold-change cut-off corresponding to ± 2 was used to identify genes exhibiting the most significant variation and statistical significance (P< 0.05), and 8 genes validated by qPCR using Taqman probes.10 molecular processes were significantly affected in hVSMC: Apoptosis and cell cycle, extracellular matrix remodeling, DNA repair, cholesterol efflux, cGMP biosynthesis, endocytic mechanisms, calcium homeostasis, redox balance, membrane trafficking and finally, the immune response to inflammation. The evidence we present supporting the hypothesis for the involvement of oxidative modification of several processes and metabolic pathways in atherosclerosis is strengthen by the fact that gene expression patterns obtained when hVSMC are incubated for a long period of time in the presence of nLDL, correspond very much the same as when cells are incubated for a short period of time in the presence of chemically modified oxLDL. Our results indicate that under physiological conditions and directly related to specific environmental conditions, LDL particles most probably suffer chemical modifications that initially serve as an alert signal to overcome a harmful stimulus that with time might get transformed to a pathological pattern and therefore consolidate a pathological condition

Response of Nrf2-regulated genes to iAs exposure.

<p>Evaluation of mRNA levels of the indicated Nrf2-target genes by RT-qPCR in CL-1 cell line after exposure to 5 µM of iAs in a time-response curve. A) <i>HMOX1</i> and <i>NQO1</i> expression after dose-response exposure at 12 hrs, B) <i>HMOX1</i> and <i>NQO1</i> time response at 5 µM of iAs. Data values are means ± SD and were normalized using <i>GADPH</i> as an endogenous gene and fold changes were calculated using the ΔΔCt method. Three independent cell cultures were used for each assay data point. **<i>p</i><0.001, *<i>p</i><0.01.</p

Comparison of altered genes at different times after iAs exposure.

<p>Venn diagram depicting genes affected exclusively at 2(left circle), 12 hrs of exposure to 5 µM of iAs (right circle) and both.</p